## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606365.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606365.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606365.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:02:35 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 220 114 113 21 1294695 305.19654 299.788108 23825733 FR 61 115 159 193 227 275 1049 2385 5131 9543 33733 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 3 23 3 24 3 25 4 26 7 27 13 28 16 29 20 30 42 31 236 32 206 33 185 34 218 35 244 36 217 37 226 38 226 39 236 40 214 41 241 42 199 43 248 44 258 45 275 46 252 47 276 48 303 49 286 50 316 51 364 52 448 53 432 54 450 55 545 56 588 57 699 58 773 59 968 60 1012 61 1280 62 1565 63 1894 64 2127 65 2522 66 2967 67 3613 68 4290 69 5374 70 6347 71 7634 72 9114 73 10674 74 12052 75 14168 76 16606 77 18702 78 21372 79 24204 80 27154 81 30770 82 34532 83 37774 84 41968 85 45733 86 49592 87 53479 88 58020 89 62935 90 67192 91 71947 92 76796 93 81095 94 85450 95 89244 96 93272 97 97013 98 101101 99 105610 100 108768 101 111980 102 115610 103 119105 104 121281 105 123363 106 124916 107 126245 108 128769 109 129594 110 131354 111 132931 112 134262 113 134287 114 134863 115 133924 116 134424 117 133604 118 134446 119 133014 120 133222 121 133011 122 131615 123 131629 124 130788 125 130039 126 129002 127 127886 128 127008 129 124907 130 123776 131 123176 132 122156 133 120715 134 119732 135 118372 136 117589 137 115591 138 113907 139 112756 140 111132 141 110032 142 108554 143 107314 144 105798 145 104225 146 102394 147 101049 148 99701 149 98299 150 96924 151 95423 152 93592 153 92920 154 91266 155 90653 156 88182 157 86872 158 85711 159 83799 160 82683 161 81214 162 80409 163 79032 164 78482 165 76990 166 75240 167 74733 168 73615 169 72277 170 71020 171 69999 172 69329 173 68069 174 67352 175 66660 176 65404 177 64139 178 63484 179 62613 180 61698 181 60888 182 60118 183 59229 184 58617 185 58091 186 56749 187 56466 188 55769 189 54905 190 54173 191 53637 192 53056 193 52758 194 52011 195 51254 196 51098 197 50621 198 49747 199 48984 200 48438 201 47895 202 47440 203 46301 204 46163 205 45597 206 44990 207 44963 208 44232 209 43745 210 43244 211 42508 212 42196 213 41578 214 40906 215 40858 216 40173 217 39679 218 39190 219 38934 220 38535 221 37987 222 37539 223 36868 224 36552 225 35878 226 36181 227 35730 228 35251 229 34961 230 34154 231 33768 232 33795 233 33185 234 32752 235 32544 236 31797 237 31641 238 31209 239 30791 240 30543 241 30302 242 29779 243 29664 244 29378 245 28620 246 27949 247 27990 248 27985 249 27434 250 26888 251 26673 252 26583 253 26081 254 25770 255 25449 256 25189 257 25006 258 24669 259 24686 260 24039 261 23807 262 23613 263 23119 264 22930 265 22524 266 22423 267 22191 268 21956 269 21831 270 21218 271 21154 272 20851 273 20801 274 20424 275 19940 276 19885 277 19775 278 19586 279 19392 280 19267 281 19140 282 18947 283 18650 284 18533 285 18293 286 18024 287 18021 288 17827 289 17471 290 17464 291 16852 292 16983 293 16884 294 16375 295 16261 296 16331 297 15919 298 15782 299 15566 300 15583 301 15449 302 15144 303 14943 304 14755 305 14749 306 14540 307 14429 308 14352 309 13921 310 14033 311 14000 312 13669 313 13673 