## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606358.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606358.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606358.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:00:56 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 206 113 100 23 1124232 273.104475 258.817737 23165215 FR 53 101 139 171 201 243 927 2227 4831 8941 31371 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 23 1 24 7 25 1 26 4 27 10 28 11 29 15 30 46 31 162 32 186 33 169 34 174 35 152 36 171 37 187 38 187 39 179 40 191 41 201 42 181 43 205 44 199 45 206 46 224 47 265 48 265 49 242 50 306 51 338 52 373 53 368 54 450 55 522 56 597 57 729 58 835 59 973 60 1219 61 1528 62 1760 63 2074 64 2429 65 3053 66 3465 67 4261 68 5272 69 6279 70 7794 71 9045 72 10780 73 12844 74 14938 75 17191 76 19891 77 22495 78 25792 79 29392 80 32936 81 37248 82 41331 83 45712 84 50031 85 53863 86 58565 87 63747 88 68105 89 73590 90 78367 91 83417 92 88626 93 92793 94 98097 95 101115 96 105150 97 108554 98 113143 99 116651 100 120366 101 123294 102 126398 103 129105 104 130919 105 131934 106 133770 107 134680 108 135828 109 137474 110 138140 111 138924 112 139447 113 140652 114 140085 115 139485 116 139436 117 138327 118 137671 119 136488 120 136714 121 136043 122 134768 123 134002 124 132969 125 132487 126 130288 127 128894 128 127381 129 126335 130 124953 131 123521 132 121884 133 121383 134 119163 135 117725 136 116388 137 114021 138 112183 139 110663 140 108718 141 107637 142 107775 143 106114 144 104883 145 103009 146 101463 147 99218 148 96955 149 96104 150 94349 151 93020 152 91710 153 90744 154 90065 155 88260 156 86952 157 85209 158 83312 159 82356 160 80675 161 79766 162 78364 163 77321 164 76672 165 76148 166 74354 167 73449 168 71755 169 70484 170 69250 171 68637 172 67505 173 66703 174 65362 175 65039 176 63948 177 62733 178 62204 179 61334 180 59889 181 59261 182 58723 183 57800 184 57217 185 56731 186 55569 187 55000 188 54033 189 53556 190 52394 191 52210 192 50906 193 50671 194 49969 195 49437 196 48929 197 48735 198 47632 199 46799 200 46137 201 45754 202 45225 203 44191 204 44254 205 43489 206 43129 207 42828 208 42316 209 41282 210 40858 211 40377 212 39642 213 38943 214 39116 215 38243 216 37989 217 37763 218 37221 219 36949 220 36420 221 35378 222 35270 223 34895 224 34226 225 34036 226 33151 227 33632 228 32920 229 32657 230 31991 231 31755 232 31237 233 30960 234 30282 235 29957 236 29887 237 29304 238 28991 239 28642 240 28243 241 27732 242 27643 243 27304 244 26768 245 26633 246 26420 247 26064 248 25518 249 25201 250 24984 251 24829 252 24295 253 24158 254 23546 255 23284 256 23262 257 22968 258 22373 259 22278 260 22059 261 21771 262 21692 263 21336 264 21034 265 20457 266 20452 267 20272 268 20208 269 19807 270 19666 271 19573 272 19321 273 18830 274 18669 275 18378 276 18158 277 