Details for gene set HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA

Table: GSEA Results Summary

Dataset	GMP.GMP.neu_Pheno.cls #Group3_versus_Group4.GMP.neu_Pheno.cls #Group3_versus_Group4_repos
Phenotype	GMP.neu_Pheno.cls#Group3_versus_Group4_repos
Upregulated in class	2
GeneSet	HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
Enrichment Score (ES)	0.26591417
Normalized Enrichment Score (NES)	1.1527119
Nominal p-value	0.20930232
FDR q-value	0.75618327
FWER p-Value	0.927

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Tnfaip3	67	0.917	0.0175	Yes
2	F3	129	0.804	0.0327	Yes
3	Marcks	203	0.745	0.0460	Yes
4	Ccnd1	220	0.724	0.0617	Yes
5	Il7r	503	0.608	0.0613	Yes
6	Spsb1	535	0.598	0.0733	Yes
7	F2rl1	536	0.598	0.0869	Yes
8	Ldlr	547	0.595	0.1000	Yes
9	Egr2	581	0.586	0.1116	Yes
10	Ets2	628	0.575	0.1224	Yes
11	Tnfaip6	711	0.556	0.1309	Yes
12	Nr4a2	821	0.537	0.1377	Yes
13	Tlr2	880	0.527	0.1467	Yes
14	Rhob	1055	0.494	0.1492	Yes
15	Nfkbia	1093	0.491	0.1585	Yes
16	Gch1	1173	0.482	0.1655	Yes
17	Litaf	1225	0.474	0.1737	Yes
18	Gadd45b	1442	0.447	0.1730	Yes
19	Dusp4	1548	0.435	0.1776	Yes
20	Id2	1794	0.413	0.1746	Yes
21	Yrdc	1973	0.396	0.1747	Yes
22	Pde4b	1995	0.394	0.1826	Yes
23	Gpr183	2027	0.391	0.1899	Yes
24	Ccrl2	2059	0.387	0.1972	Yes
25	Plau	2066	0.386	0.2057	Yes
26	Zfp36	2112	0.380	0.2120	Yes
27	Ehd1	2159	0.374	0.2182	Yes
28	Traf1	2188	0.373	0.2253	Yes
29	Tnf	2304	0.365	0.2278	Yes
30	Relb	2438	0.357	0.2292	Yes
31	Jag1	2501	0.352	0.2341	Yes
32	Bhlhe40	2612	0.345	0.2364	Yes
33	Irf1	2736	0.336	0.2379	Yes
34	G0s2	2758	0.334	0.2444	Yes
35	Fos	2798	0.330	0.2499	Yes
36	Dusp2	2996	0.318	0.2472	Yes
37	Nfe2l2	3022	0.315	0.2532	Yes
38	Olr1	3076	0.313	0.2576	Yes
39	Cebpd	3256	0.304	0.2555	Yes
40	Serpinb2	3382	0.294	0.2559	Yes
41	Gfpt2	3402	0.293	0.2616	Yes
42	Btg2	3450	0.292	0.2659	Yes
43	Myc	3693	0.275	0.2600	No
44	Gem	3889	0.260	0.2561	No
45	Zc3h12a	3978	0.255	0.2575	No
46	Sod2	4310	0.238	0.2462	No
47	Bcl6	4451	0.229	0.2444	No
48	Nfkbie	4548	0.228	0.2448	No
49	Birc2	4726	0.220	0.2408	No
50	Klf10	4793	0.215	0.2424	No
51	Il18	4907	0.210	0.2415	No
52	Tnip1	5268	0.192	0.2277	No
53	Ier5	5307	0.190	0.2302	No
54	Klf6	5359	0.188	0.2319	No
55	Klf4	5415	0.184	0.2333	No
56	Clcf1	5560	0.181	0.2302	No
57	Cebpb	5581	0.180	0.2333	No
58	Rel	5647	0.177	0.2340	No
59	Plpp3	5742	0.171	0.2332	No
60	Sgk1	5848	0.167	0.2317	No
61	Fjx1	5904	0.165	0.2327	No
62	Phlda1	5923	0.164	0.2355	No
63	Mcl1	5981	0.162	0.2363	No
64	Nfil3	6459	0.139	0.2154	No
65	Plaur	6651	0.129	0.2088	No
66	Vegfa	6806	0.123	0.2038	No
67	Kdm6b	7121	0.119	0.1907	No
68	Nr4a1	7209	0.115	0.1889	No
69	Tiparp	7273	0.111	0.1883	No
70	Rnf19b	7547	0.101	0.1768	No
71	Ppp1r15a	7835	0.090	0.1644	No
72	Tap1	7843	0.089	0.1661	No
73	B4galt1	7896	0.088	0.1655	No
74	Cd69	7938	0.086	0.1654	No
75	Icosl	8007	0.083	0.1638	No
76	Per1	8057	0.081	0.1632	No
77	Btg3	8174	0.077	0.1591	No
78	Cflar	8188	0.076	0.1602	No
79	Atp2b1	8270	0.073	0.1578	No
80	Slc16a6	8336	0.070	0.1561	No