314 13322 315 13250 316 12984 317 13154 318 12865 319 12634 320 12713 321 12467 322 12602 323 12224 324 12044 325 12117 326 12150 327 11843 328 11687 329 11557 330 11453 331 11278 332 11312 333 11189 334 10958 335 11251 336 10939 337 10851 338 10875 339 10731 340 10579 341 10324 342 10305 343 10245 344 10118 345 10173 346 10098 347 9876 348 9880 349 9721 350 9663 351 9577 352 9407 353 9532 354 9328 355 9190 356 9206 357 9303 358 9153 359 9092 360 8901 361 8791 362 8784 363 8703 364 8684 365 8593 366 8579 367 8560 368 8531 369 8358 370 8365 371 8254 372 8227 373 8276 374 8155 375 8069 376 8156 377 8156 378 7990 379 8142 380 7931 381 7846 382 7990 383 7737 384 7884 385 7796 386 7732 387 7667 388 7488 389 7459 390 7557 391 7427 392 7315 393 7408 394 7522 395 7272 396 7250 397 7335 398 7257 399 7227 400 7170 401 7163 402 7101 403 7095 404 6871 405 7112 406 7131 407 6947 408 6915 409 6924 410 6805 411 6841 412 6693 413 6846 414 6749 415 6612 416 6757 417 6677 418 6630 419 6607 420 6655 421 6677 422 6535 423 6561 424 6235 425 6415 426 6532 427 6334 428 6515 429 6362 430 6392 431 6254 432 6289 433 6259 434 6159 435 6290 436 5937 437 6044 438 5998 439 6075 440 6094 441 5992 442 5929 443 5897 444 5977 445 5921 446 6014 447 5857 448 5913 449 5795 450 5711 451 5754 452 5939 453 5823 454 5827 455 5828 456 5676 457 5709 458 5654 459 5688 460 5631 461 5555 462 5598 463 5646 464 5661 465 5682 466 5563 467 5511 468 5584 469 5482 470 5580 471 5491 472 5504 473 5442 474 5525 475 5428 476 5456 477 5382 478 5490 479 5432 480 5482 481 5396 482 5416 483 5412 484 5372 485 5270 486 5259 487 5423 488 5421 489 5336 490 5234 491 5378 492 5307 493 5218 494 5200 495 5427 496 5235 497 5220 498 5226 499 5151 500 5284 501 5270 502 5145 503 5100 504 5144 505 5062 506 5027 507 5043 508 5078 509 5249 510 4888 511 5099 512 5105 513 5034 514 5115 515 5011 516 5030 517 5120 518 5009 519 4946 520 5119 521 5023 522 4848 523 5008 524 5037 525 4948 526 4869 527 5031 528 4969 529 5116 530 5005 531 5069 532 4914 533 4956 534 4886 535 4861 536 4889 537 4969 538 4787 539 4936 540 4855 541 5006 542 4944 543 4863 544 4849 545 5043 546 4911 547 4905 548 4897 549 4981 550 4904 551 4960 552 4912 553 4888 554 4867 555 4715 556 4828 557 4784 558 4922 559 4938 560 4850 561 4758 562 4687 563 4815 564 4782 565 4877 566 4747 567 4943 568 4720 569 4875 570 4889 571 4887 572 4859 573 4853 574 4783 575 4771 576 4661 577 4636 578 4782 579 4732 580 4730 581 4754 582 4777 583 4717 584 4744 585 4782 586 4676 587 4700 588 4734 589 4735 590 4650 591 4674 592 4700 593 4764 594 4593 595 4762 596 4544 597 4766 598 4751 599 4755 600 4836 601 4692 602 4623 603 4764 604 4677 605 4726 606 4731 607 4637 608 4670 609 4779 610 4874 611 4586 612 4638 613 4615 614 4677 615 4680 616 4639 617 4675 618 4675 619 4669 620 4504 621 4749 622 4507 623 4677 624 4636 625 4647 626 4571 627 4640 628 4674 629 4530 630 4728 631 4452 632 4699 633 4638 634 4652 635 4596 636 4523 637 4579 638 4621 639 4605 640 4599 641 4583 642 4590 643 4618 644 4534 645 4492 646 4482 647 4536 648 4489 649 4553 650 4573 651 4574 652 4430 653 4564 654 4541 655 4609 656 4554 657 4406 658 4406 659 4558 660 4441 661 4487 662 4664 663 4449 664 4533 665 4454 666 4474 667 4493 668 4521 669 4409 