Details for gene set HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL

Table: GSEA Results Summary

Dataset	HSC.HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group3.HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Phenotype	HSC_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Upregulated in class	1
GeneSet	HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
Enrichment Score (ES)	0.3022595
Normalized Enrichment Score (NES)	1.2160008
Nominal p-value	0.14343435
FDR q-value	0.3335893
FWER p-Value	0.917

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Jun	219	0.717	0.0173	Yes
2	Itgav	245	0.702	0.0496	Yes
3	Fap	277	0.686	0.0806	Yes
4	Sat1	292	0.672	0.1124	Yes
5	Rhob	306	0.661	0.1437	Yes
6	Calu	330	0.650	0.1736	Yes
7	Gpc1	515	0.575	0.1868	Yes
8	Itgb3	560	0.561	0.2106	Yes
9	Fas	732	0.512	0.2217	Yes
10	Wipf1	773	0.504	0.2431	Yes
11	Cadm1	1031	0.452	0.2443	Yes
12	Dst	1075	0.445	0.2626	Yes
13	Fbn1	1262	0.415	0.2677	Yes
14	Vegfc	1287	0.410	0.2859	Yes
15	Capg	1474	0.388	0.2897	Yes
16	Tpm1	1833	0.348	0.2776	Yes
17	Plaur	1908	0.339	0.2881	Yes
18	Abi3bp	1937	0.335	0.3023	Yes
19	Magee1	2170	0.310	0.2985	No
20	Emp3	2457	0.278	0.2889	No
21	Bgn	3017	0.223	0.2542	No
22	Il15	3037	0.221	0.2635	No
23	Tgfbi	3039	0.220	0.2742	No
24	Fermt2	3107	0.215	0.2792	No
25	Anpep	3196	0.206	0.2822	No
26	Cap2	3437	0.185	0.2717	No
27	Ecm2	3564	0.176	0.2700	No
28	Serpinh1	3580	0.175	0.2773	No
29	Pmepa1	3807	0.159	0.2667	No
30	Notch2	3895	0.152	0.2671	No
31	Inhba	3930	0.150	0.2716	No
32	Fstl1	3992	0.145	0.2738	No
33	Tpm2	4097	0.137	0.2720	No
34	Plod3	4167	0.131	0.2728	No
35	Plod2	4296	0.121	0.2683	No
36	Col4a2	4359	0.116	0.2690	No
37	Slit2	4403	0.113	0.2710	No
38	Mcm7	4404	0.113	0.2765	No
39	Tgfbr3	4755	0.090	0.2524	No
40	Flna	4904	0.079	0.2443	No
41	Mmp14	4916	0.078	0.2472	No
42	Itgb1	5000	0.072	0.2440	No
43	Ppib	5114	0.063	0.2379	No
44	Bmp1	5190	0.059	0.2346	No
45	Thbs1	5363	0.045	0.2228	No
46	Fzd8	5386	0.044	0.2232	No
47	Lamc1	5775	0.017	0.1924	No
48	Qsox1	5896	0.009	0.1831	No
49	Tgm2	5908	0.009	0.1826	No
50	Colgalt1	5974	0.004	0.1775	No
51	Lrp1	6141	-0.004	0.1642	No
52	Cd44	6228	-0.010	0.1577	No
53	Col16a1	6281	-0.013	0.1541	No
54	Igfbp4	6361	-0.019	0.1486	No
55	Mylk	6484	-0.028	0.1400	No
56	Tgfb1	6512	-0.030	0.1393	No
57	Lgals1	6742	-0.047	0.1229	No
58	Sgcb	6930	-0.060	0.1106	No
59	Itga5	6986	-0.064	0.1093	No
60	Col4a1	7086	-0.071	0.1047	No
61	Gem	7306	-0.089	0.0912	No
62	Vim	7500	-0.105	0.0806	No
63	Gadd45b	7747	-0.124	0.0667	No
64	Itga2	7865	-0.132	0.0636	No
65	Copa	8106	-0.152	0.0515	No
66	Glipr1	8193	-0.158	0.0522	No
67	Gja1	8315	-0.168	0.0506	No
68	Eno2	8328	-0.169	0.0579	No
69	Basp1	8527	-0.184	0.0508	No
70	Pdgfrb	8896	-0.210	0.0311	No
71	Ecm1	9266	-0.241	0.0128	No
72	Mmp2	9284	-0.242	0.0233	No
73	Vegfa	9324	-0.245	0.0321	No
74	Sfrp1	9349	-0.245	0.0421	No
75	Sntb1	9392	-0.250	0.0509	No
76	P3h1	9565	-0.266	0.0499	No
77	Tnfaip3	9668	-0.274	0.0550	No
78	Vcan	9780	-0.285	0.0599	No
79	Pvr	9976	-0.298	0.0586	No
80	Plod1	10277	-0.325	0.0501	No
81	Lama3	10323	-0.329	0.0625	No
82	Tpm4	10459	-0.343	0.0683	No
83	Timp3	10570	-0.356	0.0767	No
84	Col1a2	11114	-0.430	0.0536	No
85	Sdc4	11242	-0.450	0.0652	No
86	Fuca1	11675	-0.531	0.0560	No