## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606354.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606354.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606354.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:49:10 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 203 114 96 21 1294612 264.907837 245.340712 19633018 FR 51 95 131 163 193 235 865 2153 4747 8919 31789 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 3 22 2 24 2 25 4 26 7 27 11 28 9 29 19 30 36 31 167 32 188 33 201 34 192 35 155 36 172 37 155 38 169 39 191 40 198 41 183 42 217 43 205 44 203 45 205 46 228 47 233 48 273 49 277 50 286 51 307 52 397 53 413 54 429 55 521 56 602 57 688 58 836 59 1007 60 1250 61 1391 62 1705 63 2015 64 2293 65 2799 66 3113 67 3952 68 4622 69 5503 70 6828 71 7924 72 9280 73 10838 74 12541 75 14353 76 16564 77 18520 78 21305 79 23653 80 26703 81 30014 82 34005 83 36991 84 40103 85 43845 86 47382 87 51338 88 55272 89 59308 90 63364 91 67405 92 71861 93 76122 94 80178 95 83820 96 87037 97 89535 98 93345 99 96883 100 100226 101 102809 102 104960 103 107535 104 109440 105 111003 106 112237 107 114113 108 114449 109 116350 110 116646 111 118146 112 118709 113 118666 114 118878 115 118310 116 118681 117 117959 118 117764 119 117849 120 116621 121 116117 122 115089 123 114808 124 114577 125 113140 126 111944 127 110864 128 109707 129 108352 130 107238 131 106067 132 105704 133 104108 134 102615 135 101359 136 100171 137 99298 138 97526 139 96478 140 94307 141 93506 142 93125 143 91157 144 89974 145 88843 146 87345 147 86246 148 84493 149 83425 150 82489 151 80686 152 80180 153 78731 154 77668 155 77126 156 75099 157 74195 158 72964 159 71802 160 70811 161 69193 162 68531 163 67405 164 66587 165 65703 166 64419 167 63807 168 62663 169 61805 170 60744 171 59092 172 58865 173 58123 174 57235 175 56518 176 56048 177 55017 178 54013 179 53629 180 53010 181 51096 182 51061 183 50659 184 49868 185 49372 186 48636 187 48064 188 46996 189 46702 190 45909 191 45266 192 45266 193 44755 194 44088 195 43177 196 42753 197 42282 198 41766 199 40901 200 40469 201 39685 202 39707 203 39058 204 38979 205 38089 206 37634 207 36942 208 36675 209 36393 210 35623 211 35215 212 35169 213 34909 214 33771 215 33663 216 33303 217 32975 218 32258 219 31889 220 31580 221 31311 222 30754 223 30159 224 29924 225 29786 226 29499 227 28763 228 28424 229 28066 230 28222 231 27511 232 27133 233 27018 234 26312 235 26162 236 25780 237 25416 238 25057 239 25306 240 24323 241 24286 242 23678 243 23634 244 23368 245 22963 246 22897 247 22035 248 22216 249 21936 250 21546 251 21289 252 21132 253 20757 254 20510 255 19922 256 20119 257 19702 258 19460 259 19478 260 19010 261 18931 262 18682 263 18457 264 18180 265 17766 266 17741 267 17403 268 17293 269 16987 270 17025 271 16409 272 16427 273 16271 274 15937 275 15952 276 15618 277 15338 278 15422 279 15207 280 15173 281 14616 282 14484 283 14564 284 14138 285 14265 286 13993 287 13950 288 13577 289 13449 290 13257 291 13161 292 12902 293 12950 294 12766 295 12606 296 12395 297 12318 298 12083 299 12066 300 11848 301 11543 302 11600 303 11484 304 11385 305 11130 306 11077 307 11044 308 11016 309 10553 310 10548 311 10577 312 10465 313 10358 314 10168 315 10356 316 10042 317 9839 318 9634 319 9730 320 9337 321 9370 322 9390 323 9242 324 9094 325 9025 326 8878 327 8898 328 8780 329 8706 330 8650 331 8681 332 8446 333 8402 334 8296 335 8138 336 8250 337 8070 338 7990 339 7925 340 7943 341 7802 342 7589 343 7751 344 7577 345 7560 346 7356 347 7460 348 7328 349 7383 350 7176 351 7300 352 7081 353 7162 354 7057 355 6965 356 6934 357 7035 358 6799 359 6772 360 6493 361 6684 362 6493 363 6537 