Details for gene set HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA

Table: GSEA Results Summary

Dataset	CLP.Basophil_Pheno.cls #Group3_versus_Group4.Basophil_Pheno.cls #Group3_versus_Group4_repos
Phenotype	Basophil_Pheno.cls#Group3_versus_Group4_repos
Upregulated in class	2
GeneSet	HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
Enrichment Score (ES)	0.33038142
Normalized Enrichment Score (NES)	1.3284508
Nominal p-value	0.091649696
FDR q-value	0.57147
FWER p-Value	0.777

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Ninj1	171	0.764	0.0128	Yes
2	Pdlim5	423	0.634	0.0174	Yes
3	Cd83	599	0.572	0.0244	Yes
4	Yrdc	648	0.560	0.0380	Yes
5	Ifngr2	756	0.539	0.0477	Yes
6	Olr1	953	0.498	0.0514	Yes
7	Map3k8	979	0.493	0.0643	Yes
8	Dram1	1016	0.490	0.0765	Yes
9	Sdc4	1100	0.478	0.0858	Yes
10	Gch1	1105	0.477	0.0994	Yes
11	Klf2	1205	0.460	0.1073	Yes
12	Ldlr	1248	0.454	0.1181	Yes
13	Spsb1	1393	0.440	0.1230	Yes
14	Tnfaip3	1406	0.437	0.1350	Yes
15	Rigi	1639	0.407	0.1340	Yes
16	Dusp4	1820	0.389	0.1354	Yes
17	Gem	1983	0.373	0.1373	Yes
18	Bhlhe40	2110	0.363	0.1410	Yes
19	Plau	2143	0.360	0.1496	Yes
20	Slc2a6	2157	0.359	0.1593	Yes
21	B4galt1	2332	0.342	0.1596	Yes
22	Nfkb2	2343	0.340	0.1689	Yes
23	Cxcl10	2359	0.339	0.1779	Yes
24	Gfpt2	2465	0.334	0.1819	Yes
25	Sqstm1	2491	0.332	0.1901	Yes
26	Ier2	2520	0.330	0.1981	Yes
27	Icosl	2570	0.326	0.2049	Yes
28	Plaur	2583	0.325	0.2136	Yes
29	Gadd45a	2605	0.322	0.2218	Yes
30	Klf4	2657	0.318	0.2282	Yes
31	Sod2	2666	0.317	0.2369	Yes
32	Cd69	2692	0.316	0.2447	Yes
33	Birc2	2709	0.315	0.2529	Yes
34	Btg3	2804	0.309	0.2567	Yes
35	Csf1	2832	0.307	0.2642	Yes
36	Cebpb	2850	0.306	0.2721	Yes
37	Irs2	2852	0.305	0.2809	Yes
38	Gpr183	2900	0.302	0.2870	Yes
39	Fut4	2904	0.301	0.2956	Yes
40	Nfkbia	2939	0.298	0.3024	Yes
41	Id2	2986	0.296	0.3084	Yes
42	Rel	3204	0.285	0.3048	Yes
43	Tank	3220	0.284	0.3122	Yes
44	Cd44	3400	0.270	0.3102	Yes
45	Relb	3403	0.270	0.3179	Yes
46	Trib1	3612	0.257	0.3139	Yes
47	Cflar	3744	0.249	0.3139	Yes
48	Tnip1	3786	0.247	0.3189	Yes
49	Zbtb10	3879	0.243	0.3209	Yes
50	Ccnd1	4019	0.235	0.3200	Yes
51	Plek	4027	0.234	0.3264	Yes
52	Icam1	4078	0.231	0.3304	Yes
53	Panx1	4427	0.211	0.3174	No
54	Tubb2a	4542	0.206	0.3171	No
55	Rhob	4638	0.201	0.3178	No
56	Jun	4741	0.195	0.3178	No
57	Cebpd	4968	0.184	0.3108	No
58	Klf6	5160	0.175	0.3053	No
59	Atp2b1	5237	0.171	0.3061	No
60	Il6st	5371	0.164	0.3036	No
61	Ehd1	5472	0.160	0.3028	No
62	Nr4a1	5486	0.159	0.3066	No
63	Ier5	5527	0.157	0.3090	No
64	Plpp3	5660	0.151	0.3061	No
65	Tnfsf9	5948	0.139	0.2944	No
66	Lamb3	6158	0.130	0.2867	No
67	Marcks	6240	0.126	0.2860	No
68	Kynu	6256	0.126	0.2888	No
69	Sphk1	6328	0.122	0.2884	No
70	Tlr2	6785	0.102	0.2664	No
71	Nfkb1	6878	0.098	0.2642	No
72	Slc2a3	7055	0.091	0.2572	No
73	F2rl1	7152	0.087	0.2544	No
74	Irf1	7217	0.087	0.2535	No
75	Atf3	7380	0.081	0.2469	No
