## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606357.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606357.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606357.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:57:11 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 206 114 100 21 1418584 273.502029 259.0811 19680767 FR 53 101 139 171 201 243 957 2267 4891 9037 31477 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 2 24 4 25 2 26 11 27 8 28 18 29 14 30 41 31 177 32 165 33 167 34 172 35 179 36 161 37 154 38 180 39 177 40 211 41 164 42 179 43 197 44 210 45 211 46 209 47 246 48 265 49 275 50 292 51 308 52 360 53 373 54 437 55 450 56 551 57 609 58 735 59 858 60 996 61 1196 62 1504 63 1683 64 1974 65 2277 66 2767 67 3296 68 3949 69 4940 70 5809 71 7068 72 8303 73 9930 74 11364 75 13117 76 15046 77 17379 78 19553 79 22316 80 25078 81 28414 82 31805 83 35249 84 38412 85 42033 86 45534 87 49759 88 53726 89 57730 90 62244 91 66128 92 70310 93 74614 94 78356 95 81803 96 85830 97 88875 98 92516 99 95929 100 98788 101 102085 102 104861 103 107149 104 109423 105 111435 106 112448 107 113400 108 115837 109 116130 110 117327 111 118287 112 119427 113 120182 114 120456 115 120121 116 119559 117 118240 118 118331 119 117718 120 117747 121 117162 122 115747 123 115619 124 115123 125 114373 126 112988 127 111259 128 109992 129 109098 130 108057 131 107000 132 106371 133 104714 134 103145 135 102404 136 100434 137 99698 138 97686 139 96454 140 95395 141 93776 142 93023 143 91499 144 90625 145 88837 146 87909 147 85726 148 84766 149 83067 150 82022 151 80970 152 79321 153 78770 154 77388 155 76401 156 75265 157 73604 158 72321 159 71293 160 70482 161 68497 162 67920 163 66650 164 65964 165 65033 166 63754 167 62635 168 61802 169 60647 170 59570 171 59302 172 58377 173 57313 174 56323 175 55523 176 54708 177 54043 178 52915 179 52348 180 51673 181 50623 182 50123 183 49151 184 48902 185 48316 186 47476 187 46603 188 46471 189 45485 190 45054 191 44272 192 43911 193 42899 194 42587 195 42035 196 41473 197 41201 198 40518 199 40337 200 39492 201 38967 202 38092 203 37835 204 37251 205 36766 206 36589 207 36043 208 35722 209 35378 210 34483 211 34193 212 33836 213 33359 214 33187 215 32682 216 32079 217 31827 218 31578 219 30888 220 30692 221 30399 222 29806 223 29472 224 29066 225 28789 226 28542 227 28163 228 27774 229 27457 230 27124 231 26768 232 26321 233 26092 234 25756 235 25236 236 24919 237 24709 238 24402 239 23988 240 23761 241 23764 242 23212 243 22981 244 22498 245 22355 246 22186 247 21735 248 21527 249 21091 250 20696 251 20472 252 20679 253 20257 254 19870 255 19723 256 19313 257 19330 258 18878 259 18838 260 18473 261 18244 262 18211 263 18017 264 17516 265 17612 266 16915 267 17179 268 16957 269 16761 270 16290 271 16059 272 16131 273 15806 274 15666 275 15342 276 15263 277 15052 278 15019 