## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606351.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606351.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606351.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:26:39 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 197 115 89 21 1148345 248.905854 221.830941 14792748 FR 47 87 121 151 179 217 779 2063 4575 8565 30613 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 2 22 2 24 5 25 5 26 4 27 9 28 9 29 16 30 25 31 111 32 117 33 128 34 118 35 109 36 118 37 123 38 112 39 117 40 116 41 150 42 134 43 140 44 155 45 132 46 170 47 171 48 178 49 186 50 199 51 226 52 295 53 276 54 301 55 339 56 424 57 474 58 596 59 674 60 769 61 930 62 1172 63 1286 64 1556 65 1844 66 2072 67 2555 68 3086 69 3800 70 4473 71 5263 72 6232 73 7566 74 8627 75 9973 76 11372 77 13037 78 14748 79 16871 80 19080 81 21278 82 23719 83 26089 84 28893 85 31407 86 34236 87 37354 88 40145 89 43325 90 46563 91 49821 92 53200 93 56655 94 59377 95 61916 96 65110 97 67348 98 69809 99 73019 100 75639 101 77709 102 80478 103 82292 104 83907 105 85551 106 86657 107 88102 108 88925 109 89445 110 90741 111 91848 112 91795 113 93157 114 93057 115 93169 116 92861 117 92348 118 92362 119 91730 120 91387 121 91494 122 91211 123 90837 124 89873 125 88806 126 88076 127 87535 128 86631 129 85736 130 84900 131 84545 132 83672 133 82629 134 81771 135 80614 136 79832 137 78585 138 77287 139 76211 140 74861 141 74366 142 73557 143 72904 144 71309 145 70522 146 68975 147 68425 148 66459 149 65950 150 64934 151 63480 152 63726 153 62205 154 61191 155 60294 156 59584 157 58642 158 57199 159 56486 160 55503 161 54650 162 53599 163 52450 164 52266 165 51077 166 50726 167 49509 168 48659 169 47937 170 47366 171 46475 172 45661 173 45028 174 44239 175 43733 176 43183 177 42246 178 41723 179 41160 180 40302 181 39821 182 39124 183 38875 184 38496 185 38258 186 37456 187 36649 188 36251 189 35607 190 35038 191 34710 192 34224 193 34004 194 33232 195 32800 196 32240 197 31715 198 31537 199 31155 200 30649 201 30362 202 29929 203 29668 204 29272 205 28996 206 28563 207 28165 208 27702 209 27173 210 26997 211 26726 212 26275 213 25908 214 25362 215 25359 216 24970 217 24690 218 24394 219 23868 220 23756 221 23101 222 23004 223 22745 224 22472 225 22245 226 21882 227 21729 228 21546 229 20999 230 20696 231 20563 232 20217 233 20231 234 19591 235 19564 236 19152 237 18989 238 18656 239 18658 240 18052 241 18075 242 17912 243 17509 244 17136 245 17157 246 17009 247 16622 248 16365 249 16436 250 16002 251 15704 252 15715 253 15478 254 15232 255 14989 256 14934 257 14697 258 14310 259 14048 260 14069 261 13928 262 13967 263 13441 264 13269 265 13355 266 13070 267 12741 268 12881 269 12655 270 12681 271 12361 272 11953 273 11872 274 11920 275 11761 276 11419 277 11390 278 11290 279 11164 280 11142 281 10751 282 10528 283 10679 284 10412 285 10390 286 10054 287 10086 288 10048 289 9868 290 9818 291 9689 292 9357 293 9262 294 9174 295 9146 296 9138 297 8903 298 8869 299 8864 300 8612 301 8503 302 8608 303 8299 304 8449 305 8241 306 8063 307 7924 308 7993 309 7909 310 7742 311 7602 312 7493 313 7463 314 7286 315 7287 316 7184 317 7291 318 7103 319 7121 320 6991 321 6777 322 6845 323 6685 324 6729 325 6456 326 6524 327 6500 328 6455 329 6470 330 6143 331 6170 332 6232 333 6040 334 6005 335 5893 336 5961 337 5768 338 5818 339 5700 340 5641 341 