Details for gene set HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL

Table: GSEA Results Summary

Dataset	GMP.GMP.neu_Pheno.cls #Group1_versus_Group4.GMP.neu_Pheno.cls #Group1_versus_Group4_repos
Phenotype	GMP.neu_Pheno.cls#Group1_versus_Group4_repos
Upregulated in class	0
GeneSet	HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
Enrichment Score (ES)	0.2312046
Normalized Enrichment Score (NES)	0.9663951
Nominal p-value	0.55666006
FDR q-value	1.0
FWER p-Value	0.996

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Cadm1	23	1.172	0.0275	Yes
2	Tnfaip3	134	0.861	0.0431	Yes
3	Tnfrsf12a	158	0.829	0.0622	Yes
4	Col5a3	250	0.781	0.0767	Yes
5	Lama1	458	0.667	0.0826	Yes
6	Itgb5	484	0.659	0.0975	Yes
7	Matn2	575	0.624	0.1083	Yes
8	Jun	723	0.587	0.1152	Yes
9	Cap2	891	0.547	0.1202	Yes
10	Gem	956	0.533	0.1301	Yes
11	Bgn	1070	0.514	0.1370	Yes
12	Loxl1	1090	0.513	0.1486	Yes
13	Cald1	1130	0.508	0.1590	Yes
14	Eno2	1295	0.485	0.1627	Yes
15	Calu	1321	0.479	0.1731	Yes
16	Itga5	1363	0.472	0.1826	Yes
17	Fstl1	1430	0.463	0.1906	Yes
18	Rhob	1625	0.437	0.1915	Yes
19	Bmp1	1914	0.414	0.1872	Yes
20	Timp3	1948	0.409	0.1955	Yes
21	Fbn2	1970	0.407	0.2044	Yes
22	Vcan	2417	0.369	0.1910	Yes
23	Pcolce	2469	0.365	0.1974	Yes
24	Gm21451	2506	0.362	0.2045	Yes
25	Fn1	2551	0.358	0.2110	Yes
26	Col1a2	2969	0.329	0.1981	Yes
27	Fbln1	3023	0.326	0.2034	Yes
28	Htra1	3052	0.323	0.2099	Yes
29	Lgals1	3214	0.309	0.2094	Yes
30	Tfpi2	3331	0.301	0.2109	Yes
31	Sdc1	3349	0.299	0.2174	Yes
32	Serpine2	3377	0.298	0.2233	Yes
33	Mest	3649	0.281	0.2165	Yes
34	Col7a1	3658	0.280	0.2230	Yes
35	Slc6a8	3860	0.268	0.2194	Yes
36	Cdh11	4081	0.258	0.2147	Yes
37	Plaur	4329	0.242	0.2082	Yes
38	Pcolce2	4431	0.235	0.2089	Yes
39	Dpysl3	4433	0.235	0.2146	Yes
40	Gpc1	4511	0.233	0.2164	Yes
41	Thbs2	4517	0.233	0.2219	Yes
42	Id2	4581	0.233	0.2244	Yes
43	Col5a2	4733	0.224	0.2223	Yes
44	Gja1	4807	0.222	0.2240	Yes
45	Spock1	4843	0.221	0.2277	Yes
46	Flna	4887	0.221	0.2309	Yes
47	Itgb1	5308	0.197	0.2146	Yes
48	Thbs1	5386	0.192	0.2154	Yes
49	Vim	5401	0.191	0.2194	Yes
50	Itgb3	5448	0.189	0.2217	Yes
51	Pvr	5494	0.186	0.2240	Yes
52	Plod1	5514	0.185	0.2276	Yes
53	Notch2	5615	0.180	0.2270	Yes
54	Copa	5619	0.180	0.2312	Yes
55	Lamc1	5792	0.171	0.2267	No
56	Tagln	6092	0.155	0.2155	No
57	Vcam1	6117	0.154	0.2181	No
58	Vegfa	6406	0.147	0.2072	No
59	Dab2	6416	0.147	0.2103	No
60	Mmp2	6720	0.133	0.1983	No
61	Gadd45b	6726	0.133	0.2013	No
62	Basp1	7051	0.118	0.1879	No
63	Inhba	7142	0.114	0.1862	No
64	Pdgfrb	7320	0.107	0.1799	No
65	Fuca1	7955	0.080	0.1500	No
