Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	GMP.GMP.neu_Pheno.cls #Group3_versus_Group4.GMP.neu_Pheno.cls #Group3_versus_Group4_repos
Phenotype	GMP.neu_Pheno.cls#Group3_versus_Group4_repos
Upregulated in class	2
GeneSet	HALLMARK_HYPOXIA
Enrichment Score (ES)	0.25598404
Normalized Enrichment Score (NES)	1.1251258
Nominal p-value	0.26422763
FDR q-value	0.6592321
FWER p-Value	0.949

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Tnfaip3	67	0.917	0.0223	Yes
2	F3	129	0.804	0.0418	Yes
3	Ppfia4	152	0.787	0.0627	Yes
4	Kif5a	321	0.680	0.0733	Yes
5	Ets1	455	0.624	0.0841	Yes
6	Sult2b1	524	0.601	0.0975	Yes
7	Prdx5	847	0.530	0.0962	Yes
8	Eno2	1003	0.502	0.1024	Yes
9	Stc2	1078	0.492	0.1125	Yes
10	Eno1b	1276	0.465	0.1156	Yes
11	Bgn	1337	0.457	0.1254	Yes
12	Fbp1	1412	0.450	0.1343	Yes
13	Adora2b	1560	0.434	0.1390	Yes
14	Tmem45a	1561	0.434	0.1512	Yes
15	Grhpr	1676	0.425	0.1574	Yes
16	Aldoa	1805	0.411	0.1625	Yes
17	Zfp36	2112	0.380	0.1577	Yes
18	B3galt6	2150	0.376	0.1664	Yes
19	Kdelr3	2301	0.365	0.1691	Yes
20	Vldlr	2315	0.364	0.1786	Yes
21	Slc2a5	2337	0.361	0.1877	Yes
22	Gapdhs	2467	0.355	0.1911	Yes
23	Slc37a4	2541	0.348	0.1972	Yes
24	Bhlhe40	2612	0.345	0.2033	Yes
25	Gpi1	2626	0.343	0.2123	Yes
26	Gys1	2662	0.340	0.2200	Yes
27	Dtna	2754	0.334	0.2248	Yes
28	Scarb1	2792	0.331	0.2322	Yes
29	Fos	2798	0.330	0.2412	Yes
30	Glrx	2893	0.321	0.2455	Yes
31	Xpnpep1	3086	0.312	0.2445	Yes
32	Csrp2	3550	0.285	0.2292	Yes
33	Lxn	3553	0.285	0.2371	Yes
34	Atp7a	3582	0.283	0.2436	Yes
35	Ilvbl	3706	0.275	0.2451	Yes
36	Hk2	3772	0.269	0.2494	Yes
37	Pdk1	4148	0.248	0.2375	Yes
38	Pgk1	4201	0.245	0.2417	Yes
39	Myh9	4248	0.242	0.2462	Yes
40	Pfkl	4258	0.242	0.2525	Yes
41	Klf7	4331	0.236	0.2555	Yes
42	Gpc1	4550	0.228	0.2509	Yes
43	Ampd3	4640	0.225	0.2527	Yes
44	Mxi1	4812	0.215	0.2501	Yes
45	Anxa2	4895	0.210	0.2519	Yes
46	Bcl2	5101	0.200	0.2472	Yes
47	Hk1	5111	0.200	0.2523	Yes
48	Angptl4	5270	0.192	0.2498	Yes
49	Pam	5309	0.190	0.2532	Yes
50	Klf6	5359	0.188	0.2560	Yes
51	Ddit4	5693	0.174	0.2441	No
52	Nagk	5780	0.170	0.2445	No
53	Ugp2	5999	0.161	0.2381	No
54	Kdm3a	6189	0.151	0.2328	No
55	Hs3st1	6355	0.143	0.2285	No
56	Rbpj	6404	0.142	0.2300	No
57	Nfil3	6459	0.139	0.2312	No
58	Pgm1	6603	0.132	0.2277	No
59	Plaur	6651	0.129	0.2290	No
60	Vhl	6766	0.124	0.2267	No
61	Vegfa	6806	0.123	0.2282	No
62	Chst3	6993	0.119	0.2222	No
63	Ccng2	7235	0.113	0.2132	No
64	Tiparp	7273	0.111	0.2145	No
65	Siah2	7445	0.105	0.2088	No
66	Hexa	7546	0.101	0.2066	No
67	Casp6	7600	0.099	0.2067	No
68	Isg20	7667	0.097	0.2061	No
69	Aldoc	7695	0.095	0.2075	No
70	Nr3c1	7784	0.092	0.2056	No
71	Ppp1r15a	7835	0.090	0.2056	No
72	Ext1	8051	0.081	0.1970	No
73	Pgam2	8122	0.078	0.1957	No
74	Cav1	8171	0.077	0.1954	No
75	Pnrc1	8551	0.061	0.1781	No
76	Slc6a6	8562	0.061	0.1793	No
77	Ak4	8681	0.056	0.1749	No
