## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606360.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606360.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606360.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:05:59 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 208 115 102 21 1848799 277.320009 263.58432 19194331 FR 55 101 141 173 205 247 925 2237 4899 9199 33017 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 23 2 24 5 25 3 26 8 27 9 28 13 29 18 30 35 31 181 32 196 33 163 34 156 35 175 36 165 37 165 38 216 39 159 40 182 41 194 42 222 43 196 44 197 45 237 46 218 47 259 48 273 49 262 50 289 51 321 52 399 53 390 54 443 55 531 56 579 57 657 58 811 59 901 60 1079 61 1285 62 1596 63 1812 64 2151 65 2569 66 3094 67 3772 68 4395 69 5344 70 6499 71 7679 72 8956 73 10558 74 11979 75 13930 76 15822 77 17844 78 20541 79 22744 80 25946 81 29051 82 31823 83 35122 84 38790 85 41563 86 45440 87 49214 88 52965 89 56926 90 60621 91 64900 92 68914 93 73275 94 76549 95 79873 96 82906 97 86706 98 90015 99 92498 100 96141 101 99242 102 101244 103 103896 104 105759 105 107613 106 108262 107 109503 108 110354 109 112003 110 113333 111 114127 112 114554 113 115083 114 114957 115 115188 116 113823 117 112753 118 113459 119 112724 120 112608 121 112191 122 111732 123 110583 124 110209 125 109144 126 107388 127 106281 128 105178 129 103757 130 103120 131 101941 132 101144 133 99670 134 98917 135 97795 136 96594 137 94382 138 93765 139 92263 140 91094 141 89526 142 88934 143 88083 144 86469 145 85398 146 83822 147 82512 148 81390 149 79994 150 78688 151 78295 152 77198 153 75670 154 74382 155 73564 156 72215 157 71313 158 69796 159 68640 160 67824 161 66410 162 65600 163 64613 164 63764 165 62775 166 61713 167 60629 168 59667 169 58849 170 57892 171 56923 172 56508 173 55453 174 54549 175 54164 176 53062 177 52779 178 51893 179 51036 180 50139 181 49383 182 48956 183 48423 184 47747 185 47023 186 46579 187 45770 188 45272 189 44689 190 44234 191 43536 192 42859 193 42381 194 41847 195 41714 196 40799 197 40509 198 40030 199 39212 200 38944 201 38617 202 38085 203 37396 204 37184 205 36863 206 36096 207 36338 208 35646 209 35092 210 34281 211 33925 212 33614 213 33203 214 32944 215 32365 216 31812 217 31695 218 30870 219 30766 220 30880 221 30247 222 29745 223 29435 224 29258 225 28835 226 28526 227 28238 228 27959 229 27406 230 27145 231 26771 232 26466 233 26049 234 25781 235 25433 236 25342 237 24765 238 24858 239 24375 240 24123 241 23926 242 23299 243 22983 244 22727 245 22562 246 22443 247 22257 248 21574 249 21266 250 21228 251 20935 252 20735 253 20666 254 20206 255 20059 256 19835 257 19496 258 19059 259 19234 260 18616 261 18449 262 18488 263 18238 264 17958 265 17480 266 17469 267 17348 268 17231 269 17012 270 16725 271 16447 272 16372 273 16171 274 16044 275 15801 276 15552 277 15495 278 15281 279 15020 280 14907 281 14618 282 14349 283 14383 284 