## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606349.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606349.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606349.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:16:36 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 198 114 91 22 1134387 250.906184 225.359192 21705504 FR 45 87 123 153 183 219 711 1993 4481 8355 29459 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 2 23 3 24 6 25 4 26 4 27 15 28 17 29 21 30 50 31 179 32 182 33 212 34 185 35 191 36 196 37 232 38 209 39 210 40 216 41 225 42 229 43 229 44 251 45 275 46 259 47 294 48 301 49 340 50 366 51 451 52 514 53 490 54 583 55 656 56 742 57 894 58 1120 59 1249 60 1499 61 1778 62 2145 63 2517 64 2905 65 3498 66 4025 67 4925 68 5903 69 6905 70 8283 71 9931 72 11424 73 13348 74 15523 75 17448 76 19939 77 22749 78 25814 79 29078 80 32616 81 36020 82 40313 83 44276 84 47716 85 51705 86 56277 87 60279 88 64908 89 69329 90 74511 91 78948 92 84215 93 88225 94 92398 95 96368 96 99716 97 103607 98 106907 99 109829 100 114505 101 116751 102 120081 103 122766 104 125017 105 126358 106 128049 107 128934 108 130255 109 131360 110 132181 111 133401 112 133828 113 134216 114 134514 115 133450 116 132858 117 132240 118 131765 119 130867 120 130407 121 130231 122 129222 123 128378 124 127608 125 126306 126 124496 127 122798 128 121646 129 120294 130 118956 131 118047 132 116453 133 116000 134 114614 135 112671 136 111558 137 109431 138 107331 139 106291 140 104931 141 104087 142 102972 143 101651 144 100515 145 98668 146 97408 147 96012 148 93989 149 92586 150 91978 151 90447 152 89068 153 88203 154 87050 155 85285 156 83808 157 82487 158 81730 159 80353 160 78686 161 77457 162 76449 163 75230 164 74869 165 73800 166 72564 167 71204 168 70739 169 68761 170 68107 171 66982 172 66039 173 65742 174 64850 175 64131 176 63133 177 62595 178 61109 179 60132 180 59265 181 58554 182 58063 183 58085 184 56691 185 55920 186 55603 187 54517 188 54088 189 53405 190 52816 191 51947 192 51121 193 50626 194 50251 195 49795 196 49185 197 48282 198 47690 199 47155 200 46481 201 46325 202 45265 203 44901 204 44190 205 44008 206 42877 207 42895 208 42198 209 41616 210 41136 211 40524 212 40286 213 39613 214 39350 215 39150 216 38457 217 37963 218 37504 219 36637 220 36474 221 36267 222 35404 223 35158 224 34771 225 34505 226 33796 227 33579 228 33110 229 32549 230 32095 231 31730 232 31728 233 30728 234 30463 235 30390 236 29823 237 29566 238 29474 239 28824 240 28139 241 28131 242 27791 243 27062 244 26688 245 26709 246 26336 247 26152 248 25649 249 25361 250 24932 251 24541 252 24454 253 24049 254 23627 255 23374 256 23071 257 22865 258 22653 259 22266 260 22163 261 21801 262 21468 263 20986 264 20880 265 20618 266 20499 267 20118 268 20104 269 19667 270 19372 271 19287 272 19198 273 18777 274 18449 275 18274 276 18180 277 17791 278 17774 279 17472 280 17366 281 17167 282 17039 283 16472 284 16488 285 16313 286 15960 287 15766 288 15815 289 15314 290 15244 291 15204 292 14828 293 14782 294 14682 295 14156 296 14235 297 13947 298 13920 299 13708 300 13537 301 13545 302 13614 303 13243 304 12940 305 12822 306 12654 307 12481 308 12457 309 12128 310 12162 311 11973 312 11964 313 11878 314 11615 315 11422 316 11220 317 11335 318 11028 319 11043 320 10856 321 10712 322 10797 323 10570 324 10460 325 10197 326 10215 327 9959 328 9909 329 9893 330 9696 331 9697 332 9616 333 9516 334 9434 335 9503 336 9286 337 8922 338 9095 339 8825 340 9020 341 8686 