Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	CLP.Basophil_Pheno.cls #Group2_versus_Group3.Basophil_Pheno.cls #Group2_versus_Group3_repos
Phenotype	Basophil_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Upregulated in class	1
GeneSet	HALLMARK_APOPTOSIS
Enrichment Score (ES)	0.2317242
Normalized Enrichment Score (NES)	1.0002114
Nominal p-value	0.43786982
FDR q-value	0.8755111
FWER p-Value	0.999

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Fas	55	0.810	0.0222	Yes
2	Brca1	114	0.730	0.0417	Yes
3	Slc20a1	235	0.638	0.0549	Yes
4	Ppp3r1	270	0.614	0.0721	Yes
5	Ppp2r5b	476	0.542	0.0778	Yes
6	Bcap31	614	0.503	0.0859	Yes
7	Mcl1	622	0.501	0.1011	Yes
8	Cdk2	642	0.497	0.1155	Yes
9	Cd38	745	0.477	0.1248	Yes
10	Cav1	840	0.464	0.1340	Yes
11	Gsr	1039	0.434	0.1367	Yes
12	Dpyd	1076	0.429	0.1480	Yes
13	Fasl	1183	0.415	0.1551	Yes
14	Tgfb2	1238	0.408	0.1649	Yes
15	Cdkn1b	1281	0.403	0.1751	Yes
16	Nefh	1425	0.387	0.1793	Yes
17	Irf1	1593	0.371	0.1817	Yes
18	Tspo	1606	0.370	0.1925	Yes
19	Tnfrsf12a	1832	0.350	0.1911	Yes
20	Etf1	2339	0.311	0.1731	Yes
21	Pea15a	2778	0.277	0.1577	Yes
22	Timp2	2799	0.275	0.1652	Yes
23	Jun	2863	0.271	0.1702	Yes
24	Sptan1	2871	0.271	0.1782	Yes
25	Casp2	2904	0.268	0.1848	Yes
26	F2r	2930	0.265	0.1916	Yes
27	Rela	2938	0.264	0.1995	Yes
28	Gadd45b	3001	0.260	0.2041	Yes
29	Lmna	3313	0.240	0.1946	Yes
30	Rara	3411	0.234	0.1965	Yes
31	Cdkn1a	3579	0.224	0.1944	Yes
32	Tnfsf10	3599	0.223	0.2002	Yes
33	Hgf	3652	0.219	0.2042	Yes
34	Sat1	3669	0.218	0.2101	Yes
35	Hmox1	3733	0.215	0.2133	Yes
36	Cyld	3938	0.203	0.2085	Yes
37	Casp4	3969	0.201	0.2131	Yes
38	Lgals3	3988	0.200	0.2183	Yes
39	Erbb3	4049	0.197	0.2212	Yes
40	Gpx4	4204	0.188	0.2186	Yes
41	Madd	4249	0.186	0.2220	Yes
42	Ifngr1	4286	0.184	0.2257	Yes
43	Top2a	4405	0.178	0.2248	Yes
44	Atf3	4426	0.177	0.2292	Yes
45	Fdxr	4479	0.174	0.2317	Yes
46	Psen2	5052	0.149	0.2051	No
47	Casp3	5067	0.148	0.2089	No
48	Hmgb2	5068	0.148	0.2135	No
49	Add1	5614	0.122	0.1875	No
50	Xiap	5741	0.116	0.1842	No
51	Casp1	5881	0.109	0.1800	No
52	Dnaja1	5944	0.107	0.1799	No
53	Casp9	6153	0.097	0.1715	No
54	Pmaip1	6170	0.096	0.1736	No
55	Ier3	6445	0.085	0.1613	No
56	Birc3	6518	0.081	0.1599	No
57	Krt18	6573	0.079	0.1594	No
58	Rhot2	6587	0.079	0.1611	No
59	Ifitm3	6628	0.077	0.1613	No
60	Ptk2	7035	0.061	0.1410	No
61	Bcl2l1	7253	0.052	0.1307	No
62	Bax	7270	0.051	0.1314	No
