## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606359.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606359.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606359.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 22:48:18 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 207 114 100 21 2596025 272.876859 257.348237 28760824 FR 53 99 137 171 201 243 915 2233 4883 9083 31839 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 3 22 3 24 6 25 4 26 8 27 16 28 11 29 25 30 49 31 223 32 215 33 212 34 197 35 211 36 205 37 245 38 242 39 221 40 217 41 236 42 205 43 265 44 245 45 269 46 296 47 307 48 311 49 324 50 340 51 380 52 425 53 427 54 480 55 601 56 689 57 736 58 877 59 1064 60 1289 61 1593 62 1961 63 2229 64 2612 65 3071 66 3830 67 4657 68 5501 69 6824 70 8348 71 10104 72 11988 73 14204 74 16464 75 19137 76 22323 77 25623 78 29339 79 33428 80 37973 81 42187 82 47718 83 53060 84 58263 85 63246 86 68723 87 74528 88 80173 89 86355 90 92494 91 99145 92 104951 93 111342 94 116205 95 121029 96 126103 97 130133 98 134968 99 139359 100 144300 101 148566 102 152378 103 155807 104 158670 105 159902 106 162616 107 163949 108 164730 109 165852 110 168102 111 168638 112 170694 113 171438 114 171736 115 171706 116 170778 117 169225 118 168613 119 167648 120 167312 121 166485 122 166335 123 166275 124 165912 125 163840 126 160867 127 160028 128 157366 129 155429 130 153951 131 153418 132 152373 133 150363 134 149348 135 147222 136 145545 137 143131 138 141043 139 138053 140 137125 141 134922 142 133880 143 132920 144 130538 145 129570 146 127063 147 125485 148 122741 149 120610 150 118899 151 117422 152 115617 153 114164 154 113399 155 111739 156 110114 157 107536 158 106152 159 104454 160 102781 161 100572 162 98974 163 98382 164 97808 165 96477 166 94514 167 93081 168 91470 169 89324 170 88573 171 87107 172 85429 173 84203 174 83951 175 82695 176 81805 177 81077 178 78936 179 78036 180 75797 181 75176 182 74698 183 73871 184 72770 185 72035 186 71369 187 70419 188 69257 189 68414 190 67028 191 65759 192 65603 193 63919 194 63907 195 62785 196 62950 197 61854 198 61065 199 60367 200 59515 201 58907 202 57310 203 56560 204 56451 205 55542 206 55302 207 54764 208 53784 209 53631 210 52391 211 51560 212 50594 213 50242 214 49473 215 49270 216 48764 217 48188 218 47859 219 46915 220 46827 221 45622 222 44770 223 44351 224 43925 225 43153 226 43146 227 42613 228 42289 229 41864 230 41164 231 40595 232 39882 233 39088 234 38705 235 38252 236 38046 237 37574 238 37267 239 37018 240 36578 241 35643 242 35466 243 34664 244 33968 245 34107 246 33517 247 33313 248 32821 249 32460 250 31913 251 31737 252 31091 253 30688 254 30435 255 29792 256 29229 257 29281 258 29010 259 28614 260 28247 261 27965 262 27668 263 27286 264 26574 265 26378 266 25890 267 25738 268 25447 269 25799 270 25335 271 24801 272 24656 273 24063 274 23913 275 23677 276 