## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606361.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606361.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606361.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:59:28 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 220 114 115 24 1210276 307.543518 306.902345 20199119 FR 63 119 161 197 231 281 1103 2463 5257 9735 33865 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 24 4 25 3 26 11 27 8 28 8 29 9 30 19 31 181 32 177 33 151 34 183 35 156 36 179 37 184 38 152 39 157 40 161 41 187 42 168 43 183 44 206 45 219 46 212 47 226 48 226 49 242 50 288 51 286 52 323 53 347 54 431 55 463 56 545 57 599 58 747 59 907 60 1032 61 1271 62 1551 63 1888 64 2222 65 2757 66 3246 67 3923 68 4779 69 5759 70 6885 71 8543 72 9763 73 11648 74 13278 75 15066 76 17535 77 19904 78 22401 79 25632 80 28479 81 31858 82 35551 83 38777 84 42199 85 45913 86 49640 87 53320 88 57376 89 61522 90 65036 91 69432 92 73505 93 77624 94 80614 95 84776 96 86951 97 89473 98 93488 99 95456 100 99142 101 101060 102 103786 103 105967 104 106973 105 109379 106 109074 107 110920 108 111397 109 112181 110 113477 111 113913 112 114396 113 114352 114 114685 115 114063 116 113581 117 112328 118 112619 119 111483 120 110309 121 110810 122 109610 123 109079 124 108091 125 107022 126 105698 127 104783 128 103890 129 102557 130 101935 131 100776 132 100036 133 97968 134 97356 135 96197 136 94600 137 93433 138 91628 139 91244 140 90395 141 88915 142 88456 143 86676 144 85578 145 84585 146 83330 147 81809 148 80964 149 79559 150 78228 151 77125 152 76155 153 75231 154 74051 155 73323 156 72084 157 70528 158 70004 159 68520 160 67864 161 66604 162 65548 163 64987 164 63635 165 63160 166 61836 167 60962 168 60259 169 59390 170 58373 171 57733 172 57342 173 56543 174 55197 175 54435 176 54001 177 53100 178 52722 179 51398 180 50936 181 50096 182 50029 183 49218 184 48821 185 47955 186 47053 187 47522 188 46389 189 45886 190 45177 191 44806 192 44093 193 43421 194 42781 195 42599 196 42378 197 41547 198 41153 199 40574 200 39922 201 39239 202 39457 203 38968 204 38293 205 37969 206 37633 207 36695 208 36697 209 36076 210 35215 211 35269 212 34846 213 34748 214 33843 215 33415 216 33066 217 32806 218 32691 219 32238 220 31804 221 31379 222 30781 223 30553 224 29891 225 30005 226 29433 227 29517 228 28998 229 28578 230 27917 231 28063 232 27915 233 27291 234 26843 235 26660 236 26368 237 25957 238 25807 239 25220 240 24984 241 24587 242 24624 243 24134 244 23951 245 23505 246 23144 247 22910 248 22904 249 22479 250 22095 251 21745 252 21694 253 21228 254 21301 255 20943 256 20594 257 20338 258 20203 259 20249 260 19583 261 19592 262 19285 263 18937 264 18697 265 18659 266 18300 267 18135 268 18150 269 17805 270 17614 271 17231 272 17172 273 17057 274 16691 275 16614 276 16279 277 16293 278 15904 279 15686 280 15985 281 15675 282 15474 283 15296 284 14884 285 14975 286 14503 287 14462 288 14145 289 14252 290 13932 291 13916 292 13721 293 13680 294 13331 295 13221 296 13127 297 12847 298 12860 299 12683 300 12743 301 12564 302 12339 303 12215 304 12009 305 11946 306 11847 307 11541 308 11565 309 11524 310 11308 311 11148 312 11192 313 10830 314 10849 315 10938 316 10734 317 10588 318 10547 319 10319 