Details for gene set HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA

Table: GSEA Results Summary

Dataset	HSC.HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group4.HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group4_repos
Phenotype	HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group4_repos
Upregulated in class	1
GeneSet	HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
Enrichment Score (ES)	0.30776104
Normalized Enrichment Score (NES)	1.2576212
Nominal p-value	0.10331384
FDR q-value	0.62858444
FWER p-Value	0.797

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Fosb	30	1.042	0.0262	Yes
2	Abca1	39	1.009	0.0534	Yes
3	Dusp4	173	0.768	0.0637	Yes
4	Mcl1	198	0.740	0.0821	Yes
5	Zfp36	286	0.679	0.0937	Yes
6	Nfkb1	336	0.658	0.1078	Yes
7	Birc3	481	0.599	0.1125	Yes
8	Trip10	549	0.579	0.1230	Yes
9	Ccnl1	571	0.571	0.1370	Yes
10	Gch1	577	0.569	0.1523	Yes
11	Klf4	653	0.550	0.1613	Yes
12	Trib1	746	0.531	0.1684	Yes
13	Socs3	985	0.485	0.1623	Yes
14	Klf2	1189	0.450	0.1581	Yes
15	Mxd1	1205	0.448	0.1692	Yes
16	Gadd45b	1398	0.423	0.1651	Yes
17	Plpp3	1426	0.420	0.1745	Yes
18	Dram1	1454	0.416	0.1837	Yes
19	Rel	1493	0.412	0.1920	Yes
20	Il18	1503	0.410	0.2025	Yes
21	Jag1	1587	0.399	0.2067	Yes
22	Gpr183	1796	0.376	0.2001	Yes
23	Tnip1	1855	0.370	0.2055	Yes
24	Nr4a1	1951	0.359	0.2076	Yes
25	Myc	2100	0.344	0.2050	Yes
26	Rigi	2112	0.343	0.2136	Yes
27	Btg1	2306	0.327	0.2068	Yes
28	Plaur	2389	0.319	0.2089	Yes
29	Clcf1	2502	0.309	0.2082	Yes
30	Bhlhe40	2506	0.308	0.2164	Yes
31	Map3k8	2611	0.297	0.2161	Yes
32	Ppp1r15a	2613	0.297	0.2242	Yes
33	Ier3	2645	0.295	0.2298	Yes
34	Rhob	2655	0.294	0.2372	Yes
35	Serpinb8	2719	0.290	0.2400	Yes
36	Btg3	2804	0.280	0.2408	Yes
37	Tlr2	2815	0.280	0.2477	Yes
38	Fos	2885	0.274	0.2496	Yes
39	Zc3h12a	2934	0.270	0.2531	Yes
40	Litaf	3010	0.263	0.2542	Yes
41	Pdlim5	3015	0.263	0.2612	Yes
42	Ier2	3023	0.262	0.2678	Yes
43	Jun	3026	0.262	0.2749	Yes
44	Il6st	3052	0.259	0.2799	Yes
45	Marcks	3074	0.257	0.2853	Yes
46	Dusp1	3077	0.256	0.2922	Yes
47	Ptpre	3102	0.255	0.2973	Yes
48	Lamb3	3168	0.249	0.2988	Yes
49	Nr4a2	3179	0.248	0.3048	Yes
50	Nampt	3227	0.246	0.3078	Yes
51	Fosl2	3407	0.231	0.2995	No
52	Ifih1	3504	0.222	0.2977	No
53	Kynu	3564	0.217	0.2989	No
54	Map2k3	3622	0.215	0.3002	No
55	Smad3	3827	0.196	0.2889	No
56	Yrdc	3835	0.196	0.2937	No
57	Fut4	4107	0.174	0.2763	No
58	Atp2b1	4132	0.173	0.2791	No
59	Rcan1	4391	0.152	0.2622	No
60	Hbegf	4418	0.151	0.2642	No