670 4404 671 4513 672 4418 673 4495 674 4413 675 4462 676 4332 677 4484 678 4492 679 4322 680 4430 681 4524 682 4350 683 4410 684 4375 685 4508 686 4501 687 4305 688 4412 689 4483 690 4472 691 4464 692 4375 693 4474 694 4495 695 4473 696 4510 697 4537 698 4474 699 4440 700 4411 701 4436 702 4503 703 4568 704 4492 705 4528 706 4625 707 4478 708 4562 709 4456 710 4609 711 4573 712 4526 713 4493 714 4584 715 4545 716 4547 717 4572 718 4533 719 4516 720 4631 721 4522 722 4590 723 4455 724 4540 725 4536 726 4515 727 4482 728 4482 729 4584 730 4440 731 4634 732 4595 733 4487 734 4490 735 4605 736 4585 737 4641 738 4534 739 4477 740 4451 741 4502 742 4455 743 4490 744 4366 745 4521 746 4522 747 4593 748 4499 749 4478 750 4437 751 4623 752 4540 753 4570 754 4467 755 4505 756 4477 757 4558 758 4438 759 4439 760 4488 761 4412 762 4450 763 4447 764 4416 765 4419 766 4435 767 4577 768 4345 769 4547 770 4338 771 4463 772 4311 773 4412 774 4458 775 4456 776 4368 777 4370 778 4362 779 4415 780 4363 781 4349 782 4245 783 4212 784 4216 785 4334 786 4346 787 4426 788 4265 789 4334 790 4294 791 4306 792 4356 793 4364 794 4324 795 4273 796 4248 797 4174 798 4349 799 4281 800 4294 801 4158 802 4259 803 4289 804 4200 805 4239 806 4339 807 4294 808 4314 809 4236 810 4312 811 4131 812 4128 813 4158 814 4215 815 4082 816 4228 817 4122 818 4215 819 4177 820 4209 821 4169 822 4243 823 4182 824 4166 825 4192 826 4219 827 4157 828 4150 829 4013 830 4099 831 4230 832 4084 833 4117 834 4142 835 4146 836 4176 837 4235 838 4164 839 4172 840 4264 841 4178 842 4146 843 4201 844 4193 845 4159 846 4122 847 4135 848 4100 849 4245 850 4102 851 4192 852 4122 853 4191 854 4249 855 4134 856 4181 857 4193 858 4076 859 4204 860 4163 861 4188 862 4025 863 4101 864 4224 865 4148 866 4165 867 4094 868 4110 869 4072 870 4153 871 4188 872 4120 873 3982 874 4138 875 4122 876 4036 877 4276 878 4146 879 4066 880 4051 881 4148 882 4009 883 4046 884 4046 885 4063 886 4001 887 4070 888 4040 889 4024 890 3925 891 4063 892 4036 893 3994 894 3937 895 3980 896 4001 897 4046 898 4028 899 3991 900 4020 901 4042 902 3918 903 4043 904 3898 905 4000 906 4058 907 4020 908 3986 909 4030 910 4033 911 3917 912 3952 913 3959 914 3917 915 3924 916 3792 917 3938 918 3757 919 3809 920 3905 921 3858 922 3951 923 3877 924 3845 925 3987 926 3923 927 3863 928 3927 929 3823 930 3769 931 3847 932 3796 933 3936 934 3801 935 3802 936 3855 937 3983 938 3749 939 3760 940 3839 941 3832 942 3857 943 3795 944 3875 945 3764 946 3867 947 3810 948 3783 949 3767 950 3813 951 3785 952 3692 953 3737 954 3747 955 3687 956 3685 957 3584 958 3745 959 3794 960 3779 961 3725 962 3707 963 3636 964 3664 965 3641 966 3753 967 3683 968 3770 969 3659 970 3566 971 3664 972 3685 973 3599 974 3597 975 3660 976 3693 977 3619 978 3610 979 3665 980 3575 981 3545 982 3612 983 3736 984 3664 985 3598 986 3559 987 3587 988 3503 989 3586 990 3540 991 3561 992 3554 993 3555 994 3411 995 3537 996 3508 997 3537 998 3402 999 3558 1000 3592 1001 3595 1002 3640 1003 3491 1004 3545 1005 3518 1006 3604 1007 3490 1008 3448 1009 3402 1010 3459 1011 3525 1012 3634 1013 3614 1014 3546 1015 3431 1016 3576 1017 3493 1018 3600 1019 3501 1020 3557 1021 3570 1022 3480 1023 3557 1024 3512 1025 3432 1026 3393 