Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	CMP.CMP_Pheno.cls#Group2_versus_Group3.CMP_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Phenotype	CMP_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Upregulated in class	1
GeneSet	HALLMARK_APOPTOSIS
Enrichment Score (ES)	0.19330531
Normalized Enrichment Score (NES)	0.9184848
Nominal p-value	0.581749
FDR q-value	0.8275204
FWER p-Value	1.0

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Mcl1	176	0.723	0.0113	Yes
2	Nefh	188	0.714	0.0307	Yes
3	Brca1	217	0.696	0.0487	Yes
4	Pea15a	222	0.691	0.0679	Yes
5	Atf3	389	0.608	0.0764	Yes
6	Clu	391	0.608	0.0934	Yes
7	Ptk2	419	0.597	0.1087	Yes
8	Ppp3r1	608	0.544	0.1144	Yes
9	Krt18	618	0.543	0.1291	Yes
10	Gpx4	621	0.542	0.1442	Yes
11	Tnfrsf12a	938	0.481	0.1416	Yes
12	Mmp2	1123	0.454	0.1449	Yes
13	Top2a	1162	0.450	0.1556	Yes
14	App	1169	0.449	0.1678	Yes
15	Etf1	1385	0.426	0.1688	Yes
16	Gstm2	1524	0.406	0.1732	Yes
17	Cdk2	1780	0.378	0.1707	Yes
18	Irf1	1841	0.371	0.1781	Yes
19	Sptan1	1964	0.361	0.1820	Yes
20	Btg3	2031	0.356	0.1886	Yes
21	Cdkn1b	2204	0.343	0.1894	Yes
22	Il1b	2557	0.318	0.1804	Yes
23	Bmf	2605	0.316	0.1868	Yes
24	Ifitm3	2650	0.312	0.1933	Yes
25	Casp2	2980	0.289	0.1846	No
26	Cdc25b	3084	0.282	0.1873	No
27	Timp3	3305	0.270	0.1836	No
28	Cd69	3429	0.262	0.1847	No
29	Dnm1l	3575	0.254	0.1844	No
30	Fas	3637	0.250	0.1883	No
31	Tgfbr3	3689	0.247	0.1926	No
32	Igf2r	3863	0.235	0.1904	No
33	Rara	3970	0.229	0.1914	No
34	Cyld	4124	0.222	0.1898	No
35	Tgfb2	4187	0.220	0.1928	No
36	Ctnnb1	4471	0.203	0.1841	No
37	Dffa	4535	0.199	0.1865	No
38	Slc20a1	4856	0.185	0.1753	No
39	Bcap31	4972	0.180	0.1745	No
40	Vdac2	5271	0.166	0.1640	No
41	Erbb3	5312	0.163	0.1665	No
42	Isg20	5439	0.157	0.1645	No
43	Timp2	5555	0.150	0.1628	No
44	Emp1	5584	0.149	0.1656	No
45	Hmox1	5639	0.147	0.1669	No
46	Rhob	5656	0.146	0.1702	No
47	Tspo	5823	0.141	0.1657	No
48	Sat1	5933	0.136	0.1640	No
49	Bcl10	6054	0.132	0.1615	No
50	Lgals3	6055	0.132	0.1652	No
51	Pmaip1	6060	0.131	0.1687	No
52	Dnaja1	6145	0.127	0.1680	No
53	Tnfsf10	6160	0.126	0.1708	No
54	Tap1	6403	0.115	0.1617	No
55	Hgf	6831	0.099	0.1427	No
56	Bcl2l1	6975	0.092	0.1380	No
57	Cdkn1a	6987	0.092	0.1400	No
58	Hmgb2	7260	0.079	0.1284	No
59	Gsr	7386	0.073	0.1240	No
60	Aifm3	7512	0.068	0.1196	No
61	Satb1	7530	0.068	0.1206	No
62	Sc5d	7559	0.066	0.1210	No
63	Madd	7801	0.057	0.1104	No
64	Dap3	7815	0.056	0.1113	No
65	Ifngr1	8080	0.045	0.0991	No
66	Bcl2l2	8364	0.033	0.0856	No
