## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606352.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606352.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606352.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 20:33:03 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 206 115 98 23 1194637 269.861855 250.481492 15922870 FR 51 95 133 165 197 237 865 2159 4751 8835 31199 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 23 1 24 6 25 3 26 10 27 8 28 10 29 19 30 32 31 133 32 140 33 170 34 134 35 147 36 147 37 144 38 175 39 133 40 172 41 170 42 176 43 171 44 191 45 197 46 201 47 236 48 226 49 243 50 251 51 282 52 305 53 333 54 362 55 445 56 413 57 576 58 650 59 791 60 872 61 1121 62 1302 63 1486 64 1721 65 2081 66 2454 67 2944 68 3383 69 4093 70 4892 71 5808 72 6824 73 7954 74 9154 75 10397 76 12079 77 13538 78 15267 79 17358 80 19523 81 21835 82 24442 83 26838 84 29343 85 31689 86 34630 87 37906 88 40783 89 43513 90 46810 91 50201 92 53467 93 56770 94 59620 95 62396 96 64966 97 67953 98 70831 99 72865 100 76217 101 78683 102 80608 103 82966 104 84573 105 86026 106 87505 107 88814 108 89643 109 90867 110 91959 111 92824 112 93780 113 93953 114 94876 115 95138 116 94128 117 93889 118 94152 119 93777 120 93825 121 93470 122 92515 123 92445 124 91677 125 90761 126 90264 127 89319 128 88187 129 87866 130 86689 131 86266 132 85256 133 84565 134 83457 135 82824 136 81956 137 80877 138 79549 139 78755 140 77277 141 77047 142 75501 143 74958 144 73799 145 72867 146 71665 147 70721 148 69780 149 69000 150 67173 151 66843 152 66007 153 64783 154 63897 155 63028 156 62512 157 60864 158 60131 159 59731 160 58803 161 57250 162 57057 163 55995 164 55397 165 54688 166 53501 167 53028 168 51760 169 51128 170 50339 171 49671 172 49069 173 47905 174 47920 175 46922 176 46397 177 45893 178 45387 179 44517 180 43707 181 43058 182 42826 183 41921 184 41906 185 41240 186 40569 187 39983 188 39536 189 38915 190 38665 191 38276 192 37871 193 37327 194 36771 195 36132 196 35896 197 34922 198 34718 199 34371 200 34154 201 33847 202 32978 203 32887 204 32214 205 32204 206 31532 207 31475 208 30956 209 30541 210 29979 211 29915 212 29648 213 29063 214 28623 215 28006 216 27992 217 27448 218 27006 219 26822 220 26826 221 26301 222 25853 223 25487 224 25101 225 24791 226 24601 227 24455 228 24173 229 23703 230 23387 231 23202 232 22896 233 22826 234 22397 235 22243 236 21877 237 21834 238 21121 239 20975 240 20939 241 20252 242 20132 243 19721 244 19613 245 19587 246 18943 247 18857 248 18731 249 18293 250 17919 251 18013 252 17454 253 17465 254 17221 255 16867 256 16801 257 16701 258 16706 259 16252 260 15961 261 15931 262 15784 263 15432 264 15451 265 15090 266 14755 267 15083 268 14745 269 14322 270 14129 271 14014 272 13875 273 13699 274 13430 275 13363 276 13118 277 13139 278 12983 279 12785 280 12848 281 12335 282 12264 283 12149 284 11972 285 11869 286 11680 287 11451 288 11548 289 11340 290 11217 291 10805 292 10901 293 10857 294 10827 295 10508 296 10286 297 10254 298 9997 299 9788 300 9902 301 9703 302 9777 303 9862 304 9537 305 9384 306 9306 307 9103 308 9192 309 8830 310 9081 311 8805 312 8640 313 8621 314 8520 315 8343 316 8345 317 8375 318 8047 319 8086 320 8009 321 8010 322 7866 323 7835 324 7654 325 7622 326 7542 327 7389 328 7487 329 7200 330 7105 331 7228 332 7046 333 6873 334 6980 335 6824 336 6857 337 6896 338 6527 339 6640 340 6431 341 6569 342 6441 343 6407 344 6272 345 6285 346 6235 347 6044 348 6142 349 5989 350 6003 351 5973 352 5910 353 5871 354 5837 355 5741 356 5516 357 5630 358 5555 359 5650 360 5623 361 5514 362 5387 363 5382 364 5303 365 5225 366 5258 367 5255 368 5339 369 5212 370 5041 371 5182 372 4960 373 5071 374 5036 375 4976 376 5061 