76	Ccnl1	7509	0.076	0.2421	No
77	Traf1	7595	0.073	0.2396	No
78	Ccrl2	7672	0.070	0.2374	No
79	Dnajb4	7702	0.069	0.2378	No
80	Dusp1	7739	0.067	0.2378	No
81	Fos	7832	0.064	0.2346	No
82	Birc3	7912	0.061	0.2320	No
83	Il7r	7982	0.059	0.2300	No
84	Serpinb8	7988	0.059	0.2314	No
85	Pmepa1	8246	0.048	0.2187	No
86	Egr1	8312	0.045	0.2164	No
87	Ptpre	8367	0.042	0.2147	No
88	B4galt5	8588	0.033	0.2036	No
89	Rcan1	8858	0.022	0.1895	No
90	Maff	8884	0.021	0.1887	No
91	Snn	9037	0.016	0.1809	No
92	Nfat5	9087	0.013	0.1786	No
93	Sgk1	9115	0.012	0.1775	No
94	Pfkfb3	9123	0.012	0.1774	No
95	Clcf1	9233	0.009	0.1717	No
96	Il15ra	9431	0.002	0.1609	No
97	Rela	9480	0.000	0.1583	No
98	Bcl6	9719	-0.007	0.1455	No
99	Rnf19b	9779	-0.009	0.1425	No
100	Tnfaip8	9786	-0.009	0.1425	No
101	Socs3	9818	-0.011	0.1411	No
102	Pde4b	9829	-0.011	0.1408	No
103	Dennd5a	9938	-0.014	0.1353	No
104	Smad3	10138	-0.021	0.1250	No
105	Fosb	10161	-0.022	0.1245	No
106	Cd80	10443	-0.033	0.1100	No
107	Ppp1r15a	10749	-0.044	0.0946	No
108	Ifit2	10796	-0.046	0.0934	No
109	Tap1	10831	-0.047	0.0929	No
110	Tnf	11000	-0.053	0.0853	No
111	Stat5a	11017	-0.053	0.0859	No
112	Hes1	11062	-0.055	0.0851	No
113	Junb	11179	-0.059	0.0805	No
114	Bcl3	11240	-0.062	0.0790	No
115	Nfil3	11395	-0.067	0.0725	No
116	Mxd1	11406	-0.068	0.0739	No
117	Ier3	11665	-0.077	0.0620	No
118	Tiparp	11826	-0.084	0.0556	No
119	Ccl5	11848	-0.084	0.0569	No
120	Trip10	11996	-0.091	0.0515	No
121	Litaf	12002	-0.091	0.0538	No
122	Plk2	12114	-0.095	0.0505	No
123	Dusp5	12169	-0.097	0.0504	No
124	Zc3h12a	12275	-0.101	0.0476	No
125	Klf10	12315	-0.103	0.0484	No
126	Kdm6b	12341	-0.104	0.0501	No
127	Pnrc1	12713	-0.120	0.0332	No
128	Nfkbie	13084	-0.136	0.0169	No
129	Dusp2	13165	-0.140	0.0165	No
130	Btg1	13249	-0.143	0.0161	No
131	Mcl1	13445	-0.151	0.0098	No
132	Tsc22d1	13446	-0.151	0.0142	No
133	Ptger4	13621	-0.160	0.0093	No
134	Fosl2	13661	-0.162	0.0119	No
135	Zfp36	13682	-0.163	0.0155	No
136	Tnip2	13771	-0.167	0.0155	No
137	Nr4a2	13918	-0.174	0.0125	No
138	Fosl1	14175	-0.187	0.0039	No
139	Slc16a6	14251	-0.191	0.0053	No
140	Tgif1	14381	-0.198	0.0040	No
141	Gadd45b	14602	-0.207	-0.0020	No
142	Phlda1	14611	-0.208	0.0036	No
143	Myc	14626	-0.209	0.0088	No
144	Map2k3	14741	-0.215	0.0088	No
145	Ifih1	14897	-0.224	0.0068	No
146	Vegfa	15409	-0.253	-0.0139	No
147	Btg2	15575	-0.265	-0.0152	No
148	Nfe2l2	15786	-0.278	-0.0187	No
149	Il18	15848	-0.283	-0.0138	No
150	Ripk2	15979	-0.292	-0.0125	No
151	Tnfrsf9	16158	-0.305	-0.0134	No
152	Klf9	16257	-0.311	-0.0098	No
153	Cdkn1a	16347	-0.318	-0.0055	No
154	Per1	16350	-0.318	0.0036	No
155	Tnfaip2	16414	-0.323	0.0095	No
156	Eif1	16590	-0.338	0.0097	No
157	Nampt	16965	-0.369	-0.0001	No
158	Nr4a3	17387	-0.422	-0.0109	No
159	Ets2	17557	-0.449	-0.0072	No
160	Sat1	17564	-0.451	0.0056	No
161	Hbegf	18043	-0.551	-0.0047	No
162	Abca1	18362	-0.851	0.0025	No