14207 285 14176 286 13957 287 13772 288 13586 289 13359 290 13314 291 13077 292 13067 293 12909 294 12704 295 12487 296 12645 297 12142 298 12143 299 11880 300 11790 301 11790 302 11654 303 11529 304 11248 305 11180 306 11168 307 10943 308 10866 309 10747 310 10665 311 10640 312 10467 313 10383 314 10244 315 10061 316 9972 317 10008 318 9965 319 9625 320 9656 321 9560 322 9477 323 9531 324 9319 325 9190 326 9102 327 8825 328 8890 329 8796 330 8732 331 8611 332 8520 333 8432 334 8322 335 8255 336 8151 337 8115 338 7949 339 8070 340 7905 341 7841 342 7968 343 7595 344 7625 345 7534 346 7544 347 7585 348 7419 349 7246 350 7373 351 7206 352 7209 353 7157 354 6984 355 6888 356 6970 357 6999 358 6824 359 6957 360 6650 361 6721 362 6835 363 6515 364 6615 365 6486 366 6577 367 6604 368 6374 369 6370 370 6457 371 6298 372 6157 373 6287 374 6162 375 6159 376 6183 377 6067 378 5994 379 6070 380 6107 381 5891 382 5861 383 5835 384 5871 385 5893 386 5840 387 5799 388 5829 389 5709 390 5774 391 5657 392 5696 393 5564 394 5639 395 5558 396 5531 397 5492 398 5483 399 5538 400 5473 401 5470 402 5358 403 5459 404 5320 405 5391 406 5436 407 5297 408 5162 409 5204 410 5210 411 5187 412 5304 413 5271 414 5231 415 5133 416 5110 417 5032 418 5039 419 5195 420 5105 421 4954 422 5070 423 5075 424 4934 425 4902 426 4956 427 4798 428 4846 429 4652 430 4821 431 4973 432 4855 433 4795 434 4759 435 4690 436 4749 437 4688 438 4737 439 4659 440 4681 441 4684 442 4530 443 4672 444 4531 445 4544 446 4573 447 4454 448 4421 449 4571 450 4365 451 4364 452 4353 453 4416 454 4332 455 4429 456 4381 457 4435 458 4448 459 4333 460 4361 461 4294 462 4441 463 4163 464 4351 465 4355 466 4258 467 4270 468 4158 469 4244 470 4303 471 4268 472 4223 473 4373 474 4206 475 4272 476 4185 477 4295 478 4268 479 4324 480 4177 481 4209 482 4282 483 4156 484 4244 485 4110 486 4187 487 4186 488 4173 489 4116 490 4096 491 4061 492 3988 493 4150 494 4138 495 4095 496 3971 497 4240 498 4072 499 4059 500 4171 501 4114 502 3980 503 4020 504 4065 505 3913 506 3919 507 3944 508 4052 509 3917 510 3888 511 4006 512 3901 513 4028 514 3941 515 4079 516 3963 517 4015 518 3895 519 4006 520 3923 521 3993 522 3906 523 3887 524 3931 525 3848 526 3967 527 3915 528 3819 529 3973 530 3883 531 3874 532 3905 533 3906 534 3829 535 3844 536 3853 537 3868 538 3650 539 3806 540 3806 541 3858 542 3933 543 3917 544 3930 545 3883 546 3819 547 3825 548 3846 549 3877 550 3870 551 3808 552 3822 553 3789 554 3731 555 3825 556 3844 557 3734 558 3797 559 3839 560 3734 561 3713 562 3751 563 3770 564 3787 565 3641 566 3847 567 3674 568 3797 569 3704 570 3736 571 3806 572 3677 573 3868 574 3726 575 3835 576 3637 577 3731 578 3700 579 3878 580 3739 581 3763 582 3763 583 3669 584 3679 585 3607 586 3684 587 3670 588 3718 589 3716 590 3639 591 3647 592 3608 593 3687 594 3523 595 3587 596 3678 597 3816 598 3604 599 3740 600 3671 601 3741 602 3753 603 3674 604 3636 