18011 278 18070 279 17776 280 17465 281 17454 282 17071 283 16891 284 16566 285 16211 286 16175 287 16070 288 15911 289 15881 290 15708 291 15284 292 15193 293 14980 294 14777 295 14652 296 14686 297 14370 298 14163 299 14223 300 14002 301 13722 302 13671 303 13453 304 13372 305 13206 306 13098 307 12998 308 12510 309 12738 310 12579 311 12308 312 12188 313 11996 314 11898 315 11772 316 11736 317 11556 318 11480 319 11304 320 11287 321 11257 322 11163 323 10974 324 10896 325 10769 326 10521 327 10521 328 10271 329 10266 330 10054 331 9985 332 10089 333 10057 334 9776 335 9788 336 9619 337 9571 338 9531 339 9276 340 9265 341 9361 342 9084 343 9141 344 8886 345 8857 346 8782 347 8727 348 8653 349 8600 350 8507 351 8404 352 8409 353 8315 354 8118 355 8190 356 8138 357 7963 358 8007 359 8077 360 7809 361 7710 362 7662 363 7681 364 7674 365 7564 366 7395 367 7749 368 7474 369 7371 370 7512 371 7340 372 7196 373 7350 374 7294 375 7137 376 7248 377 6981 378 7098 379 7205 380 7014 381 6880 382 7018 383 7030 384 6973 385 6935 386 6851 387 6832 388 6770 389 6775 390 6802 391 6755 392 6592 393 6575 394 6643 395 6625 396 6607 397 6535 398 6462 399 6528 400 6419 401 6298 402 6379 403 6424 404 6387 405 6282 406 6346 407 6337 408 6332 409 6093 410 6129 411 6158 412 6115 413 6107 414 6178 415 6009 416 6130 417 5955 418 5958 419 5957 420 5982 421 5860 422 5898 423 5804 424 5847 425 5959 426 5914 427 5869 428 5693 429 5691 430 5702 431 5771 432 5810 433 5738 434 5731 435 5610 436 5557 437 5610 438 5467 439 5563 440 5534 441 5555 442 5572 443 5422 444 5475 445 5429 446 5469 447 5458 448 5406 449 5323 450 5314 451 5429 452 5415 453 5376 454 5248 455 5255 456 5305 457 5363 458 5279 459 5258 460 5260 461 5129 462 5151 463 5207 464 5184 465 5095 466 5074 467 5058 468 5187 469 5078 470 5031 471 5013 472 5012 473 5069 474 5065 475 5117 476 4991 477 5016 478 4947 479 5090 480 5016 481 5104 482 4981 483 5015 484 5012 485 5062 486 5013 487 4872 488 4848 489 5028 490 4975 491 4916 492 4956 493 4975 494 5013 495 4946 496 4995 497 4981 498 4934 499 4767 500 4789 501 4815 502 4804 503 4723 504 4833 505 4743 506 4854 507 4866 508 4847 509 4800 510 4760 511 4780 512 4683 513 4819 514 4794 515 4699 516 4773 517 4662 518 4803 519 4745 520 4695 521 4723 522 4730 523 4674 524 4670 525 4669 526 4649 527 4689 528 4865 529 4660 530 4604 531 4668 532 4691 533 4788 534 4542 535 4647 536 4639 537 4693 538 4567 539 4633 540 4553 541 4469 542 4663 543 4653 544 4621 545 4614 546 4562 547 4622 548 4597 549 4622 550 4647 551 4604 552 4590 553 4525 554 4629 555 4565 556 4664 557 4644 558 4625 559 4610 560 4633 561 4587 562 4489 563 4512 564 4549 565 4536 566 4584 567 4475 568 4499 569 4633 570 4495 571 4581 572 4527 573 4481 574 4637 575 4411 576 4564 577 4476 578 4394 579 4492 580 4483 581 4406 582 4439 583 4515 584 4473 585 4371 586 4370 587 4479 588 4433 589 4445 590 4406 