279 14892 280 14433 281 14426 282 14097 283 14271 284 13830 285 13902 286 13528 287 13578 288 13399 289 12889 290 12973 291 12885 292 12513 293 12588 294 12445 295 12030 296 12327 297 12045 298 12042 299 11691 300 11492 301 11484 302 11459 303 11385 304 11189 305 10955 306 10872 307 10764 308 10731 309 10604 310 10436 311 10342 312 10143 313 9997 314 10049 315 9851 316 9915 317 9718 318 9425 319 9569 320 9379 321 9080 322 9202 323 9131 324 8966 325 8860 326 8925 327 8727 328 8730 329 8437 330 8525 331 8463 332 8370 333 8190 334 8122 335 8164 336 8081 337 7868 338 7825 339 7941 340 7700 341 7589 342 7700 343 7545 344 7496 345 7464 346 7349 347 7290 348 7341 349 7108 350 7222 351 7187 352 7088 353 7047 354 6793 355 6804 356 6835 357 6831 358 6760 359 6637 360 6663 361 6535 362 6392 363 6516 364 6465 365 6395 366 6403 367 6345 368 6235 369 6267 370 6036 371 6059 372 6161 373 6116 374 6040 375 6024 376 5989 377 5887 378 5847 379 6010 380 5889 381 5867 382 5857 383 5692 384 5817 385 5810 386 5858 387 5746 388 5596 389 5577 390 5702 391 5573 392 5625 393 5545 394 5448 395 5472 396 5559 397 5434 398 5472 399 5457 400 5465 401 5449 402 5255 403 5369 404 5295 405 5238 406 5264 407 5207 408 5103 409 5239 410 5228 411 5286 412 5223 413 5242 414 5051 415 5045 416 4958 417 4977 418 5074 419 5150 420 5039 421 5058 422 4962 423 4963 424 4957 425 4972 426 4962 427 4850 428 4929 429 4727 430 4917 431 4883 432 4709 433 4771 434 4891 435 4702 436 4780 437 4630 438 4607 439 4711 440 4724 441 4603 442 4563 443 4601 444 4473 445 4475 446 4621 447 4540 448 4446 449 4504 450 4492 451 4465 452 4380 453 4421 454 4525 455 4379 456 4452 457 4370 458 4249 459 4302 460 4431 461 4223 462 4416 463 4318 464 4425 465 4268 466 4324 467 4278 468 4293 469 4331 470 4293 471 4305 472 4371 473 4171 474 4186 475 4191 476 4331 477 4238 478 4291 479 4230 480 4315 481 4136 482 4117 483 4279 484 4243 485 4248 486 4112 487 4159 488 4181 489 4174 490 4080 491 4209 492 4097 493 4089 494 4235 495 4162 496 4133 497 4029 498 4046 499 4066 500 4020 501 3973 502 3925 503 4077 504 3982 505 3997 506 4067 507 3949 508 3962 509 4003 510 4160 511 4012 512 3915 513 3926 514 3978 515 4010 516 4031 517 3993 518 3889 519 3939 520 3881 521 3834 522 3967 523 3931 524 3990 525 4036 526 4010 527 4060 528 3952 529 3986 530 3889 531 3884 532 3918 533 3880 534 3874 535 3957 536 3879 537 3978 538 3855 539 3892 540 3848 541 3912 542 3933 543 3887 544 3988 545 3905 546 3794 547 3927 548 3935 549 3866 550 3936 551 3775 552 3950 553 3939 554 3776 555 3975 556 3825 557 3869 558 3853 559 3863 560 3832 561 3904 562 3891 563 3798 564 3834 565 3762 566 3793 567 3922 568 3879 569 3799 570 3730 571 3817 572 3881 573 3836 574 3768 575 3776 576 3789 577 3699 578 3883 579 3686 580 3753 581 3667 582 3850 583 3657 584 3633 585 3678 586 3761 587 3714 588 3744 589 3682 590 3815 591 3702 592 3678 