605 3763 606 3690 607 3639 608 3691 609 3786 610 3758 611 3671 612 3610 613 3726 614 3605 615 3710 616 3587 617 3737 618 3609 619 3638 620 3640 621 3628 622 3682 623 3730 624 3561 625 3684 626 3647 627 3573 628 3643 629 3626 630 3531 631 3739 632 3703 633 3517 634 3720 635 3613 636 3648 637 3501 638 3530 639 3590 640 3560 641 3617 642 3525 643 3524 644 3552 645 3591 646 3588 647 3590 648 3480 649 3531 650 3428 651 3481 652 3492 653 3620 654 3522 655 3560 656 3471 657 3485 658 3521 659 3424 660 3455 661 3473 662 3500 663 3413 664 3568 665 3549 666 3464 667 3488 668 3421 669 3480 670 3470 671 3599 672 3509 673 3481 674 3486 675 3514 676 3515 677 3502 678 3455 679 3589 680 3475 681 3459 682 3452 683 3520 684 3513 685 3533 686 3387 687 3478 688 3511 689 3514 690 3480 691 3462 692 3433 693 3599 694 3365 695 3544 696 3554 697 3523 698 3623 699 3472 700 3466 701 3520 702 3455 703 3551 704 3497 705 3511 706 3533 707 3577 708 3499 709 3479 710 3591 711 3622 712 3585 713 3515 714 3563 715 3637 716 3572 717 3555 718 3630 719 3560 720 3608 721 3531 722 3684 723 3472 724 3536 725 3591 726 3517 727 3596 728 3624 729 3535 730 3539 731 3493 732 3542 733 3471 734 3576 735 3497 736 3604 737 3662 738 3441 739 3563 740 3559 741 3615 742 3524 743 3636 744 3518 745 3594 746 3580 747 3528 748 3511 749 3441 750 3555 751 3459 752 3511 753 3527 754 3430 755 3626 756 3499 757 3605 758 3489 759 3483 760 3494 761 3556 762 3520 763 3537 764 3441 765 3420 766 3528 767 3556 768 3432 769 3435 770 3387 771 3346 772 3522 773 3446 774 3422 775 3470 776 3490 777 3386 778 3404 779 3466 780 3350 781 3445 782 3491 783 3426 784 3356 785 3362 786 3463 787 3332 788 3407 789 3478 790 3387 791 3382 792 3385 793 3390 794 3344 795 3393 796 3397 797 3337 798 3335 799 3430 800 3402 801 3313 802 3386 803 3357 804 3361 805 3299 806 3419 807 3387 808 3446 809 3353 810 3336 811 3335 812 3330 813 3217 814 3395 815 3426 816 3308 817 3304 818 3305 819 3227 820 3261 821 3239 822 3337 823 3358 824 3236 825 3283 826 3255 827 3347 828 3275 829 3245 830 3196 831 3344 832 3178 833 3275 834 3262 835 3296 836 3182 837 3291 838 3393 839 3264 840 3331 841 3097 842 3255 843 3369 844 3292 845 3215 846 3294 847 3268 848 3267 849 3225 850 3208 851 3214 852 3249 853 3244 854 3140 855 3309 856 3246 857 3293 858 3334 859 3223 860 3214 861 3173 862 3288 863 3286 864 3176 865 3221 866 3271 867 3095 868 3244 869 3215 870 3056 871 3209 872 3244 873 3097 874 3238 875 3224 876 3121 877 3212 878 3244 879 3226 880 3138 881 3132 882 3190 883 3089 884 3148 885 3194 886 3170 887 3294 888 3145 889 3162 890 3008 891 3079 892 3195 893 3109 894 3044 895 3092 896 3104 897 3136 898 3102 899 3174 900 3153 901 3100 902 3047 903 3105 904 3071 905 3080 906 3116 907 3025 908 3127 909 3091 910 3161 911 3101 912 3021 913 3031 914 3133 915 3052 916 3095 917 3009 918 2996 919 2959 920 3029 921 3131 922 3069 923 2974 924 2970 925 2987 926 3085 927 2935 928 2925 929 3016 