## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606353.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606353.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606353.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:15:16 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 115 92 22 1143927 254.675654 230.153652 17539947 FR 47 89 125 155 185 223 791 2093 4653 8695 30799 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 1 24 4 25 2 26 4 27 12 28 13 29 19 30 29 31 169 32 157 33 150 34 183 35 159 36 127 37 172 38 178 39 193 40 190 41 194 42 174 43 199 44 199 45 191 46 195 47 243 48 241 49 258 50 301 51 310 52 331 53 343 54 425 55 503 56 543 57 641 58 736 59 886 60 998 61 1275 62 1535 63 1806 64 1973 65 2463 66 2811 67 3405 68 3962 69 4871 70 5885 71 6915 72 8054 73 9320 74 10704 75 12338 76 13725 77 16055 78 17803 79 20306 80 22844 81 25728 82 28617 83 31020 84 33910 85 36886 86 40420 87 43810 88 46995 89 50423 90 54271 91 57916 92 62134 93 65656 94 69211 95 72162 96 75234 97 78227 98 81617 99 84474 100 87848 101 90327 102 92913 103 95022 104 96475 105 98587 106 99975 107 100895 108 102704 109 103925 110 104414 111 105711 112 106654 113 106849 114 107283 115 107441 116 107053 117 106951 118 106338 119 105959 120 105716 121 105510 122 104711 123 104742 124 104223 125 102809 126 101759 127 101019 128 99868 129 99950 130 98388 131 97185 132 96625 133 95685 134 94804 135 93774 136 92553 137 90738 138 89542 139 88800 140 86936 141 86571 142 85896 143 84659 144 83594 145 82758 146 81279 147 79540 148 78746 149 76820 150 76288 151 74570 152 74366 153 72986 154 71915 155 70936 156 69911 157 68856 158 67649 159 66608 160 65625 161 64220 162 63531 163 62752 164 61704 165 61055 166 59824 167 59064 168 58293 169 57440 170 55916 171 55487 172 54820 173 53894 174 53598 175 52365 176 51938 177 50801 178 50139 179 49710 180 48550 181 47802 182 47554 183 46540 184 46169 185 45913 186 44937 187 44216 188 44047 189 43026 190 42453 191 42240 192 41429 193 40725 194 40309 195 40131 196 39157 197 39192 198 38820 199 38266 200 37230 201 36980 202 35912 203 35718 204 35531 205 35266 206 34502 207 34433 208 33780 209 33412 210 32743 211 32416 212 31883 213 31642 214 31449 215 31022 216 30338 217 30579 218 29662 219 28891 220 29053 221 28784 222 28258 223 27851 224 27801 225 27154 226 26646 227 26801 228 26379 229 25695 230 25776 231 25132 232 24665 233 24560 234 24376 235 23831 236 23618 237 23371 238 22916 239 22633 240 22398 241 22136 242 21814 243 21449 244 21062 245 21104 246 20715 247 20226 248 20263 249 19838 250 19447 251 19352 252 19033 253 19069 254 18628 255 18188 256 17967 257 17761 258 17525 259 17391 260 17114 261 17181 262 16940 263 16826 264 16257 265 16235 266 16066 267 15537 268 15673 269 15441 270 15038 271 14893 272 14881 273 14488 274 14356 275 13975 276 13986 277 13807 278 13882 279 13653 280 13334 281 13192 282 12967 283 12929 284 12815 285 12661 286 12510 287 12147 288 12101 289 11895 290 12063 291 11871 292 11694 293 11315 294 11368 295 11133 296 11071 297 11112 298 10772 299 10763 300 10627 301 10550 302 10329 303 10177 304 10207 305 9817 306 9760 307 9594 308 9597 309 9582 310 9315 311 9132 312 9157 313 9080 314 9160 315 8973 316 8690 317 8643 318 8590 319 8558 320 8548 321 8383 322 8357 323 8339 324 8231 325 8087 326 7920 327 7735 328 7757 329 7760 330 7608 331 7578 332 7566 333 7419 334 7470 335 7217 336 7119 337 7153 338 7028 339 7104 340 6795 341 7030 342 6849 343 6884 344 6709 345 6512 346 6637 347 6496 348 6492 349 6536 350 6202 