377 4935 378 4892 379 4902 380 4806 381 4885 382 4833 383 4842 384 4791 385 4697 386 4750 387 4682 388 4578 389 4627 390 4512 391 4528 392 4569 393 4526 394 4616 395 4578 396 4461 397 4406 398 4473 399 4495 400 4383 401 4303 402 4363 403 4368 404 4340 405 4418 406 4315 407 4244 408 4371 409 4245 410 4228 411 4249 412 4119 413 4219 414 4059 415 4121 416 4109 417 4165 418 4127 419 4220 420 4121 421 4095 422 4068 423 4030 424 3953 425 3981 426 4052 427 4023 428 4001 429 3969 430 3854 431 3946 432 3863 433 3894 434 3909 435 3872 436 3799 437 3816 438 3789 439 3899 440 3811 441 3741 442 3841 443 3741 444 3713 445 3802 446 3727 447 3709 448 3741 449 3668 450 3674 451 3688 452 3691 453 3565 454 3573 455 3684 456 3539 457 3631 458 3591 459 3511 460 3542 461 3366 462 3561 463 3407 464 3564 465 3519 466 3568 467 3499 468 3513 469 3460 470 3472 471 3469 472 3395 473 3452 474 3443 475 3474 476 3442 477 3482 478 3484 479 3445 480 3584 481 3387 482 3524 483 3383 484 3468 485 3440 486 3393 487 3445 488 3494 489 3429 490 3418 491 3454 492 3350 493 3372 494 3265 495 3398 496 3464 497 3263 498 3340 499 3337 500 3266 501 3417 502 3377 503 3319 504 3199 505 3216 506 3202 507 3217 508 3181 509 3227 510 3320 511 3207 512 3231 513 3276 514 3313 515 3211 516 3218 517 3224 518 3177 519 3180 520 3230 521 3179 522 3186 523 3241 524 3025 525 3294 526 3162 527 3236 528 3186 529 3090 530 3168 531 3179 532 3133 533 3163 534 3114 535 3288 536 3012 537 3212 538 3201 539 3226 540 3187 541 3220 542 3079 543 3204 544 3065 545 3222 546 3041 547 3151 548 3169 549 3101 550 3057 551 3077 552 3104 553 3168 554 3133 555 3055 556 3176 557 3025 558 3034 559 3125 560 3052 561 3090 562 3082 563 3106 564 3070 565 2955 566 2995 567 3065 568 3031 569 3002 570 3052 571 3109 572 2999 573 3053 574 3123 575 2996 576 3006 577 3071 578 2947 579 3004 580 3058 581 2997 582 3087 583 2989 584 3006 585 2988 586 3017 587 3020 588 3087 589 3055 590 2994 591 2980 592 2998 593 2942 594 3020 595 3027 596 3014 597 3052 598 3000 599 3052 600 2973 601 3089 602 3005 603 3098 604 3144 605 3042 606 2936 607 2998 608 2943 609 3036 610 3008 611 3087 612 2989 613 2997 614 2932 615 3078 616 3114 617 2905 618 3030 619 2958 620 2985 621 2983 622 2980 623 2938 624 3041 625 3019 626 2998 627 3007 628 3014 629 3049 630 2968 631 2876 632 2986 633 2993 634 3042 635 2957 636 3005 637 2905 638 2999 639 2929 640 2871 641 2835 642 2988 643 2931 644 2947 645 2810 646 2949 647 2944 648 2973 649 2970 650 2933 651 2913 652 2903 653 2822 654 2823 655 2825 656 2953 657 2852 658 2925 659 2855 660 2784 661 2920 662 2909 663 2983 664 2853 665 2906 666 2876 667 2864 668 2883 669 2912 670 2912 671 2915 672 2915 673 2923 674 2885 675 2886 676 2853 677 2918 678 2863 679 2860 680 2928 681 2829 682 2902 683 2908 684 2911 685 2844 686 2910 687 2874 688 2867 689 2937 690 2989 691 2847 692 2902 693 2834 694 2967 695 2856 696 2914 697 2883 698 2925 699 2991 700 2898 701 2888 702 2905 703 2798 704 2909 705 2914 706 2918 707 2947 708 2957 709 2927 710 2875 711 2905 712 2940 713 2943 714 2990 715 2833 716 2962 717 2949 718 2910 719 2995 720 2945 721 2955 722 2903 723 3044 724 2915 725 2833 726 2919 727 2927 728 3034 729 2799 730 2998 731 2952 732 2831 733 2931 734 2929 735 2998 736 2984 737 2839 738 2968 739 2811 740 2982 741 2949 742 2889 743 2847 744 2948 745 2928 746 2863 747 2926 748 2914 749 3042 750 2853 751 2905 752 2921 753 2845 754 2955 755 2869 756 2907 757 2952 758 2920 759 2876 760 2983 761 2916 762 2991 763 2882 764 2898 765 2906 766 2959 767 2932 768 2949 769 2916 770 2804 771 2831 772 2914 773 2833 774 2878 775 2872 776 2842 777 2892 778 2842 779 2812 780 2721 781 2697 782 2864 783 2832 784 2760 785 2726 786 2751 787 2825 788 2797 789 2795 790 2781 791 2711 792 