## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606347.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606347.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606347.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:39:57 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 205 115 97 22 1294605 266.730057 246.522131 23993424 FR 51 95 133 165 195 235 825 2117 4687 8619 29589 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 5 23 4 24 10 25 6 26 7 27 17 28 15 29 26 30 62 31 246 32 224 33 234 34 263 35 255 36 227 37 239 38 252 39 252 40 288 41 275 42 294 43 273 44 309 45 277 46 339 47 346 48 343 49 361 50 445 51 464 52 497 53 566 54 597 55 686 56 724 57 866 58 984 59 1101 60 1364 61 1528 62 1895 63 2207 64 2474 65 3032 66 3608 67 4376 68 5206 69 6158 70 7389 71 8843 72 10474 73 12289 74 14119 75 16298 76 18617 77 20973 78 24106 79 27636 80 31121 81 34637 82 38316 83 42444 84 46530 85 49867 86 54457 87 59283 88 64160 89 69034 90 74395 91 79001 92 84370 93 89428 94 93665 95 98183 96 101625 97 105640 98 109841 99 114450 100 118713 101 122709 102 125397 103 128251 104 131319 105 133112 106 135162 107 135528 108 137687 109 139524 110 140582 111 142458 112 142659 113 143753 114 143798 115 144018 116 142874 117 142034 118 142053 119 141903 120 140718 121 140801 122 140447 123 138895 124 138467 125 137093 126 136083 127 134076 128 132209 129 130914 130 130852 131 129025 132 128387 133 126630 134 125224 135 123754 136 122703 137 120100 138 119356 139 117238 140 114661 141 113559 142 113198 143 111844 144 110272 145 108185 146 106834 147 104995 148 103785 149 102146 150 100186 151 99185 152 97470 153 96299 154 95470 155 94224 156 92176 157 91384 158 89534 159 88341 160 86690 161 85463 162 84501 163 83759 164 82462 165 81031 166 80368 167 78570 168 76941 169 76237 170 74996 171 74426 172 73281 173 72331 174 71652 175 70608 176 69432 177 68535 178 67471 179 66587 180 65045 181 64502 182 64032 183 62812 184 62565 185 62032 186 61309 187 60061 188 58988 189 58678 190 57674 191 56802 192 56266 193 55578 194 54886 195 54283 196 53880 197 52976 198 52536 199 51549 200 50875 201 50057 202 49858 203 49167 204 48863 205 48050 206 47601 207 46768 208 46257 209 46059 210 45458 211 44639 212 44487 213 43790 214 43175 215 42856 216 42209 217 41995 218 41272 219 40633 220 40123 221 39722 222 39258 223 38814 224 38458 225 38080 226 37510 227 37383 228 36685 229 35936 230 35846 231 35283 232 34752 233 34468 234 33939 235 33324 236 33328 237 32795 238 32520 239 31828 240 31366 241 31182 242 30918 243 30432 244 29813 245 29489 246 29045 247 29051 248 28612 249 28189 250 28057 251 27198 252 26935 253 26772 254 26525 255 26095 256 26008 257 25513 258 25328 259 24920 260 24789 261 24281 262 23998 263 23803 264 23658 265 23103 266 22551 267 22675 268 22575 269 21964 270 22023 271 21719 272 21265 273 21142 274 20672 275 20356 276 20316 277 20097 278 20172 279 19623 280 19418 281 19176 282 18828 283 18822 284 18387 285 18219 286 18115 287 17667 288 17650 289 17361 290 17314 291 17155 292 16977 293 16690 294 16466 295 16100 296 16110 297 16039 298 15627 299 15708 300 15420 301 15311 302 15206 303 14917 304 14642 305 14486 306 14317 307 14359 308 14155 309 13809 310 13544 311 13688 312 13519 313 13275 314 13165 315 12961 316 12871 317 12699 318 12539 319 12594 320 12264 321 12268 322 12200 323 11992 324 12063 325 11889 326 11570 327 11515 328 11172 329 11371 330 10920 331 11123 332 11025 333 10754 334 10700 335 10569 336 10644 337 10462 338 10372 339 10156 340 10094 341 10059 342 9979 343 9816 344 9700 345 9730 346 9583 347 9447 348 9508 349 9338 350 9288 351 9122 352 9241 353 9019 354 9050 355 8920 356 8854 357 8617 358 8714 359 8480 360 8605 361 8409 362 8312 363 8135 364 8295 