61	Ccnd1	4429	0.150	0.2676	No
62	Tgif1	4435	0.150	0.2713	No
63	Sat1	4521	0.143	0.2683	No
64	Cflar	4623	0.135	0.2637	No
65	Nfe2l2	4629	0.134	0.2670	No
66	B4galt5	4640	0.133	0.2698	No
67	Nfkb2	4641	0.133	0.2735	No
68	Pfkfb3	4712	0.126	0.2713	No
69	Pde4b	4757	0.124	0.2711	No
70	Klf6	4811	0.120	0.2700	No
71	Egr1	4835	0.119	0.2714	No
72	Bcl3	4880	0.116	0.2710	No
73	Snn	4941	0.113	0.2692	No
74	Ifit2	5060	0.108	0.2625	No
75	Dennd5a	5374	0.083	0.2392	No
76	Ehd1	5473	0.076	0.2333	No
77	Tnfaip2	5665	0.063	0.2194	No
78	Dusp2	5691	0.061	0.2190	No
79	Cebpd	5795	0.053	0.2121	No
80	Pnrc1	5873	0.048	0.2071	No
81	Slc2a3	6016	0.038	0.1966	No
82	Ifngr2	6020	0.038	0.1974	No
83	Junb	6079	0.034	0.1936	No
84	Eif1	6118	0.030	0.1913	No
85	Plek	6194	0.025	0.1858	No
86	Irs2	6431	0.007	0.1667	No
87	Slc16a6	6468	0.004	0.1639	No
88	Tank	6491	0.002	0.1621	No
89	Ier5	6558	0.000	0.1567	No
90	Plk2	6588	-0.001	0.1544	No
91	Gem	6847	-0.019	0.1338	No
92	Rela	7026	-0.031	0.1201	No
93	Dnajb4	7161	-0.042	0.1103	No
94	Ninj1	7226	-0.047	0.1064	No
95	Inhba	7376	-0.061	0.0959	No
96	Tnip2	7448	-0.066	0.0919	No
97	Maff	7504	-0.070	0.0893	No
98	Ldlr	7521	-0.071	0.0899	No
99	Zbtb10	7727	-0.087	0.0756	No
100	Icosl	7764	-0.090	0.0751	No
101	Klf10	7876	-0.098	0.0687	No
102	Pmepa1	8150	-0.117	0.0496	No
103	Nfkbia	8200	-0.122	0.0490	No
104	Per1	8254	-0.126	0.0481	No
105	Ptger4	8268	-0.128	0.0506	No
106	Bcl6	8397	-0.138	0.0439	No
107	Birc2	8405	-0.139	0.0471	No
108	Kdm6b	8449	-0.142	0.0475	No
109	Il15ra	8565	-0.152	0.0423	No
110	Irf1	8660	-0.159	0.0390	No
111	Ripk2	8799	-0.167	0.0323	No
112	Nfkbie	8804	-0.167	0.0366	No
113	Dusp5	8854	-0.172	0.0373	No
114	Nfat5	8865	-0.173	0.0413	No
115	Tiparp	9108	-0.193	0.0268	No
116	Efna1	9408	-0.220	0.0084	No
117	Sod2	9545	-0.231	0.0036	No
118	Ccrl2	9811	-0.258	-0.0109	No
119	Rnf19b	9843	-0.259	-0.0063	No
120	B4galt1	9923	-0.266	-0.0055	No
121	Tnfaip3	9927	-0.267	0.0016	No
122	Tsc22d1	10185	-0.289	-0.0114	No
123	Sqstm1	10820	-0.362	-0.0533	No
124	Gfpt2	10855	-0.368	-0.0459	No
125	Icam1	10973	-0.384	-0.0449	No
126	Panx1	11078	-0.398	-0.0425	No
127	Tnfaip8	11256	-0.421	-0.0454	No
128	Sdc4	11290	-0.426	-0.0363	No
129	Klf9	11354	-0.433	-0.0296	No
130	Csf1	11385	-0.438	-0.0200	No
131	Cd44	11459	-0.452	-0.0135	No
132	Stat5a	11564	-0.469	-0.0091	No
133	Tap1	11592	-0.475	0.0018	No
134	Ets2	11735	-0.508	0.0042	No
135	Traf1	11779	-0.518	0.0149	No
136	Relb	12028	-0.593	0.0110	No
137	Vegfa	12029	-0.594	0.0273	No