320 10237 321 10229 322 10135 323 9835 324 9908 325 9840 326 9724 327 9547 328 9310 329 9408 330 9241 331 9175 332 9269 333 9141 334 8854 335 8910 336 8818 337 8918 338 8543 339 8829 340 8481 341 8415 342 8509 343 8439 344 8371 345 8122 346 8205 347 7904 348 7907 349 7794 350 7823 351 7908 352 7732 353 7721 354 7546 355 7529 356 7423 357 7319 358 7428 359 7406 360 7195 361 7214 362 7070 363 7143 364 7095 365 6979 366 7002 367 6914 368 6945 369 6787 370 6812 371 6815 372 6637 373 6572 374 6683 375 6746 376 6543 377 6611 378 6438 379 6648 380 6597 381 6301 382 6277 383 6423 384 6389 385 6311 386 6189 387 6263 388 6207 389 6229 390 6139 391 6060 392 6047 393 5981 394 5911 395 6069 396 5949 397 5937 398 5729 399 5821 400 5984 401 5921 402 5860 403 5718 404 5750 405 5760 406 5685 407 5615 408 5605 409 5696 410 5654 411 5659 412 5392 413 5588 414 5421 415 5543 416 5457 417 5432 418 5445 419 5506 420 5434 421 5395 422 5440 423 5356 424 5356 425 5221 426 5165 427 5293 428 5276 429 5198 430 5242 431 5177 432 5093 433 5207 434 5043 435 4993 436 4923 437 5027 438 4906 439 4953 440 5003 441 4853 442 4894 443 5117 444 4947 445 4854 446 4763 447 4828 448 4857 449 4800 450 4688 451 4759 452 4826 453 4764 454 4799 455 4728 456 4732 457 4797 458 4606 459 4777 460 4709 461 4671 462 4636 463 4675 464 4660 465 4707 466 4635 467 4578 468 4575 469 4640 470 4578 471 4512 472 4587 473 4611 474 4536 475 4454 476 4517 477 4440 478 4548 479 4561 480 4660 481 4464 482 4517 483 4593 484 4309 485 4535 486 4458 487 4471 488 4503 489 4421 490 4445 491 4479 492 4430 493 4363 494 4446 495 4369 496 4370 497 4477 498 4272 499 4351 500 4300 501 4437 502 4310 503 4389 504 4280 505 4255 506 4086 507 4267 508 4301 509 4234 510 4247 511 4183 512 4311 513 4227 514 4166 515 4251 516 4329 517 4217 518 4137 519 4216 520 4107 521 4255 522 4192 523 4129 524 4196 525 4192 526 4137 527 4151 528 4201 529 4144 530 4239 531 4121 532 4236 533 4161 534 4180 535 4110 536 4114 537 4106 538 4154 539 4138 540 4176 541 4126 542 4181 543 4188 544 4166 545 4081 546 4235 547 4122 548 3984 549 4118 550 4187 551 4160 552 4193 553 4095 554 4097 555 4091 556 4081 557 4176 558 4106 559 4044 560 3991 561 3992 562 3997 563 3977 564 4080 565 4052 566 3972 567 3977 568 3960 569 4029 570 3910 571 4029 572 4059 573 3986 574 4039 575 3979 576 3952 577 3960 578 3841 579 3949 580 3953 581 3886 582 4024 583 3880 584 3871 585 3890 586 3892 587 3943 588 4006 589 3922 590 3965 591 3933 592 3946 593 3830 594 3931 595 3810 596 4028 597 3850 598 3896 599 4024 600 3893 601 3919 602 4039 603 3977 604 3867 605 3847 606 3950 607 3994 608 3914 609 3819 610 4045 611 3916 612 3935 613 3884 614 3981 615 3930 616 3780 617 3861 618 3805 619 3855 620 3836 621 3855 622 3889 623 3808 624 3959 625 3794 626 3943 627 3853 628 3965 629 3840 630 3938 631 3940 632 3772 633 3731 634 3838 635 3788 636 3809 637 3907 638 3801 639 3902 640 3760 641 3777 642 3791 643 3822 644 3866 645 3800 646 3786 647 3764 648 3768 649 3784 650 3780 651 3699 652 3728 653 3754 654 3792 655 3795 656 3809 657 3755 658 3677 659 3763 660 3741 661 3808 662 3713 663 3716 664 3727 665 3715 666 3758 667 3711 668 3835 669 3769 670 3680 671 3743 672 3740 673 3761 674 3834 675 3723 676 3730 677 3766 678 3776 679 3708 680 3809 681 3943 682 3744 683 3706 