63	Dnajc3	7504	0.040	0.1199	No
64	Casp8	7699	0.031	0.1103	No
65	Satb1	7817	0.025	0.1046	No
66	Ctnnb1	8135	0.012	0.0877	No
67	Pdgfrb	8356	0.004	0.0758	No
68	Pdcd4	8389	0.002	0.0741	No
69	Nedd9	8581	-0.005	0.0638	No
70	Cflar	8820	-0.015	0.0512	No
71	Ank	8875	-0.017	0.0488	No
72	Casp7	8879	-0.017	0.0491	No
73	Igf2r	9072	-0.025	0.0394	No
74	Rock1	9094	-0.026	0.0391	No
75	Bcl2l11	9226	-0.032	0.0329	No
76	Psen1	9474	-0.042	0.0207	No
77	Il18	9564	-0.045	0.0172	No
78	Dnm1l	9687	-0.050	0.0121	No
79	App	9913	-0.060	0.0016	No
80	Vdac2	10004	-0.064	-0.0013	No
81	Casp6	10014	-0.064	0.0002	No
82	Ccnd2	10171	-0.071	-0.0062	No
83	Dffa	10414	-0.082	-0.0168	No
84	Isg20	10541	-0.088	-0.0210	No
85	Lef1	10590	-0.090	-0.0209	No
86	Bid	10605	-0.090	-0.0188	No
87	Bmf	10809	-0.099	-0.0269	No
88	Tgfbr3	10920	-0.104	-0.0296	No
89	Btg2	10922	-0.104	-0.0264	No
90	Ccnd1	11013	-0.108	-0.0280	No
91	Gna15	11022	-0.108	-0.0251	No
92	Bcl2l2	11025	-0.108	-0.0218	No
93	Crebbp	11118	-0.112	-0.0234	No
94	Anxa1	11158	-0.114	-0.0220	No
95	Bik	11255	-0.118	-0.0236	No
96	Retsat	11328	-0.121	-0.0237	No
97	Pak1	11636	-0.135	-0.0363	No
98	Btg3	11843	-0.145	-0.0431	No
99	Rnasel	12374	-0.170	-0.0668	No
100	Bcl10	12400	-0.171	-0.0629	No
101	Gpx1	12629	-0.183	-0.0697	No
102	Aifm3	12935	-0.198	-0.0802	No
103	Emp1	12949	-0.199	-0.0748	No
104	Dap	13069	-0.206	-0.0748	No
105	Rhob	13267	-0.215	-0.0789	No
106	Tap1	13371	-0.220	-0.0777	No
107	Mmp2	13435	-0.224	-0.0742	No
108	Clu	13605	-0.232	-0.0762	No
109	Ppt1	13755	-0.240	-0.0769	No
110	Txnip	14082	-0.256	-0.0868	No
111	Sod2	14215	-0.263	-0.0859	No
112	Wee1	14218	-0.263	-0.0778	No
113	Cd69	14465	-0.278	-0.0826	No
114	Mgmt	14528	-0.281	-0.0773	No
115	Ddit3	14775	-0.295	-0.0816	No
116	Cth	14939	-0.306	-0.0810	No
117	Cd44	15000	-0.309	-0.0747	No
118	H1f0	15276	-0.326	-0.0796	No
119	Timp3	15565	-0.346	-0.0846	No
120	Sod1	15637	-0.351	-0.0776	No
121	Eno2	15728	-0.359	-0.0713	No
122	Plcb2	16016	-0.381	-0.0752	No
123	Sqstm1	16276	-0.404	-0.0768	No
124	Sc5d	16441	-0.419	-0.0728	No
125	Ebp	16475	-0.422	-0.0615	No
126	Cdc25b	16880	-0.465	-0.0691	No
127	Gsn	17034	-0.481	-0.0626	No
128	Gch1	17228	-0.504	-0.0575	No
129	Dap3	17231	-0.504	-0.0419	No
130	Smad7	17288	-0.512	-0.0290	No
131	Bnip3l	17341	-0.521	-0.0157	No
132	Diablo	17872	-0.622	-0.0254	No
133	Tnf	18056	-0.686	-0.0140	No
134	Gadd45a	18381	-1.070	0.0015	No