## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606356.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606356.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606356.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 22:53:16 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 206 114 99 22 1022830 270.429416 254.162505 24965247 FR 53 99 137 169 199 241 909 2231 4893 9145 32363 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 3 24 6 25 8 26 14 27 11 28 9 29 23 30 48 31 241 32 250 33 212 34 201 35 199 36 236 37 228 38 246 39 228 40 251 41 230 42 258 43 255 44 260 45 282 46 310 47 319 48 345 49 364 50 383 51 408 52 497 53 447 54 532 55 659 56 737 57 855 58 999 59 1121 60 1323 61 1689 62 1985 63 2329 64 2533 65 3292 66 3960 67 4701 68 5441 69 6595 70 7882 71 9564 72 11087 73 13000 74 14952 75 17535 76 20091 77 22828 78 25789 79 29676 80 33288 81 37084 82 41548 83 45661 84 49997 85 54388 86 59223 87 63799 88 69198 89 73949 90 79157 91 84902 92 90289 93 95723 94 99797 95 104746 96 108599 97 112625 98 116867 99 120979 100 124937 101 128879 102 132108 103 135406 104 137525 105 139163 106 140490 107 142699 108 144395 109 145442 110 147099 111 148269 112 149548 113 149917 114 149985 115 149532 116 148706 117 148438 118 148238 119 147150 120 147008 121 146106 122 145750 123 145376 124 144136 125 141898 126 140754 127 139178 128 137425 129 136322 130 135606 131 134289 132 133099 133 132107 134 129843 135 128702 136 126635 137 125120 138 122803 139 121225 140 120285 141 118036 142 117256 143 115516 144 114532 145 112359 146 110792 147 109025 148 107295 149 106114 150 104197 151 102612 152 101201 153 99703 154 99311 155 97035 156 95702 157 93739 158 92069 159 90415 160 89181 161 87727 162 86285 163 85168 164 84270 165 83782 166 82516 167 80796 168 79048 169 77677 170 76695 171 75663 172 74858 173 73405 174 72652 175 71561 176 70800 177 70030 178 68527 179 67536 180 66025 181 65206 182 65250 183 63765 184 63160 185 62822 186 61741 187 61073 188 60120 189 58961 190 57988 191 57598 192 56892 193 55659 194 54975 195 55201 196 54131 197 53653 198 52648 199 52279 200 51455 201 50787 202 50406 203 49210 204 48823 205 48654 206 47549 207 47067 208 46946 209 46019 210 45384 211 44817 212 44401 213 43795 214 43377 215 42858 216 42267 217 41809 218 41440 219 40865 220 40147 221 39864 222 38447 223 38259 224 38041 225 37918 226 37111 227 36872 228 36582 229 36181 230 35778 231 35289 232 34700 233 34132 234 33458 235 33221 236 32760 237 32690 238 31893 239 31979 240 31189 241 31033 242 30099 243 29938 244 29572 245 29267 246 28859 247 28678 248 28346 249 28060 250 27391 251 27378 252 26967 253 26341 254 25956 255 25742 256 25411 257 25226 258 24783 259 24488 260 24459 261 24302 262 23654 263 23295 264 23142 265 22964 266 22541 267 22304 268 22003 269 21648 270 21606 271 21151 272 20823 273 20934 274 20557 275 20356 276 19997 277 20035 278 19416 279 19487 280 19214 281 19106 282 18590 283 18582 284 17960 285 18061 286 17716 287 17767 288 17295 289 17194 290 16865 291 16726 292 16542 293 16347 294 16117 295 16048 296 16017 297 15565 298 15307 299 15174 300 15169 301 15008 302 14828 303 14752 304 14554 305 14316 306 14215 307 14044 308 14021 309 14005 310 13624 311 13565 312 13403 313 13194 314 13149 315 12751 316 12781 317 12820 318 12436 319 12441 320 12119 321 12169 322 12082 323 11829 324 11780 325 11588 326 11472 327 11302 328 11365 329 11231 330 11021 331 10976 332 10908 333 10641 334 10489 335 10370 336 10446 337 10325 338 10113 339 10176 340 10093 341 10068 342 9964 343 9844 344 9721 345 9630 346 9350 347 9536 348 9383 349 9405 350 9221 351 9199 352 9170 353 9200 354 8824 355 8898 356 8864 357 8609 358 8618 359 8484 360 8623 361 8442 362 8320 363 8395 364 8417 365 8134 366 8174 367 8206 368 7959 369 7923 370 8008 371 7861 372 7883 