## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/projects/colin_2022/results/qc/InsertSizeMetrics/GRCh37-HSC_D12_RU_1uM_plus_TA_100nM.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/projects/colin_2022/results/final_bam/GRCh37-HSC_D12_RU_1uM_plus_TA_100nM.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/slrinzema/projects/colin_2022/results/qc/InsertSizeMetrics/GRCh37-HSC_D12_RU_1uM_plus_TA_100nM.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Wed Sep 14 14:51:09 CEST 2022 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 246 169 108 21 983713 276.404154 227.304578 42645990 FR 43 85 127 171 217 275 427 2471 8159 17099 67497 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 8 24 5 25 3 26 5 27 9 28 200 29 335 30 472 31 1260 32 1297 33 1301 34 1374 35 1549 36 1754 37 1982 38 2379 39 2717 40 3146 41 3598 42 3964 43 4415 44 4869 45 5156 46 5772 47 6486 48 6970 49 7751 50 8663 51 9411 52 10142 53 11153 54 11764 55 12713 56 13824 57 14729 58 15983 59 17284 60 18273 61 19888 62 21053 63 22315 64 23503 65 24975 66 26099 67 27535 68 29092 69 30962 70 32597 71 33739 72 35710 73 36975 74 39023 75 40131 76 41931 77 43477 78 45031 79 47299 80 49477 81 50957 82 53396 83 54910 84 56917 85 58637 86 60394 87 61962 88 63620 89 65981 90 67912 91 70088 92 72812 93 74157 94 76139 95 77698 96 79079 97 80957 98 82363 99 83781 100 85679 101 88422 102 90279 103 92263 104 94440 105 95394 106 97488 107 99154 108 100421 109 102289 110 103784 111 105672 112 107663 113 109260 114 110750 115 113085 116 113505 117 114759 118 116547 119 117866 120 118708 121 120357 122 122311 123 123887 124 125445 125 126296 126 127753 127 127680 128 129834 129 129953 130 131282 131 132492 132 133483 133 135791 134 137076 135 136748 136 138313 137 139334 138 140176 139 140430 140 141091 141 141546 142 142554 143 143146 144 143025 145 143944 146 145453 147 145956 148 145659 149 145477 150 146131 151 146961 152 146651 153 147850 154 147570 155 148258 156 148405 157 149558 158 149502 159 149102 160 150067 161 149987 162 149576 163 150316 164 150967 165 150576 166 150620 167 150779 168 150797 169 151438 170 150362 171 150414 172 149737 173 149731 174 148733 175 149641 176 148587 177 149216 178 149199 179 148408 180 148288 181 147805 182 147096 183 146850 184 146933 185 146464 186 144991 187 146184 188 145156 189 144247 190 144448 191 143552 192 142811 193 142830 194 142511 195 141220 196 141166 197 140846 198 139926 199 139110 200 139209 201 138337 202 137617 203 137071 204 135823 205 135702 206 135243 207 134532 208 133568 209 132476 210 132631 211 131408 212 131041 213 129515 214 129445 215 128039 216 127508 217 126682 218 126255 219 125201 220 124785 221 123786 222 123098 223 122223 224 121317 225 119829 226 120027 227 119174 228 118151 229 117213 230 115879 231 114881 232 114026 233 113608 234 112483 235 111907 236 111023 237 110062 238 109035 239 107544 240 107820 241 106424 242 105613 243 105192 244 103979 245 102442 246 102021 247 100991 248 100611 249 99418 250 98483 251 97723 252 96470 253 96077 254 95325 255 94144 256 93307 257 91614 258 91276 259 90702 260 89270 261 88506 262 87881 263 87083 264 86143 265 85547 266 84095 267 83592 268 82583 269 82302 270 81361 271 80836 272 79289 273 78592 274 78072 275 76744 276 76094 277 75157 278 75043 279 73775 280 72926 