Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	GMP.GMP.neu_Pheno.cls #Group3_versus_Group4.GMP.neu_Pheno.cls #Group3_versus_Group4_repos
Phenotype	GMP.neu_Pheno.cls#Group3_versus_Group4_repos
Upregulated in class	2
GeneSet	HALLMARK_APOPTOSIS
Enrichment Score (ES)	0.27770993
Normalized Enrichment Score (NES)	1.3188864
Nominal p-value	0.045816734
FDR q-value	1.0
FWER p-Value	0.748

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Tnfrsf12a	16	1.064	0.0333	Yes
2	Gsn	27	1.038	0.0661	Yes
3	Ccnd1	220	0.724	0.0796	Yes
4	Mmp2	431	0.635	0.0894	Yes
5	Fas	622	0.577	0.0983	Yes
6	Cdc25b	809	0.539	0.1062	Yes
7	Bcl2l1	845	0.531	0.1215	Yes
8	Eno2	1003	0.502	0.1297	Yes
9	Rhob	1055	0.494	0.1430	Yes
10	Mgmt	1076	0.492	0.1577	Yes
11	Sc5d	1101	0.488	0.1722	Yes
12	Gch1	1173	0.482	0.1841	Yes
13	Smad7	1307	0.460	0.1921	Yes
14	Timp2	1330	0.457	0.2057	Yes
15	Bgn	1337	0.457	0.2200	Yes
16	Gadd45b	1442	0.447	0.2291	Yes
17	Gpx3	1636	0.430	0.2332	Yes
18	Pmaip1	1824	0.410	0.2369	Yes
19	Lgals3	2163	0.374	0.2319	Yes
20	Tnf	2304	0.365	0.2365	Yes
21	Cth	2336	0.361	0.2465	Yes
22	Timp3	2444	0.356	0.2526	Yes
23	Ccnd2	2531	0.349	0.2594	Yes
24	Txnip	2672	0.339	0.2632	Yes
25	Irf1	2736	0.336	0.2708	Yes
26	Tgfb2	2810	0.329	0.2777	Yes
27	Ptk2	3135	0.309	0.2713	No
28	Btg2	3450	0.292	0.2649	No
29	Pak1	3787	0.268	0.2566	No
30	Bid	3880	0.261	0.2603	No
31	Gpx1	4209	0.244	0.2517	No
32	F2r	4254	0.242	0.2572	No
33	Ifngr1	4270	0.241	0.2642	No
34	Sod2	4310	0.238	0.2698	No
35	Il18	4907	0.210	0.2466	No
36	Sptan1	5182	0.196	0.2391	No
37	Pdgfrb	5510	0.184	0.2285	No
38	Gsr	5715	0.173	0.2238	No
39	App	5775	0.170	0.2263	No
40	Mcl1	5981	0.162	0.2212	No
41	Casp9	6087	0.156	0.2209	No
42	Pdcd4	6104	0.156	0.2251	No
43	Add1	6179	0.152	0.2262	No
44	Etf1	6797	0.124	0.1992	No
45	Gna15	7439	0.105	0.1703	No
46	Casp6	7600	0.099	0.1655	No
47	Isg20	7667	0.097	0.1652	No
48	Tap1	7843	0.089	0.1593	No
49	Casp4	7921	0.086	0.1582	No
50	Lmna	7922	0.086	0.1610	No
51	Cd69	7938	0.086	0.1630	No
52	Casp7	8107	0.079	0.1571	No
53	Cav1	8171	0.077	0.1564	No
54	Btg3	8174	0.077	0.1587	No
55	Cflar	8188	0.076	0.1605	No
56	Anxa1	8247	0.074	0.1599	No
57	Plcb2	8300	0.072	0.1596	No
58	Psen1	8424	0.067	0.1556	No
59	Nedd9	8518	0.063	0.1529	No
60	Ank	8533	0.062	0.1542	No
61	Psen2	8632	0.058	0.1511	No
62	Top2a	8660	0.057	0.1516	No
63	Madd	8667	0.057	0.1531	No
64	Sqstm1	8668	0.057	0.1549	No
65	Birc3	8751	0.053	0.1525	No
