## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606350.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606350.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606350.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 23:30:08 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 113 93 19 1294597 255.915821 233.773044 37684766 FR 49 91 127 159 187 227 813 2119 4737 8871 31415 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 19 1 21 3 22 2 23 5 24 10 25 15 26 13 27 19 28 18 29 33 30 63 31 323 32 337 33 322 34 340 35 310 36 336 37 344 38 358 39 349 40 382 41 374 42 430 43 416 44 427 45 417 46 455 47 498 48 510 49 569 50 611 51 670 52 801 53 862 54 897 55 1114 56 1319 57 1517 58 1708 59 2084 60 2413 61 2947 62 3581 63 4170 64 4750 65 5852 66 6773 67 8234 68 9925 69 11703 70 14125 71 16598 72 19698 73 22869 74 26064 75 30195 76 34314 77 39342 78 44188 79 50075 80 55364 81 61854 82 68496 83 75832 84 81781 85 88041 86 95739 87 103336 88 111115 89 118576 90 127213 91 134351 92 142846 93 151158 94 158346 95 164995 96 170213 97 176025 98 182986 99 189264 100 195612 101 200622 102 206182 103 209458 104 213537 105 216472 106 217897 107 220287 108 223353 109 224703 110 226621 111 227880 112 230184 113 230459 114 229701 115 230114 116 229359 117 227757 118 227031 119 226816 120 224688 121 224511 122 223501 123 222076 124 219701 125 218406 126 215444 127 212321 128 210785 129 208020 130 206696 131 204489 132 203195 133 201318 134 197880 135 195370 136 194001 137 190278 138 188118 139 185233 140 182825 141 181019 142 178846 143 175997 144 174524 145 171809 146 168767 147 166577 148 163786 149 161565 150 159620 151 155963 152 155192 153 152678 154 151357 155 148494 156 145541 157 143820 158 141222 159 139731 160 136756 161 135469 162 132710 163 130958 164 130105 165 127432 166 125519 167 123870 168 121428 169 119719 170 118059 171 117080 172 115083 173 113964 174 111373 175 109492 176 108699 177 107046 178 105743 179 103595 180 102025 181 99877 182 99243 183 98143 184 97092 185 95841 186 94202 187 93564 188 90977 189 90479 190 89416 191 88122 192 87421 193 86070 194 85431 195 83844 196 82723 197 82235 198 80927 199 79887 200 78720 201 77596 202 76295 203 75781 204 74959 205 74309 206 73267 207 72345 208 70997 209 70422 210 69192 211 68331 212 67722 213 66614 214 65834 215 64983 216 64798 217 63496 218 62736 219 62106 220 61315 221 60487 222 59344 223 58664 224 58139 225 57047 226 56431 227 55918 228 55281 229 54284 230 54110 231 53319 232 52945 233 51885 234 51005 235 50860 236 50047 237 48962 238 48763 239 48030 240 47148 241 46892 242 45829 243 45807 244 44952 245 44500 246 44053 247 43032 248 42784 249 42227 250 41556 251 41212 252 40771 253 39839 254 39753 255 38965 256 38433 257 38093 258 37937 259 37439 260 37036 261 36289 262 35717 263 35395 264 34955 265 34536 266 34405 267 33758 268 33471 269 32639 270 32383 271 31988 272 31613 273 31289 274 30914 275 30545 276 30127 277 30127 278 29298 279 28820 280 29083 281 28307 282 28052 283 27949 284 27501 285 27049 286 26656 287 26446 288 26319 289 25865 290 25805 291 25034 292 25147 293 24478 294 24152 295 24137 296 23729 297 23472 298 22997 299 22849 300 22664 301 22519 302 22505 303 22108 304 21763 305 21431 306 21394 307 21000 308 20509 309 20587 310 20038 311 20011 312 19703 313 19488 314 19215 315 19374 316 19005 317 19047 318 18778 319 18301 320 18207 321 17907 322 17957 323 17560 324 17724 325 17136 326 17286 327 16964 328 16834 329 16592 330 16520 331 16302 332 16141 333 16068 334 15756 335 15542 336 15539 337 15357 338 15184 339 15171 340 14948 341 14714 342 14673 343 14573 344 14471 345 14291 