5607 342 5525 343 5469 344 5503 345 5518 346 5541 347 5335 348 5412 349 5372 350 5263 351 5231 352 5121 353 5171 354 5150 355 5096 356 4912 357 4939 358 4962 359 4896 360 4791 361 4743 362 4850 363 4679 364 4761 365 4846 366 4663 367 4687 368 4609 369 4539 370 4505 371 4550 372 4434 373 4455 374 4404 375 4424 376 4341 377 4315 378 4350 379 4364 380 4309 381 4266 382 4226 383 4164 384 4251 385 4187 386 4199 387 4117 388 4065 389 4136 390 4036 391 4003 392 4059 393 3931 394 4098 395 4008 396 3840 397 3989 398 3883 399 3946 400 3904 401 3870 402 3908 403 3828 404 3855 405 3851 406 3947 407 3841 408 3742 409 3745 410 3794 411 3880 412 3773 413 3828 414 3707 415 3631 416 3747 417 3712 418 3654 419 3664 420 3649 421 3668 422 3612 423 3587 424 3551 425 3648 426 3564 427 3530 428 3626 429 3465 430 3520 431 3525 432 3458 433 3562 434 3512 435 3445 436 3325 437 3323 438 3294 439 3510 440 3360 441 3315 442 3405 443 3429 444 3370 445 3341 446 3300 447 3356 448 3333 449 3294 450 3334 451 3263 452 3270 453 3148 454 3363 455 3262 456 3240 457 3276 458 3139 459 3248 460 3225 461 3187 462 3154 463 3112 464 3250 465 3190 466 3167 467 3124 468 3098 469 3188 470 3070 471 3111 472 3196 473 3174 474 3047 475 3043 476 2986 477 3102 478 2986 479 3022 480 3128 481 3177 482 3148 483 3106 484 3014 485 3087 486 3057 487 3064 488 3044 489 3066 490 3142 491 3034 492 3060 493 3077 494 3051 495 3035 496 3126 497 3016 498 2986 499 2947 500 3049 501 3073 502 3049 503 3021 504 2981 505 2987 506 2878 507 3012 508 2980 509 2901 510 2910 511 2910 512 2972 513 2871 514 2877 515 2819 516 2977 517 2869 518 2879 519 2805 520 2945 521 2796 522 2816 523 2810 524 2856 525 2910 526 2861 527 2933 528 2838 529 3011 530 2834 531 2812 532 2879 533 2842 534 2775 535 2801 536 2829 537 2878 538 2842 539 2825 540 2842 541 2919 542 2884 543 2801 544 2812 545 2821 546 2794 547 2768 548 2783 549 2867 550 2713 551 2822 552 2759 553 2802 554 2801 555 2781 556 2763 557 2787 558 2810 559 2759 560 2742 561 2760 562 2697 563 2764 564 2758 565 2750 566 2801 567 2732 568 2686 569 2702 570 2767 571 2693 572 2671 573 2713 574 2793 575 2727 576 2742 577 2689 578 2712 579 2731 580 2718 581 2663 582 2587 583 2702 584 2691 585 2687 586 2656 587 2679 588 2723 589 2746 590 2680 591 2656 592 2720 593 2743 594 2705 595 2794 596 2678 597 2664 598 2694 599 2807 600 2707 601 2713 602 2660 603 2693 604 2753 605 2704 606 2716 607 2670 608 2752 609 2750 610 2882 611 2594 612 2741 613 2760 614 2690 615 2798 616 2798 617 2753 618 2700 619 2699 620 2669 621 2802 622 2671 623 2629 624 2710 625 2715 626 2696 627 2700 628 2690 629 2634 630 2703 631 2720 632 2659 633 2705 634 2598 635 2669 636 2589 637 2654 638 2736 639 2669 640 2613 641 2540 642 2651 643 2644 644 2672 645 2617 646 2681 647 2700 648 2602 649 2648 650 2609 651 2599 652 2632 653 2564 654 2631 655 2654 656 2663 657 2461 658 2649 659 2560 660 2612 661 2640 662 2648 663 2601 664 2671 665 2625 666 2618 667 2611 668 2592 669 2605 670 2671 671 2586 672 2593 673 2599 674 2537 675 2584 676 2578 677 2665 678 2696 679 2646 680 2577 681 2691 682 2699 683 2514 684 2573 685 2647 686 2522 687 2657 688 2578 689 2585 690 2657 691 2612 692 2602 693 2531 694 2600 695 2657 696 2687 697 2584 698 2563 699 2545 700 2622 701 2605 702 2747 703 2646 704 2565 705 2748 706 2567 707 2659 708 2657 709 2677 710 2659 711 2682 712 2672 713 2654 714 2684 715 2656 716 2661 717 2658 718 2736 719 