## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606362.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606362.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606362.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 22:56:38 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 213 113 106 21 1321888 286.189196 274.803358 25362813 FR 55 105 145 181 213 257 959 2305 5063 9531 34521 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 3 23 3 24 5 25 4 26 2 27 14 28 9 29 17 30 50 31 236 32 252 33 231 34 255 35 257 36 226 37 244 38 243 39 223 40 253 41 281 42 261 43 294 44 271 45 269 46 314 47 325 48 323 49 376 50 360 51 416 52 523 53 455 54 528 55 649 56 692 57 855 58 1016 59 1113 60 1283 61 1625 62 1990 63 2173 64 2613 65 3142 66 3818 67 4490 68 5492 69 6568 70 7919 71 9472 72 10988 73 12875 74 14931 75 17294 76 19735 77 22717 78 25396 79 29018 80 32536 81 36496 82 40417 83 44530 84 48900 85 52618 86 57225 87 61921 88 66736 89 71728 90 76514 91 81619 92 86675 93 92465 94 96720 95 101064 96 104811 97 109271 98 113117 99 117286 100 121930 101 124377 102 127870 103 131468 104 133807 105 135391 106 137101 107 138394 108 140122 109 141410 110 142812 111 143646 112 144472 113 146057 114 145134 115 145838 116 144840 117 144225 118 144801 119 144219 120 143000 121 143160 122 141485 123 140599 124 140115 125 139629 126 137443 127 135943 128 134525 129 133437 130 132335 131 131543 132 129910 133 127765 134 127276 135 126428 136 124145 137 122472 138 121349 139 119550 140 118021 141 116491 142 115889 143 114544 144 112851 145 111439 146 109387 147 107883 148 105982 149 104463 150 102945 151 101477 152 100234 153 99087 154 97714 155 96381 156 94319 157 93580 158 91577 159 91292 160 89362 161 87615 162 86889 163 85837 164 84479 165 83735 166 82138 167 80466 168 79615 169 78661 170 76845 171 76173 172 75394 173 75125 174 73880 175 72256 176 71230 177 70882 178 69133 179 68448 180 67389 181 66531 182 66024 183 65078 184 64500 185 63404 186 62757 187 61885 188 60981 189 60249 190 60046 191 58914 192 57991 193 57632 194 56759 195 56553 196 55310 197 54850 198 53975 199 53449 200 52553 201 52130 202 51800 203 50871 204 50189 205 49879 206 49257 207 48851 208 48371 209 47525 210 47067 211 46620 212 45869 213 45198 214 44696 215 44190 216 43684 217 43594 218 42627 219 43029 220 42041 221 41228 222 41158 223 40167 224 39903 225 39307 226 39442 227 38601 228 38268 229 37615 230 37231 231 36711 232 36081 233 35904 234 35518 235 34986 236 34920 237 34466 238 33910 239 33564 240 32930 241 32717 242 32185 243 31841 244 31535 245 31233 246 30710 247 30579 248 30179 249 29474 250 29044 251 29015 252 28444 253 28247 254 27829 255 27330 256 27280 257 26743 258 26721 259 26421 260 26083 261 25641 262 25200 263 25366 264 24692 265 24426 266 24328 267 23966 268 23814 269 23698 270 23063 271 22868 272 22546 273 22522 274 21942 275 22029 276 21388 277 21504 278 21195 279 20965 280 20637 281 20057 282 20268 283 19848 284 19758 285 19647 286 19406 287 19013 288 18686 289 18528 290 18675 291 18215 292 18249 293 18065 