## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606355.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606355.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606355.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:49:50 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 207 112 100 21 3080468 273.420456 257.516913 22431130 FR 53 99 137 171 201 243 923 2239 4905 9179 32561 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 3 24 7 25 6 26 6 27 10 28 9 29 20 30 56 31 192 32 196 33 188 34 191 35 179 36 224 37 214 38 207 39 214 40 238 41 217 42 228 43 238 44 242 45 254 46 270 47 296 48 291 49 311 50 319 51 370 52 451 53 431 54 486 55 574 56 661 57 756 58 914 59 1054 60 1225 61 1441 62 1843 63 2108 64 2524 65 2885 66 3539 67 4281 68 5037 69 6048 70 7346 71 8629 72 10051 73 11781 74 13589 75 15846 76 18424 77 20800 78 23462 79 26736 80 29518 81 33281 82 37225 83 41102 84 44770 85 48702 86 52554 87 56592 88 61497 89 65609 90 70674 91 75614 92 79916 93 84758 94 89081 95 92937 96 96166 97 100022 98 103768 99 107327 100 111703 101 113804 102 117390 103 119333 104 122184 105 123997 106 126065 107 127194 108 128540 109 129648 110 130660 111 131284 112 132946 113 132900 114 132919 115 132835 116 132734 117 131778 118 131461 119 130706 120 130555 121 130106 122 129032 123 128673 124 127441 125 126842 126 125612 127 124166 128 122841 129 120999 130 120450 131 119415 132 118062 133 116667 134 115689 135 114024 136 113010 137 110926 138 109451 139 107831 140 106882 141 105396 142 104388 143 102642 144 102073 145 100002 146 98926 147 96888 148 95339 149 94828 150 93078 151 91324 152 90064 153 89374 154 88145 155 86728 156 85167 157 83902 158 82530 159 80791 160 79953 161 79104 162 77553 163 76566 164 76107 165 74786 166 73945 167 72173 168 71330 169 70016 170 69028 171 67747 172 67114 173 65946 174 65475 175 64283 176 63706 177 62709 178 61923 179 60624 180 59936 181 58816 182 58768 183 57835 184 57257 185 56233 186 55318 187 54931 188 53876 189 53544 190 53049 191 52044 192 51618 193 50503 194 50299 195 49593 196 49057 197 47933 198 47880 199 47307 200 46545 201 45715 202 45372 203 44762 204 44430 205 44093 206 42874 207 42745 208 42388 209 41542 210 40963 211 40419 212 40001 213 39427 214 39380 215 38771 216 38312 217 37755 218 37477 219 37177 220 36277 221 35923 222 35819 223 34733 224 34447 225 33991 226 33886 227 33389 228 32988 229 32779 230 32277 231 31337 232 31315 233 31017 234 30394 235 30369 236 29706 237 29595 238 29150 239 29070 240 28074 241 27763 242 27589 243 27423 244 26809 245 26522 246 26342 247 25969 248 25550 249 25297 250 24729 251 24504 252 24013 253 23945 254 23831 255 23320 256 22883 257 23233 258 22698 259 22425 260 22559 261 21809 262 21502 263 21662 264 20989 265 20962 266 20546 267 20013 268 19941 269 19676 270 19544 271 19242 272 19133 273 18944 274 18647 275 18539 276 18174 277 17775 