Details for gene set HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL

Table: GSEA Results Summary

Dataset	CMP.CMP_Pheno.cls#Group3_versus_Group4.CMP_Pheno.cls#Group3_versus_Group4_repos
Phenotype	CMP_Pheno.cls#Group3_versus_Group4_repos
Upregulated in class	2
GeneSet	HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
Enrichment Score (ES)	0.25910228
Normalized Enrichment Score (NES)	1.0387633
Nominal p-value	0.33723196
FDR q-value	0.9940391
FWER p-Value	0.965

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Id2	48	0.955	0.0275	Yes
2	Efemp2	256	0.701	0.0390	Yes
3	Tnfaip3	295	0.676	0.0583	Yes
4	Eno2	393	0.634	0.0732	Yes
5	Plaur	493	0.600	0.0870	Yes
6	Gadd45a	601	0.571	0.0995	Yes
7	Mest	682	0.549	0.1127	Yes
8	Lamc1	721	0.539	0.1276	Yes
9	Ecm1	794	0.525	0.1404	Yes
10	Sfrp4	887	0.507	0.1517	Yes
11	Col7a1	968	0.490	0.1630	Yes
12	Bgn	998	0.487	0.1768	Yes
13	Gpc1	1445	0.428	0.1675	Yes
14	Gem	1535	0.418	0.1761	Yes
15	Slc6a8	1596	0.413	0.1860	Yes
16	Fbn2	1621	0.410	0.1976	Yes
17	Sfrp1	1641	0.407	0.2094	Yes
18	Pvr	1679	0.400	0.2201	Yes
19	Fn1	1694	0.398	0.2319	Yes
20	Cdh2	1854	0.381	0.2358	Yes
21	Fas	2043	0.365	0.2376	Yes
22	Fbln1	2187	0.353	0.2414	Yes
23	Cald1	2295	0.341	0.2466	Yes
24	Lama3	2625	0.318	0.2399	Yes
25	Slit3	2789	0.304	0.2411	Yes
26	Lgals1	3134	0.276	0.2323	Yes
27	Tpm4	3181	0.273	0.2385	Yes
28	Mylk	3205	0.271	0.2458	Yes
29	Thy1	3246	0.268	0.2522	Yes
30	Pfn2	3276	0.267	0.2591	Yes
31	Cdh11	3631	0.245	0.2488	No
32	Serpine2	3830	0.237	0.2461	No
33	Gja1	4161	0.218	0.2361	No
34	Col1a2	4208	0.215	0.2406	No
35	Tnc	4346	0.208	0.2401	No
36	Qsox1	4396	0.207	0.2441	No
37	Serpinh1	4554	0.198	0.2423	No
38	Itgb5	4727	0.190	0.2395	No
39	Vim	4771	0.187	0.2432	No
40	Wipf1	5096	0.171	0.2321	No
41	Colgalt1	5233	0.166	0.2303	No
42	Matn2	5310	0.163	0.2316	No
43	Dcn	5382	0.160	0.2330	No
44	Vegfc	5383	0.160	0.2380	No
45	Adam12	5736	0.145	0.2246	No
46	Pcolce	5796	0.142	0.2261	No
47	Col12a1	6079	0.134	0.2160	No
48	Itgb3	6150	0.132	0.2165	No
49	Jun	6492	0.118	0.2029	No
50	Capg	6568	0.115	0.2027	No
51	Spock1	6573	0.115	0.2061	No
52	Col16a1	6659	0.112	0.2053	No
53	Dab2	7064	0.097	0.1877	No
54	Magee1	7225	0.091	0.1825	No
55	Ecm2	7585	0.079	0.1666	No
56	Tgfb1	7717	0.074	0.1623	No
57	Col5a1	7718	0.074	0.1646	No
58	Sntb1	7784	0.071	0.1635	No
59	Tpm2	7799	0.071	0.1650	No
60	Fzd8	7802	0.071	0.1671	No
61	Flna	7926	0.067	0.1630	No
62	Sdc1	8273	0.056	0.1471	No
63	Notch2	8454	0.049	0.1395	No
64	Itga5	8497	0.048	0.1388	No
