Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	Mast.Mast_Pheno.cls #Group1_versus_Group3.Mast_Pheno.cls #Group1_versus_Group3_repos
Phenotype	Mast_Pheno.cls#Group1_versus_Group3_repos
Upregulated in class	0
GeneSet	HALLMARK_HYPOXIA
Enrichment Score (ES)	0.25939932
Normalized Enrichment Score (NES)	1.1350783
Nominal p-value	0.23155738
FDR q-value	1.0
FWER p-Value	0.997

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Jun	36	0.971	0.0255	Yes
2	Ndst2	109	0.805	0.0432	Yes
3	Btg1	170	0.725	0.0595	Yes
4	Vegfa	222	0.695	0.0757	Yes
5	Pfkp	369	0.613	0.0818	Yes
6	Il6	411	0.596	0.0959	Yes
7	Prkca	501	0.563	0.1051	Yes
8	Map3k1	649	0.520	0.1084	Yes
9	Kdm3a	665	0.515	0.1222	Yes
10	Klf6	669	0.514	0.1370	Yes
11	Tes	847	0.473	0.1365	Yes
12	Bhlhe40	949	0.451	0.1415	Yes
13	Tnfaip3	983	0.444	0.1518	Yes
14	Cdkn1b	988	0.444	0.1645	Yes
15	Dusp1	996	0.442	0.1768	Yes
16	Ndst1	1200	0.403	0.1721	Yes
17	Hs3st1	1221	0.400	0.1822	Yes
18	Hspa5	1369	0.377	0.1813	Yes
19	Gpc1	1403	0.372	0.1895	Yes
20	Nedd4l	1409	0.371	0.1999	Yes
21	Zfp292	1504	0.358	0.2028	Yes
22	Noct	1529	0.355	0.2112	Yes
23	Pam	1566	0.349	0.2185	Yes
24	Large1	1623	0.344	0.2240	Yes
25	Atp7a	1708	0.332	0.2269	Yes
26	Fosl2	1743	0.328	0.2337	Yes
27	Gpi1	1751	0.327	0.2427	Yes
28	Hdlbp	1890	0.311	0.2406	Yes
29	Slc2a3	2026	0.299	0.2384	Yes
30	Nr3c1	2125	0.288	0.2389	Yes
31	Vldlr	2130	0.288	0.2470	Yes
32	Fos	2145	0.286	0.2542	Yes
33	Ldha	2234	0.278	0.2552	Yes
34	Ccng2	2378	0.267	0.2514	Yes
35	Isg20	2449	0.259	0.2533	Yes
36	Gpc4	2467	0.257	0.2594	Yes
37	Cdkn1a	2566	0.248	0.2587	No
38	Ddit4	2667	0.240	0.2576	No
39	Aldoa	2965	0.213	0.2397	No
40	Col5a1	3093	0.201	0.2353	No
41	Myh9	3229	0.190	0.2299	No
42	Ppp1r15a	3414	0.175	0.2201	No
43	Jmjd6	3439	0.173	0.2232	No
44	Selenbp1	3540	0.164	0.2199	No
45	Prdx5	3849	0.140	0.1990	No
46	Pfkfb3	3948	0.131	0.1949	No
47	Lxn	4041	0.124	0.1910	No
48	Sap30	4230	0.113	0.1791	No
49	Mxi1	4365	0.103	0.1712	No
50	Ankzf1	4468	0.096	0.1657	No
51	Nagk	4490	0.095	0.1668	No
52	Sdc2	4672	0.080	0.1545	No
53	Rbpj	4691	0.079	0.1553	No
54	Slc6a6	4786	0.073	0.1498	No
55	Hexa	4818	0.070	0.1493	No
56	Eno3	4847	0.068	0.1490	No
57	Gbe1	4858	0.067	0.1502	No
58	Siah2	5138	0.047	0.1289	No
59	Vhl	5228	0.041	0.1229	No
60	Hk1	5233	0.041	0.1238	No
61	Plaur	5388	0.029	0.1121	No
62	Tiparp	5446	0.025	0.1082	No
63	Phkg1	5545	0.019	0.1008	No
64	Pdk1	5704	0.010	0.0883	No
65	Ext1	5751	0.007	0.0848	No
66	Xpnpep1	5796	0.004	0.0813	No
67	Mif	6110	-0.018	0.0564	No
68	Ampd3	6139	-0.020	0.0548	No
69	Pgm2	6142	-0.021	0.0552	No
70	Casp6	6422	-0.039	0.0337	No
71	Galk1	6516	-0.045	0.0275	No
72	Hk2	6651	-0.055	0.0182	No
73	Cxcr4	6686	-0.057	0.0171	No
74	B3galt6	6705	-0.058	0.0174	No
75	Ddit3	6729	-0.060	0.0172	No
76	Ilvbl	6805	-0.065	0.0130	No
77	Kif5a	6834	-0.067	0.0127	No
78	Ndrg1	6969	-0.075	0.0040	No
79	Ets1	7328	-0.099	-0.0221	No
80	P4ha1	7860	-0.135	-0.0612	No
81	Ugp2	7862	-0.135	-0.0574	No
82	Gcnt2	7927	-0.140	-0.0585	No
83	Pklr	8216	-0.161	-0.0771	No
84	Foxo3	8438	-0.178	-0.0898	No
85	Wsb1	8561	-0.187	-0.0943	No
86	Grhpr	8588	-0.190	-0.0908	No
87	Ids	8746	-0.200	-0.0977	No
88	Angptl4	8815	-0.205	-0.0973	No
89	Pgk1	8921	-0.213	-0.0996	No
90	Gaa	8987	-0.216	-0.0985	No
91	Slc37a4	9035	-0.221	-0.0959	No
92	Ero1a	9053	-0.222	-0.0908	No
93	Pgm1	9243	-0.236	-0.0992	No
94	Anxa2	9578	-0.265	-0.1186	No
95	Tpi1	9594	-0.266	-0.1120	No
96	Tpst2	9961	-0.297	-0.1330	No
97	Klhl24	10038	-0.303	-0.1303	No
98	Rora	10039	-0.303	-0.1215	No
99	Pnrc1	10245	-0.323	-0.1287	No
100	Glrx	10302	-0.327	-0.1237	No
101	Cavin1	10418	-0.339	-0.1231	No
102	Fam162a	10462	-0.343	-0.1165	No
103	Tgm2	10478	-0.345	-0.1076	No
104	Plin2	10554	-0.354	-0.1034	No
105	Pim1	10632	-0.364	-0.0990	No
106	Slc25a1	10666	-0.368	-0.0909	No
107	Bcl2	10705	-0.372	-0.0831	No
108	Gpc3	10867	-0.389	-0.0848	No
109	Tpd52	10914	-0.396	-0.0770	No
110	Bnip3l	10967	-0.403	-0.0694	No
111	Gys1	11062	-0.415	-0.0649	No
112	Pfkl	11087	-0.419	-0.0546	No
113	Scarb1	11380	-0.466	-0.0646	No
114	Plac8	11736	-0.542	-0.0776	No
115	Ier3	11784	-0.551	-0.0653	No
116	Slc2a1	11814	-0.561	-0.0513	No
117	Klf7	12014	-0.637	-0.0488	No
118	Cited2	12313	-0.830	-0.0487	No
119	Irs2	12343	-0.872	-0.0256	No
120	Pdk3	12423	-1.143	0.0015	No