364 6446 365 6372 366 6390 367 6365 368 6400 369 6236 370 6094 371 6114 372 6200 373 5966 374 6107 375 6075 376 6016 377 6136 378 6039 379 6026 380 5960 381 5905 382 5912 383 5869 384 5770 385 5708 386 5807 387 5778 388 5606 389 5656 390 5722 391 5677 392 5618 393 5425 394 5488 395 5646 396 5657 397 5346 398 5406 399 5494 400 5423 401 5484 402 5329 403 5322 404 5184 405 5357 406 5217 407 5253 408 5220 409 5228 410 5163 411 5273 412 5172 413 5173 414 5142 415 5119 416 5203 417 5127 418 5064 419 4979 420 5022 421 4935 422 5008 423 4948 424 4982 425 4946 426 4883 427 4873 428 4954 429 4802 430 4878 431 4965 432 4751 433 4798 434 4710 435 4839 436 4710 437 4671 438 4787 439 4737 440 4615 441 4732 442 4715 443 4684 444 4530 445 4586 446 4412 447 4417 448 4559 449 4407 450 4490 451 4516 452 4318 453 4533 454 4507 455 4429 456 4398 457 4350 458 4421 459 4336 460 4269 461 4258 462 4403 463 4333 464 4376 465 4336 466 4330 467 4316 468 4279 469 4300 470 4301 471 4275 472 4325 473 4238 474 4296 475 4239 476 4226 477 4251 478 4227 479 4110 480 4199 481 4165 482 4194 483 4164 484 4241 485 4247 486 4181 487 4264 488 4190 489 4169 490 4134 491 4203 492 4108 493 4147 494 4122 495 4162 496 4006 497 4087 498 4194 499 4101 500 3994 501 4084 502 3932 503 4072 504 4200 505 3953 506 3890 507 4042 508 4030 509 4134 510 3924 511 4031 512 3917 513 3928 514 4022 515 4033 516 4009 517 3999 518 3996 519 4068 520 3939 521 3980 522 3847 523 3825 524 3962 525 3866 526 3787 527 3971 528 3975 529 3855 530 3858 531 3854 532 3905 533 3955 534 3813 535 3873 536 3774 537 3791 538 3907 539 3828 540 3875 541 3896 542 3913 543 3834 544 3707 545 3901 546 3898 547 3786 548 3886 549 3898 550 3882 551 3820 552 3941 553 3813 554 3879 555 3887 556 3859 557 3768 558 3880 559 3952 560 3732 561 3854 562 3881 563 3741 564 3803 565 3807 566 3710 567 3789 568 3709 569 3732 570 3792 571 3719 572 3828 573 3748 574 3741 575 3750 576 3759 577 3747 578 3714 579 3763 580 3726 581 3752 582 3728 583 3779 584 3631 585 3754 586 3711 587 3814 588 3765 589 3635 590 3791 591 3677 592 3678 593 3723 594 3733 595 3804 596 3699 597 3693 598 3723 599 3848 600 3854 601 3755 602 3722 603 3714 604 3663 605 3721 606 3766 607 3815 608 3764 609 3696 610 3723 611 3672 612 3757 613 3659 614 3695 615 3753 616 3761 617 3683 618 3684 619 3534 620 3783 621 3643 622 3658 623 3577 624 3669 625 3738 626 3702 627 3672 628 3683 629 3703 630 3556 631 3595 632 3630 633 3608 634 3704 635 3616 636 3665 637 3602 638 3691 639 3715 640 3609 641 3755 642 3681 643 3558 644 3665 645 3575 646 3623 647 3611 648 3676 649 3600 650 3583 651 3542 652 3498 653 3553 654 3650 655 3650 656 3532 657 3535 658 3583 659 3539 660 3487 661 3533 662 3657 663 3650 664 3542 665 3591 666 3615 667 3501 668 3460 669 3508 670 3642 671 3397 672 3604 673 3617 674 3552 675 3551 676 3536 677 3577 678 3507 679 3567 680 3604 681 3589 682 3584 683 3461 684 3721 685 3659 686 3534 687 3553 688 3577 689 3651 690 3666 691 3573 692 3589 693 3587 694 3582 695 3544 696 3499 697 3599 698 3528 699 3536 700 3610 701 3710 702 3506 703 3618 704 3686 705 3779 706 3653 707 3536 708 3620 709 3629 710 3696 711 3618 712 3703 713 3588 714 3557 715 3698 716 3562 717 3689 718 3602 719 3531 720 3658 721 3605 722 3679 723 3610 724 3602 725 3562 726 3698 727 3758 728 3538 729 3584 730 3717 731 3646 732 3567 733 3705 734 3658 735 3590 736 3651 737 3627 738 3708 739 3545 740 3606 741 3725 742 3656 743 3603 744 3664 745 3611 746 3566 747 3746 748 3648 749 3683 750 3581 751 3642 752 3699 753 3563 754 3650 755 3591 756 3605 757 3595 758 3555 759 3661 760 3607 761 3596 762 3690 763 3470 764 3562 765 3602 766 3493 767 3594 768 3532 769 3585 770 3446 771 3567 772 3493 