67	Ppt1	8371	0.032	0.0862	No
68	Add1	8577	0.024	0.0764	No
69	Wee1	8707	0.019	0.0704	No
70	F2r	8782	0.016	0.0671	No
71	Pak1	8957	0.009	0.0585	No
72	Casp1	9300	-0.000	0.0410	No
73	Rhot2	9749	-0.016	0.0187	No
74	H1f0	9821	-0.019	0.0156	No
75	Gpx1	9896	-0.022	0.0125	No
76	Psen2	10026	-0.029	0.0067	No
77	Xiap	10195	-0.035	-0.0009	No
78	Diablo	10234	-0.037	-0.0018	No
79	Bax	10305	-0.039	-0.0043	No
80	Rock1	10352	-0.041	-0.0055	No
81	Cd44	10868	-0.062	-0.0299	No
82	Sod2	11286	-0.080	-0.0489	No
83	Smad7	11352	-0.083	-0.0499	No
84	Ppp2r5b	11410	-0.086	-0.0504	No
85	Crebbp	11658	-0.096	-0.0603	No
86	Gadd45b	11876	-0.104	-0.0685	No
87	Sqstm1	11938	-0.107	-0.0686	No
88	Rnasel	12079	-0.113	-0.0725	No
89	Cd38	12103	-0.114	-0.0705	No
90	Jun	12141	-0.116	-0.0692	No
91	Cd14	12280	-0.121	-0.0728	No
92	Il6	12773	-0.139	-0.0940	No
93	Txnip	12978	-0.147	-0.1003	No
94	Rela	13025	-0.149	-0.0984	No
95	Mgmt	13272	-0.160	-0.1065	No
96	Ier3	13274	-0.160	-0.1020	No
97	Cflar	13321	-0.162	-0.0999	No
98	Psen1	13380	-0.165	-0.0982	No
99	Dnajc3	13491	-0.170	-0.0990	No
100	Cav1	13556	-0.173	-0.0975	No
101	Bid	13653	-0.177	-0.0974	No
102	Dcn	13667	-0.178	-0.0931	No
103	Birc3	13740	-0.180	-0.0917	No
104	Casp4	13756	-0.181	-0.0874	No
105	Gsn	14066	-0.195	-0.0977	No
106	Casp8	14167	-0.201	-0.0972	No
107	Sod1	14172	-0.201	-0.0917	No
108	Dpyd	14190	-0.202	-0.0869	No
109	Lmna	14399	-0.211	-0.0916	No
110	Casp7	14997	-0.241	-0.1153	No
111	Casp3	15241	-0.254	-0.1206	No
112	Btg2	15370	-0.261	-0.1198	No
113	Gna15	15795	-0.283	-0.1334	No
114	Anxa1	15858	-0.288	-0.1285	No
115	Fdxr	15886	-0.290	-0.1218	No
116	Nedd9	16036	-0.298	-0.1210	No
117	Ebp	16118	-0.302	-0.1167	No
118	Ccnd2	16411	-0.321	-0.1226	No
119	Gpx3	16524	-0.328	-0.1191	No
120	Ank	16587	-0.332	-0.1130	No
121	Il18	16647	-0.335	-0.1066	No
122	Pdcd4	16811	-0.345	-0.1053	No
123	Pdgfrb	16919	-0.353	-0.1009	No
124	Ddit3	17097	-0.365	-0.0997	No
125	Gadd45a	17135	-0.368	-0.0913	No
126	Cth	17197	-0.373	-0.0839	No
127	Bcl2l11	17215	-0.374	-0.0743	No
128	Retsat	17295	-0.380	-0.0677	No
129	Casp9	17315	-0.382	-0.0579	No
130	Plcb2	17892	-0.432	-0.0752	No
131	Lef1	18114	-0.455	-0.0737	No
132	Dap	18241	-0.472	-0.0669	No
133	Tnf	18296	-0.478	-0.0563	No
134	Bgn	18753	-0.549	-0.0641	No
135	Bnip3l	18792	-0.557	-0.0505	No
136	Casp6	18939	-0.585	-0.0416	No
137	Eno2	19046	-0.608	-0.0299	No
138	Bik	19469	-0.753	-0.0303	No
139	Ccnd1	19518	-0.779	-0.0110	No
140	Gch1	19602	-0.851	0.0086	No