930 2949 931 2986 932 2979 933 2963 934 3054 935 3013 936 2855 937 2964 938 2903 939 2969 940 2997 941 3002 942 3015 943 2985 944 3047 945 2967 946 2889 947 2912 948 2948 949 2879 950 2920 951 2898 952 2875 953 2954 954 2813 955 2892 956 2970 957 2859 958 3012 959 2887 960 2916 961 2905 962 2852 963 2937 964 2962 965 2880 966 2889 967 2935 968 2808 969 2831 970 2889 971 2903 972 2849 973 2839 974 2898 975 2862 976 2769 977 2821 978 2832 979 2755 980 2856 981 2752 982 2828 983 2800 984 2888 985 2853 986 2876 987 2838 988 2804 989 2786 990 2766 991 2778 992 2781 993 2849 994 2756 995 2794 996 2746 997 2782 998 2783 999 2787 1000 2804 1001 2797 1002 2847 1003 2752 1004 2819 1005 2749 1006 2818 1007 2838 1008 2793 1009 2707 1010 2775 1011 2694 1012 2718 1013 2749 1014 2697 1015 2742 1016 2796 1017 2749 1018 2756 1019 2749 1020 2817 1021 2694 1022 2697 1023 2724 1024 2734 1025 2669 1026 2775 1027 2747 1028 2775 1029 2744 1030 2668 1031 2746 1032 2685 1033 2632 1034 2751 1035 2737 1036 2767 1037 2689 1038 2715 1039 2764 1040 2655 1041 2682 1042 2700 1043 2763 1044 2667 1045 2780 1046 2765 1047 2598 1048 2668 1049 2778 1050 2715 1051 2693 1052 2793 1053 2682 1054 2753 1055 2723 1056 2727 1057 2667 1058 2841 1059 2810 1060 2813 1061 2833 1062 2780 1063 2735 1064 2773 1065 2757 1066 2860 1067 2822 1068 2810 1069 2858 1070 2770 1071 2845 1072 2735 1073 2800 1074 2870 1075 2866 1076 2758 1077 2906 1078 2883 1079 2798 1080 2751 1081 2845 1082 2873 1083 2780 1084 2865 1085 2777 1086 2865 1087 2767 1088 2855 1089 2752 1090 2733 1091 2809 1092 2787 1093 2754 1094 2829 1095 2828 1096 2898 1097 2774 1098 2773 1099 2833 1100 2782 1101 2864 1102 2744 1103 2780 1104 2741 1105 2768 1106 2752 1107 2799 1108 2887 1109 2760 1110 2805 1111 2889 1112 2806 1113 2729 1114 2828 1115 2737 1116 2746 1117 2680 1118 2637 1119 2719 1120 2778 1121 2780 1122 2875 1123 2784 1124 2731 1125 2638 1126 2838 1127 2709 1128 2827 1129 2787 1130 2792 1131 2754 1132 2795 1133 2728 1134 2758 1135 2671 1136 2747 1137 2804 1138 2720 1139 2740 1140 2706 1141 2674 1142 2769 1143 2749 1144 2787 1145 2724 1146 2688 1147 2744 1148 2656 1149 2696 1150 2685 1151 2684 1152 2706 1153 2648 1154 2666 1155 2638 1156 2601 1157 2592 1158 2609 1159 2525 1160 2696 1161 2685 1162 2587 1163 2507 1164 2608 1165 2568 1166 2732 1167 2604 1168 2573 1169 2728 1170 2559 1171 2562 1172 2518 1173 2664 1174 2474 1175 2548 1176 2513 1177 2651 1178 2638 1179 2593 1180 2554 1181 2612 1182 2474 1183 2486 1184 2544 1185 2596 1186 2570 1187 2493 1188 2498 1189 2529 1190 2519 1191 2564 1192 2470 1193 2459 1194 2468 1195 2581 1196 2417 1197 2508 1198 2431 1199 2463 1200 2399 1201 2431 1202 2449 1203 2523 1204 2557 1205 2463 1206 2437 1207 2502 1208 2513 1209 2433 1210 2378 1211 2509 1212 2402 1213 2520 1214 2490 1215 2540 1216 2469 1217 2519 1218 2409 1219 2527 1220 2583 1221 2461 1222 2470 1223 2452 1224 2456 1225 2485 1226 2525 1227 2419 1228 2387