684 3763 685 3725 686 3684 687 3787 688 3752 689 3691 690 3751 691 3651 692 3589 693 3765 694 3762 695 3788 696 3778 697 3782 698 3797 699 3720 700 3815 701 3794 702 3817 703 3731 704 3682 705 3817 706 3848 707 3785 708 3812 709 3827 710 3748 711 3881 712 3830 713 3805 714 3835 715 3825 716 3900 717 3866 718 3798 719 3893 720 3908 721 3905 722 3862 723 3855 724 3734 725 3774 726 3828 727 3844 728 3932 729 3820 730 3769 731 3941 732 3916 733 3892 734 3834 735 3880 736 3985 737 3847 738 3809 739 3862 740 3830 741 3839 742 3787 743 3867 744 3874 745 3790 746 3835 747 3915 748 3884 749 3923 750 3891 751 3890 752 3772 753 3733 754 3824 755 3839 756 3772 757 3901 758 3801 759 3865 760 3804 761 3815 762 3808 763 3856 764 3778 765 3820 766 3648 767 3801 768 3893 769 3669 770 3767 771 3788 772 3854 773 3815 774 3769 775 3820 776 3860 777 3661 778 3711 779 3784 780 3639 781 3771 782 3791 783 3725 784 3700 785 3750 786 3668 787 3756 788 3678 789 3704 790 3645 791 3647 792 3785 793 3629 794 3683 795 3756 796 3573 797 3729 798 3710 799 3758 800 3605 801 3717 802 3684 803 3744 804 3697 805 3701 806 3675 807 3585 808 3687 809 3706 810 3694 811 3512 812 3607 813 3649 814 3585 815 3621 816 3696 817 3625 818 3591 819 3602 820 3589 821 3631 822 3506 823 3526 824 3539 825 3588 826 3603 827 3572 828 3404 829 3491 830 3455 831 3573 832 3579 833 3547 834 3538 835 3473 836 3443 837 3664 838 3439 839 3527 840 3589 841 3466 842 3492 843 3601 844 3556 845 3536 846 3464 847 3461 848 3514 849 3550 850 3530 851 3601 852 3537 853 3523 854 3655 855 3444 856 3492 857 3588 858 3548 859 3531 860 3478 861 3533 862 3630 863 3531 864 3635 865 3508 866 3544 867 3424 868 3440 869 3505 870 3507 871 3526 872 3535 873 3487 874 3489 875 3569 876 3403 877 3477 878 3485 879 3446 880 3407 881 3392 882 3456 883 3450 884 3472 885 3540 886 3484 887 3434 888 3559 889 3425 890 3366 891 3298 892 3442 893 3396 894 3400 895 3352 896 3426 897 3440 898 3451 899 3436 900 3467 901 3396 902 3416 903 3385 904 3450 905 3312 906 3355 907 3323 908 3367 909 3327 910 3372 911 3302 912 3269 913 3374 914 3312 915 3297 916 3251 917 3298 918 3282 919 3351 920 3346 921 3292 922 3187 923 3253 924 3298 925 3319 926 3382 927 3235 928 3303 929 3242 930 3147 931 3263 932 3204 933 3220 934 3260 935 3239 936 3201 937 3204 938 3309 939 3254 940 3192 941 3227 942 3208 943 3193 944 3141 945 3278 946 3155 947 3195 948 3279 949 3140 950 3191 951 3047 952 3150 953 3151 954 3027 955 3139 956 3189 957 3094 958 3229 959 3256 960 3037 961 3018 962 3175 963 3042 964 3097 965 3159 966 3071 967 3130 968 3082 969 3037 970 3161 971 3061 972 3106 973 3061 974 3144 975 3059 976 3119 977 3124 978 3131 979 3021 980 2972 981 3039 982 3065 983 3016 984 3104 985 3143 986 2988 987 3007 988 3015 989 2985 990 3089 991 3121 992 3011 993 2953 994 3086 995 3006 996 3000 997 3006 998 3060 999 3002 1000 2988 1001 2922 1002 2958 1003 2976 1004 2950 1005 2980 1006 2998 1007 2967 1008 2995 1009 2950 1010 3062 1011 3039 1012 3090 1013 3025 1014 3000 1015 2932 1016 2952 1017 2845 1018 2963 1019 2996 1020 3046 1021 2902 1022 3018 1023 3061 1024 2945 1025 2939 1026 2921 1027 2910 1028 2926 1029 2868 1030 2914 1031 2951 1032 2984 1033 2898 1034 2916 1035 2987 1036 2821 1037 2960 1038 2939 1039 3082 1040 2896 1041 2885 1042 2841 