346 14119 347 14226 348 14084 349 13573 350 13569 351 13483 352 13572 353 13600 354 13217 355 12960 356 13146 357 12803 358 12709 359 12761 360 12628 361 12452 362 12216 363 12318 364 12305 365 11870 366 12158 367 11968 368 11880 369 11830 370 11419 371 11505 372 11620 373 11481 374 11516 375 11468 376 11431 377 11344 378 11039 379 11265 380 11300 381 10986 382 11003 383 10906 384 10869 385 10904 386 10950 387 10787 388 10524 389 10455 390 10642 391 10562 392 10350 393 10400 394 10329 395 10167 396 10141 397 10275 398 10161 399 10234 400 10023 401 9917 402 10144 403 9999 404 9813 405 9828 406 9731 407 9832 408 9473 409 9633 410 9668 411 9400 412 9504 413 9625 414 9462 415 9368 416 9132 417 9228 418 9424 419 9293 420 9377 421 9485 422 9293 423 9156 424 9220 425 9159 426 9242 427 8949 428 9069 429 9080 430 8878 431 8910 432 8770 433 8912 434 8746 435 8856 436 8800 437 8605 438 8781 439 8738 440 8491 441 8606 442 8493 443 8534 444 8419 445 8362 446 8369 447 8473 448 8394 449 8397 450 8322 451 8275 452 8381 453 8372 454 8273 455 8400 456 8151 457 8145 458 8088 459 8083 460 8154 461 7923 462 7952 463 8107 464 8008 465 8069 466 7975 467 7939 468 7898 469 7787 470 7837 471 7867 472 8012 473 7945 474 7968 475 7802 476 7833 477 7747 478 7847 479 7768 480 7773 481 7696 482 7737 483 7724 484 7715 485 7645 486 7558 487 7695 488 7570 489 7616 490 7634 491 7522 492 7654 493 7633 494 7704 495 7592 496 7719 497 7537 498 7585 499 7441 500 7323 501 7420 502 7472 503 7384 504 7498 505 7385 506 7229 507 7404 508 7438 509 7339 510 7332 511 7274 512 7385 513 7380 514 7280 515 7431 516 7443 517 7223 518 7236 519 7371 520 7258 521 7304 522 7226 523 7280 524 7215 525 7353 526 7146 527 7124 528 7149 529 7268 530 7282 531 7104 532 7273 533 7192 534 7170 535 7126 536 7228 537 7181 538 7074 539 6998 540 7123 541 7084 542 7087 543 6988 544 7123 545 7020 546 7007 547 7216 548 7059 549 7174 550 7014 551 7098 552 7023 553 7106 554 6998 555 7070 556 6941 557 6935 558 6887 559 7016 560 6968 561 7034 562 6989 563 6883 564 7083 565 6972 566 6944 567 6919 568 6886 569 6862 570 7122 571 7097 572 6960 573 6913 574 6839 575 6874 576 6906 577 6955 578 6813 579 6931 580 6962 581 6944 582 6849 583 6793 584 6772 585 6897 586 7089 587 6816 588 6809 589 6932 590 6902 591 6768 592 6917 593 6821 594 6886 595 6933 596 6906 597 6827 598 6792 599 7053 600 6819 601 6807 602 6719 603 6795 604 6861 605 6882 606 7010 607 6905 608 6913 609 6911 610 6941 611 6753 612 6914 613 7012 614 6877 615 6948 616 6833 617 6861 618 6767 619 6757 620 6771 621 6902 622 6778 623 6802 624 6851 625 6704 626 6820 627 6814 628 6773 629 6768 630 6851 631 6731 632 6711 633 6669 634 6741 635 6614 636 6789 637 6715 638 6697 639 6707 640 6727 641 6792 642 6728 643 6664 644 6575 645 6733 646 6644 647 6728 648 6553 649 6791 650 6720 651 6540 652 6585 653 6573 654 6675 655 6508 656 6583 657 6541 658 6504 659 6706 660 6537 661 6620 662 6573 663 6597 664 6518 665 6567 666 6599 667 6438 668 6545 669 6544 670 6516 671 6680 672 6708 673 6624 674 6644 675 6557 676 6561 677 6674 678 6534 679 6686 680 6482 681 6547 682 6596 683 6621 684 6651 685 6523 686 6602 687 6632 688 6588 689 6732 690 6587 691 6548 692 6652 693 6567 694 6725 695 6629 696 6570 697 6572 698 6691 699 6652 700 6560 701 6747 702 6513 703 6554 704 6670 705 6428 706 6619 707 6675 708 6636 709 6717 710 6692 711 6710 712 6509 713 6783 714 6537 715 6676 716 6605 717 6811 718 6633 719 6670 720 6843 721 6756 722 6698 723 6816 724 6652 725 6744 726 6707 727 6785 728 6633 729 6694 730 6761 731 6606 732 6576 733 6686 734 6795 735 6680 736 6640 737 6704 738 6644 739 6542 740 6610 741 6826 742 