23110 277 23220 278 22717 279 22584 280 22437 281 21983 282 21805 283 21362 284 21230 285 20904 286 20620 287 20558 288 20447 289 19914 290 19853 291 19797 292 19504 293 18953 294 18795 295 18436 296 18356 297 18189 298 18179 299 18101 300 17882 301 17743 302 17249 303 17104 304 17034 305 16393 306 16472 307 16324 308 16058 309 15891 310 16014 311 15617 312 15803 313 15635 314 15258 315 15177 316 14660 317 14637 318 14483 319 14411 320 14212 321 14290 322 14162 323 13700 324 13813 325 13576 326 13403 327 13188 328 13179 329 12811 330 12931 331 12797 332 12686 333 12504 334 12422 335 12184 336 12204 337 12023 338 12073 339 11780 340 11866 341 11703 342 11689 343 11509 344 11189 345 11270 346 11038 347 10965 348 10816 349 10828 350 10799 351 10676 352 10746 353 10630 354 10415 355 10312 356 10307 357 10197 358 10021 359 10042 360 9995 361 9985 362 9771 363 9681 364 9575 365 9565 366 9398 367 9414 368 9355 369 9148 370 9213 371 9110 372 8988 373 9001 374 9083 375 8997 376 9001 377 8938 378 8948 379 8712 380 8874 381 8774 382 8621 383 8856 384 8708 385 8590 386 8468 387 8530 388 8326 389 8252 390 8405 391 8151 392 8340 393 8323 394 8203 395 8200 396 8044 397 8067 398 8051 399 8029 400 7896 401 7885 402 7960 403 7899 404 7707 405 7691 406 7935 407 7863 408 7740 409 7774 410 7766 411 7768 412 7697 413 7550 414 7439 415 7508 416 7476 417 7353 418 7333 419 7399 420 7126 421 7456 422 7413 423 7327 424 7348 425 7391 426 7133 427 7251 428 7202 429 7043 430 6946 431 6975 432 7092 433 6980 434 7031 435 6948 436 6852 437 6837 438 6792 439 6825 440 6790 441 6696 442 6751 443 6924 444 6604 445 6670 446 6615 447 6674 448 6512 449 6583 450 6506 451 6576 452 6538 453 6662 454 6444 455 6590 456 6475 457 6480 458 6298 459 6432 460 6281 461 6372 462 6359 463 6440 464 6364 465 6333 466 6221 467 6237 468 6312 469 6373 470 6249 471 6360 472 6166 473 6233 474 6220 475 6242 476 6052 477 6206 478 6147 479 6174 480 6132 481 6187 482 6173 483 6106 484 6207 485 6248 486 5944 487 6175 488 6105 489 6182 490 6154 491 5933 492 6006 493 5992 494 5941 495 5901 496 6163 497 5999 498 6076 499 6019 500 5850 501 6067 502 5924 503 5951 504 5923 505 5750 506 5799 507 5908 508 5737 509 5878 510 5846 511 5874 512 5834 513 5808 514 5576 515 5842 516 5761 517 5681 518 5723 519 5775 520 5803 521 5695 522 5643 523 5665 524 5664 525 5872 526 5692 527 5647 528 5796 529 5901 530 5797 531 5731 532 5754 533 5766 534 5670 535 5708 536 5728 537 5689 538 5695 539 5537 540 5796 541 5733 542 5760 543 5727 544 5742 545 5809 546 5617 547 5610 548 5610 549 5601 550 5668 551 5524 552 5737 553 5609 554 5591 555 5706 556 5567 557 5448 558 5536 559 5600 560 5559 561 5584 562 5602 563 5557 564 5438 565 5475 566 5502 567 5622 568 5399 569 5446 570 5394 571 5475 572 5583 573 5512 574 5566 575 5409 576 5409 577 5431 578 5436 579 5386 580 5500 581 5519 582 5562 583 5254 584 5512 585 5358 586 5378 587 5442 588 