281 72066 282 71366 283 70708 284 70682 285 69283 286 68405 287 67892 288 66671 289 65843 290 65644 291 64502 292 64286 293 63352 294 62930 295 62114 296 61382 297 60950 298 60045 299 59222 300 58979 301 57998 302 57351 303 56512 304 56048 305 55458 306 54691 307 54247 308 53665 309 52993 310 52577 311 52074 312 50815 313 50577 314 50223 315 49606 316 48676 317 47814 318 47656 319 47504 320 46755 321 45967 322 45058 323 44994 324 44206 325 43443 326 43477 327 42797 328 42650 329 41868 330 41537 331 40698 332 40467 333 39611 334 39374 335 39054 336 38348 337 38099 338 37319 339 37023 340 36571 341 36439 342 35618 343 35696 344 34805 345 34424 346 34117 347 33588 348 33334 349 33214 350 32428 351 32230 352 31926 353 31160 354 30999 355 30594 356 30624 357 30001 358 29789 359 29498 360 29015 361 28658 362 28348 363 27900 364 27738 365 27382 366 27020 367 26741 368 26425 369 26207 370 25643 371 25539 372 25419 373 24801 374 24695 375 24304 376 23971 377 23636 378 23717 379 23235 380 22949 381 22683 382 22349 383 22271 384 21833 385 21738 386 21478 387 21488 388 20901 389 20614 390 20655 391 20184 392 19868 393 19882 394 19855 395 19335 396 19380 397 18877 398 18806 399 18592 400 18363 401 18176 402 18017 403 17822 404 17507 405 17423 406 17225 407 16939 408 16856 409 16859 410 16279 411 16264 412 16152 413 16050 414 16087 415 15534 416 15675 417 15424 418 15151 419 14996 420 14942 421 14965 422 14640 423 14236 424 14290 425 14213 426 14115 427 13773 428 13571 429 13419 430 13424 431 13162 432 13197 433 13079 434 12705 435 12858 436 12679 437 12575 438 12456 439 12253 440 12304 441 12074 442 11803 443 11859 444 11753 445 11757 446 11525 447 11395 448 11200 449 11067 450 11247 451 11085 452 10747 453 10749 454 10680 455 10629 456 10515 457 10516 458 10389 459 10205 460 10243 461 9894 462 9969 463 9893 464 9802 465 9752 466 9672 467 9555 468 9538 469 9259 470 9506 471 9394 472 9170 473 9089 474 9391 475 8943 476 8900 477 8922 478 8817 479 8741 480 8767 481 8690 482 8556 483 8527 484 8581 485 8538 486 8321 487 8201 488 8116 489 8142 490 8104 491 8021 492 8081 493 7940 494 7985 495 7950 496 7669 497 7720 498 7577 499 7723 500 7737 501 7676 502 7570 503 7613 504 7484 505 7631 506 7519 507 7364 508 7502 509 7283 510 7274 511 7131 512 7270 513 7225 514 6930 515 7106 516 6923 517 6829 518 6992 519 6886 520 6863 521 6857 522 6772 523 6620 524 6787 525 6647 526 6624 527 6592 528 6594 529 6624 530 6590 531 6735 532 6491 533 6421 534 6490 535 6400 536 6419 537 6358 538 6438 539 6354 540 6305 541 6246 542 6154 543 6353 544 6139 545 6212 546 6176 547 6327 548 6094 549 6224 550 6056 551 6176 552 6031 553 5946 554 5931 555 5917 556 5957 557 5998 558 5947 559 5817 560 5784 561 5798 562 5850 563 5719 564 5739 565 5699 566 5804 567 5758 568 5803 569 5658 570 5668 571 5644 572 5607 573 5609 574 5631 575 5662 576 5591 577 5684 578 5589 579 5588 580 5550 581 5414 582 5624 583 5395 584 5446 585 5398 586 5385 587 5505 588 5376 589 5451 590 5379 591 5391 592 5541 593 5491 594 5636 595 5463 596 5414 597 5386 598 5254 599 5433 600 5360 601 5403 602 5509 603 5424 604 5338 605 5337 606 5389 607 5251 608 5176 609 5273 610 5250 611 5289 612 5266 613 5252 614 5238 615 5171 616 5180 617 5066 618 5126 619 5312 620 5231 621 5155 622 5257 623 5174 624 5246 625 5249 626 5131 627 5302 628 