278 17716 279 17577 280 17559 281 17257 282 16919 283 16940 284 16643 285 16245 286 15906 287 15985 288 15739 289 15593 290 15384 291 15357 292 15040 293 14767 294 14826 295 14670 296 14429 297 14203 298 13966 299 14095 300 13549 301 13626 302 13645 303 13439 304 13208 305 12923 306 12925 307 12601 308 12581 309 12836 310 12420 311 12113 312 12153 313 11817 314 11961 315 11698 316 11470 317 11281 318 11276 319 11176 320 11186 321 11089 322 10696 323 10667 324 10528 325 10611 326 10236 327 10317 328 10121 329 10014 330 10025 331 10076 332 9851 333 9745 334 9603 335 9667 336 9614 337 9461 338 9234 339 9402 340 9261 341 8848 342 9032 343 8866 344 8707 345 8706 346 8720 347 8473 348 8450 349 8534 350 8406 351 8266 352 8222 353 8118 354 8089 355 8071 356 7961 357 7962 358 7907 359 7926 360 7850 361 7671 362 7543 363 7624 364 7604 365 7410 366 7492 367 7409 368 7170 369 7169 370 7257 371 7296 372 7241 373 7205 374 7067 375 6970 376 6909 377 7097 378 6786 379 6819 380 6852 381 6823 382 6848 383 6733 384 6685 385 6626 386 6677 387 6592 388 6527 389 6524 390 6737 391 6492 392 6461 393 6379 394 6377 395 6444 396 6234 397 6244 398 6295 399 6289 400 6243 401 6307 402 6186 403 6115 404 6148 405 6137 406 6230 407 6057 408 5997 409 6112 410 5962 411 6003 412 5892 413 5978 414 5813 415 6024 416 5827 417 5854 418 5803 419 5868 420 5835 421 5709 422 5776 423 5864 424 5672 425 5605 426 5578 427 5660 428 5720 429 5538 430 5566 431 5628 432 5524 433 5446 434 5349 435 5403 436 5430 437 5449 438 5348 439 5334 440 5279 441 5277 442 5543 443 5247 444 5201 445 5286 446 5330 447 5170 448 5227 449 5212 450 5137 451 5058 452 5047 453 5156 454 5058 455 5005 456 5078 457 5160 458 5083 459 5028 460 4974 461 4922 462 4935 463 5059 464 4895 465 4949 466 4950 467 4876 468 5138 469 4921 470 4921 471 4832 472 4869 473 4917 474 4879 475 4865 476 4813 477 4948 478 4885 479 4854 480 4790 481 4752 482 4923 483 4706 484 4747 485 4799 486 4695 487 4787 488 4728 489 4800 490 4719 491 4764 492 4677 493 4694 494 4754 495 4757 496 4691 497 4600 498 4694 499 4592 500 4611 501 4622 502 4589 503 4726 504 4530 505 4505 506 4623 507 4529 508 4686 509 4623 510 4452 511 4556 512 4565 513 4516 514 4508 515 4595 516 4523 517 4527 518 4580 519 4486 520 4417 521 4519 522 4374 523 4530 524 4456 525 4498 526 4359 527 4516 528 4438 529 4436 530 4516 531 4488 532 4483 533 4465 534 4325 535 4432 536 4391 537 4454 538 4462 539 4375 540 4498 541 4451 542 4503 543 4421 544 4522 545 4422 546 4388 547 4303 548 4308 549 4424 550 4415 551 4412 552 4283 553 4408 554 4393 555 4327 556 4451 557 4311 558 4339 559 4392 560 4313 561 4406 562 4221 563 4421 564 4269 565 4383 566 4309 567 4207 568 4343 569 4273 570 4429 571 4342 572 4371 573 4316 574 4323 575 4234 576 4369 577 4343 578 4230 579 4256 580 4230 581 4228 582 4166 583 4324 584 4396 585 4277 586 4222 587 4227 588 4315 589 4144 590 4339 591 4363 