5329 589 5384 590 5409 591 5405 592 5371 593 5559 594 5360 595 5400 596 5236 597 5519 598 5372 599 5447 600 5285 601 5514 602 5381 603 5291 604 5444 605 5343 606 5279 607 5455 608 5238 609 5517 610 5435 611 5375 612 5434 613 5362 614 5550 615 5490 616 5435 617 5468 618 5471 619 5330 620 5384 621 5343 622 5409 623 5371 624 5416 625 5335 626 5270 627 5372 628 5376 629 5329 630 5358 631 5484 632 5111 633 5299 634 5300 635 5183 636 5181 637 5235 638 5213 639 5217 640 5222 641 5194 642 5279 643 5317 644 5180 645 5406 646 5224 647 5118 648 5121 649 5143 650 5113 651 5142 652 5076 653 5246 654 5159 655 5100 656 5208 657 5110 658 5104 659 5179 660 5154 661 5108 662 5172 663 5123 664 4998 665 5172 666 5116 667 4992 668 5072 669 5027 670 5166 671 5003 672 5116 673 5212 674 5269 675 5222 676 5184 677 5054 678 5096 679 5143 680 5191 681 5016 682 5128 683 5130 684 5210 685 5105 686 5161 687 5212 688 5232 689 5048 690 4930 691 5085 692 5189 693 5165 694 5077 695 5131 696 5188 697 5107 698 5195 699 5116 700 5122 701 5198 702 5157 703 5069 704 5152 705 5276 706 5193 707 5206 708 5153 709 5331 710 5116 711 5360 712 5352 713 5312 714 5170 715 5230 716 5336 717 5299 718 5271 719 5329 720 5333 721 5409 722 5284 723 5377 724 5478 725 5288 726 5261 727 5252 728 5226 729 5114 730 5164 731 5369 732 5298 733 5165 734 5226 735 5314 736 5230 737 5241 738 5149 739 5189 740 5212 741 5147 742 5236 743 5218 744 5336 745 5264 746 5267 747 5401 748 5166 749 5198 750 5155 751 5254 752 5281 753 5239 754 5137 755 5260 756 5220 757 5229 758 5101 759 5246 760 5019 761 5165 762 5155 763 5094 764 5139 765 5253 766 5285 767 5131 768 5062 769 5173 770 5080 771 5103 772 5090 773 5260 774 5149 775 5080 776 5109 777 4995 778 5070 779 5113 780 5079 781 5043 782 5084 783 5148 784 5004 785 5027 786 5133 787 5034 788 5080 789 5035 790 4989 791 5000 792 4944 793 4993 794 5049 795 4987 796 4982 797 4959 798 5014 799 4934 800 5019 801 5024 802 4920 803 4945 804 4930 805 4920 806 4950 807 5006 808 4995 809 4967 810 4803 811 4871 812 4996 813 4879 814 4956 815 4858 816 4847 817 4770 818 4907 819 4753 820 4962 821 4885 822 5038 823 4819 824 4797 825 4915 826 4893 827 4953 828 4840 829 4880 830 4907 831 4919 832 4721 833 4852 834 4763 835 4808 836 4825 837 4899 838 4963 839 4817 840 4800 841 4873 842 4737 843 4922 844 4726 845 4855 846 4887 847 4916 848 4786 849 4921 850 4914 851 4733 852 4801 853 4796 854 4736 855 4802 856 4664 857 4793 858 4813 859 4850 860 4801 861 4809 862 4768 863 4714 864 4793 865 4729 866 4840 867 4722 868 4899 869 4747 870 4800 871 4747 872 4729 873 4669 874 4797 875 4682 876 4707 877 4914 878 4709 879 4712 880 4779 881 4712 882 4637 883 4619 884 4680 885 4767 886 4635 887 4708 888 4840 889 4663 890 4521 891 4702 892 4678 893 4670 894 4610 895 4629 896 4486 897 4663 898 4796 899 4662 900 4534 901 4570 902 4612 903 4665 904 4704 905 4561 906 4698 907 4701 908 4702 909 4622 