373 7931 374 7717 375 7986 376 7712 377 7535 378 7758 379 7748 380 7698 381 7641 382 7602 383 7396 384 7444 385 7463 386 7296 387 7289 388 7378 389 7232 390 7246 391 7096 392 7274 393 6998 394 6936 395 7058 396 7098 397 6939 398 6931 399 6864 400 6972 401 6934 402 6872 403 6780 404 6829 405 6809 406 6618 407 6698 408 6574 409 6723 410 6687 411 6614 412 6714 413 6545 414 6442 415 6503 416 6392 417 6485 418 6353 419 6394 420 6447 421 6394 422 6415 423 6298 424 6394 425 6297 426 6200 427 6125 428 6302 429 6131 430 6013 431 6061 432 6102 433 6073 434 6010 435 5946 436 5957 437 5933 438 5842 439 5829 440 5876 441 5821 442 5882 443 5787 444 5779 445 5846 446 5867 447 5924 448 5673 449 5658 450 5641 451 5592 452 5652 453 5699 454 5656 455 5570 456 5759 457 5615 458 5498 459 5465 460 5501 461 5345 462 5511 463 5492 464 5526 465 5372 466 5568 467 5392 468 5510 469 5362 470 5339 471 5417 472 5442 473 5360 474 5355 475 5463 476 5337 477 5193 478 5155 479 5305 480 5236 481 5225 482 5243 483 5230 484 5327 485 5357 486 5244 487 5212 488 5118 489 5185 490 5246 491 5214 492 5037 493 5305 494 5189 495 5185 496 5225 497 5059 498 5209 499 5154 500 5156 501 5098 502 5055 503 5134 504 5154 505 5117 506 5014 507 5047 508 4826 509 5052 510 4957 511 4943 512 4957 513 4971 514 4953 515 5095 516 5056 517 4947 518 5034 519 4922 520 4864 521 4920 522 4792 523 4875 524 4918 525 4875 526 4927 527 5042 528 4854 529 4829 530 4954 531 4870 532 4935 533 4908 534 4962 535 4996 536 4958 537 4761 538 4831 539 4989 540 4930 541 4796 542 4832 543 4822 544 4831 545 4825 546 4807 547 4771 548 4983 549 4865 550 4775 551 4846 552 4913 553 4935 554 4939 555 4765 556 4751 557 4808 558 4751 559 4709 560 4794 561 4850 562 4739 563 4785 564 4739 565 4739 566 4924 567 4743 568 4704 569 4770 570 4719 571 4791 572 4792 573 4713 574 4688 575 4707 576 4767 577 4670 578 4712 579 4612 580 4735 581 4698 582 4687 583 4691 584 4683 585 4698 586 4634 587 4574 588 4616 589 4760 590 4697 591 4788 592 4628 593 4653 594 4750 595 4678 596 4619 597 4644 598 4721 599 4747 600 4642 601 4754 602 4576 603 4718 604 4657 605 4610 606 4743 607 4735 608 4607 609 4703 610 4743 611 4679 612 4677 613 4772 614 4725 615 4769 616 4635 617 4533 618 4727 619 4578 620 4692 621 4678 622 4642 623 4674 624 4603 625 4694 626 4649 627 4539 628 4589 629 4622 630 4566 631 4610 632 4522 633 4502 634 4587 635 4485 636 4629 637 4583 638 4493 639 4487 640 4555 641 4554 642 4654 643 4634 644 4508 645 4382 646 4534 647 4595 648 4539 649 4509 650 4553 651 4564 652 4452 653 4627 654 4485 655 4487 656 4495 657 4427 658 4447 659 4398 660 4471 661 4444 662 4540 663 4576 664 4473 665 4417 666 4435 667 4496 668 4422 669 4418 670 4394 671 4501 672 4483 673 4475 674 4310 675 4404 676 4390 677 4427 678 4407 679 4460 680 4435 681 4335 682 4461 683 4471 684 4363 685 4451 686 4475 687 4462 688 4416 689 4481 690 4379 691 4437 692 4561 693 4468 694 4556 695 4417 696 4419 697 4452 698 4527 699 4436 700 4369 701 4455 702 4390 703 4515 704 4619 705 4550 706 4455 707 4534 708 4462 709 4462 710 4568 711 4486 712 4544 713 4627 714 4586 715 4578 716 4565 717 4722 718 4504 719 4572 720 4584 721 4480 722 4583 723 4559 724 4648 725 4527 726 4525 727 4612 728 4607 729 4711 730 4541 731 4615 732 4560 733 4675 734 4604 735 4538 736 4445 737 4509 738 4477 739 4486 740 4671 741 4612 742 4579 743 4464 744 4426 745 4488 746 4523 747 4583 748 4439 749 4530 750 4445 751 4622 752 4357 753 4477 754 4543 755 4641 756 4539 757 4403 758 4410 759 4536 760 4523 761 4620 762 4455 763 4284 764 4557 765 4555 766 4446 767 4537 768 4569 769 4411 770 4575 771 4435 772 4460 773 4503 774 4402 775 4377 776 4378 777 4385 778 4300 779 4412 780 4447 781 4403 782 4386 783 4423 784 4376 785 4237 786 4352 787 4338 788 4320 789 4340 790 4381 791 4293 792 4475 793 4207 794 4388 795 4273 