Details for gene set HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL

Table: GSEA Results Summary

Dataset	CLP.Basophil_Pheno.cls #Group1_versus_Group4.Basophil_Pheno.cls #Group1_versus_Group4_repos
Phenotype	Basophil_Pheno.cls#Group1_versus_Group4_repos
Upregulated in class	0
GeneSet	HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
Enrichment Score (ES)	0.2859148
Normalized Enrichment Score (NES)	1.1813264
Nominal p-value	0.19472617
FDR q-value	0.56723374
FWER p-Value	0.955

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Sdc4	6	1.325	0.0402	Yes
2	Tgm2	341	0.635	0.0414	Yes
3	Edil3	478	0.593	0.0521	Yes
4	Cald1	578	0.566	0.0640	Yes
5	Lamc1	717	0.535	0.0729	Yes
6	Lrp1	736	0.532	0.0882	Yes
7	Jun	915	0.498	0.0937	Yes
8	Timp3	957	0.492	0.1065	Yes
9	Serpinh1	999	0.487	0.1191	Yes
10	Thbs2	1058	0.478	0.1306	Yes
11	Col11a1	1671	0.402	0.1094	Yes
12	Plaur	1771	0.392	0.1160	Yes
13	Itgb5	1807	0.388	0.1259	Yes
14	Sdc1	1831	0.386	0.1365	Yes
15	Slc6a8	1923	0.381	0.1432	Yes
16	Tagln	1927	0.381	0.1547	Yes
17	Col1a2	2126	0.363	0.1550	Yes
18	Mest	2312	0.348	0.1555	Yes
19	Rhob	2337	0.346	0.1648	Yes
20	Fap	2397	0.342	0.1720	Yes
21	Serpine2	2450	0.338	0.1795	Yes
22	Calu	2472	0.336	0.1887	Yes
23	Cdh11	2671	0.324	0.1878	Yes
24	Qsox1	2859	0.310	0.1870	Yes
25	Il15	2894	0.307	0.1946	Yes
26	Itga2	2899	0.306	0.2037	Yes
27	Fas	2949	0.303	0.2103	Yes
28	Flna	3020	0.299	0.2156	Yes
29	Fuca1	3061	0.295	0.2225	Yes
30	Sgcd	3069	0.294	0.2311	Yes
31	Vcam1	3110	0.291	0.2378	Yes
32	Itgb1	3112	0.291	0.2467	Yes
33	Col5a1	3182	0.286	0.2517	Yes
34	Mylk	3349	0.275	0.2510	Yes
35	Cap2	3369	0.273	0.2583	Yes
36	Mmp2	3426	0.269	0.2635	Yes
37	Matn2	3939	0.237	0.2427	Yes
38	Col4a2	3969	0.235	0.2484	Yes
39	Magee1	4019	0.231	0.2528	Yes
40	Notch2	4135	0.224	0.2533	Yes
41	Tgfbi	4142	0.224	0.2598	Yes
42	Cdh2	4145	0.224	0.2666	Yes
43	Sfrp4	4340	0.216	0.2626	Yes
44	Fgf2	4462	0.211	0.2624	Yes
45	Gem	4516	0.208	0.2659	Yes
46	Gadd45a	4602	0.203	0.2674	Yes
47	Postn	4638	0.201	0.2717	Yes
48	Sparc	4660	0.200	0.2767	Yes
49	Dpysl3	4679	0.199	0.2818	Yes
50	Gja1	4714	0.197	0.2859	Yes
51	Sntb1	4879	0.187	0.2827	No
52	Fbln1	4971	0.181	0.2832	No
53	Tpm1	5153	0.171	0.2785	No
54	Itgb3	5261	0.165	0.2777	No
55	Pmepa1	5348	0.162	0.2780	No
56	Adam12	5351	0.161	0.2828	No