294 17679 295 17566 296 17287 297 17008 298 16910 299 16631 300 16522 301 16251 302 16118 303 15984 304 15790 305 15571 306 15577 307 15304 308 15177 309 15082 310 14901 311 14728 312 14551 313 14380 314 14112 315 14078 316 13788 317 13720 318 13489 319 13310 320 13334 321 13515 322 12992 323 13219 324 12739 325 12702 326 12613 327 12407 328 12392 329 12161 330 12092 331 11922 332 11913 333 11967 334 11703 335 11332 336 11312 337 11462 338 11122 339 11305 340 11167 341 11035 342 10878 343 10731 344 10911 345 10819 346 10653 347 10460 348 10329 349 10310 350 10200 351 10066 352 10051 353 10101 354 9701 355 9639 356 9653 357 9473 358 9448 359 9362 360 9308 361 9300 362 9212 363 9092 364 9076 365 8890 366 8987 367 8844 368 8641 369 8622 370 8893 371 8682 372 8517 373 8583 374 8439 375 8451 376 8530 377 8486 378 8307 379 8392 380 8220 381 8220 382 8236 383 8162 384 8043 385 8107 386 7792 387 7908 388 7879 389 7740 390 7749 391 7791 392 7801 393 7586 394 7678 395 7660 396 7542 397 7672 398 7554 399 7493 400 7367 401 7426 402 7334 403 7411 404 7412 405 7358 406 7275 407 7251 408 7179 409 7037 410 7056 411 7115 412 7056 413 6882 414 6928 415 6908 416 6756 417 7091 418 6966 419 6838 420 6765 421 6915 422 6690 423 6717 424 6642 425 6631 426 6626 427 6602 428 6445 429 6534 430 6486 431 6491 432 6470 433 6667 434 6332 435 6432 436 6328 437 6416 438 6287 439 6274 440 6338 441 6159 442 6204 443 6264 444 6027 445 5982 446 6145 447 6165 448 5867 449 5953 450 6044 451 6113 452 6006 453 5870 454 6067 455 6030 456 5902 457 5840 458 5856 459 5941 460 5811 461 5758 462 5955 463 5826 464 5805 465 5702 466 5602 467 5670 468 5724 469 5600 470 5822 471 5785 472 5536 473 5575 474 5612 475 5700 476 5610 477 5592 478 5727 479 5553 480 5596 481 5527 482 5508 483 5568 484 5530 485 5503 486 5506 487 5573 488 5511 489 5486 490 5431 491 5455 492 5476 493 5396 494 5319 495 5379 496 5422 497 5353 498 5356 499 5315 500 5347 501 5325 502 5400 503 5304 504 5310 505 5298 506 5152 507 5167 508 5290 509 5299 510 5158 511 5151 512 5170 513 5166 514 5229 515 5080 516 5204 517 5279 518 5282 519 5099 520 5192 521 5031 522 5159 523 5190 524 5200 525 5109 526 5041 527 5115 528 5095 529 5155 530 5035 531 4887 532 5060 533 5111 534 5105 535 5090 536 4991 537 5065 538 5018 539 4988 540 5114 541 5024 542 5014 543 4943 544 5012 545 4979 546 4960 547 4975 548 4954 549 5046 550 5118 551 4953 552 5174 553 5011 554 5034 555 5089 556 5015 557 4973 558 4990 559 5083 560 5112 561 4950 562 4917 563 4829 564 4853 565 4992 566 4863 567 4937 568 4846 569 4924 570 4938 571 4812 572 4960 573 4858 574 4788 575 5019 576 4817 577 4930 578 4831 579 4790 580 4880 581 4906 582 4807 583 4804 584 4838 585 4770 586 4758 587 4747 588 4875 589 4846 590 4736 591 4817 592 4632 593 4744 594 4771 595 4784 596 4731 597 4737 598 4857 599 4804 600 4873 601 4791 602 4779 603 4681 604 4833 605 4815 606 4772 607 4835 608 4787 609 4686 610 4845 611 4825 612 4759 613 4757 614 4760 615 4761 616 4827 617 4757 618 4857 619 4736 620 4620 621 4756 622 4840 623 4799 624 4675 625 4828 