Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	HSC.HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group3.HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Phenotype	HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Upregulated in class	1
GeneSet	HALLMARK_HYPOXIA
Enrichment Score (ES)	0.25450188
Normalized Enrichment Score (NES)	1.1418252
Nominal p-value	0.234
FDR q-value	0.48372725
FWER p-Value	0.976

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Zfp36	28	1.031	0.0242	Yes
2	Ppargc1a	29	1.027	0.0507	Yes
3	Ilvbl	75	0.898	0.0701	Yes
4	Fos	134	0.795	0.0859	Yes
5	Pim1	191	0.746	0.1005	Yes
6	Jun	219	0.717	0.1167	Yes
7	Foxo3	256	0.695	0.1317	Yes
8	Bhlhe40	315	0.658	0.1439	Yes
9	Plin2	340	0.647	0.1586	Yes
10	Pnrc1	405	0.615	0.1692	Yes
11	Ppp1r15a	425	0.607	0.1833	Yes
12	Gpc1	515	0.575	0.1908	Yes
13	Ets1	812	0.496	0.1793	Yes
14	Btg1	821	0.494	0.1914	Yes
15	Wsb1	822	0.494	0.2041	Yes
16	Pfkl	1003	0.458	0.2012	Yes
17	Rora	1116	0.437	0.2033	Yes
18	Pdk3	1172	0.427	0.2098	Yes
19	Large1	1180	0.425	0.2202	Yes
20	Nr3c1	1273	0.413	0.2233	Yes
21	Hdlbp	1284	0.411	0.2331	Yes
22	Ndrg1	1299	0.408	0.2424	Yes
23	Klhl24	1485	0.386	0.2373	Yes
24	Galk1	1590	0.374	0.2384	Yes
25	Maff	1687	0.362	0.2398	Yes
26	Plaur	1908	0.339	0.2306	Yes
27	Dtna	2011	0.329	0.2307	Yes
28	Prkca	2082	0.321	0.2333	Yes
29	Hexa	2266	0.301	0.2261	Yes
30	Ak4	2410	0.283	0.2216	Yes
31	Tgfb3	2447	0.279	0.2259	Yes
32	Vhl	2456	0.278	0.2324	Yes
33	Slc2a3	2511	0.271	0.2349	Yes
34	Grhpr	2552	0.267	0.2385	Yes
35	Cavin1	2582	0.264	0.2430	Yes
36	Gbe1	2591	0.263	0.2491	Yes
37	Cdkn1c	2612	0.261	0.2542	Yes
38	Siah2	2756	0.248	0.2489	Yes
39	Ddit3	2806	0.244	0.2512	Yes
40	Kdm3a	2850	0.239	0.2538	Yes
41	Bgn	3017	0.223	0.2460	Yes
42	Tgfbi	3039	0.220	0.2499	Yes
43	Rbpj	3139	0.212	0.2473	Yes
44	Pgk1	3183	0.207	0.2491	Yes
45	Prdx5	3227	0.203	0.2508	Yes
46	Sdc2	3246	0.201	0.2545	Yes
47	Ankzf1	3457	0.184	0.2421	No
48	Mxi1	3478	0.182	0.2451	No
49	Dusp1	3506	0.179	0.2475	No
50	Chst2	3538	0.177	0.2495	No
51	Cited2	3550	0.177	0.2532	No
52	Klf6	3650	0.173	0.2495	No
53	Pygm	3777	0.161	0.2434	No
54	Plac8	3849	0.156	0.2416	No
55	Ugp2	3913	0.151	0.2403	No
56	Csrp2	3915	0.151	0.2441	No
57	Nagk	3968	0.147	0.2437	No
58	P4ha1	4050	0.141	0.2407	No
59	Tpi1	4241	0.125	0.2284	No
60	Pdk1	4294	0.121	0.2273	No
61	Eno3	4478	0.110	0.2151	No
62	Fam162a	4696	0.096	0.1999	No