593 3834 594 3738 595 3748 596 3775 597 3802 598 3771 599 3694 600 3638 601 3774 602 3771 603 3804 604 3768 605 3816 606 3800 607 3704 608 3707 609 3771 610 3760 611 3715 612 3679 613 3800 614 3731 615 3821 616 3742 617 3729 618 3798 619 3709 620 3746 621 3717 622 3891 623 3614 624 3744 625 3589 626 3711 627 3820 628 3608 629 3736 630 3658 631 3627 632 3625 633 3695 634 3582 635 3690 636 3752 637 3614 638 3653 639 3736 640 3541 641 3641 642 3632 643 3665 644 3500 645 3605 646 3545 647 3649 648 3672 649 3594 650 3578 651 3583 652 3636 653 3588 654 3626 655 3543 656 3507 657 3533 658 3539 659 3471 660 3523 661 3582 662 3529 663 3607 664 3563 665 3421 666 3506 667 3559 668 3575 669 3556 670 3600 671 3628 672 3565 673 3541 674 3521 675 3509 676 3495 677 3588 678 3361 679 3526 680 3485 681 3533 682 3592 683 3529 684 3525 685 3589 686 3501 687 3611 688 3476 689 3463 690 3615 691 3626 692 3585 693 3575 694 3530 695 3560 696 3541 697 3675 698 3646 699 3661 700 3593 701 3660 702 3460 703 3670 704 3702 705 3614 706 3470 707 3592 708 3664 709 3711 710 3676 711 3659 712 3694 713 3542 714 3650 715 3685 716 3646 717 3695 718 3624 719 3660 720 3670 721 3610 722 3694 723 3628 724 3622 725 3589 726 3702 727 3595 728 3589 729 3656 730 3626 731 3655 732 3712 733 3595 734 3644 735 3594 736 3651 737 3592 738 3695 739 3635 740 3656 741 3687 742 3597 743 3634 744 3714 745 3694 746 3657 747 3572 748 3657 749 3626 750 3639 751 3608 752 3664 753 3665 754 3613 755 3697 756 3558 757 3644 758 3609 759 3647 760 3609 761 3709 762 3677 763 3603 764 3617 765 3592 766 3693 767 3619 768 3593 769 3633 770 3560 771 3558 772 3602 773 3600 774 3697 775 3537 776 3607 777 3524 778 3556 779 3544 780 3541 781 3618 782 3492 783 3513 784 3567 785 3505 786 3524 787 3470 788 3520 789 3495 790 3495 791 3589 792 3448 793 3494 794 3523 795 3434 796 3499 797 3537 798 3556 799 3412 800 3495 801 3420 802 3379 803 3373 804 3448 805 3517 806 3393 807 3430 808 3450 809 3461 810 3533 811 3310 812 3440 813 3514 814 3348 815 3492 816 3391 817 3512 818 3337 819 3431 820 3530 821 3332 822 3467 823 3353 824 3364 825 3392 826 3442 827 3357 828 3271 829 3319 830 3377 831 3467 832 3380 833 3371 834 3370 835 3234 836 3458 837 3299 838 3358 839 3362 840 3407 841 3388 842 3405 843 3246 844 3372 845 3373 846 3296 847 3397 848 3402 849 3403 850 3240 851 3339 852 3436 853 3366 854 3432 855 3232 856 3392 857 3370 858 3239 859 3359 860 3344 861 3290 862 3472 863 3300 864 3365 865 3330 866 3323 867 3396 868 3309 869 3315 870 3266 871 3326 872 3324 873 3296 874 3323 875 3266 876 3357 877 3351 878 3184 879 3170 880 3255 881 3306 882 3254 883 3282 884 3185 885 3390 886 3196 887 3375 888 3280 889 3291 890 3248 891 3211 892 3199 893 3312 894 3170 895 3325 896 3271 897 3242 898 3159 899 3268 900 3240 901 3148 902 3189 903 3218 904 3258 905 3211 906 3303 907 3044 908 3099 909 3238 910 3224 911 