2720 720 2664 721 2631 722 2739 723 2625 724 2549 725 2637 726 2745 727 2791 728 2660 729 2707 730 2678 731 2702 732 2590 733 2666 734 2602 735 2694 736 2597 737 2661 738 2631 739 2573 740 2694 741 2670 742 2738 743 2679 744 2700 745 2642 746 2672 747 2632 748 2661 749 2579 750 2568 751 2613 752 2539 753 2601 754 2636 755 2578 756 2691 757 2689 758 2777 759 2665 760 2725 761 2619 762 2641 763 2559 764 2651 765 2552 766 2642 767 2639 768 2618 769 2515 770 2561 771 2652 772 2611 773 2545 774 2637 775 2512 776 2644 777 2594 778 2542 779 2562 780 2497 781 2600 782 2581 783 2524 784 2550 785 2557 786 2580 787 2563 788 2525 789 2570 790 2461 791 2557 792 2570 793 2394 794 2530 795 2505 796 2378 797 2533 798 2529 799 2540 800 2387 801 2467 802 2592 803 2455 804 2430 805 2477 806 2530 807 2536 808 2488 809 2547 810 2460 811 2463 812 2418 813 2476 814 2531 815 2431 816 2458 817 2446 818 2442 819 2433 820 2455 821 2455 822 2369 823 2442 824 2488 825 2377 826 2516 827 2458 828 2440 829 2481 830 2433 831 2469 832 2447 833 2444 834 2375 835 2327 836 2430 837 2545 838 2405 839 2404 840 2495 841 2411 842 2451 843 2401 844 2463 845 2516 846 2392 847 2389 848 2476 849 2364 850 2467 851 2474 852 2453 853 2456 854 2380 855 2426 856 2426 857 2427 858 2511 859 2551 860 2462 861 2427 862 2426 863 2417 864 2468 865 2443 866 2361 867 2382 868 2376 869 2292 870 2433 871 2424 872 2387 873 2380 874 2381 875 2358 876 2399 877 2387 878 2465 879 2365 880 2365 881 2269 882 2381 883 2389 884 2379 885 2280 886 2307 887 2383 888 2275 889 2392 890 2342 891 2303 892 2295 893 2325 894 2313 895 2326 896 2284 897 2280 898 2318 899 2338 900 2321 901 2227 902 2361 903 2342 904 2222 905 2251 906 2356 907 2346 908 2270 909 2297 910 2351 911 2226 912 2314 913 2251 914 2281 915 2311 916 2260 917 2193 918 2261 919 2391 920 2266 921 2187 922 2258 923 2273 924 2315 925 2294 926 2168 927 2226 928 2236 929 2254 930 2208 931 2174 932 2167 933 2137 934 2259 935 2157 936 2196 937 2305 938 2234 939 2229 940 2338 941 2273 942 2224 943 2113 944 2136 945 2147 946 2302 947 2276 948 2179 949 2164 950 2219 951 2170 952 2168 953 2194 954 2287 955 2184 956 2188 957 2155 958 2148 959 2254 960 2119 961 2167 962 2124 963 2149 964 2215 965 2100 966 2124 967 2232 968 2083 969 2043 970 2133 971 2184 972 2144 973 2234 974 2178 975 2124 976 2124 977 2115 978 2102 979 2142 980 2092 981 2145 982 2175 983 2050 984 2095 985 2158 986 2127 987 2092 988 2115 989 2063 990 2070 991 2013 992 2101 993 2124 994 2116 995 2032 996 2072 997 2065 998 2074 999 2049 1000 2019 1001 2080 1002 2127 1003 2188 1004 2113 1005 2093 1006 2001 1007 2017 1008 1978 1009 1937 1010 2016 1011 2071 1012 2021 1013 2072 1014 2052 1015 1988 1016 2043 1017 2111 1018 2014 1019 2101 1020 2082 1021 2046 1022 2024 1023 2039 1024 2012 1025 2034 1026 1986 1027 1989 1028 1976 1029 1946 1030 2021 1031 2016 1032 2100 1033 2000 1034 2033 1035 1955 1036 1957 1037 1903 1038 1997 1039 2048 1040 1927 1041 2030 1042 1953 1043 2024 1044 2006 1045 1960 1046 1943 1047 1940 1048 1970 1049 2096 1050 2053 1051 1989 1052 2087 1053 2029 1054 1995 1055 2091 1056 1986 1057 2031 1058 1993 1059 2037 1060 2038 1061 2071 1062 2044 1063 2036 1064 2039 1065 2081 1066 2072 1067 1968 1068 1998 1069 2103 1070 2000 1071 2093 1072 2042 1073 2060 1074 2080 1075 2083 1076 2092 1077 2089 1078 2052 1079 1970 1080 2117 1081 2113 1082 1950 1083 2064 1084 2116 1085 2053 1086 2065 1087 2052