342 8701 343 8506 344 8458 345 8478 346 8456 347 8345 348 8312 349 8295 350 8244 351 8087 352 8087 353 7843 354 7903 355 7779 356 7594 357 7759 358 7655 359 7590 360 7559 361 7445 362 7330 363 7260 364 7330 365 7148 366 6982 367 7016 368 7092 369 7021 370 6784 371 6843 372 6769 373 6840 374 6727 375 6778 376 6644 377 6555 378 6710 379 6482 380 6586 381 6485 382 6506 383 6412 384 6394 385 6359 386 6249 387 6372 388 6317 389 6246 390 6192 391 6033 392 6187 393 6128 394 6014 395 6085 396 6032 397 5875 398 6080 399 5883 400 5748 401 5672 402 5818 403 5982 404 5628 405 5703 406 5750 407 5729 408 5752 409 5553 410 5570 411 5664 412 5589 413 5631 414 5435 415 5581 416 5374 417 5543 418 5418 419 5478 420 5405 421 5283 422 5317 423 5310 424 5296 425 5269 426 5269 427 5286 428 5262 429 5165 430 5261 431 5250 432 5079 433 5069 434 4992 435 5089 436 5076 437 5071 438 4975 439 5046 440 5066 441 4947 442 4980 443 4891 444 4822 445 4723 446 4856 447 4817 448 4749 449 4791 450 4705 451 4855 452 4809 453 4758 454 4725 455 4726 456 4727 457 4605 458 4522 459 4662 460 4600 461 4662 462 4571 463 4651 464 4552 465 4578 466 4522 467 4484 468 4693 469 4493 470 4514 471 4476 472 4530 473 4569 474 4549 475 4526 476 4453 477 4448 478 4601 479 4581 480 4387 481 4355 482 4486 483 4424 484 4513 485 4358 486 4421 487 4336 488 4525 489 4452 490 4353 491 4376 492 4339 493 4382 494 4382 495 4396 496 4380 497 4475 498 4377 499 4278 500 4283 501 4277 502 4327 503 4260 504 4297 505 4274 506 4323 507 4233 508 4233 509 4262 510 4269 511 4293 512 4105 513 4164 514 4269 515 4159 516 4286 517 4101 518 4108 519 4181 520 4170 521 4137 522 4089 523 4149 524 4302 525 4192 526 4135 527 4207 528 4150 529 4112 530 4190 531 4084 532 4165 533 4192 534 4125 535 4095 536 4037 537 4119 538 4016 539 4075 540 4073 541 4013 542 4039 543 4160 544 4123 545 4041 546 4118 547 4057 548 4008 549 4109 550 4063 551 3975 552 3993 553 4039 554 4017 555 4016 556 4042 557 3822 558 3997 559 3905 560 3978 561 3935 562 4027 563 4012 564 4091 565 4020 566 3983 567 4011 568 3888 569 3979 570 3959 571 4035 572 3935 573 3982 574 3981 575 4018 576 3903 577 3906 578 3951 579 3932 580 3943 581 3947 582 3986 583 3998 584 3976 585 3955 586 3997 587 3922 588 3953 589 3922 590 3998 591 3901 592 3866 593 3908 594 3863 595 3903 596 4004 597 4042 598 3918 599 3947 600 4035 601 3958 602 3954 603 4001 604 3892 605 3919 606 3972 607 3994 608 3908 609 3947 610 3977 611 3831 612 3918 613 3904 614 3872 615 3962 616 3818 617 3948 618 3905 619 3920 620 3848 621 3889 622 3888 623 3866 624 3949 625 3844 626 3931 627 3870 628 3883 629 3814 630 3780 631 3866 632 3778 633 3816 634 3907 635 3831 636 3866 637 3900 638 3918 639 3785 640 3809 641 3922 642 3959 643 3733 644 3818 645 3947 646 3831 647 3943 648 3764 649 3712 650 3812 651 3763 652 3734 653 3803 654 3733 655 3876 656 3779 657 3748 658 3764 659 3689 660 3734 661 3691 662 3891 663 3731 664 3809 665 3739 666 3821 667 3730 668 3711 669 3763 670 3812 671 3803 672 3797 673 3807 674 3837 675 3723 676 3883 677 3720 678 3620 679 3822 680 3711 681 3873 682 3660 683 3707 684 3869 685 3845 686 3775 687 3709 688 3785 689 3761 690 3752 691 3690 692 3714 693 3852 694 3707 695 3763 696 3791 697 3756 698 3762 699 3850 700 3662 701 3796 702 3756 703 3750 704 3900 705 3778 706 3872 707 3721 708 3733 709 3755 710 3773 711 3806 712 3861 713 3702 714 3792 715 3887 716 3841 717 3781 718 3735 719 3687 720 3668 721 3960 722 3843 723 3811 724 3819 725 3749 726 3787 727 3816 728 3843 729 3817 730 3783 731 