626 4704 627 4709 628 4677 629 4699 630 4641 631 4707 632 4658 633 4766 634 4582 635 4653 636 4690 637 4766 638 4797 639 4617 640 4565 641 4566 642 4619 643 4720 644 4521 645 4602 646 4654 647 4541 648 4709 649 4589 650 4552 651 4665 652 4578 653 4565 654 4708 655 4612 656 4613 657 4574 658 4598 659 4583 660 4556 661 4536 662 4590 663 4577 664 4510 665 4502 666 4590 667 4568 668 4448 669 4493 670 4541 671 4546 672 4570 673 4689 674 4563 675 4587 676 4696 677 4577 678 4599 679 4545 680 4369 681 4560 682 4454 683 4692 684 4569 685 4469 686 4502 687 4510 688 4477 689 4501 690 4530 691 4527 692 4615 693 4564 694 4531 695 4575 696 4434 697 4580 698 4559 699 4482 700 4453 701 4540 702 4559 703 4507 704 4587 705 4566 706 4623 707 4590 708 4519 709 4669 710 4613 711 4564 712 4577 713 4551 714 4662 715 4648 716 4674 717 4654 718 4608 719 4625 720 4687 721 4676 722 4626 723 4683 724 4597 725 4550 726 4639 727 4591 728 4526 729 4551 730 4533 731 4720 732 4629 733 4632 734 4478 735 4617 736 4577 737 4615 738 4595 739 4612 740 4599 741 4580 742 4686 743 4561 744 4565 745 4730 746 4450 747 4458 748 4540 749 4547 750 4595 751 4526 752 4652 753 4514 754 4555 755 4615 756 4596 757 4505 758 4500 759 4653 760 4527 761 4520 762 4588 763 4523 764 4633 765 4552 766 4502 767 4606 768 4528 769 4468 770 4527 771 4591 772 4524 773 4480 774 4493 775 4352 776 4345 777 4495 778 4429 779 4447 780 4496 781 4504 782 4546 783 4350 784 4385 785 4406 786 4426 787 4406 788 4506 789 4395 790 4425 791 4364 792 4392 793 4371 794 4402 795 4390 796 4371 797 4381 798 4378 799 4450 800 4286 801 4390 802 4383 803 4330 804 4299 805 4303 806 4330 807 4397 808 4396 809 4364 810 4269 811 4342 812 4254 813 4256 814 4367 815 4415 816 4343 817 4427 818 4219 819 4305 820 4354 821 4285 822 4377 823 4295 824 4216 825 4219 826 4333 827 4211 828 4242 829 4252 830 4276 831 4266 832 4245 833 4224 834 4178 835 4290 836 4208 837 4263 838 4268 839 4208 840 4212 841 4373 842 4224 843 4256 844 4243 845 4273 846 4329 847 4263 848 4285 849 4218 850 4225 851 4196 852 4410 853 4118 854 4261 855 4205 856 4219 857 4329 858 4310 859 4246 860 4186 861 4286 862 4321 863 4243 864 4231 865 4175 866 4175 867 4213 868 4122 869 4116 870 4122 871 4212 872 4278 873 4233 874 4210 875 4090 876 4139 877 4140 878 4201 879 4181 880 4104 881 4234 882 4137 883 4215 884 4283 885 4210 886 4117 887 4286 888 4120 889 4212 890 4139 891 4098 892 4100 893 3985 894 3880 895 4108 896 4101 897 4120 898 4195 899 4155 900 4219 901 4054 902 4124 903 4109 904 4057 905 4080 906 4074 907 4034 908 4027 909 4095 910 3999 911 4068 912 4019 913 4130 914 3957 915 4043 916 4157 917 4019 918 4026 919 3962 920 3986 921 3997 922 3921 923 3944 924 3994 925 3946 926 3990 927 3966 928 4029 929 4028 930 3966 931 3888 932 3835 933 3831 934 3883 935 3871 936 3852 937 3869 938 3921 939 3819 940 3892 941 3858 942 3915 943 3901 944 3952 945 3867 946 3889 947 3880 948 3849 949 3923 950 3797 951 3912 952 3862 953 3958 954 3905 955 3804 956 3882 957 3797 958 3834 959 3860 960 3899 961 3712 962 3839 963 3902 964 3759 965 