591 4478 592 4542 593 4391 594 4520 595 4455 596 4430 597 4444 598 4379 599 4499 600 4364 601 4440 602 4453 603 4385 604 4488 605 4372 606 4377 607 4533 608 4317 609 4520 610 4371 611 4514 612 4310 613 4453 614 4405 615 4384 616 4509 617 4402 618 4368 619 4350 620 4323 621 4427 622 4381 623 4349 624 4420 625 4398 626 4237 627 4383 628 4260 629 4378 630 4438 631 4291 632 4289 633 4389 634 4329 635 4271 636 4298 637 4279 638 4213 639 4353 640 4199 641 4122 642 4234 643 4339 644 4378 645 4184 646 4372 647 4355 648 4236 649 4262 650 4349 651 4231 652 4317 653 4245 654 4236 655 4191 656 4189 657 4243 658 4263 659 4234 660 4300 661 4219 662 4257 663 4180 664 4207 665 4300 666 4262 667 4161 668 4051 669 4122 670 4098 671 4264 672 4170 673 4210 674 4196 675 4258 676 4146 677 4171 678 4206 679 4192 680 4266 681 4104 682 4221 683 4192 684 4191 685 4112 686 4311 687 4211 688 4147 689 4263 690 4188 691 4237 692 4268 693 4231 694 4166 695 4089 696 4160 697 4310 698 4308 699 4304 700 4177 701 4355 702 4169 703 4252 704 4290 705 4257 706 4188 707 4298 708 4234 709 4342 710 4255 711 4322 712 4127 713 4341 714 4327 715 4378 716 4283 717 4255 718 4327 719 4278 720 4527 721 4508 722 4441 723 4285 724 4196 725 4292 726 4302 727 4419 728 4412 729 4279 730 4209 731 4196 732 4284 733 4423 734 4423 735 4259 736 4357 737 4187 738 4187 739 4250 740 4342 741 4275 742 4303 743 4447 744 4304 745 4209 746 4331 747 4393 748 4365 749 4301 750 4308 751 4210 752 4305 753 4314 754 4323 755 4314 756 4284 757 4239 758 4310 759 4272 760 4229 761 4279 762 4338 763 4261 764 4253 765 4241 766 4174 767 4329 768 4274 769 4362 770 4199 771 4236 772 4243 773 4136 774 4312 775 4093 776 4234 777 4152 778 4186 779 4182 780 4033 781 4116 782 4136 783 4194 784 4096 785 4110 786 4013 787 4163 788 4156 789 4166 790 4095 791 4092 792 4020 793 4054 794 3999 795 4047 796 4002 797 4171 798 4083 799 4088 800 4016 801 3994 802 4103 803 4083 804 4042 805 4068 806 4099 807 3951 808 3990 809 4075 810 3994 811 3954 812 3929 813 4098 814 3967 815 3863 816 3978 817 3987 818 4016 819 3964 820 3950 821 3976 822 3852 823 3944 824 3943 825 4039 826 3941 827 3873 828 3927 829 3900 830 3872 831 3903 832 3946 833 3972 834 3876 835 4052 836 3946 837 3915 838 3999 839 3915 840 3906 841 3940 842 3907 843 3820 844 3882 845 3890 846 3879 847 4002 848 3938 849 3901 850 3789 851 4011 852 3968 853 3857 854 3895 855 3963 856 3943 857 3954 858 4050 859 3956 860 3866 861 3812 862 3787 863 3898 864 3786 865 3849 866 3840 867 3888 868 3907 869 3844 870 3773 871 3920 872 3929 873 3816 874 3852 875 3858 876 3779 877 4020 878 3919 879 3809 880 3804 881 3924 882 3864 883 3869 884 3872 885 3893 886 3873 887 3987 888 3824 889 3880 890 3800 891 3846 892 3748 893 3760 894 3975 895 3769 896 3813 897 3820 898 3803 899 3805 900 3821 901 3832 902 3783 903 3788 904 3866 905 3756 906 3844 907 3782 908 3846 909 3758 910 