65	Calu	8587	0.045	0.1357	No
66	Gpx7	8710	0.041	0.1308	No
67	Col4a2	8771	0.039	0.1289	No
68	Tgfbr3	8802	0.038	0.1286	No
69	Igfbp4	8859	0.036	0.1269	No
70	Lama2	9114	0.027	0.1148	No
71	Ntm	9257	0.022	0.1082	No
72	Vegfa	9466	0.016	0.0981	No
73	Fuca1	9501	0.015	0.0969	No
74	Col5a2	9535	0.014	0.0956	No
75	Sgcd	9775	0.006	0.0836	No
76	Glipr1	9804	0.005	0.0824	No
77	Mmp14	10277	-0.006	0.0585	No
78	Gadd45b	10285	-0.006	0.0584	No
79	Fstl3	10409	-0.010	0.0524	No
80	Pdlim4	10596	-0.016	0.0435	No
81	Fstl1	10945	-0.027	0.0266	No
82	Bmp1	11344	-0.039	0.0075	No
83	Plod2	11367	-0.040	0.0077	No
84	Edil3	11396	-0.041	0.0075	No
85	Tagln	11438	-0.042	0.0067	No
86	Col4a1	11492	-0.044	0.0054	No
87	Mcm7	11890	-0.057	-0.0130	No
88	Cd44	12090	-0.063	-0.0212	No
89	Emp3	12162	-0.066	-0.0227	No
90	Dpysl3	12294	-0.070	-0.0272	No
91	Il6	12296	-0.070	-0.0251	No
92	Loxl1	12298	-0.070	-0.0229	No
93	Plod3	12851	-0.085	-0.0484	No
94	Itgav	13107	-0.095	-0.0584	No
95	Basp1	13113	-0.095	-0.0557	No
96	Dst	13119	-0.095	-0.0529	No
97	Sgcb	13514	-0.110	-0.0695	No
98	Tpm1	13759	-0.119	-0.0782	No
99	Anpep	13887	-0.124	-0.0808	No
100	Lama1	14007	-0.128	-0.0829	No
101	Copa	14069	-0.131	-0.0819	No
102	Pmepa1	14081	-0.131	-0.0783	No
103	Plod1	14229	-0.137	-0.0815	No
104	Comp	14625	-0.153	-0.0968	No
105	Itgb1	14660	-0.155	-0.0936	No
106	Col5a3	15000	-0.171	-0.1056	No
107	Col1a1	15045	-0.172	-0.1024	No
108	Pdgfrb	15155	-0.173	-0.1025	No
109	Ppib	15161	-0.174	-0.0973	No
110	Il15	15203	-0.175	-0.0939	No
111	Inhba	15391	-0.183	-0.0977	No
112	P3h1	15691	-0.197	-0.1067	No
113	Sat1	15711	-0.198	-0.1015	No
114	Sparc	15788	-0.202	-0.0990	No
115	Cap2	15987	-0.213	-0.1024	No
116	Fap	16116	-0.220	-0.1020	No
117	Nt5e	16314	-0.230	-0.1048	No
118	Lrp1	16612	-0.247	-0.1122	No
119	Tnfrsf12a	16699	-0.253	-0.1087	No
120	Timp3	16814	-0.260	-0.1063	No
121	Thbs1	16889	-0.265	-0.1018	No
122	Rhob	17067	-0.276	-0.1021	No
123	Postn	17126	-0.280	-0.0963	No
124	Vcam1	18078	-0.355	-0.1335	No
125	Nid2	18096	-0.357	-0.1232	No
126	Tfpi2	18318	-0.382	-0.1225	No
127	Itga2	18645	-0.417	-0.1260	No
128	Mmp2	18797	-0.438	-0.1199	No
129	Vcan	18800	-0.439	-0.1062	No
130	Cadm1	18842	-0.447	-0.0943	No
131	Fbn1	18919	-0.457	-0.0838	No
132	Thbs2	18981	-0.471	-0.0722	No
133	Abi3bp	19019	-0.477	-0.0591	No
134	Tgfbi	19183	-0.512	-0.0513	No
135	Fgf2	19493	-0.611	-0.0479	No
136	Tgm2	19533	-0.633	-0.0300	No
137	Spp1	19568	-0.657	-0.0111	No
138	Slit2	19603	-0.681	0.0086	No