365 8254 366 8040 367 7984 368 8088 369 7844 370 8063 371 7934 372 7770 373 7756 374 7537 375 7650 376 7600 377 7473 378 7511 379 7472 380 7681 381 7315 382 7447 383 7271 384 7191 385 7285 386 7259 387 7132 388 7166 389 7208 390 6998 391 6898 392 6907 393 6823 394 6997 395 6936 396 6797 397 6784 398 6828 399 6712 400 6714 401 6681 402 6763 403 6583 404 6592 405 6504 406 6582 407 6598 408 6442 409 6438 410 6471 411 6543 412 6408 413 6498 414 6353 415 6302 416 6410 417 6262 418 6111 419 6213 420 6050 421 6121 422 6296 423 6194 424 6037 425 6069 426 6025 427 5983 428 6067 429 5927 430 5950 431 5882 432 5890 433 5798 434 5704 435 5734 436 5798 437 5809 438 5661 439 5740 440 5640 441 5612 442 5640 443 5644 444 5577 445 5622 446 5575 447 5647 448 5382 449 5489 450 5505 451 5607 452 5457 453 5515 454 5378 455 5404 456 5363 457 5401 458 5272 459 5265 460 5305 461 5247 462 5233 463 5275 464 5220 465 5263 466 5314 467 5259 468 5243 469 5281 470 5183 471 5213 472 5132 473 5081 474 5075 475 5300 476 5196 477 5044 478 5129 479 5051 480 5085 481 5032 482 5167 483 5185 484 5151 485 5110 486 5017 487 5086 488 5015 489 4938 490 4931 491 4953 492 4971 493 5010 494 4929 495 5074 496 4971 497 5001 498 4888 499 4974 500 4919 501 5017 502 4941 503 4825 504 4958 505 4774 506 4898 507 4790 508 4785 509 4847 510 4865 511 4866 512 4773 513 4756 514 4795 515 4720 516 4675 517 4769 518 4746 519 4826 520 4789 521 4738 522 4697 523 4703 524 4644 525 4664 526 4680 527 4773 528 4757 529 4706 530 4534 531 4647 532 4684 533 4639 534 4653 535 4646 536 4686 537 4571 538 4598 539 4725 540 4718 541 4571 542 4657 543 4643 544 4543 545 4670 546 4647 547 4672 548 4493 549 4652 550 4651 551 4576 552 4530 553 4667 554 4647 555 4588 556 4566 557 4564 558 4642 559 4689 560 4562 561 4472 562 4513 563 4517 564 4582 565 4557 566 4578 567 4578 568 4491 569 4567 570 4561 571 4558 572 4562 573 4636 574 4580 575 4547 576 4465 577 4397 578 4505 579 4508 580 4410 581 4539 582 4475 583 4446 584 4346 585 4496 586 4343 587 4509 588 4577 589 4570 590 4457 591 4461 592 4441 593 4355 594 4573 595 4408 596 4499 597 4606 598 4523 599 4449 600 4409 601 4539 602 4495 603 4472 604 4463 605 4489 606 4578 607 4546 608 4514 609 4467 610 4604 611 4481 612 4601 613 4474 614 4531 615 4461 616 4470 617 4524 618 4431 619 4635 620 4290 621 4414 622 4456 623 4509 624 4502 625 4459 626 4527 627 4510 628 4329 629 4395 630 4459 631 4398 632 4428 633 4421 634 4389 635 4435 636 4309 637 4387 638 4277 639 4398 640 4449 641 4300 642 4412 643 4393 644 4504 645 4362 646 4462 647 4386 648 4371 649 4327 650 4310 651 4313 652 4164 653 4377 654 4368 655 4214 656 4332 657 4297 658 4226 659 4183 660 4223 661 4319 662 4275 663 4366 664 4291 665 4224 666 4322 667 4312 668 4182 669 4251 670 4270 671 4302 672 4293 673 4386 674 4277 675 4183 676 4253 677 4176 678 4160 679 4272 680 4294 681 4294 682 4298 683 4266 684 4457 685 4307 686 4265 687 4196 688 4242 689 4320 690 4320 691 4218 692 4121 693 4431 694 4246 695 4328 696 4224 697 4383 698 4311 699 4266 700 4298 701 4325 702 4197 703 4273 704 4242 705 4288 706 4298 707 4247 708 4347 709 4281 710 4339 711 4412 712 4300 713 4347 714 4341 715 4313 716 4394 717 4384 718 4395 719 4259 720 4316 721 4234 722 4362 723 4401 724 4335 725 4321 726 4328 727 4300 728 4320 729 4438 730 4388 731 4382 732 4358 733 4291 734 4339 735 4363 736 4312 737 4256 738 4412 739 4355 740 4334 741 4409 742 4277 743 4372 744 4274 745 4398 746 4226 747 4371 748 4289 749 4316 750 4295 751 4284 752 4329 753 4259 754 4271 755 4344 756 4239 757 4366 758 4160 759 4250 760 4304 761 4320 762 4129 763 4244 764 4273 765 4179 766 4224 767 4423 768 4244 769 4324 770 4234 771 4208 772 4294 773 4207 774 4305 775 4209 776 4156 777 4203 778 4203 779 4078 780 