66	Qsox1	8229	0.068	0.1379	No
67	Tgfbr3	8325	0.065	0.1347	No
68	Pfn2	8522	0.055	0.1262	No
69	Col5a1	8616	0.051	0.1228	No
70	Sgcb	8782	0.046	0.1156	No
71	Mcm7	9321	0.024	0.0892	No
72	Itgav	9383	0.023	0.0867	No
73	Efemp2	9471	0.020	0.0828	No
74	Mmp14	9473	0.020	0.0832	No
75	Fas	9736	0.010	0.0703	No
76	Vegfc	9800	0.007	0.0673	No
77	Col1a1	9999	0.000	0.0573	No
78	Sparc	10004	0.000	0.0571	No
79	Col11a1	10022	0.000	0.0563	No
80	Myl9	10069	0.000	0.0540	No
81	Colgalt1	10784	-0.023	0.0186	No
82	Tpm2	10837	-0.025	0.0166	No
83	Cd44	11127	-0.038	0.0030	No
84	Wipf1	11226	-0.042	-0.0009	No
85	Itga2	11298	-0.044	-0.0034	No
86	Col16a1	11523	-0.053	-0.0133	No
87	Cdh2	11931	-0.069	-0.0321	No
88	Tgm2	12189	-0.080	-0.0431	No
89	Tnc	12362	-0.086	-0.0496	No
90	Ntm	12877	-0.108	-0.0728	No
91	Col4a2	12935	-0.110	-0.0730	No
92	Fstl3	13181	-0.118	-0.0825	No
93	Slit2	13255	-0.120	-0.0832	No
94	Mylk	13489	-0.129	-0.0917	No
95	Sfrp4	13555	-0.132	-0.0918	No
96	Col4a1	13683	-0.137	-0.0948	No
97	Lama2	13852	-0.145	-0.0997	No
98	Gadd45a	13913	-0.148	-0.0991	No
99	Fgf2	13976	-0.151	-0.0985	No
100	Plod3	14183	-0.159	-0.1050	No
101	Ecm1	14552	-0.176	-0.1192	No
102	Sat1	14557	-0.176	-0.1151	No
103	Fbln2	14849	-0.191	-0.1251	No
104	Capg	14974	-0.198	-0.1264	No
105	Lama3	15482	-0.219	-0.1466	No
106	Comp	15628	-0.224	-0.1484	No
107	P3h1	16165	-0.255	-0.1691	No
108	Tpm1	16228	-0.258	-0.1659	No
109	Lrp1	16308	-0.263	-0.1635	No
110	Fbln5	16478	-0.272	-0.1653	No
111	Col12a1	16664	-0.281	-0.1677	No
112	Ppib	17122	-0.307	-0.1832	No
113	Dst	17151	-0.309	-0.1770	No
114	Spp1	17283	-0.316	-0.1759	No
115	Nt5e	17399	-0.323	-0.1738	No
116	Ecm2	17421	-0.324	-0.1669	No
117	Dcn	17549	-0.331	-0.1652	No
118	Tgfbi	17667	-0.340	-0.1627	No
119	Anpep	17708	-0.343	-0.1563	No
120	Tgfb1	17835	-0.355	-0.1540	No
121	Tpm4	18041	-0.370	-0.1552	No
122	Slit3	18108	-0.376	-0.1494	No
123	Fbn1	18163	-0.382	-0.1427	No
124	Nid2	18177	-0.383	-0.1340	No
125	Igfbp4	18276	-0.392	-0.1293	No
126	Cdh6	18493	-0.408	-0.1302	No
127	Edil3	18651	-0.422	-0.1278	No
128	Pdlim4	18778	-0.439	-0.1234	No
129	Fzd8	18811	-0.443	-0.1141	No
130	Magee1	19091	-0.484	-0.1163	No
131	Glipr1	19177	-0.500	-0.1084	No
132	Plod2	19189	-0.503	-0.0966	No
133	Adam12	19203	-0.505	-0.0849	No
134	Sntb1	19245	-0.516	-0.0743	No
135	Pmepa1	19297	-0.525	-0.0640	No
136	Il15	19360	-0.537	-0.0540	No
137	Thy1	19430	-0.554	-0.0439	No
138	Sgcd	19445	-0.560	-0.0309	No
139	Fap	19501	-0.571	-0.0197	No
140	Emp3	19509	-0.573	-0.0060	No
141	Postn	19673	-0.624	0.0011	No
142	Abi3bp	19816	-0.680	0.0106	No