351 6485 352 6292 353 6223 354 6141 355 6100 356 5876 357 6093 358 5931 359 5881 360 5815 361 5702 362 5736 363 5797 364 5663 365 5711 366 5701 367 5630 368 5566 369 5461 370 5481 371 5440 372 5449 373 5543 374 5323 375 5348 376 5321 377 5149 378 5215 379 5218 380 5195 381 5093 382 5027 383 5010 384 5006 385 4950 386 5061 387 4943 388 4985 389 4920 390 4942 391 4755 392 4810 393 4964 394 4813 395 4786 396 4781 397 4632 398 4644 399 4754 400 4793 401 4719 402 4669 403 4463 404 4591 405 4615 406 4590 407 4629 408 4500 409 4479 410 4670 411 4534 412 4516 413 4441 414 4479 415 4419 416 4349 417 4453 418 4304 419 4468 420 4258 421 4370 422 4416 423 4269 424 4356 425 4170 426 4240 427 4256 428 4291 429 4183 430 4226 431 4183 432 4033 433 4103 434 4073 435 4043 436 4067 437 3927 438 3965 439 4025 440 3996 441 4130 442 3852 443 3926 444 3977 445 3881 446 3914 447 3934 448 3912 449 3841 450 3893 451 3962 452 3788 453 3941 454 3849 455 3780 456 3875 457 3668 458 3728 459 3707 460 3869 461 3708 462 3867 463 3675 464 3711 465 3676 466 3633 467 3743 468 3747 469 3648 470 3639 471 3629 472 3621 473 3641 474 3651 475 3658 476 3659 477 3516 478 3621 479 3713 480 3573 481 3675 482 3560 483 3512 484 3640 485 3654 486 3567 487 3565 488 3559 489 3658 490 3547 491 3605 492 3607 493 3500 494 3492 495 3579 496 3598 497 3569 498 3442 499 3496 500 3539 501 3463 502 3452 503 3444 504 3486 505 3430 506 3409 507 3452 508 3318 509 3410 510 3412 511 3490 512 3444 513 3455 514 3430 515 3324 516 3506 517 3484 518 3371 519 3441 520 3322 521 3365 522 3273 523 3412 524 3451 525 3328 526 3387 527 3391 528 3376 529 3308 530 3416 531 3370 532 3359 533 3368 534 3315 535 3316 536 3354 537 3293 538 3327 539 3387 540 3387 541 3328 542 3406 543 3397 544 3403 545 3287 546 3334 547 3319 548 3277 549 3385 550 3255 551 3338 552 3398 553 3389 554 3317 555 3388 556 3298 557 3359 558 3298 559 3195 560 3226 561 3239 562 3268 563 3296 564 3254 565 3287 566 3300 567 3328 568 3256 569 3267 570 3262 571 3308 572 3235 573 3206 574 3291 575 3188 576 3255 577 3161 578 3199 579 3238 580 3284 581 3151 582 3227 583 3271 584 3163 585 3307 586 3260 587 3337 588 3154 589 3245 590 3255 591 3263 592 3168 593 3188 594 3217 595 3269 596 3274 597 3308 598 3212 599 3206 600 3194 601 3121 602 3166 603 3157 604 3149 605 3239 606 3221 607 3306 608 3211 609 3200 610 3234 611 3204 612 3204 613 3139 614 3162 615 3319 616 3115 617 3230 618 3200 619 3125 620 3212 621 3129 622 3171 623 3254 624 3140 625 3205 626 3113 627 3186 628 3187 629 3264 630 3174 631 3218 632 3168 633 3195 634 3151 635 3204 636 3113 637 3040 638 3098 639 3128 640 3152 641 3168 642 3200 643 3173 644 3113 645 3068 646 3131 647 3123 648 3026 649 3074 650 3114 651 2991 652 3049 653 3089 654 3028 655 3133 656 3085 657 3034 658 3157 659 3082 660 3051 661 3074 662 3081 663 2972 664 3100 665 3089 666 3104 667 2998 668 3003 669 3194 670 3036 671 3094 672 3094 673 3118 674 3055 675 3001 676 3107 677 3065 678 3095 679 3026 680 3058 681 3113 682 3042 683 3026 684 3095 685 3042 686 3076 687 3078 688 3121 689 3041 690 3051 691 3096 692 3091 693 3058 694 3064 695 3016 696 3081 697 3038 698 3074 699 3134 700 3187 701 3098 702 3094 703 3099 704 3110 705 3112 706 3160 707 3115 708 3040 709 3029 710 3151 711 3093 712 3155 713 3110 714 3155 715 3072 716 3181 717 3173 718 3090 719 3098 720 3130 721 3235 722 3051 723 3191 724 3094 725 3097 726 3060 727 3136 728 3091 729 3111 730 3128 731 3059 732 3034 733 2988 734 3192 735 3099 736 3097 737 3076 738 3071 739 3064 740 3100 741 3096 742 3098 