78	Slc2a1	8748	0.053	0.1731	No
79	Slc25a1	8798	0.051	0.1721	No
80	Ldhc	8841	0.050	0.1714	No
81	Jun	8945	0.046	0.1675	No
82	Fam162a	8957	0.046	0.1682	No
83	Ldha	8969	0.045	0.1689	No
84	Gbe1	9070	0.041	0.1650	No
85	Pklr	9079	0.041	0.1658	No
86	B4galnt2	9097	0.040	0.1660	No
87	S100a4	9208	0.036	0.1615	No
88	Tpst2	9560	0.024	0.1445	No
89	Map3k1	9581	0.023	0.1442	No
90	Slc2a3	9815	0.015	0.1328	No
91	Akap12	9879	0.013	0.1300	No
92	Egfr	10256	0.000	0.1111	No
93	Tgfb3	10264	0.000	0.1108	No
94	Ppargc1a	10285	0.000	0.1098	No
95	Sdc2	10444	-0.001	0.1018	No
96	Cp	10481	-0.002	0.1000	No
97	Plac8	10503	-0.002	0.0991	No
98	Ero1a	10594	-0.005	0.0947	No
99	Cited2	10719	-0.009	0.0887	No
100	Galk1	10727	-0.009	0.0886	No
101	Nedd4l	10874	-0.015	0.0817	No
102	Hspa5	10997	-0.019	0.0761	No
103	Foxo3	11016	-0.020	0.0757	No
104	Hdlbp	11282	-0.029	0.0632	No
105	Errfi1	11371	-0.032	0.0596	No
106	Tpi1	11424	-0.034	0.0580	No
107	Wsb1	11652	-0.041	0.0477	No
108	Selenbp1	11961	-0.052	0.0337	No
109	Mt1	12130	-0.057	0.0268	No
110	Gaa	12266	-0.062	0.0217	No
111	Ankzf1	12325	-0.064	0.0206	No
112	Ndst1	12346	-0.064	0.0214	No
113	Eno3	12368	-0.065	0.0222	No
114	Bnip3l	12573	-0.073	0.0139	No
115	Sdc3	12724	-0.079	0.0086	No
116	Gpc3	12936	-0.086	0.0004	No
117	Cavin1	12967	-0.087	0.0013	No
118	Pfkfb3	12989	-0.088	0.0027	No
119	Pfkp	13118	-0.092	-0.0012	No
120	Plin2	13537	-0.107	-0.0192	No
121	Prkca	13716	-0.114	-0.0250	No
122	Dcn	13823	-0.118	-0.0270	No
123	Tpd52	14151	-0.132	-0.0398	No
124	P4ha1	14168	-0.132	-0.0369	No
125	Ids	14275	-0.137	-0.0384	No
126	Irs2	14636	-0.150	-0.0523	No
127	Ddit3	14640	-0.151	-0.0482	No
128	Gpc4	14740	-0.155	-0.0489	No
129	Maff	14775	-0.156	-0.0462	No
130	Zfp292	14840	-0.159	-0.0450	No
131	Cxcr4	14994	-0.167	-0.0480	No
132	Ier3	15206	-0.175	-0.0537	No
133	Noct	15221	-0.176	-0.0495	No
134	Pdk3	15231	-0.176	-0.0450	No
135	Cdkn1c	15364	-0.182	-0.0466	No
136	Dusp1	15524	-0.185	-0.0494	No
137	Ndrg1	15680	-0.192	-0.0518	No
138	Klhl24	16229	-0.218	-0.0733	No
139	Tgm2	16262	-0.219	-0.0688	No
140	Mif	16263	-0.219	-0.0626	No
141	Pygm	16358	-0.225	-0.0611	No
142	Fosl2	16573	-0.237	-0.0652	No
143	Gcnt2	16715	-0.245	-0.0654	No
144	Rragd	17197	-0.272	-0.0820	No
145	Car12	17308	-0.277	-0.0798	No
146	Cdkn1b	17463	-0.287	-0.0795	No
147	Jmjd6	17806	-0.311	-0.0880	No
148	Hmox1	18169	-0.335	-0.0969	No
149	Sap30	18493	-0.363	-0.1029	No
150	Col5a1	18645	-0.377	-0.1000	No
151	Pim1	18716	-0.388	-0.0926	No
152	Large1	18743	-0.392	-0.0830	No
153	Ndst2	18926	-0.414	-0.0805	No
154	Atf3	19027	-0.424	-0.0737	No
155	Tes	19035	-0.425	-0.0621	No
156	Phkg1	19228	-0.455	-0.0591	No
157	Pgm2	19335	-0.470	-0.0512	No
158	Cdkn1a	19498	-0.508	-0.0451	No
159	Btg1	19684	-0.564	-0.0387	No
160	Rora	19708	-0.573	-0.0238	No
161	Pdgfb	19856	-0.654	-0.0128	No
162	Tgfbi	19952	-0.761	0.0037	No