3724 911 3739 912 3744 913 3676 914 3711 915 3669 916 3725 917 3741 918 3701 919 3657 920 3621 921 3639 922 3668 923 3649 924 3676 925 3701 926 3681 927 3629 928 3697 929 3606 930 3588 931 3650 932 3604 933 3646 934 3583 935 3669 936 3556 937 3593 938 3556 939 3634 940 3634 941 3566 942 3499 943 3544 944 3565 945 3600 946 3430 947 3646 948 3524 949 3544 950 3635 951 3444 952 3485 953 3517 954 3623 955 3496 956 3495 957 3533 958 3471 959 3518 960 3556 961 3629 962 3525 963 3637 964 3526 965 3562 966 3450 967 3476 968 3422 969 3411 970 3523 971 3495 972 3505 973 3507 974 3514 975 3371 976 3425 977 3463 978 3537 979 3461 980 3513 981 3444 982 3348 983 3350 984 3463 985 3405 986 3243 987 3446 988 3442 989 3461 990 3444 991 3468 992 3446 993 3325 994 3311 995 3377 996 3331 997 3343 998 3394 999 3373 1000 3377 1001 3404 1002 3491 1003 3380 1004 3342 1005 3519 1006 3344 1007 3334 1008 3308 1009 3305 1010 3343 1011 3380 1012 3362 1013 3317 1014 3384 1015 3337 1016 3266 1017 3327 1018 3353 1019 3388 1020 3311 1021 3309 1022 3281 1023 3423 1024 3306 1025 3277 1026 3281 1027 3222 1028 3316 1029 3344 1030 3378 1031 3308 1032 3289 1033 3286 1034 3185 1035 3213 1036 3369 1037 3366 1038 3245 1039 3469 1040 3173 1041 3325 1042 3246 1043 3323 1044 3229 1045 3192 1046 3347 1047 3309 1048 3295 1049 3314 1050 3408 1051 3262 1052 3339 1053 3371 1054 3202 1055 3300 1056 3291 1057 3394 1058 3310 1059 3318 1060 3346 1061 3329 1062 3314 1063 3334 1064 3395 1065 3344 1066 3379 1067 3354 1068 3372 1069 3382 1070 3463 1071 3412 1072 3357 1073 3342 1074 3374 1075 3387 1076 3542 1077 3393 1078 3341 1079 3500 1080 3321 1081 3450 1082 3321 1083 3502 1084 3428 1085 3366 1086 3388 1087 3398 1088 3434 1089 3478 1090 3434 1091 3408 1092 3443 1093 3464 1094 3328 1095 3408 1096 3510 1097 3499 1098 3432 1099 3507 1100 3432 1101 3369 1102 3407 1103 3412 1104 3459 1105 3349 1106 3432 1107 3412 1108 3406 1109 3309 1110 3447 1111 3456 1112 3280 1113 3374 1114 3358 1115 3337 1116 3283 1117 3412 1118 3310 1119 3371 1120 3306 1121 3371 1122 3368 1123 3418 1124 3378 1125 3372 1126 3329 1127 3285 1128 3460 1129 3314 1130 3479 1131 3411 1132 3391 1133 3354 1134 3339 1135 3299 1136 3411 1137 3382 1138 3374 1139 3306 1140 3355 1141 3319 1142 3356 1143 3302 1144 3342 1145 3284 1146 3208 1147 3325 1148 3298 1149 3311 1150 3238 1151 3267 1152 3220 1153 3237 1154 3223 1155 3326 1156 3175 1157 3261 1158 3240 1159 3232 1160 3268 1161 3323 1162 3237 1163 3171 1164 3260 1165 3070 1166 3182 1167 3307 1168 3269 1169 3167 1170 3215 1171 3225 1172 3139 1173 3142 1174 3090 1175 3182 1176 3099 1177 3019 1178 3121 1179 3163 1180 3171 1181 3203 1182 3162 1183 3122 1184 3097 1185 3128 1186 3174 1187 3119 1188 3085 1189 3042 1190 3053 1191 3169 1192 3073 1193 3111 1194 3034 1195 3100 1196 3040 1197 3030 1198 3029 1199 2985 1200 3016 1201 3006 1202 3062 1203 3062 1204 2986 1205 3013 1206 3020