773 3538 774 3565 775 3606 776 3455 777 3503 778 3573 779 3589 780 3528 781 3541 782 3430 783 3557 784 3491 785 3402 786 3473 787 3498 788 3509 789 3529 790 3436 791 3479 792 3466 793 3508 794 3521 795 3349 796 3533 797 3428 798 3479 799 3514 800 3407 801 3454 802 3428 803 3331 804 3383 805 3422 806 3522 807 3432 808 3491 809 3456 810 3453 811 3342 812 3271 813 3414 814 3348 815 3382 816 3391 817 3352 818 3342 819 3414 820 3485 821 3342 822 3316 823 3284 824 3149 825 3383 826 3367 827 3250 828 3298 829 3368 830 3370 831 3353 832 3272 833 3271 834 3355 835 3329 836 3307 837 3348 838 3358 839 3203 840 3418 841 3351 842 3251 843 3305 844 3267 845 3299 846 3351 847 3365 848 3375 849 3308 850 3299 851 3280 852 3350 853 3401 854 3338 855 3226 856 3260 857 3413 858 3324 859 3313 860 3330 861 3348 862 3382 863 3375 864 3323 865 3223 866 3241 867 3357 868 3287 869 3260 870 3240 871 3291 872 3138 873 3229 874 3203 875 3341 876 3225 877 3240 878 3239 879 3290 880 3270 881 3231 882 3277 883 3145 884 3312 885 3206 886 3236 887 3274 888 3219 889 3185 890 3249 891 3164 892 3137 893 3102 894 3135 895 3177 896 3141 897 3114 898 3224 899 3220 900 3162 901 3187 902 3130 903 3193 904 3292 905 3214 906 3151 907 3139 908 3054 909 3175 910 3078 911 3076 912 3114 913 3070 914 3161 915 3087 916 3027 917 3061 918 2987 919 3083 920 3063 921 3062 922 3064 923 3123 924 3053 925 3016 926 3171 927 2997 928 2937 929 3046 930 3082 931 3067 932 3095 933 2947 934 3013 935 3124 936 3007 937 3048 938 2951 939 2890 940 3081 941 3035 942 3144 943 3100 944 2990 945 2957 946 3029 947 3000 948 2967 949 2904 950 2876 951 3017 952 2967 953 2983 954 2988 955 2969 956 2939 957 2870 958 2990 959 2911 960 2997 961 2962 962 2976 963 2832 964 2955 965 2940 966 3005 967 2962 968 2842 969 2905 970 2830 971 2874 972 2888 973 2936 974 2887 975 2794 976 2919 977 2984 978 2909 979 2898 980 2868 981 2841 982 2805 983 2803 984 2968 985 2910 986 2842 987 2876 988 2930 989 2837 990 2855 991 2873 992 2887 993 2873 994 2792 995 2787 996 2899 997 2812 998 2936 999 2773 1000 2835 1001 2857 1002 2780 1003 2833 1004 2831 1005 2851 1006 2869 1007 2859 1008 2745 1009 2736 1010 2665 1011 2865 1012 2879 1013 2794 1014 2809 1015 2785 1016 2875 1017 2769 1018 2856 1019 2758 1020 2755 1021 2782 1022 2796 1023 2822 1024 2769 1025 2727 1026 2763 1027 2853 1028 2737 1029 2728 1030 2803 1031 2695 1032 2745 1033 2696 1034 2736 1035 2749 1036 2712 1037 2826 1038 2817 1039 2796 1040 2622 1041 2678 1042 2701 1043 2770 1044 2647 1045 2793 1046 2774 1047 2717 1048 2719 1049 2757 1050 2784 1051 2748 1052 2885 1053 2692 1054 2848 1055 2681 1056 2781 1057 2789 1058 2886 1059 2809 1060 2821 1061 2752 1062 2828 1063 2779 1064 2655 1065 2841 1066 2748 1067 2747 1068 2757 1069 2839 1070 2783 1071 2853 1072 2808 1073 2872 1074 2834 1075 2891 1076 2767 1077 2810 1078 2839 1079 2776 1080 2823 1081 2729 1082 2758 1083 2813 1084 2775 1085 2790 1086 2786 1087 2869 1088 2804 1089 2780 1090 2727 1091 2867 1092 2854 1093 2877 1094 2816 1095 2826 1096 2826 1097 2821 1098 2773 1099 2892 1100 2848 1101 2700 1102 2812 1103 2830 1104 2753 1105 2784 1106 2895 1107 2664 1108 2831 1109 2761 1110 2825 1111 2743 1112 2728 1113 2771 1114 2868 1115 2756 1116 2817 1117 2781 1118 2826 1119 2782 1120 2782 1121 2862 1122 2789 1123 2768 1124 2820 1125 2790 1126 2850 1127 2836 1128 2726 1129 2664 1130 2754 1131 2707 1132 2805 1133 2799 1134 2654 1135 2778 1136 2679 1137 2738 1138 2719 1139 2692 1140 2785 1141 2678 1142 2817 1143 2813 1144 2763 1145 2764 1146 2641 1147 2725 1148 2648 1149 2699 1150 2716 1151 2707 1152 2719 1153 2752 1154 2736 1155 2653 1156 2628 1157 2647 1158 2704 1159 2678 1160 2562 1161 2727 1162 2721 1163 2640