3818 732 3683 733 3845 734 3802 735 3772 736 3817 737 3776 738 3840 739 3775 740 3876 741 3839 742 3729 743 3793 744 3858 745 3886 746 3818 747 3864 748 3793 749 3734 750 3885 751 3807 752 3820 753 3743 754 3808 755 3828 756 3748 757 3688 758 3751 759 3737 760 3785 761 3763 762 3780 763 3782 764 3868 765 3781 766 3817 767 3724 768 3713 769 3720 770 3636 771 3657 772 3788 773 3757 774 3638 775 3707 776 3687 777 3632 778 3678 779 3581 780 3604 781 3825 782 3644 783 3622 784 3605 785 3578 786 3714 787 3723 788 3590 789 3626 790 3640 791 3597 792 3742 793 3578 794 3639 795 3624 796 3671 797 3613 798 3684 799 3619 800 3610 801 3618 802 3629 803 3643 804 3576 805 3667 806 3641 807 3588 808 3540 809 3661 810 3599 811 3622 812 3526 813 3693 814 3514 815 3691 816 3538 817 3467 818 3599 819 3542 820 3667 821 3599 822 3502 823 3482 824 3543 825 3548 826 3477 827 3473 828 3411 829 3444 830 3508 831 3520 832 3530 833 3502 834 3558 835 3436 836 3548 837 3494 838 3603 839 3523 840 3556 841 3454 842 3455 843 3466 844 3425 845 3491 846 3481 847 3552 848 3514 849 3510 850 3504 851 3498 852 3539 853 3512 854 3473 855 3622 856 3577 857 3623 858 3482 859 3454 860 3530 861 3547 862 3483 863 3424 864 3467 865 3426 866 3522 867 3435 868 3373 869 3460 870 3514 871 3467 872 3490 873 3407 874 3445 875 3517 876 3308 877 3522 878 3338 879 3508 880 3367 881 3316 882 3377 883 3473 884 3496 885 3397 886 3361 887 3429 888 3346 889 3360 890 3469 891 3401 892 3348 893 3341 894 3177 895 3342 896 3355 897 3341 898 3342 899 3463 900 3348 901 3287 902 3455 903 3283 904 3364 905 3291 906 3410 907 3338 908 3245 909 3327 910 3333 911 3357 912 3305 913 3275 914 3230 915 3199 916 3284 917 3227 918 3228 919 3203 920 3249 921 3200 922 3187 923 3212 924 3254 925 3299 926 3338 927 3275 928 3176 929 3241 930 3128 931 3245 932 3284 933 3211 934 3247 935 3257 936 3161 937 3203 938 3137 939 3162 940 3168 941 3200 942 3203 943 3273 944 3197 945 3228 946 3092 947 3235 948 3208 949 3141 950 3274 951 3032 952 3223 953 3197 954 3218 955 3120 956 3104 957 3225 958 3101 959 3134 960 3023 961 3142 962 3119 963 3199 964 3106 965 3133 966 3136 967 3141 968 3076 969 3028 970 3126 971 3181 972 3097 973 3028 974 3069 975 3101 976 3143 977 3076 978 3107 979 3066 980 2999 981 3021 982 3042 983 3025 984 3122 985 3019 986 3047 987 2997 988 3009 989 3037 990 2968 991 2896 992 3012 993 2948 994 2904 995 2927 996 2988 997 2951 998 2973 999 2985 1000 2908 1001 2892 1002 2994 1003 2912 1004 2988 1005 2996 1006 2993 1007 2968 1008 2909 1009 2908 1010 2937 1011 2947 1012 2938 1013 2905 1014 3011 1015 2969 1016 2835 1017 2933 1018 2955 1019 2927 1020 2939 1021 2956 1022 2958 1023 2882 1024 2919 1025 2956 1026 2948 1027 2942 1028 2927 1029 2887 1030 2920 1031 2949 1032 2815 1033 2835 1034 2839 1035 2901 1036 2909 1037 2927 1038 2931 1039 2802 1040 2850 1041 2969 1042 2838 1043 2872 1044 2855 1045 2899 1046 3031 1047 2921 1048 2851 1049 2860 1050 2953 1051 2906 1052 2890 1053 2867 1054 2910 1055 2866 1056 2927 1057 2970 1058 2897 1059 2921 1060 2958 1061 2982 1062 2885 1063 2893 1064 2916 1065 2818 1066 2926 1067 2889 1068 2920 1069 2955 1070 2885 1071 2950 1072 2974 1073 3069 1074 2958 1075 2946 1076 2948 1077 2931 1078 2994 1079 2941 1080 2911 1081 2948 1082 2919 1083 2975 1084 2994 1085 2879 1086 3052 1087 2907 1088 3003 1089 2945 1090 3070 1091 3016 1092 2903 1093 2919 1094 2932 1095 3039 1096 3013 1097 2935 1098 2874 1099 2991 1100 2948 1101 3030 1102 2994 1103 2924 1104 2902 1105 2998 1106 2898 1107 2983 1108 2982