592 4290 593 4259 594 4294 595 4239 596 4283 597 4233 598 4351 599 4163 600 4238 601 4170 602 4231 603 4168 604 4190 605 4275 606 4274 607 4173 608 4291 609 4234 610 4226 611 4320 612 4293 613 4320 614 4303 615 4284 616 4171 617 4249 618 4177 619 4268 620 4236 621 4311 622 4274 623 4240 624 4258 625 4171 626 4189 627 4209 628 4128 629 4148 630 4102 631 4154 632 4102 633 4127 634 4127 635 4130 636 4349 637 4099 638 4168 639 4102 640 4205 641 4089 642 4133 643 4173 644 4190 645 4076 646 4174 647 4094 648 4159 649 4095 650 4167 651 4059 652 4150 653 4159 654 4034 655 4073 656 4073 657 4005 658 3979 659 4092 660 4050 661 4128 662 4078 663 4019 664 3928 665 4055 666 4038 667 4060 668 4060 669 3958 670 4042 671 4121 672 4015 673 4114 674 4006 675 4015 676 4026 677 4090 678 4088 679 4055 680 4018 681 4101 682 4077 683 4047 684 4109 685 3994 686 4057 687 3991 688 4072 689 4060 690 4031 691 4018 692 3976 693 4166 694 4151 695 4037 696 3953 697 4127 698 4135 699 4054 700 4122 701 4114 702 4114 703 4017 704 4214 705 4074 706 4200 707 3969 708 4066 709 4005 710 4123 711 4139 712 4221 713 4112 714 4117 715 4111 716 4130 717 4138 718 4093 719 4074 720 4146 721 4131 722 4002 723 4181 724 4132 725 4094 726 4101 727 4047 728 4048 729 4210 730 4124 731 4107 732 4104 733 4128 734 4105 735 4059 736 4182 737 4134 738 4128 739 4199 740 4158 741 4239 742 4030 743 4129 744 4176 745 4079 746 4068 747 4147 748 4171 749 4205 750 4122 751 4223 752 3939 753 4098 754 4099 755 3984 756 4197 757 4146 758 4040 759 4110 760 3992 761 3922 762 4136 763 4224 764 4127 765 4143 766 4105 767 4087 768 4005 769 3964 770 4065 771 4072 772 3970 773 3912 774 4001 775 4085 776 3956 777 3936 778 3963 779 4008 780 4003 781 4070 782 3992 783 3937 784 3922 785 3960 786 3923 787 4041 788 4035 789 3917 790 3961 791 3984 792 4008 793 3983 794 3939 795 3859 796 3935 797 3860 798 4023 799 3973 800 3912 801 3878 802 3921 803 3862 804 3867 805 3910 806 3884 807 4001 808 3942 809 3826 810 3896 811 3879 812 3859 813 3901 814 3871 815 3923 816 3820 817 3898 818 3802 819 3816 820 3819 821 3865 822 3855 823 3833 824 3825 825 3892 826 3693 827 3806 828 3718 829 3876 830 3808 831 3795 832 3803 833 3791 834 3742 835 3799 836 3973 837 3768 838 3699 839 3749 840 3897 841 3827 842 3737 843 3830 844 3817 845 3861 846 3739 847 3824 848 3886 849 3706 850 3759 851 3862 852 3806 853 3806 854 3843 855 3756 856 3852 857 3836 858 3727 859 3863 860 3828 861 3789 862 3828 863 3716 864 3840 865 3672 866 3708 867 3708 868 3804 869 3735 870 3728 871 3695 872 3761 873 3679 874 3684 875 3721 876 3694 877 3795 878 3762 879 3696 880 3794 881 3681 882 3678 883 3636 884 3614 885 3725 886 3628 887 3678 888 3567 889 3584 890 3649 891 3649 892 3708 893 3763 894 3533 895 3698 896 3611 897 3636 898 3601 899 3626 900 3581 901 3738 902 3639 903 3593 904 3612 905 3664 906 3664 907 3685 908 3570 909 3520 910 3561 911 