3889 966 3794 967 3868 968 3799 969 3686 970 3791 971 3791 972 3788 973 3710 974 3770 975 3808 976 3713 977 3799 978 3811 979 3702 980 3689 981 3753 982 3772 983 3772 984 3730 985 3824 986 3584 987 3730 988 3650 989 3698 990 3590 991 3655 992 3623 993 3615 994 3713 995 3629 996 3548 997 3677 998 3583 999 3608 1000 3636 1001 3671 1002 3673 1003 3577 1004 3568 1005 3678 1006 3590 1007 3631 1008 3676 1009 3596 1010 3574 1011 3643 1012 3620 1013 3648 1014 3730 1015 3533 1016 3672 1017 3683 1018 3687 1019 3674 1020 3588 1021 3518 1022 3500 1023 3594 1024 3590 1025 3581 1026 3539 1027 3473 1028 3530 1029 3513 1030 3540 1031 3616 1032 3631 1033 3524 1034 3596 1035 3516 1036 3557 1037 3576 1038 3573 1039 3538 1040 3653 1041 3496 1042 3564 1043 3576 1044 3666 1045 3535 1046 3689 1047 3507 1048 3641 1049 3570 1050 3637 1051 3689 1052 3739 1053 3583 1054 3672 1055 3658 1056 3611 1057 3563 1058 3717 1059 3751 1060 3683 1061 3692 1062 3730 1063 3594 1064 3510 1065 3676 1066 3702 1067 3652 1068 3702 1069 3742 1070 3715 1071 3641 1072 3678 1073 3724 1074 3751 1075 3613 1076 3706 1077 3719 1078 3705 1079 3818 1080 3718 1081 3707 1082 3716 1083 3699 1084 3660 1085 3829 1086 3659 1087 3757 1088 3691 1089 3597 1090 3643 1091 3641 1092 3640 1093 3726 1094 3783 1095 3658 1096 3745 1097 3701 1098 3659 1099 3749 1100 3755 1101 3823 1102 3706 1103 3561 1104 3722 1105 3776 1106 3714 1107 3610 1108 3705 1109 3721 1110 3695 1111 3665 1112 3600 1113 3530 1114 3562 1115 3642 1116 3702 1117 3594 1118 3646 1119 3680 1120 3647 1121 3679 1122 3704 1123 3604 1124 3680 1125 3555 1126 3640 1127 3574 1128 3612 1129 3601 1130 3664 1131 3636 1132 3598 1133 3523 1134 3566 1135 3502 1136 3647 1137 3521 1138 3685 1139 3428 1140 3681 1141 3671 1142 3541 1143 3663 1144 3530 1145 3581 1146 3563 1147 3576 1148 3591 1149 3618 1150 3487 1151 3514 1152 3511 1153 3565 1154 3467 1155 3589 1156 3454 1157 3461 1158 3549 1159 3563 1160 3452 1161 3469 1162 3436 1163 3400 1164 3415 1165 3496 1166 3512 1167 3485 1168 3402 1169 3483 1170 3416 1171 3471 1172 3454 1173 3449 1174 3425 1175 3412 1176 3329 1177 3431 1178 3345 1179 3463 1180 3388 1181 3478 1182 3451 1183 3323 1184 3288 1185 3310 1186 3304 1187 3369 1188 3290 1189 3300 1190 3295 1191 3303 1192 3391 1193 3314 1194 3280 1195 3299 1196 3372 1197 3277 1198 3188 1199 3310 1200 3309 1201 3327 1202 3216 1203 3220 1204 3247 1205 3327 1206 3220 1207 3319 1208 3398 1209 3240 1210 3193 1211 3285 1212 3230 1213 3243 1214 3154 1215 3346 1216 3378 1217 3398 1218 3211 1219 3333 1220 3206 1221 3205 1222 3438 1223 3235 1224 3357 1225 3326 1226 3276 1227 3352 1228 3267 1229 3203 1230 3342 1231 3314 1232 3326 1233 3229 1234 3276 1235 3169 1236 3263 1237 3319 1238 3226 1239 3366 1240 3154 1241 3222 1242 3284 1243 3177 1244 3230 1245 3155 1246 3388 1247 3243 1248 3254 1249 3226 1250 3235 1251 3233 1252 3199 1253 3191 1254 3143 1255 3140 1256 3148 1257 3152 1258 3294 1259 3296 1260 3279 1261 3202 1262 3125 1263 3225 1264 3305 1265 3275 1266 3123 1267 3171 1268 3157 1269 3277 1270 3202 1271 3184 1272 3240 1273 3145