66	Jun	8945	0.046	0.1443	No
67	Igf2r	9071	0.041	0.1393	No
68	Vdac2	9181	0.036	0.1350	No
69	Fdxr	9339	0.032	0.1281	No
70	Rock1	9340	0.032	0.1291	No
71	H1f0	9550	0.025	0.1194	No
72	Casp2	9670	0.020	0.1141	No
73	Tgfbr3	9700	0.019	0.1132	No
74	Dffa	9747	0.018	0.1115	No
75	Hmgb2	9961	0.010	0.1011	No
76	Cd14	10026	0.008	0.0982	No
77	Bcl2l11	10160	0.003	0.0916	No
78	Satb1	10583	-0.005	0.0705	No
79	Bcl2l2	10760	-0.011	0.0620	No
80	Dap	10792	-0.012	0.0608	No
81	Bmf	10823	-0.013	0.0597	No
82	Casp8	11190	-0.025	0.0421	No
83	Nefh	11229	-0.027	0.0411	No
84	Retsat	11286	-0.029	0.0392	No
85	Xiap	11337	-0.031	0.0377	No
86	Bax	12054	-0.054	0.0034	No
87	Diablo	12159	-0.058	0.0000	No
88	Ebp	12395	-0.066	-0.0096	No
89	Ppp2r5b	12508	-0.071	-0.0130	No
90	Bnip3l	12573	-0.073	-0.0139	No
91	Ppp3r1	12680	-0.077	-0.0168	No
92	Rnasel	12684	-0.077	-0.0145	No
93	Wee1	12923	-0.086	-0.0237	No
94	Dnm1l	12954	-0.087	-0.0224	No
95	Erbb3	13090	-0.091	-0.0263	No
96	Cyld	13092	-0.091	-0.0234	No
97	Cd44	13524	-0.107	-0.0417	No
98	Dcn	13823	-0.118	-0.0529	No
99	Sod1	13877	-0.120	-0.0517	No
100	Crebbp	13890	-0.120	-0.0484	No
101	Pea15a	14083	-0.129	-0.0540	No
102	Rara	14164	-0.132	-0.0537	No
103	Ppt1	14464	-0.144	-0.0642	No
104	Dpyd	14616	-0.150	-0.0670	No
105	Ddit3	14640	-0.151	-0.0633	No
106	Krt18	14888	-0.162	-0.0705	No
107	Rela	15053	-0.169	-0.0734	No
108	Brca1	15149	-0.172	-0.0726	No
109	Ier3	15206	-0.175	-0.0699	No
110	Cdk2	15478	-0.183	-0.0776	No
111	Dnaja1	15485	-0.184	-0.0720	No
112	Bcl10	15658	-0.191	-0.0745	No
113	Casp3	16125	-0.212	-0.0912	No
114	Ctnnb1	16330	-0.223	-0.0943	No
115	Gadd45a	16675	-0.243	-0.1038	No
116	Dap3	16714	-0.245	-0.0979	No
117	Gpx4	16880	-0.255	-0.0980	No
118	Cd38	16928	-0.258	-0.0921	No
119	Casp1	16957	-0.260	-0.0852	No
120	Tnfsf10	17305	-0.277	-0.0937	No
121	Cdkn1b	17463	-0.287	-0.0924	No
122	Gstm2	17635	-0.299	-0.0914	No
123	Sat1	17793	-0.310	-0.0894	No
124	Dnajc3	17816	-0.312	-0.0805	No
125	Aifm3	17821	-0.312	-0.0707	No
126	Clu	18128	-0.333	-0.0754	No
127	Hmox1	18169	-0.335	-0.0667	No
128	Bcap31	18184	-0.335	-0.0567	No
129	Slc20a1	18358	-0.349	-0.0542	No
130	Lef1	18844	-0.404	-0.0657	No
131	Atf3	19027	-0.424	-0.0612	No
132	Rhot2	19030	-0.424	-0.0477	No
133	Bik	19172	-0.444	-0.0406	No
134	Tspo	19438	-0.495	-0.0381	No
135	Cdkn1a	19498	-0.508	-0.0248	No
136	Hgf	19882	-0.685	-0.0221	No
137	Ifitm3	20006	-0.913	0.0010	No