Details for gene set HALLMARK

Table: GSEA Results Summary

Dataset	Basophil.Basophil_Pheno.cls #Group2_versus_Group3.Basophil_Pheno.cls #Group2_versus_Group3_repos
Phenotype	Basophil_Pheno.cls#Group2_versus_Group3_repos
Upregulated in class	1
GeneSet	HALLMARK_COMPLEMENT
Enrichment Score (ES)	0.25960088
Normalized Enrichment Score (NES)	1.128544
Nominal p-value	0.23770492
FDR q-value	0.62029856
FWER p-Value	0.971

Table: GSEA details [plain text format]
	SYMBOL	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	Hspa1a	47	0.848	0.0214	Yes
2	Itgam	86	0.766	0.0409	Yes
3	Ehd1	109	0.738	0.0607	Yes
4	F5	122	0.720	0.0805	Yes
5	Jak2	140	0.700	0.0994	Yes
6	C3	161	0.683	0.1177	Yes
7	Lcp2	218	0.637	0.1325	Yes
8	Ctsc	376	0.576	0.1395	Yes
9	F8	508	0.537	0.1469	Yes
10	L3mbtl4	621	0.504	0.1545	Yes
11	Cfb	782	0.475	0.1584	Yes
12	Lgmn	859	0.463	0.1670	Yes
13	Tnfaip3	926	0.452	0.1759	Yes
14	Dgkg	935	0.450	0.1883	Yes
15	Gng2	1266	0.401	0.1798	Yes
16	Fdx1	1337	0.393	0.1868	Yes
17	Dpp4	1360	0.390	0.1966	Yes
18	Hspa5	1372	0.388	0.2070	Yes
19	Cpm	1509	0.371	0.2094	Yes
20	Ppp2cb	1757	0.345	0.2043	Yes
21	Gnai3	1848	0.334	0.2084	Yes
22	Cdk5r1	1889	0.331	0.2155	Yes
23	Lck	1891	0.331	0.2249	Yes
24	Actn2	1986	0.324	0.2284	Yes
25	Dock9	2079	0.315	0.2318	Yes
26	Gzmb	2137	0.310	0.2372	Yes
27	Rbsn	2155	0.308	0.2450	Yes
28	Sirt6	2174	0.307	0.2527	Yes
29	Raf1	2230	0.303	0.2580	Yes
30	Src	2386	0.291	0.2569	Yes
31	Col4a2	2477	0.285	0.2596	Yes
32	Rce1	2608	0.273	0.2595	No
33	Lgals3	2835	0.257	0.2532	No
34	Gmfb	2855	0.256	0.2594	No
35	Casp3	3058	0.241	0.2541	No
36	Kif2a	3288	0.227	0.2467	No
37	Dusp6	3342	0.224	0.2499	No
38	Pdp1	3436	0.219	0.2506	No
39	Cblb	3593	0.208	0.2471	No
40	Pdgfb	3660	0.204	0.2489	No
41	Cd36	3683	0.203	0.2533	No
42	Gngt2	3704	0.202	0.2579	No
43	Lap3	3774	0.198	0.2594	No
44	Serpinc1	3904	0.192	0.2571	No
45	Il6	4054	0.182	0.2533	No
46	C1qc	4112	0.179	0.2549	No
47	Plaur	4245	0.171	0.2518	No
48	Vcpip1	4468	0.162	0.2430	No
49	Anxa5	4583	0.155	0.2406	No
50	Pim1	4592	0.154	0.2445	No
51	Ctsl	4636	0.153	0.2463	No
52	Kcnip2	4696	0.149	0.2469	No
53	Gca	4733	0.147	0.2490	No
54	Pik3ca	4778	0.145	0.2504	No
55	Cpq	5265	0.121	0.2245	No
56	Plg	5396	0.113	0.2199	No
57	S100a13	5442	0.111	0.2204	No
58	Ctsb	5517	0.107	0.2189	No
59	Usp15	5620	0.102	0.2157	No
60	Lamp2	5637	0.100	0.2176	No
61	Ppp4c	5656	0.100	0.2193	No
62	Casp4	5681	0.098	0.2207	No
63	Dusp5	5683	0.098	0.2234	No
64	Timp2	6077	0.080	0.2020	No
65	Fyn	6149	0.077	0.1999	No
66	Atox1	6170	0.077	0.2009	No
67	Msrb1	6468	0.063	0.1847	No
68	Ctso	6471	0.063	0.1864	No
69	Ctsh	6606	0.056	0.1799	No