5080 629 5119 630 5216 631 5063 632 5223 633 5126 634 5207 635 5151 636 5220 637 5154 638 5110 639 5116 640 5098 641 5146 642 5167 643 5157 644 5183 645 5131 646 5140 647 5095 648 5060 649 5067 650 5077 651 5131 652 5053 653 5129 654 5049 655 5078 656 5052 657 5023 658 5166 659 5215 660 5036 661 5130 662 4996 663 4972 664 5062 665 5024 666 4931 667 5124 668 4996 669 4957 670 5098 671 5094 672 5012 673 4984 674 5041 675 5056 676 5019 677 4963 678 5017 679 5158 680 5103 681 5099 682 5073 683 4977 684 4946 685 5068 686 4992 687 4973 688 4887 689 5028 690 5040 691 5027 692 5102 693 5062 694 5127 695 5093 696 5014 697 4975 698 5096 699 5001 700 5138 701 5101 702 5059 703 5134 704 4915 705 4992 706 4951 707 4899 708 5017 709 4959 710 4916 711 5059 712 4990 713 4943 714 4949 715 4910 716 4969 717 4976 718 4895 719 4994 720 4824 721 4857 722 4871 723 5002 724 4852 725 4837 726 4786 727 4958 728 4940 729 4855 730 4855 731 4935 732 4885 733 4759 734 4808 735 4815 736 4822 737 4759 738 4815 739 4753 740 4836 741 4746 742 4799 743 4766 744 4822 745 4736 746 4848 747 4794 748 4639 749 4831 750 4735 751 4869 752 4634 753 4849 754 4691 755 4682 756 4689 757 4675 758 4716 759 4798 760 4793 761 4538 762 4635 763 4546 764 4650 765 4700 766 4717 767 4694 768 4675 769 4613 770 4547 771 4602 772 4719 773 4640 774 4618 775 4513 776 4529 777 4577 778 4436 779 4643 780 4448 781 4636 782 4660 783 4523 784 4592 785 4582 786 4549 787 4476 788 4433 789 4515 790 4255 791 4387 792 4406 793 4376 794 4450 795 4386 796 4444 797 4417 798 4471 799 4251 800 4299 801 4322 802 4355 803 4349 804 4423 805 4388 806 4410 807 4185 808 4248 809 4276 810 4391 811 4232 812 4331 813 4235 814 4225 815 4269 816 4288 817 4293 818 4161 819 4231 820 4200 821 4188 822 4095 823 4130 824 4110 825 4169 826 4140 827 4258 828 4175 829 4217 830 4151 831 4171 832 4113 833 4217 834 4075 835 4178 836 3992 837 4100 838 4067 839 4061 840 4106 841 4124 842 4287 843 4089 844 4127 845 4127 846 4141 847 4141 848 4005 849 4120 850 4101 851 4019 852 4078 853 4135 854 4134 855 4117 856 4090 857 4105 858 4107 859 4035 860 4059 861 4052 862 3988 863 4034 864 4124 865 3974 866 4058 867 4040 868 4063 869 3964 870 4063 871 3926 872 3925 873 4134 874 3907 875 3992 876 3996 877 3995 878 3951 879 4085 880 4014 881 3921 882 3988 883 4053 884 3900 885 4018 886 3925 887 4068 888 3978 889 3907 890 3956 891 3929 892 3977 893 3897 894 3926 895 3951 896 3969 897 3984 898 3877 899 3970 900 3973 901 3885 902 3909 903 3901 904 3921 905 3920 906 3860 907 3782 908 3892 909 3840 910 3876 911 3884 912 3945 913 3898 914 3817 915 3830 916 3913 917 3918 918 3942 919 3947 920 3791 921 3872 922 3759 923 3924 924 3966 925 3790 926 3808 927 3823 928 3791 929 3776 930 3795 931 3775 932 3786 933 3781 934 3818 935 3834 936 3714 937 3811 938 3697 939 3843 940 3794 941 3829 942 3806 943 3786 944 3835 945 3797 946 3971 947 3876 948 3798 949 3741 950 3765 951 3763 952 3636 953 3792 954 3792 955 3793 956 3794 957 3782 958 3701 959 3727 960 3790 961 3732 962 3774 963 3676 964 3755 965 3703 966 3717 967 3733 968 3726 969 3736 970 3744 971 3727 972 3661 973 3621 974 3631 975 3695 976 3566 977 3649 978 3705 979 3641 980 3679 981 3661 982 3550 983 3630 984 3612 985 3438 986 3583 987 3609 988 3627 989 3607 990 3568 991 3589 992 3650 993 3499 994 3583 995 3766 