796 4290 797 4259 798 4235 799 4337 800 4275 801 4298 802 4308 803 4245 804 4240 805 4236 806 4412 807 4231 808 4247 809 4181 810 4185 811 4223 812 4218 813 4263 814 4255 815 4239 816 4249 817 4222 818 4228 819 4164 820 4213 821 4191 822 4298 823 4221 824 4194 825 4070 826 4376 827 4110 828 4249 829 4183 830 4264 831 4169 832 4252 833 4124 834 4195 835 4222 836 4143 837 4227 838 4256 839 4114 840 4216 841 4182 842 4127 843 4198 844 4164 845 4245 846 4297 847 4114 848 4128 849 4239 850 4250 851 4190 852 4175 853 4217 854 4242 855 4236 856 4223 857 4248 858 4260 859 4174 860 4211 861 4123 862 4260 863 4220 864 4165 865 4072 866 4086 867 4078 868 4196 869 4050 870 4167 871 4165 872 4043 873 4064 874 4037 875 4081 876 4098 877 4203 878 4118 879 4125 880 3999 881 4177 882 4074 883 3995 884 4050 885 4114 886 4219 887 4189 888 4032 889 4029 890 3913 891 4028 892 3860 893 4074 894 4018 895 4059 896 3961 897 3898 898 4045 899 4095 900 4062 901 3921 902 4030 903 4036 904 3958 905 3932 906 3974 907 4026 908 4065 909 3935 910 3951 911 3870 912 3872 913 3957 914 3834 915 3898 916 3955 917 3947 918 3960 919 3989 920 3995 921 3932 922 3793 923 3859 924 3852 925 3884 926 3972 927 3957 928 3872 929 3781 930 3765 931 3893 932 3795 933 3825 934 3808 935 3898 936 3835 937 3852 938 3867 939 3827 940 3933 941 3805 942 3751 943 3840 944 3748 945 3709 946 3804 947 3716 948 3919 949 3848 950 3719 951 3693 952 3610 953 3727 954 3810 955 3768 956 3721 957 3799 958 3792 959 3658 960 3778 961 3670 962 3699 963 3588 964 3781 965 3751 966 3621 967 3623 968 3655 969 3663 970 3778 971 3732 972 3641 973 3716 974 3675 975 3667 976 3613 977 3719 978 3666 979 3606 980 3626 981 3623 982 3614 983 3649 984 3644 985 3528 986 3593 987 3688 988 3557 989 3585 990 3675 991 3526 992 3608 993 3626 994 3525 995 3550 996 3617 997 3530 998 3554 999 3528 1000 3529 1001 3605 1002 3533 1003 3426 1004 3645 1005 3631 1006 3530 1007 3588 1008 3583 1009 3391 1010 3460 1011 3474 1012 3642 1013 3434 1014 3610 1015 3568 1016 3526 1017 3428 1018 3520 1019 3518 1020 3455 1021 3551 1022 3485 1023 3510 1024 3546 1025 3524 1026 3481 1027 3404 1028 3499 1029 3531 1030 3514 1031 3552 1032 3459 1033 3506 1034 3421 1035 3445 1036 3468 1037 3485 1038 3582 1039 3388 1040 3442 1041 3546 1042 3413 1043 3433 1044 3518 1045 3454 1046 3514 1047 3455 1048 3427 1049 3599 1050 3534 1051 3604 1052 3608 1053 3527 1054 3516 1055 3561 1056 3482 1057 3477 1058 3601 1059 3607 1060 3514 1061 3675 1062 3597 1063 3492 1064 3518 1065 3482 1066 3643 1067 3531 1068 3566 1069 3584 1070 3693 1071 3672 1072 3569 1073 3643 1074 3622 1075 3636 1076 3605 1077 3682 1078 3576 1079 3676 1080 3544 1081 3657 1082 3555 1083 3689 1084 3564 1085 3570 1086 3649 1087 3702 1088 3556 1089 3558 1090 3666 1091 3692 1092 3654 1093 3614 1094 3598 1095 3644 1096 3571 1097 3640 1098 3701 1099 3635 1100 3589 1101 3584 1102 3674 1103 3601 1104 3608 1105 3619 1106 3578 1107 3652 1108 3573 1109 3553 1110 3651 1111 3525 1112 3608 1113 3414 1114 3578 1115 3526 1116 3705 1117 3483 1118 3588 1119 3510 1120 3590 1121 3633 1122 3621 1123 3556 1124 3650 1125 3529 1126 3588 1127 3521 1128 3541 1129 3498 1130 3576 1131 3579 1132 3625 1133 3546 1134 3585 1135 3579 1136 3483 1137 3543 1138 3535 1139 3547 1140 3536 1141 3460 1142 3453 1143 3534 1144 3604 1145 3689 1146 3550 1147 3516 1148 3445 1149 3468 1150 3536 1151 3505 1152 3470 1153 3441 1154 3372 1155 3336 1156 3544 1157 3366 1158 3468 1159 3471 1160 3458 1161 3383 1162 3425 1163 3374 1164 3425 1165 3301 1166 3473 1167 3422 1168 3332 1169 3319 1170 3356 1171 3430 1172 3446 1173 3318 1174 3355 1175 3287 1176 3379 1177 3282 1178 3227 1179 3299 1180 3435 1181 3291 1182 3298 1183 3335 1184 3199 1185 3317 1186 3255 1187 3174 1188 3306 1189 3285 1190 3241 1191 3309 1192 3298 1193 3290 1194 3292 1195 3195 1196 3160