63	Gcnt2	4737	0.092	0.1990	No
64	Cdkn1b	4739	0.092	0.2012	No
65	Fosl2	4767	0.089	0.2013	No
66	Ddit4	4785	0.088	0.2022	No
67	Pgm1	5177	0.059	0.1718	No
68	Anxa2	5248	0.054	0.1674	No
69	Irs2	5536	0.033	0.1448	No
70	Tes	5659	0.024	0.1355	No
71	Hk1	5672	0.023	0.1351	No
72	Vldlr	5681	0.023	0.1350	No
73	Aldoa	5710	0.021	0.1333	No
74	Lxn	5788	0.016	0.1274	No
75	Tgm2	5908	0.009	0.1179	No
76	Inha	6030	0.000	0.1080	No
77	Bnip3l	6158	-0.005	0.0977	No
78	Cxcr4	6464	-0.026	0.0735	No
79	Ier3	6474	-0.027	0.0734	No
80	Atp7a	6511	-0.030	0.0712	No
81	Gpi1	6566	-0.034	0.0677	No
82	Casp6	6701	-0.044	0.0579	No
83	Ext1	7119	-0.073	0.0257	No
84	Sap30	7346	-0.093	0.0096	No
85	Noct	7377	-0.095	0.0096	No
86	Map3k1	7447	-0.100	0.0065	No
87	Ampd3	7694	-0.120	-0.0105	No
88	Efna1	8028	-0.146	-0.0340	No
89	Aldoc	8062	-0.149	-0.0329	No
90	Pfkfb3	8139	-0.154	-0.0351	No
91	Myh9	8165	-0.156	-0.0331	No
92	Tpst2	8279	-0.166	-0.0381	No
93	Ldha	8313	-0.168	-0.0365	No
94	Eno2	8328	-0.169	-0.0333	No
95	Slc6a6	8426	-0.177	-0.0367	No
96	Hs3st1	8466	-0.180	-0.0352	No
97	Gaa	8606	-0.191	-0.0417	No
98	Mif	8739	-0.198	-0.0474	No
99	Jmjd6	8761	-0.200	-0.0439	No
100	Tiparp	8763	-0.200	-0.0389	No
101	Isg20	9083	-0.226	-0.0591	No
102	Sdc3	9139	-0.230	-0.0577	No
103	Zfp292	9185	-0.234	-0.0554	No
104	Klf7	9207	-0.236	-0.0510	No
105	Hk2	9269	-0.241	-0.0498	No
106	Vegfa	9324	-0.245	-0.0479	No
107	Kif5a	9378	-0.248	-0.0458	No
108	Hspa5	9645	-0.272	-0.0606	No
109	Tnfaip3	9668	-0.274	-0.0553	No
110	Phkg1	9687	-0.276	-0.0497	No
111	Sult2b1	9795	-0.286	-0.0511	No
112	Pdgfb	9863	-0.292	-0.0491	No
113	Hoxb9	9937	-0.297	-0.0474	No
114	Ero1a	10134	-0.313	-0.0554	No
115	Pfkp	10146	-0.314	-0.0482	No
116	Ccng2	10156	-0.315	-0.0408	No
117	Pgm2	10259	-0.323	-0.0409	No
118	Gpc3	10282	-0.325	-0.0343	No
119	Pklr	10315	-0.328	-0.0285	No
120	Gys1	10547	-0.353	-0.0383	No
121	Xpnpep1	10549	-0.353	-0.0293	No
122	Mt1	10615	-0.361	-0.0253	No
123	Ids	10859	-0.394	-0.0350	No
124	Nedd4l	10921	-0.403	-0.0296	No
125	Tpd52	10929	-0.404	-0.0198	No
126	Pam	11064	-0.423	-0.0199	No
127	Glrx	11097	-0.428	-0.0115	No
128	Sdc4	11242	-0.450	-0.0117	No
129	Slc25a1	11251	-0.450	-0.0007	No
130	Ndst2	11332	-0.462	0.0046	No
131	Slc2a1	11452	-0.485	0.0074	No
132	Ndst1	11455	-0.485	0.0197	No
133	Bcl2	11991	-0.638	-0.0076	No
134	Scarb1	12136	-0.710	-0.0011	No
135	Selenbp1	12210	-0.762	0.0125	No