81	Pnrc1	8551	0.061	0.1467	No
82	Plek	8589	0.060	0.1462	No
83	Nampt	8605	0.059	0.1468	No
84	Dennd5a	8647	0.057	0.1461	No
85	Sqstm1	8668	0.057	0.1463	No
86	Birc3	8751	0.053	0.1434	No
87	Lamb3	8848	0.050	0.1397	No
88	Jun	8945	0.046	0.1359	No
89	Map2k3	9125	0.039	0.1278	No
90	Slc2a3	9815	0.015	0.0935	No
91	Tnip2	10183	0.002	0.0750	No
92	Il6st	10520	-0.003	0.0582	No
93	Ier2	10557	-0.004	0.0564	No
94	B4galt5	10711	-0.009	0.0489	No
95	Bcl3	11019	-0.020	0.0339	No
96	Inhba	11184	-0.025	0.0262	No
97	Slc2a6	11248	-0.027	0.0237	No
98	Junb	11249	-0.027	0.0243	No
99	Eif1	11426	-0.034	0.0162	No
100	Ptpre	11477	-0.035	0.0145	No
101	Cd80	11530	-0.037	0.0127	No
102	Zbtb10	11616	-0.040	0.0094	No
103	Rcan1	11622	-0.040	0.0100	No
104	Trip10	11648	-0.041	0.0097	No
105	Trib1	11702	-0.043	0.0080	No
106	Ptger4	12076	-0.055	-0.0095	No
107	Nfkb2	12217	-0.060	-0.0152	No
108	Ninj1	12328	-0.064	-0.0193	No
109	Tsc22d1	12595	-0.073	-0.0310	No
110	Pdlim5	12731	-0.079	-0.0360	No
111	Hbegf	12734	-0.079	-0.0343	No
112	Snn	12764	-0.080	-0.0340	No
113	Ripk2	12775	-0.080	-0.0326	No
114	Pfkfb3	12989	-0.088	-0.0414	No
115	Ifngr2	13038	-0.090	-0.0418	No
116	Nfkb1	13161	-0.094	-0.0458	No
117	Ccnl1	13170	-0.094	-0.0440	No
118	Klf9	13370	-0.101	-0.0517	No
119	Dusp5	13481	-0.105	-0.0549	No
120	Cd44	13524	-0.107	-0.0546	No
121	Il15ra	13684	-0.113	-0.0600	No
122	Tubb2a	14074	-0.128	-0.0767	No
123	Smad3	14353	-0.140	-0.0875	No
124	Panx1	14400	-0.141	-0.0866	No
125	Tank	14554	-0.147	-0.0910	No
126	Irs2	14636	-0.150	-0.0916	No
127	Maff	14775	-0.156	-0.0950	No
128	Stat5a	14978	-0.166	-0.1014	No
129	Rela	15053	-0.169	-0.1013	No
130	Ifit2	15153	-0.172	-0.1024	No
131	Ier3	15206	-0.175	-0.1010	No
132	Serpinb8	15269	-0.178	-0.1001	No
133	Dusp1	15524	-0.185	-0.1087	No
134	Fut4	15666	-0.192	-0.1114	No
135	Kynu	15685	-0.193	-0.1080	No
136	Nfat5	16036	-0.211	-0.1208	No
137	Mxd1	16146	-0.213	-0.1214	No
138	Tnfaip2	16195	-0.216	-0.1189	No
139	Egr1	16393	-0.227	-0.1237	No
140	Fosl2	16573	-0.237	-0.1273	No
141	Icam1	16597	-0.238	-0.1231	No
142	Gadd45a	16675	-0.243	-0.1214	No
143	Tnfaip8	16979	-0.262	-0.1307	No
144	Klf2	17414	-0.283	-0.1461	No
145	Tnfsf9	17541	-0.292	-0.1458	No
146	Sat1	17793	-0.310	-0.1514	No
147	Tnc	17866	-0.316	-0.1479	No
148	Cxcl10	17887	-0.316	-0.1417	No
149	Rigi	18019	-0.325	-0.1409	No
150	Tnfrsf9	18039	-0.327	-0.1344	No
151	Plk2	18209	-0.337	-0.1352	No
152	Map3k8	18356	-0.349	-0.1347	No
153	Dram1	18553	-0.368	-0.1362	No
154	Socs3	18623	-0.375	-0.1311	No
155	Fosb	18812	-0.400	-0.1315	No
156	Sphk1	18909	-0.411	-0.1270	No
157	Bcl2a1d	18980	-0.419	-0.1209	No
158	Atf3	19027	-0.424	-0.1136	No
159	Fosl1	19277	-0.460	-0.1157	No
160	Tgif1	19292	-0.463	-0.1058	No
161	Cdkn1a	19498	-0.508	-0.1046	No
162	Pmepa1	19595	-0.535	-0.0973	No
163	Nr4a3	19624	-0.544	-0.0863	No
164	Ptgs2	19663	-0.558	-0.0755	No
165	Btg1	19684	-0.564	-0.0637	No
166	Ifih1	19688	-0.566	-0.0509	No
167	Dnajb4	19720	-0.576	-0.0394	No
168	Csf1	20004	-0.905	-0.0331	No
169	Abca1	20024	-1.500	0.0001	No