70	Prcp	6619	0.056	0.1808	No
71	Stx4a	6637	0.055	0.1813	No
72	Pla2g4a	6736	0.050	0.1768	No
73	Olr1	6809	0.047	0.1738	No
74	Cd46	6954	0.040	0.1663	No
75	Serpinb2	7104	0.034	0.1582	No
76	Calm3	7416	0.020	0.1400	No
77	Prkcd	7460	0.018	0.1379	No
78	Cdh13	7481	0.017	0.1372	No
79	Grb2	7554	0.014	0.1332	No
80	Irf7	7634	0.010	0.1287	No
81	C1qa	7717	0.007	0.1240	No
82	Calm1	7908	-0.000	0.1125	No
83	Ctss	7957	-0.003	0.1097	No
84	Was	8212	-0.015	0.0948	No
85	Adam9	8245	-0.016	0.0933	No
86	Fcer1g	8260	-0.017	0.0929	No
87	Rnf4	8361	-0.021	0.0875	No
88	Pik3cg	8569	-0.030	0.0759	No
89	Zeb1	8672	-0.035	0.0707	No
90	Akap10	8880	-0.046	0.0595	No
91	Mmp8	8985	-0.050	0.0546	No
92	Dock10	9175	-0.059	0.0449	No
93	Gnai2	9185	-0.060	0.0461	No
94	Spock2	9222	-0.062	0.0457	No
95	Plek	9420	-0.068	0.0357	No
96	Csrp1	9570	-0.075	0.0289	No
97	Usp8	9608	-0.077	0.0288	No
98	Prep	9647	-0.079	0.0288	No
99	Psen1	9827	-0.087	0.0205	No
100	Casp1	10006	-0.095	0.0124	No
101	Irf1	10075	-0.097	0.0111	No
102	Lta4h	10213	-0.103	0.0057	No
103	Cr2	10312	-0.107	0.0029	No
104	Cebpb	10526	-0.118	-0.0066	No
105	Gpd2	10539	-0.119	-0.0040	No
106	Lyn	10561	-0.120	-0.0018	No
107	Lrp1	10565	-0.120	0.0014	No
108	Irf2	11047	-0.142	-0.0236	No
109	Dock4	11073	-0.143	-0.0210	No
110	Car2	11077	-0.144	-0.0171	No
111	Rabif	11159	-0.148	-0.0177	No
112	Brpf3	11270	-0.153	-0.0200	No
113	Lipa	11419	-0.161	-0.0244	No
114	Prss36	11546	-0.168	-0.0272	No
115	Mmp14	11824	-0.182	-0.0387	No
116	Usp14	11992	-0.191	-0.0434	No
117	Gnb2	11994	-0.191	-0.0380	No
118	S100a9	12184	-0.201	-0.0437	No
119	F7	12253	-0.204	-0.0420	No
120	Gnb4	12323	-0.208	-0.0402	No
121	Usp16	12381	-0.212	-0.0376	No
122	Pfn1	12849	-0.239	-0.0590	No
123	F10	12902	-0.243	-0.0552	No
124	Cp	13028	-0.249	-0.0557	No
125	Pclo	13065	-0.252	-0.0507	No
126	Gp1ba	13097	-0.253	-0.0453	No
127	Casp7	13132	-0.256	-0.0401	No
128	Dgkh	13313	-0.267	-0.0433	No
129	Rhog	13355	-0.270	-0.0381	No
130	Fn1	13831	-0.305	-0.0581	No
131	Casp9	13835	-0.305	-0.0496	No
132	Xpnpep1	13977	-0.316	-0.0491	No
133	Sh2b3	14063	-0.324	-0.0450	No
134	Hnf4a	14100	-0.328	-0.0378	No
135	Mmp15	14134	-0.331	-0.0304	No
136	C2	14279	-0.343	-0.0293	No
137	Phex	14401	-0.353	-0.0265	No
138	Prdm4	14402	-0.353	-0.0164	No
139	Pik3r5	14759	-0.384	-0.0270	No
140	Gp9	14861	-0.392	-0.0219	No
141	Dyrk2	14935	-0.400	-0.0149	No
142	Psmb9	15249	-0.436	-0.0213	No
143	Ang	15434	-0.458	-0.0194	No
144	Ctsd	15456	-0.461	-0.0075	No
145	Plscr1	15564	-0.476	-0.0004	No
146	Kcnip3	15739	-0.506	0.0036	No
147	Maff	16078	-0.579	-0.0004	No
148	Apoc1	16086	-0.580	0.0158	No
149	Gata3	16486	-0.743	0.0129	No