Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	GMP.GMP.neu_Pheno.cls #Group1_versus_Group4.GMP.neu_Pheno.cls #Group1_versus_Group4_repos
Phenotype	GMP.neu_Pheno.cls#Group1_versus_Group4_repos
Upregulated in class	0
GeneSet	HALLMARK_HYPOXIA
Enrichment Score (ES)	0.21550682
Normalized Enrichment Score (NES)	0.9741239
Nominal p-value	0.50803214
FDR q-value	1.0
FWER p-Value	0.996

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	F3	97	0.928	0.0185	Yes
2	Tnfaip3	134	0.861	0.0383	Yes
3	Slc2a5	216	0.796	0.0542	Yes
4	Ets1	266	0.771	0.0711	Yes
5	Kif5a	482	0.659	0.0769	Yes
6	Myh9	574	0.625	0.0880	Yes
7	Egfr	713	0.588	0.0959	Yes
8	Jun	723	0.587	0.1102	Yes
9	Ampd3	1034	0.521	0.1077	Yes
10	Ppargc1a	1044	0.518	0.1202	Yes
11	Phkg1	1060	0.515	0.1324	Yes
12	Bgn	1070	0.514	0.1449	Yes
13	Gpi1	1187	0.506	0.1518	Yes
14	Eno2	1295	0.485	0.1586	Yes
15	Stc2	1341	0.475	0.1683	Yes
16	Cdkn1c	1488	0.453	0.1723	Yes
17	Vhl	1655	0.434	0.1749	Yes
18	Rragd	1688	0.431	0.1841	Yes
19	Pgk1	1740	0.427	0.1923	Yes
20	Lxn	1911	0.414	0.1942	Yes
21	Aldoa	2007	0.404	0.1996	Yes
22	Bhlhe40	2042	0.400	0.2079	Yes
23	Rbpj	2453	0.366	0.1965	Yes
24	Fbp1	2610	0.356	0.1975	Yes
25	Hk2	2670	0.350	0.2034	Yes
26	Tiparp	2952	0.330	0.1975	Yes
27	Adora2b	2964	0.329	0.2052	Yes
28	Klf6	2994	0.329	0.2121	Yes
29	Ak4	3272	0.304	0.2058	Yes
30	Dtna	3462	0.291	0.2036	Yes
31	Ero1a	3511	0.287	0.2084	Yes
32	Foxo3	3816	0.270	0.1999	Yes
33	Hmox1	3950	0.265	0.1998	Yes
34	Ppp1r15a	3971	0.264	0.2055	Yes
35	Kdm3a	4017	0.262	0.2098	Yes
36	Sdc2	4133	0.254	0.2104	Yes
37	Plaur	4329	0.242	0.2067	Yes
38	Eno3	4355	0.240	0.2114	Yes
39	B3galt6	4404	0.237	0.2150	Yes
40	Gpc1	4511	0.233	0.2155	Yes
41	Chst3	4748	0.224	0.2092	No
42	Eno1b	4969	0.217	0.2036	No
43	Grhpr	5029	0.213	0.2060	No
44	Scarb1	5138	0.206	0.2058	No
45	Glrx	5313	0.197	0.2019	No
46	Gapdhs	5456	0.188	0.1995	No
47	Pgm1	5554	0.184	0.1993	No
48	Ppfia4	5649	0.178	0.1990	No
49	Hdlbp	5737	0.174	0.1990	No
50	Nr3c1	5775	0.171	0.2014	No
51	Zfp36	5867	0.167	0.2011	No
52	Ugp2	5945	0.163	0.2013	No
53	Tmem45a	6134	0.154	0.1957	No
54	Fam162a	6401	0.148	0.1860	No
55	Vegfa	6406	0.147	0.1895	No
56	Map3k1	6516	0.143	0.1876	No
57	Tpi1	6670	0.136	0.1833	No
58	Hspa5	6745	0.131	0.1829	No
59	Hs3st1	6846	0.127	0.1811	No
60	Hk1	6987	0.122	0.1771	No
61	Mxi1	7182	0.113	0.1701	No
62	Pfkl	7285	0.109	0.1677	No
63	Kdelr3	7690	0.091	0.1497	No
64	Maff	7828	0.085	0.1449	No
65	Aldoc	7891	0.082	0.1439	No
66	Noct	7973	0.079	0.1418	No
67	Isg20	8037	0.076	0.1405	No
68	Xpnpep1	8192	0.070	0.1345	No
69	Cp	8220	0.068	0.1349	No
70	Slc2a1	8455	0.059	0.1246	No
71	Slc37a4	8600	0.052	0.1186	No
72	Col5a1	8616	0.051	0.1191	No
73	Pygm	8657	0.050	0.1184	No
74	Fos	8800	0.045	0.1124	No
75	Gbe1	8877	0.043	0.1096	No
76	Pklr	9082	0.034	0.1002	No
77	Anxa2	9242	0.028	0.0929	No
78	Fosl2	9394	0.023	0.0859	No