4134 781 4149 782 4291 783 4163 784 4201 785 4266 786 4135 787 4055 788 4089 789 4026 790 4253 791 4200 792 4245 793 4149 794 4205 795 4185 796 3983 797 4135 798 4165 799 4211 800 4088 801 4124 802 4055 803 4142 804 4011 805 4183 806 4182 807 4131 808 4056 809 4009 810 4081 811 4124 812 3997 813 4013 814 4138 815 4001 816 4038 817 4144 818 3997 819 3954 820 4029 821 4050 822 4009 823 4058 824 3960 825 4099 826 4046 827 3993 828 3896 829 3991 830 3996 831 4150 832 4064 833 3962 834 3931 835 3934 836 4008 837 4030 838 3950 839 4101 840 4137 841 4056 842 4029 843 4043 844 3870 845 4129 846 3986 847 4074 848 3994 849 3998 850 4111 851 4052 852 4153 853 4035 854 4100 855 4002 856 4024 857 4109 858 4041 859 3998 860 3901 861 4032 862 4021 863 4068 864 4059 865 3914 866 4036 867 3931 868 3962 869 3817 870 4029 871 3941 872 4065 873 3987 874 3914 875 3958 876 3936 877 3935 878 3882 879 3852 880 3799 881 3906 882 3831 883 3850 884 3848 885 3867 886 3880 887 3871 888 3930 889 3896 890 3770 891 3849 892 3958 893 3790 894 3790 895 3868 896 3839 897 3885 898 3849 899 3761 900 3804 901 3747 902 3926 903 3808 904 3779 905 3740 906 3752 907 3826 908 3826 909 3872 910 3709 911 3823 912 3709 913 3826 914 3809 915 3804 916 3778 917 3694 918 3757 919 3761 920 3775 921 3742 922 3675 923 3758 924 3671 925 3691 926 3608 927 3609 928 3716 929 3689 930 3705 931 3695 932 3753 933 3743 934 3717 935 3723 936 3654 937 3660 938 3645 939 3671 940 3626 941 3638 942 3728 943 3631 944 3720 945 3669 946 3692 947 3668 948 3636 949 3625 950 3612 951 3648 952 3659 953 3671 954 3622 955 3688 956 3581 957 3639 958 3459 959 3580 960 3612 961 3583 962 3597 963 3535 964 3569 965 3491 966 3717 967 3640 968 3556 969 3499 970 3483 971 3556 972 3517 973 3537 974 3546 975 3548 976 3491 977 3559 978 3478 979 3575 980 3505 981 3528 982 3448 983 3435 984 3476 985 3434 986 3467 987 3567 988 3460 989 3433 990 3475 991 3318 992 3498 993 3418 994 3466 995 3431 996 3343 997 3399 998 3396 999 3462 1000 3471 1001 3454 1002 3450 1003 3368 1004 3479 1005 3402 1006 3331 1007 3314 1008 3418 1009 3373 1010 3372 1011 3438 1012 3360 1013 3405 1014 3487 1015 3334 1016 3431 1017 3307 1018 3296 1019 3357 1020 3390 1021 3411 1022 3405 1023 3272 1024 3378 1025 3375 1026 3246 1027 3331 1028 3384 1029 3442 1030 3317 1031 3420 1032 3292 1033 3323 1034 3372 1035 3380 1036 3421 1037 3318 1038 3299 1039 3315 1040 3278 1041 3330 1042 3249 1043 3302 1044 3306 1045 3373 1046 3324 1047 3253 1048 3323 1049 3359 1050 3426 1051 3298 1052 3330 1053 3342 1054 3345 1055 3233 1056 3321 1057 3364 1058 3260 1059 3332 1060 3385 1061 3302 1062 3283 1063 3214 1064 3343 1065 3411 1066 3297 1067 3321 1068 3234 1069 3344 1070 3392 1071 3420 1072 3442 1073 3385 1074 3468 1075 3398 1076 3372 1077 3423 1078 3351 1079 3454 1080 3356 1081 3291 1082 3419 1083 3409 1084 3326 1085 3376 1086 3419 1087 3378 1088 3438 1089 3311 1090 3341 1091 3345 1092 3407 1093 3352 1094 3351 1095 3404 1096 3254 1097 3367 1098 3410 1099 3378 1100 3394 1101 3430 1102 3344 1103 3267 1104 3429 1105 3494 1106 3439 1107 3356 1108 3429 1109 3349 1110 3337 1111 3314 1112 3295 1113 3296 1114 3328 1115 3326 1116 3275 1117 3328 1118 3409 1119 3399 1120 3368 1121 3331 1122 3392 1123 3407 1124 3356 1125 3325 1126 3391 1127 3350 1128 3306 1129 3381 1130 3292 1131 3287 1132 3399 1133 3308 1134 3258 1135 3346 1136 3426 1137 3359 1138 3356 1139 3270 1140 3341 1141 3310 1142 3223 1143 3399 1144 3311 1145 3404 1146 3347 1147 3272 1148 3308 1149 3260 1150 3395 1151 3343 1152 3215 1153 3146 1154 3240 1155 3198 1156 3247 1157 3228 1158 3227 1159 3300 1160 3295 1161 3211 1162 3235 1163 3191 1164 3247 1165 3229 1166 3209 1167 3253 1168 3129 1169 3153 1170 3222 1171 3217 1172 3193 1173 3180 1174 3128 1175 3113