2904 793 2741 794 2928 795 2828 796 2841 797 2810 798 2786 799 2715 800 2800 801 2818 802 2778 803 2772 804 2891 805 2771 806 2757 807 2774 808 2721 809 2772 810 2787 811 2773 812 2760 813 2760 814 2702 815 2731 816 2689 817 2784 818 2778 819 2756 820 2714 821 2725 822 2795 823 2622 824 2718 825 2577 826 2683 827 2707 828 2629 829 2702 830 2669 831 2685 832 2695 833 2685 834 2746 835 2642 836 2764 837 2796 838 2661 839 2728 840 2727 841 2688 842 2712 843 2725 844 2774 845 2663 846 2688 847 2726 848 2742 849 2701 850 2733 851 2803 852 2687 853 2712 854 2591 855 2729 856 2690 857 2646 858 2764 859 2704 860 2649 861 2648 862 2653 863 2732 864 2758 865 2597 866 2682 867 2693 868 2831 869 2575 870 2640 871 2784 872 2669 873 2676 874 2674 875 2619 876 2676 877 2608 878 2676 879 2602 880 2584 881 2673 882 2616 883 2600 884 2637 885 2674 886 2577 887 2713 888 2564 889 2619 890 2540 891 2612 892 2653 893 2552 894 2408 895 2581 896 2582 897 2556 898 2507 899 2547 900 2610 901 2588 902 2495 903 2511 904 2570 905 2678 906 2543 907 2600 908 2451 909 2533 910 2476 911 2556 912 2477 913 2499 914 2548 915 2516 916 2485 917 2532 918 2495 919 2438 920 2449 921 2539 922 2507 923 2486 924 2468 925 2501 926 2512 927 2522 928 2421 929 2468 930 2487 931 2503 932 2534 933 2479 934 2407 935 2492 936 2452 937 2460 938 2440 939 2427 940 2394 941 2380 942 2424 943 2464 944 2393 945 2466 946 2409 947 2426 948 2451 949 2424 950 2412 951 2403 952 2457 953 2397 954 2376 955 2430 956 2452 957 2405 958 2402 959 2446 960 2409 961 2415 962 2369 963 2331 964 2288 965 2396 966 2319 967 2355 968 2361 969 2329 970 2393 971 2450 972 2350 973 2292 974 2318 975 2300 976 2322 977 2338 978 2389 979 2325 980 2322 981 2274 982 2366 983 2284 984 2319 985 2336 986 2319 987 2367 988 2303 989 2422 990 2328 991 2330 992 2323 993 2315 994 2344 995 2275 996 2335 997 2405 998 2268 999 2290 1000 2276 1001 2243 1002 2259 1003 2306 1004 2236 1005 2192 1006 2309 1007 2235 1008 2204 1009 2221 1010 2242 1011 2264 1012 2271 1013 2309 1014 2290 1015 2180 1016 2278 1017 2267 1018 2345 1019 2250 1020 2248 1021 2181 1022 2211 1023 2175 1024 2214 1025 2218 1026 2165 1027 2234 1028 2203 1029 2250 1030 2205 1031 2206 1032 2221 1033 2156 1034 2217 1035 2249 1036 2195 1037 2278 1038 2193 1039 2168 1040 2297 1041 2105 1042 2173 1043 2215 1044 2167 1045 2201 1046 2202 1047 2183 1048 2217 1049 2191 1050 2239 1051 2249 1052 2239 1053 2198 1054 2177 1055 2254 1056 2201 1057 2289 1058 2291 1059 2166 1060 2225 1061 2209 1062 2287 1063 2269 1064 2248 1065 2249 1066 2245 1067 2215 1068 2224 1069 2230 1070 2331 1071 2223 1072 2175 1073 2191 1074 2271 1075 2216 1076 2260 1077 2196 1078 2150 1079 2254 1080 2262 1081 2231 1082 2194 1083 2258 1084 2268 1085 2219 1086 2338 1087 2240 1088 2213 1089 2276 1090 2293 1091 2263 1092 2193 1093 2324 1094 2248 1095 2318 1096 2248 1097 2265 1098 2303 1099 2304 1100 2236 1101 2343 1102 2245 1103 2234 1104 2268 1105 2353 1106 2225 1107 2191 1108 2287 1109 2319 1110 2252 1111 2262 1112 2239 1113 2143 1114 2209 1115 2330 1116 2273 1117 2229 1118 2255 1119 2173 1120 2249 1121 2174 1122 2290 1123 2239 1124 2214 1125 2173 1126 2273 1127 2293 1128 2249 1129 2344 1130 2274 1131 2210 1132 2281 1133 2166 1134 2211 1135 2208 1136 2208 1137 2300 1138 2201 1139 2232 1140 2206 1141 2207 1142 2194 1143 2246 1144 2140 1145 2186 1146 2126 1147 2171 1148 2238 1149 2212 1150 2182 1151 2230 1152 2237 1153 2237 1154 2151 1155 2074 1156 2080 1157 2166 1158 2149 1159 2159 1160 2211 1161 2239 1162 2148 1163 2189 1164 2150 1165 2076 1166 2120 1167 2215 1168 2174 1169 2083 1170 2145 1171 2144 1172 2197 1173 2170 1174 2087 1175 2112 1176 2005 1177 2078 1178 2135 1179 2136 1180 2155 1181 2136 1182 2050 1183 2101 1184 2068 1185 2110 1186 2083