3634 912 3679 913 3597 914 3544 915 3607 916 3601 917 3560 918 3518 919 3532 920 3518 921 3560 922 3490 923 3456 924 3549 925 3552 926 3519 927 3466 928 3495 929 3527 930 3505 931 3465 932 3539 933 3587 934 3451 935 3422 936 3573 937 3487 938 3547 939 3439 940 3400 941 3430 942 3413 943 3398 944 3373 945 3363 946 3429 947 3509 948 3446 949 3439 950 3402 951 3329 952 3422 953 3333 954 3386 955 3447 956 3337 957 3544 958 3441 959 3411 960 3384 961 3347 962 3397 963 3343 964 3463 965 3394 966 3303 967 3425 968 3477 969 3233 970 3289 971 3420 972 3305 973 3185 974 3441 975 3459 976 3351 977 3389 978 3254 979 3287 980 3286 981 3310 982 3324 983 3356 984 3483 985 3309 986 3294 987 3257 988 3316 989 3197 990 3244 991 3257 992 3334 993 3326 994 3233 995 3160 996 3215 997 3301 998 3248 999 3246 1000 3220 1001 3275 1002 3195 1003 3215 1004 3296 1005 3227 1006 3259 1007 3183 1008 3279 1009 3214 1010 3193 1011 3172 1012 3176 1013 3207 1014 3179 1015 3263 1016 3152 1017 3161 1018 3239 1019 3215 1020 3169 1021 3201 1022 3153 1023 3138 1024 3148 1025 3181 1026 3060 1027 3133 1028 3236 1029 3127 1030 3103 1031 3169 1032 3157 1033 3142 1034 3184 1035 3218 1036 3088 1037 3167 1038 3130 1039 3163 1040 3062 1041 3098 1042 3080 1043 3097 1044 3182 1045 3124 1046 3146 1047 3191 1048 3235 1049 3193 1050 3150 1051 3242 1052 3164 1053 3261 1054 3102 1055 3143 1056 3153 1057 3242 1058 3112 1059 3178 1060 3178 1061 3149 1062 3095 1063 3125 1064 3203 1065 3242 1066 3165 1067 3225 1068 3193 1069 3253 1070 3222 1071 3190 1072 3251 1073 3331 1074 3157 1075 3326 1076 3258 1077 3202 1078 3155 1079 3275 1080 3277 1081 3264 1082 3232 1083 3170 1084 3270 1085 3129 1086 3244 1087 3294 1088 3245 1089 3228 1090 3287 1091 3219 1092 3230 1093 3290 1094 3303 1095 3335 1096 3240 1097 3271 1098 3112 1099 3286 1100 3257 1101 3235 1102 3273 1103 3261 1104 3143 1105 3311 1106 3288 1107 3168 1108 3202 1109 3198 1110 3170 1111 3164 1112 3179 1113 3228 1114 3235 1115 3239 1116 3138 1117 3173 1118 3182 1119 3130 1120 3117 1121 3239 1122 3222 1123 3260 1124 3222 1125 3089 1126 3295 1127 3199 1128 3074 1129 3247 1130 3128 1131 3174 1132 3204 1133 3182 1134 3167 1135 3096 1136 3153 1137 3181 1138 3123 1139 3158 1140 3205 1141 3132 1142 3211 1143 3118 1144 3200 1145 3180 1146 3203 1147 3187 1148 3026 1149 3093 1150 3109 1151 3170 1152 3162 1153 2987 1154 3110 1155 3119 1156 3006 1157 3168 1158 3146 1159 3179 1160 3139 1161 3075 1162 3088 1163 3151 1164 3002 1165 3036 1166 3004 1167 3042 1168 2935 1169 3092 1170 2993 1171 2975 1172 3055 1173 3055 1174 3055 1175 2975 1176 2920 1177 2970 1178 2950 1179 3012 1180 2937 1181 3013 1182 3007 1183 3011 1184 2986 1185 2907 1186 2991 1187 2941 1188 2985 1189 2886 1190 2899 1191 2940 1192 2933 1193 2902 1194 2918 1195 3051 1196 3002 1197 2892 1198 2861 1199 2864 1200 2849 1201 2850 1202 2885 1203 2949 1204 2893 1205 2938 1206 2941 1207 2881