1027 3521 1028 3568 1029 3538 1030 3437 1031 3463 1032 3487 1033 3384 1034 3453 1035 3496 1036 3444 1037 3538 1038 3496 1039 3553 1040 3374 1041 3524 1042 3567 1043 3368 1044 3517 1045 3482 1046 3475 1047 3525 1048 3467 1049 3503 1050 3466 1051 3585 1052 3508 1053 3465 1054 3440 1055 3425 1056 3464 1057 3558 1058 3547 1059 3552 1060 3614 1061 3578 1062 3630 1063 3672 1064 3591 1065 3595 1066 3649 1067 3637 1068 3550 1069 3541 1070 3619 1071 3615 1072 3586 1073 3573 1074 3542 1075 3600 1076 3637 1077 3592 1078 3717 1079 3650 1080 3660 1081 3622 1082 3638 1083 3683 1084 3592 1085 3653 1086 3686 1087 3622 1088 3650 1089 3631 1090 3645 1091 3660 1092 3692 1093 3597 1094 3614 1095 3751 1096 3674 1097 3563 1098 3606 1099 3664 1100 3583 1101 3579 1102 3600 1103 3678 1104 3580 1105 3624 1106 3545 1107 3658 1108 3686 1109 3631 1110 3646 1111 3482 1112 3597 1113 3603 1114 3583 1115 3481 1116 3580 1117 3557 1118 3434 1119 3488 1120 3595 1121 3642 1122 3583 1123 3621 1124 3600 1125 3576 1126 3462 1127 3540 1128 3461 1129 3571 1130 3614 1131 3587 1132 3578 1133 3509 1134 3513 1135 3553 1136 3545 1137 3569 1138 3432 1139 3584 1140 3550 1141 3446 1142 3489 1143 3599 1144 3603 1145 3568 1146 3654 1147 3444 1148 3489 1149 3423 1150 3459 1151 3562 1152 3505 1153 3411 1154 3349 1155 3498 1156 3413 1157 3334 1158 3429 1159 3500 1160 3464 1161 3280 1162 3410 1163 3267 1164 3397 1165 3414 1166 3404 1167 3390 1168 3386 1169 3430 1170 3324 1171 3398 1172 3428 1173 3318 1174 3371 1175 3313 1176 3391 1177 3223 1178 3288 1179 3293 1180 3227 1181 3280 1182 3275 1183 3258 1184 3277 1185 3297 1186 3262 1187 3329 1188 3270 1189 3246 1190 3290 1191 3345 1192 3279 1193 3299 1194 3281 1195 3243 1196 3169 1197 3201 1198 3185 1199 3173 1200 3204 1201 3160 1202 3155 1203 3162 1204 3174 1205 3180 1206 3228 1207 3237 1208 3232 1209 3248 1210 3210 1211 3273 1212 3246 1213 3131 1214 3195 1215 3241 1216 3168 1217 3197 1218 3194 1219 3181 1220 3208 1221 3176 1222 3161 1223 3255 1224 3280 1225 3166 1226 3257 1227 3136 1228 3107 1229 3249 1230 3226 1231 3281 1232 3324 1233 3147 1234 3101 1235 3124 1236 3219 1237 3177 1238 3139 1239 3114 1240 3170 1241 3101 1242 3162 1243 3139 1244 3163 1245 3154 1246 3196 1247 3273 1248 3153 1249 3138 1250 3142 1251 3176 1252 3104 1253 3195 1254 3150 1255 3125 1256 3043 1257 3136 1258 3137 1259 3117 1260 3124 1261 3080 1262 2997 1263 3219 1264 3101 1265 3170 1266 3048 1267 3152 1268 3118 1269 3070 1270 3228 1271 3113 1272 3070 1273 3093 1274 3171 1275 3221 1276 3047 1277 3043 1278 3117 1279 3107 1280 3044 1281 3043 1282 3062 1283 3017 1284 3057 1285 3013 1286 3068 1287 2986 1288 3031 1289 3064 1290 3078 1291 3045 1292 3029 1293 3116 1294 3113 1295 2997 1296 3080 1297 2997 1298 3090 1299 3004 1300 3059 1301 2935 1302 2949 1303 3036 1304 3075 1305 2993 1306 2961 1307 3010 1308 2964 1309 3116 1310 3070 1311 2998 1312 3104 1313 3069 1314 3047 1315 3080 1316 2964 1317 3072 1318 2998 1319 3094 1320 3031 1321 3015 1322 3015 1323 3076 1324 3066 1325 3020 1326 2926 1327 2959 1328 3084 1329 3106 1330 3080 1331 3088 1332 2993 1333 3050 1334 3052 1335 3016 1336 3079 1337 3103 1338 3160 1339 2934 1340 2988 1341 2984 1342 3032 1343 2982 1344 3046 1345 3047 1346 3133 1347 3075 1348 2982 1349 2991 1350 2938