79	Pfkfb3	9646	0.013	0.0736	No
80	Pam	9685	0.012	0.0720	No
81	Klf7	9843	0.006	0.0642	No
82	Dusp1	9866	0.005	0.0633	No
83	Pfkp	9901	0.004	0.0616	No
84	Slc2a3	9932	0.002	0.0602	No
85	Slc25a1	9947	0.002	0.0595	No
86	Tgfb3	10007	0.000	0.0566	No
87	Tpst2	10183	-0.001	0.0478	No
88	Jmjd6	10195	-0.002	0.0473	No
89	Nedd4l	10231	-0.003	0.0456	No
90	Bcl2	10348	-0.008	0.0399	No
91	Pdk1	10624	-0.018	0.0265	No
92	Tpd52	10625	-0.018	0.0270	No
93	Wsb1	10710	-0.021	0.0233	No
94	B4galnt2	10816	-0.024	0.0186	No
95	Gpc4	11054	-0.034	0.0075	No
96	P4ha1	11080	-0.036	0.0072	No
97	Akap12	11123	-0.037	0.0060	No
98	Rora	11316	-0.045	-0.0025	No
99	Gaa	11384	-0.048	-0.0047	No
100	Hexa	11571	-0.055	-0.0127	No
101	Nfil3	11684	-0.059	-0.0168	No
102	Cav1	11762	-0.062	-0.0191	No
103	Gys1	11793	-0.064	-0.0190	No
104	Ext1	11870	-0.067	-0.0212	No
105	Klhl24	11871	-0.067	-0.0195	No
106	Sult2b1	12004	-0.072	-0.0243	No
107	Angptl4	12079	-0.075	-0.0261	No
108	Slc6a6	12138	-0.078	-0.0271	No
109	Tgm2	12189	-0.080	-0.0276	No
110	Pim1	12295	-0.083	-0.0308	No
111	Pgam2	13041	-0.114	-0.0654	No
112	Irs2	13128	-0.116	-0.0668	No
113	Vldlr	13180	-0.118	-0.0665	No
114	Zfp292	13528	-0.131	-0.0806	No
115	Large1	13621	-0.134	-0.0819	No
116	Atp7a	13776	-0.142	-0.0861	No
117	Selenbp1	13841	-0.145	-0.0857	No
118	Cavin1	13936	-0.149	-0.0867	No
119	Gpc3	14294	-0.164	-0.1005	No
120	Mt1	14303	-0.164	-0.0968	No
121	Ddit4	14348	-0.167	-0.0948	No
122	Atf3	14386	-0.168	-0.0924	No
123	Siah2	14423	-0.171	-0.0899	No
124	Bnip3l	14606	-0.179	-0.0946	No
125	Ccng2	14687	-0.183	-0.0940	No
126	Sap30	14709	-0.184	-0.0905	No
127	Errfi1	14710	-0.184	-0.0859	No
128	Ankzf1	14915	-0.195	-0.0912	No
129	Casp6	14968	-0.198	-0.0889	No
130	S100a4	15254	-0.211	-0.0979	No
131	Ilvbl	15426	-0.216	-0.1011	No
132	Nagk	15750	-0.229	-0.1116	No
133	Ndst1	15923	-0.238	-0.1142	No
134	Ids	15969	-0.242	-0.1104	No
135	Pnrc1	16346	-0.265	-0.1227	No
136	Cdkn1b	16691	-0.283	-0.1329	No
137	Prdx5	16833	-0.290	-0.1327	No
138	Galk1	17159	-0.309	-0.1413	No
139	Plin2	17245	-0.314	-0.1377	No
140	Pdk3	17287	-0.316	-0.1318	No
141	Btg1	17353	-0.319	-0.1270	No
142	Ldhc	17485	-0.328	-0.1253	No
143	Ndrg1	17530	-0.330	-0.1193	No
144	Dcn	17549	-0.331	-0.1118	No
145	Tgfbi	17667	-0.340	-0.1092	No
146	Tes	17677	-0.341	-0.1011	No
147	Ldha	18048	-0.371	-0.1104	No
148	Csrp2	18076	-0.373	-0.1023	No
149	Cxcr4	18324	-0.396	-0.1048	No
150	Pgm2	18534	-0.413	-0.1049	No
151	Plac8	18711	-0.431	-0.1030	No
152	Prkca	18881	-0.456	-0.1000	No
153	Cited2	19406	-0.547	-0.1126	No
154	Ddit3	19416	-0.550	-0.0993	No
155	Mif	19544	-0.582	-0.0910	No
156	Cdkn1a	19559	-0.586	-0.0770	No
157	Ndst2	19591	-0.595	-0.0636	No
158	Pdgfb	19724	-0.642	-0.0541	No
159	Gcnt2	19778	-0.661	-0.0401	No
160	Ier3	19821	-0.685	-0.0250	No
161	Car12	19844	-0.699	-0.0086	No
162	Sdc3	19848	-0.703	0.0090	No