6731 743 6664 744 6715 745 6875 746 6640 747 6671 748 6667 749 6673 750 6548 751 6648 752 6612 753 6622 754 6712 755 6533 756 6625 757 6662 758 6683 759 6621 760 6568 761 6583 762 6593 763 6552 764 6587 765 6675 766 6672 767 6547 768 6583 769 6548 770 6553 771 6656 772 6541 773 6668 774 6431 775 6484 776 6570 777 6377 778 6393 779 6556 780 6432 781 6555 782 6576 783 6598 784 6364 785 6392 786 6345 787 6471 788 6395 789 6496 790 6426 791 6496 792 6517 793 6312 794 6383 795 6327 796 6391 797 6368 798 6442 799 6250 800 6338 801 6390 802 6369 803 6359 804 6240 805 6182 806 6229 807 6258 808 6328 809 6355 810 6293 811 6259 812 6279 813 6343 814 6252 815 6194 816 6216 817 6179 818 6152 819 6248 820 6262 821 6371 822 6290 823 6209 824 6259 825 6270 826 6332 827 6109 828 6173 829 6252 830 6158 831 6291 832 6085 833 6125 834 6108 835 6223 836 6226 837 6290 838 6238 839 6202 840 6180 841 6209 842 6236 843 6358 844 6211 845 6305 846 6200 847 6157 848 6325 849 6171 850 6317 851 6162 852 6159 853 6149 854 6261 855 6216 856 6141 857 6274 858 6187 859 6169 860 6187 861 6179 862 6121 863 6255 864 6125 865 6149 866 6177 867 6112 868 6074 869 6120 870 6032 871 6170 872 6115 873 6160 874 6121 875 6031 876 6162 877 6111 878 6083 879 6023 880 5982 881 6050 882 6150 883 5858 884 5885 885 6026 886 6106 887 6105 888 6007 889 6069 890 5930 891 5896 892 6020 893 5903 894 5916 895 5821 896 6041 897 5885 898 5976 899 6033 900 5836 901 5832 902 5962 903 5970 904 5953 905 5994 906 5950 907 5831 908 5795 909 5952 910 5940 911 6015 912 5856 913 5905 914 5812 915 5854 916 5749 917 5759 918 5644 919 5810 920 5800 921 5778 922 5649 923 5710 924 5838 925 5606 926 5714 927 5652 928 5662 929 5728 930 5713 931 5735 932 5638 933 5717 934 5592 935 5652 936 5564 937 5711 938 5792 939 5715 940 5708 941 5649 942 5580 943 5380 944 5551 945 5583 946 5616 947 5526 948 5691 949 5617 950 5669 951 5511 952 5682 953 5489 954 5693 955 5443 956 5558 957 5612 958 5494 959 5469 960 5528 961 5549 962 5477 963 5458 964 5542 965 5480 966 5628 967 5528 968 5452 969 5432 970 5491 971 5421 972 5452 973 5429 974 5377 975 5469 976 5359 977 5405 978 5440 979 5401 980 5452 981 5366 982 5278 983 5368 984 5303 985 5382 986 5454 987 5298 988 5372 989 5232 990 5387 991 5314 992 5329 993 5250 994 5265 995 5268 996 5353 997 5325 998 5338 999 5207 1000 5309 1001 5166 1002 5330 1003 5280 1004 5227 1005 5320 1006 5337 1007 5189 1008 5141 1009 5338 1010 5240 1011 5226 1012 5269 1013 5084 1014 5265 1015 5293 1016 5204 1017 5344 1018 5274 1019 5155 1020 5213 1021 5153 1022 5254 1023 5169 1024 5070 1025 5260 1026 5023 1027 5101 1028 5298 1029 5136 1030 5257 1031 5099 1032 5159 1033 5105 1034 5060 1035 5154 1036 5116 1037 5193 1038 5193 1039 5257 1040 5103 1041 5155 1042 5088 1043 5083 1044 5145 1045 5088 1046 5135 1047 5271 1048 5116 1049 5233 1050 5274 1051 5183 1052 5187 1053 5293 1054 5180 1055 5183 1056 5146 1057 5287 1058 5276 1059 5225 1060 5236 1061 5207 1062 5155 1063 5156 1064 5243 1065 5259 1066 5322 1067 5199 1068 5256 1069 5356 1070 5216 1071 5260 1072 5108 1073 5262 1074 5217 1075 5217 1076 5310 1077 5254 1078 5340 1079 5236 1080 5220 1081 5211 1082 5112 1083 5314 1084 5271 1085 5305 1086 5344 1087 5197 1088 5299 1089 5284 1090 5303 1091 5240 1092 5209 1093 5305 1094 5367 1095 5319 1096 5220 1097 5246 1098 5209 1099 5224 1100 5308 1101 5255 1102 5340 1103 5192 1104 5382 1105 5269 1106 5140 1107 5203 1108 5311 1109 5309 1110 5163 1111 5217 1112 5327 1113 5245 1114 5125 1115 5236 1116 5319 1117 5230 1118 5229 1119 5031 1120 5210 1121 5190 1122 5261 1123 5283 1124 5157 1125 5275 1126 5174 1127 5303 1128 5228 1129 5125 1130 5278