3249 912 3229 913 3177 914 3148 915 3173 916 3102 917 3148 918 3068 919 3108 920 3183 921 3133 922 3004 923 3101 924 3079 925 3127 926 3078 927 3117 928 3162 929 3093 930 3007 931 3025 932 3090 933 3106 934 3153 935 3175 936 3080 937 3139 938 3163 939 3033 940 3116 941 2971 942 3117 943 3078 944 3003 945 2991 946 3029 947 2979 948 3179 949 3046 950 3027 951 2915 952 2941 953 2962 954 2918 955 2988 956 3032 957 2957 958 3018 959 3075 960 2994 961 3008 962 2973 963 3076 964 2920 965 2995 966 2966 967 3045 968 3004 969 2980 970 3016 971 2958 972 2973 973 2989 974 2889 975 2979 976 2959 977 2922 978 2909 979 2934 980 2899 981 2901 982 2881 983 2891 984 2897 985 2860 986 2899 987 2800 988 2874 989 2849 990 2819 991 2933 992 2902 993 2815 994 2883 995 2922 996 2817 997 2896 998 2871 999 2844 1000 2859 1001 2820 1002 2841 1003 2827 1004 2874 1005 2814 1006 2743 1007 2847 1008 2844 1009 2739 1010 2802 1011 2806 1012 2849 1013 2829 1014 2799 1015 2823 1016 2856 1017 2780 1018 2779 1019 2833 1020 2878 1021 2836 1022 2754 1023 2807 1024 2752 1025 2691 1026 2804 1027 2840 1028 2783 1029 2802 1030 2787 1031 2798 1032 2793 1033 2805 1034 2753 1035 2876 1036 2762 1037 2767 1038 2745 1039 2864 1040 2787 1041 2756 1042 2727 1043 2820 1044 2777 1045 2788 1046 2746 1047 2815 1048 2835 1049 2828 1050 2768 1051 2807 1052 2889 1053 2909 1054 2835 1055 2808 1056 2864 1057 2879 1058 2919 1059 2856 1060 2825 1061 2836 1062 2910 1063 2884 1064 2878 1065 2934 1066 2981 1067 2925 1068 2867 1069 2806 1070 2782 1071 2988 1072 2822 1073 2864 1074 2936 1075 2889 1076 2959 1077 2898 1078 2916 1079 2948 1080 2930 1081 2831 1082 2828 1083 2947 1084 2967 1085 2929 1086 2979 1087 2945 1088 2993 1089 2889 1090 2889 1091 2808 1092 2976 1093 2980 1094 3000 1095 2883 1096 2978 1097 2840 1098 2941 1099 2953 1100 3000 1101 2889 1102 2974 1103 2879 1104 2954 1105 2917 1106 2945 1107 2982 1108 2955 1109 2843 1110 2866 1111 2931 1112 2890 1113 2841 1114 2938 1115 2868 1116 2884 1117 2962 1118 2921 1119 2821 1120 2855 1121 2811 1122 2869 1123 2883 1124 2868 1125 2893 1126 2859 1127 2868 1128 2858 1129 2725 1130 2908 1131 2832 1132 2873 1133 2808 1134 2818 1135 2836 1136 2815 1137 2877 1138 2841 1139 2743 1140 2822 1141 2894 1142 2825 1143 2907 1144 2897 1145 2738 1146 2820 1147 2748 1148 2741 1149 2842 1150 2868 1151 2802 1152 2794 1153 2827 1154 2804 1155 2771 1156 2802 1157 2741 1158 2838 1159 2823 1160 2759 1161 2751 1162 2685 1163 2759 1164 2733 1165 2704 1166 2811 1167 2802 1168 2722 1169 2742 1170 2753 1171 2687 1172 2724 1173 2684 1174 2704 1175 2733 1176 2671 1177 2635 1178 2672 1179 2643 1180 2677 1181 2687 1182 2700 1183 2608 1184 2559 1185 2694 1186 2701 1187 2673 1188 2586 1189 2570 1190 2601 1191 2669 1192 2526 1193 2534 1194 2679 1195 2598 1196 2567 1197 2558 1198 2561 1199 2547 1200 2594 1201 2602 1202 2561 1203 2551 1204 2619 1205 2477 1206 2606