910 4526 911 4614 912 4561 913 4531 914 4582 915 4690 916 4603 917 4587 918 4618 919 4514 920 4496 921 4667 922 4605 923 4545 924 4281 925 4377 926 4595 927 4489 928 4491 929 4462 930 4445 931 4403 932 4453 933 4511 934 4500 935 4519 936 4350 937 4400 938 4447 939 4405 940 4418 941 4388 942 4410 943 4290 944 4361 945 4326 946 4435 947 4414 948 4370 949 4424 950 4390 951 4296 952 4339 953 4384 954 4401 955 4328 956 4337 957 4291 958 4334 959 4319 960 4336 961 4373 962 4363 963 4345 964 4395 965 4419 966 4286 967 4260 968 4339 969 4269 970 4264 971 4270 972 4323 973 4366 974 4253 975 4320 976 4196 977 4296 978 4279 979 4184 980 4219 981 4163 982 4335 983 4244 984 4434 985 4305 986 4171 987 4231 988 4119 989 4159 990 4219 991 4072 992 4087 993 4141 994 4073 995 4126 996 4194 997 4226 998 4146 999 4028 1000 3948 1001 4175 1002 4125 1003 4132 1004 4250 1005 4145 1006 4197 1007 4045 1008 4112 1009 4098 1010 4076 1011 4216 1012 4293 1013 4075 1014 3889 1015 4129 1016 4076 1017 4189 1018 4008 1019 4020 1020 4067 1021 4153 1022 4124 1023 4190 1024 4170 1025 3965 1026 3992 1027 3931 1028 4087 1029 3996 1030 4149 1031 3992 1032 4134 1033 4055 1034 4001 1035 3962 1036 4088 1037 4038 1038 4169 1039 3986 1040 4020 1041 4126 1042 4113 1043 3963 1044 4103 1045 4104 1046 4160 1047 4056 1048 3919 1049 3991 1050 4009 1051 4006 1052 4152 1053 4010 1054 4046 1055 4162 1056 4105 1057 4115 1058 4062 1059 4252 1060 3999 1061 4049 1062 4164 1063 4113 1064 4198 1065 4128 1066 4202 1067 4112 1068 4009 1069 4073 1070 4124 1071 4127 1072 4182 1073 4126 1074 4221 1075 4176 1076 4137 1077 3985 1078 4251 1079 4263 1080 4041 1081 4149 1082 4138 1083 4105 1084 4156 1085 4237 1086 4224 1087 4154 1088 4225 1089 3993 1090 4159 1091 4110 1092 4246 1093 4300 1094 4169 1095 4264 1096 4200 1097 4132 1098 4169 1099 4158 1100 4261 1101 4159 1102 4111 1103 4129 1104 4237 1105 4115 1106 4169 1107 4222 1108 4169 1109 4136 1110 4239 1111 4161 1112 4073 1113 4173 1114 4158 1115 4111 1116 4058 1117 3993 1118 4093 1119 4093 1120 3968 1121 4051 1122 4076 1123 4186 1124 4237 1125 4200 1126 4042 1127 4190 1128 3999 1129 4176 1130 4162 1131 4104 1132 4106 1133 4075 1134 4115 1135 4029 1136 4058 1137 4026 1138 4067 1139 4029 1140 4122 1141 3959 1142 4006 1143 4071 1144 4027 1145 4083 1146 4028 1147 4089 1148 3971 1149 3979 1150 4049 1151 3942 1152 4048 1153 4107 1154 4061 1155 4029 1156 3984 1157 4054 1158 4026 1159 3954 1160 3840 1161 3929 1162 4001 1163 3864 1164 3880 1165 3850 1166 3962 1167 4005 1168 3884 1169 3905 1170 3818 1171 3910 1172 3924 1173 3873 1174 3896 1175 3778 1176 3866 1177 3878 1178 3881 1179 3738 1180 3779 1181 3868 1182 3850 1183 3828 1184 3894 1185 3790 1186 3830 1187 3824 1188 3753 1189 3912 1190 3753 1191 3681 1192 3628 1193 3813 1194 3681 1195 3796 1196 3838 1197 3745 1198 3701 1199 3828 1200 3716 1201 3755 1202 3682 1203 3797 1204 3697 1205 3735 1206 3586 1207 3734