996 3555 997 3600 998 3610 999 3581 1000 3592 1001 3633 1002 3627 1003 3728 1004 3505 1005 3551 1006 3558 1007 3492 1008 3600 1009 3550 1010 3657 1011 3515 1012 3603 1013 3533 1014 3541 1015 3604 1016 3506 1017 3415 1018 3561 1019 3460 1020 3571 1021 3482 1022 3535 1023 3543 1024 3408 1025 3427 1026 3498 1027 3379 1028 3465 1029 3494 1030 3433 1031 3422 1032 3414 1033 3297 1034 3364 1035 3437 1036 3375 1037 3413 1038 3303 1039 3423 1040 3328 1041 3386 1042 3319 1043 3363 1044 3346 1045 3349 1046 3276 1047 3449 1048 3322 1049 3351 1050 3350 1051 3314 1052 3286 1053 3304 1054 3345 1055 3320 1056 3272 1057 3290 1058 3226 1059 3318 1060 3254 1061 3333 1062 3251 1063 3358 1064 3353 1065 3418 1066 3266 1067 3287 1068 3310 1069 3305 1070 3396 1071 3352 1072 3289 1073 3244 1074 3295 1075 3225 1076 3337 1077 3343 1078 3325 1079 3297 1080 3269 1081 3258 1082 3180 1083 3230 1084 3351 1085 3334 1086 3252 1087 3419 1088 3276 1089 3302 1090 3334 1091 3415 1092 3226 1093 3300 1094 3242 1095 3267 1096 3318 1097 3286 1098 3202 1099 3215 1100 3304 1101 3281 1102 3173 1103 3223 1104 3206 1105 3273 1106 3218 1107 3174 1108 3280 1109 3268 1110 3226 1111 3260 1112 3175 1113 3319 1114 3363 1115 3245 1116 3255 1117 3244 1118 3212 1119 3210 1120 3216 1121 3242 1122 3248 1123 3176 1124 3340 1125 3195 1126 3240 1127 3158 1128 3168 1129 3178 1130 3154 1131 3174 1132 3170 1133 3207 1134 3304 1135 3284 1136 3338 1137 3182 1138 3296 1139 3303 1140 3166 1141 3345 1142 3244 1143 3206 1144 3151 1145 3259 1146 3213 1147 3163 1148 3254 1149 3217 1150 3248 1151 3184 1152 3296 1153 3164 1154 3288 1155 3137 1156 3280 1157 3102 1158 3158 1159 3213 1160 3213 1161 3176 1162 3261 1163 3266 1164 3220 1165 3387 1166 3197 1167 3228 1168 3177 1169 3154 1170 3176 1171 3187 1172 3189 1173 3281 1174 3201 1175 3170 1176 3252 1177 3130 1178 3250 1179 3211 1180 3281 1181 3152 1182 3218 1183 3265 1184 3216 1185 3246 1186 3108 1187 3276 1188 3246 1189 3301 1190 3285 1191 3280 1192 3120 1193 3275 1194 3274 1195 3287 1196 3259 1197 3310 1198 3144 1199 3219 1200 3221 1201 3184 1202 3259 1203 3360 1204 3431 1205 3228 1206 3239 1207 3356 1208 3320 1209 3258 1210 3244 1211 3232 1212 3358 1213 3175 1214 3352 1215 3323 1216 3256 1217 3269 1218 3230 1219 3212 1220 3250 1221 3234 1222 3184 1223 3281 1224 3238 1225 3231 1226 3295 1227 3245 1228 3178 1229 3218 1230 3220 1231 3217 1232 3239 1233 3260 1234 3232 1235 3157 1236 3185 1237 3236 1238 3291 1239 3244 1240 3212 1241 3313 1242 3169 1243 3212 1244 3159 1245 3214 1246 3161 1247 3206 1248 3246 1249 3128 1250 3242 1251 3248 1252 3177 1253 3248 1254 3227 1255 3116 1256 3240 1257 3169 1258 3267 1259 3222 1260 3206 1261 3099 1262 3206 1263 3310 1264 3207 1265 3166 1266 3257 1267 3098 1268 3177 1269 3182 1270 3241 1271 3202 1272 3215 1273 3108 1274 3101 1275 3157 1276 3107 1277 3154 1278 3247 1279 3190 1280 3165 1281 3173 1282 3181 1283 3165 1284 3181 1285 3129 1286 3143 1287 3213 1288 3207 1289 3173 1290 3204 1291 3215 1292 3196 1293 3121 1294 3169 1295 3222 1296 3144 1297 3101 1298 3127 1299 3162 1300 3167 1301 3107 1302 3075 1303 3216 1304 3118 1305 3113 1306 3020 1307 3122 1308 2983 1309 3069 1310 3156 1311 3133 1312 3059 1313 3158 1314 3126 1315 3129 1316 3128 1317 3105 1318 3114 1319 3065 1320 2998 1321 3110 1322 3054 1323 3008 1324 3134 1325 3087 1326 2947