1043 2984 1044 2852 1045 2925 1046 2938 1047 2846 1048 2941 1049 2968 1050 3011 1051 2987 1052 3070 1053 2962 1054 2959 1055 3052 1056 3047 1057 2975 1058 2971 1059 2937 1060 2976 1061 3028 1062 2929 1063 3081 1064 3042 1065 3040 1066 3068 1067 2983 1068 3074 1069 3075 1070 3065 1071 3104 1072 3131 1073 3022 1074 3064 1075 3076 1076 2992 1077 3012 1078 3033 1079 3064 1080 3135 1081 3069 1082 3070 1083 3096 1084 3106 1085 3054 1086 3012 1087 3092 1088 3070 1089 3192 1090 3124 1091 3093 1092 3136 1093 3077 1094 2994 1095 3090 1096 3125 1097 3040 1098 3101 1099 3067 1100 3077 1101 3001 1102 3061 1103 2957 1104 3049 1105 2989 1106 2957 1107 3111 1108 2943 1109 3088 1110 3056 1111 3089 1112 3004 1113 3098 1114 3042 1115 3048 1116 3070 1117 3028 1118 2978 1119 3115 1120 2945 1121 3024 1122 3093 1123 3082 1124 3087 1125 2947 1126 2936 1127 3004 1128 3067 1129 3011 1130 3090 1131 2963 1132 3004 1133 3066 1134 3026 1135 2874 1136 2982 1137 2934 1138 2984 1139 2963 1140 2973 1141 2974 1142 2994 1143 2980 1144 3066 1145 2991 1146 2937 1147 2921 1148 2991 1149 2976 1150 3006 1151 2891 1152 2857 1153 2972 1154 2904 1155 2847 1156 2898 1157 2950 1158 2888 1159 2911 1160 2905 1161 2950 1162 2937 1163 2811 1164 2862 1165 2800 1166 2951 1167 2866 1168 2873 1169 2829 1170 2812 1171 2793 1172 2828 1173 2842 1174 2855 1175 2855 1176 2853 1177 2830 1178 2804 1179 2776 1180 2805 1181 2922 1182 2764 1183 2747 1184 2809 1185 2773 1186 2793 1187 2690 1188 2783 1189 2762 1190 2711 1191 2794 1192 2800 1193 2828 1194 2840 1195 2727 1196 2813 1197 2682 1198 2817 1199 2792 1200 2638 1201 2642 1202 2738 1203 2642 1204 2694 1205 2713 1206 2812 1207 2715 1208 2771 1209 2711 1210 2755 1211 2706 1212 2700 1213 2723 1214 2780 1215 2713 1216 2697 1217 2725 1218 2679 1219 2659 1220 2723 1221 2774 1222 2756 1223 2707 1224 2726 1225 2822 1226 2704 1227 2798 1228 2746 1229 2721 1230 2744 1231 2756 1232 2758 1233 2708 1234 2744 1235 2751 1236 2720 1237 2751 1238 2764 1239 2684 1240 2720 1241 2701 1242 2651 1243 2682 1244 2698 1245 2678 1246 2734 1247 2752 1248 2720 1249 2773 1250 2731 1251 2761 1252 2739 1253 2798 1254 2758 1255 2771 1256 2754 1257 2654 1258 2635 1259 2707 1260 2794 1261 2674 1262 2719 1263 2666 1264 2648 1265 2698 1266 2715 1267 2561 1268 2672 1269 2676 1270 2700 1271 2667 1272 2608 1273 2699 1274 2647 1275 2671 1276 2616 1277 2643 1278 2582 1279 2616 1280 2685 1281 2635 1282 2585 1283 2626 1284 2645 1285 2690 1286 2628 1287 2659 1288 2565 1289 2588 1290 2572 1291 2523 1292 2558 1293 2663 1294 2606 1295 2617 1296 2592 1297 2592 1298 2446 1299 2578 1300 2670 1301 2532 1302 2527 1303 2646 1304 2621 1305 2631 1306 2541 1307 2600 1308 2642 1309 2566 1310 2551 1311 2552 1312 2651 1313 2511 1314 2654 1315 2642 1316 2610 1317 2621 1318 2551 1319 2572 1320 2644 1321 2668 1322 2672 1323 2535 1324 2586 1325 2604 1326 2650 1327 2592 1328 2601 1329 2584 1330 2557 1331 2589 1332 2606 1333 2617 1334 2596 1335 2610 1336 2628 1337 2560 1338 2595 1339 2550 1340 2579 1341 2715 1342 2590 1343 2662 1344 2570 1345 2656 1346 2593 1347 2569 1348 2648 1349 2604 1350 2529 1351 2567 1352 2495 1353 2571 1354 2480 1355 2495 1356 2569 1357 2482 1358 2564 1359 2528 1360 2580 1361 2608 1362 2544 1363 2495 1364 2495 1365 2559 1366 2504 1367 2410 1368 2623 1369 2522 1370 2453