743 3057 744 3104 745 3109 746 3140 747 3097 748 3089 749 3222 750 3058 751 3068 752 3082 753 3065 754 3145 755 3044 756 3184 757 3089 758 3144 759 3044 760 3154 761 3048 762 3104 763 3103 764 3098 765 3095 766 3159 767 3186 768 2950 769 2988 770 3014 771 3034 772 3031 773 2976 774 3023 775 3087 776 2944 777 2983 778 3085 779 2921 780 2949 781 3046 782 2995 783 3011 784 2960 785 2990 786 3007 787 3009 788 2938 789 3051 790 2977 791 3009 792 2953 793 3001 794 2993 795 3013 796 2968 797 3022 798 3029 799 3046 800 2956 801 2913 802 2973 803 2973 804 2972 805 2934 806 2883 807 2921 808 3003 809 2901 810 2975 811 2907 812 2904 813 2907 814 3030 815 2848 816 2882 817 2911 818 2892 819 2920 820 2927 821 2932 822 2898 823 2863 824 2786 825 2924 826 2875 827 2915 828 2923 829 2835 830 2836 831 2826 832 2874 833 2827 834 2896 835 2895 836 2849 837 2983 838 2915 839 2852 840 2893 841 2776 842 2826 843 2941 844 2849 845 2887 846 2843 847 2875 848 2843 849 2888 850 2845 851 2888 852 2991 853 2975 854 2892 855 2937 856 2895 857 2936 858 2945 859 2882 860 2851 861 2886 862 2871 863 2844 864 2839 865 2900 866 2829 867 2843 868 2867 869 2821 870 2769 871 2880 872 2771 873 2896 874 2878 875 2859 876 2764 877 2862 878 2766 879 2778 880 2740 881 2822 882 2713 883 2803 884 2759 885 2858 886 2824 887 2829 888 2746 889 2755 890 2780 891 2746 892 2779 893 2653 894 2682 895 2752 896 2803 897 2751 898 2708 899 2658 900 2705 901 2718 902 2780 903 2706 904 2705 905 2865 906 2793 907 2695 908 2787 909 2694 910 2755 911 2797 912 2769 913 2783 914 2694 915 2695 916 2757 917 2715 918 2623 919 2653 920 2685 921 2630 922 2676 923 2618 924 2613 925 2677 926 2666 927 2669 928 2729 929 2550 930 2608 931 2714 932 2677 933 2563 934 2612 935 2658 936 2640 937 2649 938 2564 939 2575 940 2624 941 2692 942 2552 943 2497 944 2621 945 2569 946 2657 947 2595 948 2554 949 2558 950 2577 951 2653 952 2602 953 2574 954 2581 955 2583 956 2616 957 2569 958 2555 959 2559 960 2597 961 2587 962 2547 963 2460 964 2608 965 2538 966 2458 967 2556 968 2539 969 2515 970 2590 971 2501 972 2564 973 2488 974 2432 975 2541 976 2524 977 2496 978 2515 979 2454 980 2537 981 2488 982 2493 983 2600 984 2379 985 2446 986 2411 987 2451 988 2477 989 2374 990 2440 991 2524 992 2362 993 2489 994 2412 995 2339 996 2435 997 2466 998 2439 999 2525 1000 2391 1001 2429 1002 2433 1003 2442 1004 2451 1005 2310 1006 2470 1007 2394 1008 2336 1009 2469 1010 2420 1011 2372 1012 2418 1013 2404 1014 2317 1015 2403 1016 2367 1017 2376 1018 2399 1019 2419 1020 2407 1021 2431 1022 2422 1023 2469 1024 2327 1025 2401 1026 2342 1027 2400 1028 2332 1029 2474 1030 2366 1031 2359 1032 2429 1033 2368 1034 2305 1035 2375 1036 2265 1037 2334 1038 2380 1039 2390 1040 2376 1041 2332 1042 2471 1043 2324 1044 2392 1045 2376 1046 2446 1047 2358 1048 2394 1049 2392 1050 2353 1051 2388 1052 2371 1053 2399 1054 2379 1055 2374 1056 2386 1057 2413 1058 2450 1059 2473 1060 2435 1061 2320 1062 2408 1063 2373 1064 2364 1065 2375 1066 2459 1067 2437 1068 2414 1069 2432 1070 2319 1071 2465 1072 2341 1073 2412 1074 2391 1075 2416 1076 2410 1077 2412 1078 2425 1079 2518 1080 2432 1081 2435 1082 2374 1083 2396 1084 2424 1085 2362 1086 2443 1087 2488 1088 2513 1089 2528 1090 2461 1091 2420 1092 2475 1093 2452 1094 2505 1095 2495 1096 2435 1097 2412 1098 2407 1099 2491 1100 2416 1101 2363 1102 2455 1103 2361 1104 2371 1105 2478 1106 2411 1107 2444 1108 2487 1109 2439 1110 2461 1111 2457 1112 2417 1113 2441 1114 2391 1115 2478 1116 2391 1117 2394 1118 2379 1119 2394 1120 2399