57	Abi3bp	5503	0.154	0.2793	No
58	Cd44	5750	0.143	0.2702	No
59	Id2	5933	0.135	0.2644	No
60	Fn1	5956	0.135	0.2673	No
61	Thbs1	6155	0.124	0.2603	No
62	Nid2	6179	0.124	0.2628	No
63	Vcan	6763	0.096	0.2339	No
64	Itgav	6825	0.093	0.2334	No
65	Cadm1	7442	0.067	0.2018	No
66	Eno2	7564	0.061	0.1970	No
67	Wipf1	7570	0.061	0.1986	No
68	P3h1	7635	0.058	0.1969	No
69	Pcolce	8058	0.041	0.1750	No
70	Basp1	8110	0.039	0.1735	No
71	Fzd8	8279	0.032	0.1652	No
72	Ppib	8541	0.022	0.1516	No
73	Copa	8855	0.009	0.1348	No
74	Bmp1	8874	0.008	0.1340	No
75	Spock1	9078	0.000	0.1229	No
76	Tpm2	9146	-0.000	0.1193	No
77	Col4a1	9357	-0.010	0.1081	No
78	Vegfa	9496	-0.016	0.1010	No
79	Plod1	9594	-0.019	0.0963	No
80	Lama2	9693	-0.023	0.0916	No
81	Mmp14	9747	-0.026	0.0895	No
82	Capg	9768	-0.027	0.0892	No
83	Ecm1	9879	-0.031	0.0842	No
84	Dst	9969	-0.034	0.0803	No
85	Gpc1	10280	-0.048	0.0649	No
86	Col7a1	10553	-0.060	0.0518	No
87	Gpx7	10652	-0.064	0.0484	No
88	Col16a1	11058	-0.082	0.0287	No
89	Pdgfrb	11130	-0.084	0.0274	No
90	Pfn2	11534	-0.102	0.0085	No
91	Thy1	11664	-0.107	0.0047	No
92	Mcm7	12064	-0.124	-0.0133	No
93	Dab2	12694	-0.154	-0.0430	No
94	Tnfrsf12a	12743	-0.156	-0.0408	No
95	Ecm2	12750	-0.156	-0.0364	No
96	Plod2	12991	-0.169	-0.0443	No
97	Colgalt1	13077	-0.173	-0.0436	No
98	Lama3	13246	-0.182	-0.0473	No
99	Vegfc	13505	-0.194	-0.0554	No
100	Plod3	13545	-0.196	-0.0515	No
101	Col1a1	13688	-0.205	-0.0530	No
102	Comp	13701	-0.205	-0.0474	No
103	Col12a1	13702	-0.205	-0.0411	No
104	Nt5e	14124	-0.225	-0.0573	No
105	Itga5	14839	-0.265	-0.0882	No
106	Sgcb	15026	-0.274	-0.0900	No
107	Spp1	15060	-0.276	-0.0834	No
108	Tpm4	15511	-0.308	-0.0985	No
109	Slit3	15672	-0.321	-0.0975	No
110	Fstl3	15765	-0.327	-0.0925	No
111	Vim	15878	-0.335	-0.0884	No
112	Slit2	15966	-0.342	-0.0827	No
113	Anpep	16085	-0.351	-0.0784	No
114	Fbn1	16118	-0.353	-0.0693	No
115	Ntm	16476	-0.386	-0.0770	No
116	Fstl1	16640	-0.401	-0.0736	No
117	Tgfb1	16923	-0.431	-0.0759	No
118	Tgfbr3	17112	-0.458	-0.0721	No
119	Glipr1	17281	-0.478	-0.0667	No
120	Pvr	17322	-0.485	-0.0540	No
121	Sat1	17399	-0.498	-0.0429	No
122	Lgals1	17821	-0.581	-0.0482	No
123	Igfbp4	17928	-0.606	-0.0354	No
124	Gadd45b	18016	-0.636	-0.0207	No
125	Tnfaip3	18088	-0.664	-0.0042	No
126	Emp3	18181	-0.709	0.0124	No