## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606346.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606346.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606346.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:38:01 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 212 113 105 21 1067183 284.361952 272.075256 26347249 FR 55 105 145 179 211 253 901 2199 4869 8995 30785 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 7 23 7 24 14 25 13 26 27 27 37 28 30 29 42 30 58 31 349 32 329 33 318 34 316 35 304 36 322 37 345 38 316 39 345 40 377 41 340 42 352 43 409 44 367 45 384 46 412 47 450 48 458 49 451 50 496 51 533 52 676 53 690 54 690 55 857 56 901 57 1026 58 1299 59 1440 60 1764 61 2208 62 2612 63 2884 64 3465 65 4175 66 4869 67 6030 68 7030 69 8436 70 10175 71 12039 72 14029 73 16505 74 18894 75 21356 76 24304 77 27423 78 30724 79 34839 80 38680 81 43659 82 47979 83 52662 84 57193 85 61220 86 66151 87 70796 88 75827 89 80876 90 86661 91 91393 92 97547 93 103232 94 107520 95 111186 96 115084 97 118424 98 122060 99 126087 100 130783 101 133873 102 137888 103 140721 104 142266 105 143603 106 144390 107 145676 108 146649 109 147452 110 149309 111 150741 112 151618 113 153231 114 153045 115 151809 116 150250 117 148334 118 148254 119 147213 120 146840 121 146242 122 145622 123 145374 124 143805 125 143106 126 140937 127 139262 128 137177 129 135049 130 134261 131 133127 132 132105 133 131485 134 130147 135 128009 136 126927 137 124568 138 122019 139 120533 140 119041 141 117840 142 117026 143 116050 144 114313 145 113359 146 111310 147 109247 148 106637 149 105084 150 104574 151 102339 152 101439 153 100767 154 98556 155 98034 156 96471 157 94756 158 92968 159 91646 160 90441 161 88783 162 87443 163 86377 164 85853 165 85334 166 83958 167 82223 168 80779 169 79787 170 78609 171 76814 172 76494 173 76138 174 75473 175 74472 176 73089 177 71992 178 71328 179 70303 180 68777 181 67640 182 67151 183 66335 184 66236 185 65142 186 64481 187 64416 188 63126 189 61926 190 61450 191 60412 192 59795 193 58817 194 58571 195 57895 196 57543 197 56590 198 56548 199 55420 200 54622 201 54049 202 53105 203 52808 204 51848 205 51716 206 51318 207 51016 208 50683 209 50050 210 48943 211 48420 212 47994 213 47384 214 46961 215 46502 216 45803 217 45368 218 44732 219 44496 220 43709 221 43022 222 42703 223 41939 224 41540 225 41386 226 40993 227 40640 228 40324 229 39717 230 39356 231 38674 232 38382 233 37881 234 37094 235 37218 236 36856 237 36485 238 35867 239 35600 240 35011 241 34523 242 33864 243 33472 244 33125 245 32626 246 32654 247 32232 248 32001 249 31550 250 31112 251 30599 252 30189 253 29863 254 29975 255 29477 256 29207 257 28672 258 28327 259 28353 260 27995 261 27573 262 26990 263 26754 264 26030 265 26106 266 25513 267 25724 268 25555 269 25132 270 24881 271 24323 272 24198 273 23957 274 23672 275 23453 276 23037 277 22754 278 22674 279 22592 280 22531 281 21936 282 21826 283 21382 284 21063 285 20908 286 20481 287 20371 288 20322 289 19877 290 20070 291 19635 292 19469 293 19239 294 18916 295 18873 296 18496 297 18292 298 18265 299 17969 300 17759 301 17815 302 17482 303 17304 304 16878 305 16731 306 16842 307 16314 308 16085 309 15899 310 16091 311 15727 312 15383 313 15362 314 15267 315 15137 316 14747 317 14949 318 14372 319 14298 320 14394 321 14131 322 14144 323 14068 324 13868 325 13835 326 13674 327 13321 328 13115 329 13203 330 12933 331 12677 332 12917 333 12650 334 12328 335 12321 336 12464 337 12116 338 11924 339 12066 340 11792 341 11612 342 11677 343 11530 344 11567 345 11305 346 11183 347 11070 348 11045 349 10877 350 10755 351 10587 352 10738 353 10628 354 10484 355 10296 356 10319 357 10124 358 10075 359 10060 360 9827 361 9884 362 9607 363 9679 364 9700 365 9718 366 9435 367 9300 368 9302 369 9252 370 9275 371 9282 372 9136 373 8990 374 8969 375 9099 376 8890 377 8777 378 8839 379 8866 380 8704 381 8793 382 8622 383 8651 384 8529 385 8477 386 8349 387 8353 388 8307 389 8136 390 8224 391 8121 392 8208 393 8045 394 7884 395 7979 396 8008 397 7898 398 7822 399 7705 400 7823 401 7776 402 7633 403 7646 404 7750 405 7876 406 7579 407 7516 408 7530 409 7461 410 7389 411 7397 412 7366 413 7466 414 7257 415 7355 416 7261 417 7158 418 7170 419 7103 420 7182 421 7042 422 7046 423 7052 424 6932 425 7053 426 7020 427 6811 428 7010 429 6806 430 6730 431 6779 432 6817 433 6595 434 6574 435 6685 436 6624 437 6524 438 6604 439 6484 440 6645 441 6601 442 6419 443 6433 444 6434 445 6413 446 6673 447 6431 448 6375 449 6421 450 6382 451 6206 452 6173 453 6387 454 6250 455 6187 456 6095 457 6139 458 6105 459 6253 460 6159 461 6094 462 6154 463 6143 464 5964 465 6114 466 5921 467 5975 468 6057 469 6126 470 5993 471 5997 472 5973 473 5781 474 5814 475 5926 476 5875 477 5913 478 5942 479 5934 480 5824 481 5729 482 5767 483 5748 484 5857 485 5959 486 5769 487 5767 488 5822 489 5792 490 5682 491 5715 492 5687 493 5618 494 5559 495 5517 496 5785 497 5756 498 5580 499 5665 500 5574 501 5546 502 5509 503 5723 504 5580 505 5513 506 5437 507 5506 508 5403 509 5612 510 5411 511 5327 512 5502 513 5337 514 5334 515 5403 516 5504 517 5404 518 5359 519 5221 520 5367 521 5430 522 5350 523 5280 524 5363 525 5304 526 5162 527 5352 528 5413 529 5282 530 5178 531 5231 532 5296 533 5352 534 5218 535 5165 536 5256 537 5260 538 5140 539 5270 540 5274 541 5213 542 5298 543 5251 544 5143 545 5321 546 5141 547 5292 548 5282 549 5161 550 5118 551 5046 552 5276 553 5059 554 5156 555 5235 556 5123 557 5129 558 5271 559 5163 560 5167 561 5188 562 5066 563 5099 564 5068 565 5126 566 5151 567 5094 568 5045 569 5224 570 5155 571 5055 572 5066 573 5095 574 5140 575 4975 576 5011 577 5026 578 5131 579 4990 580 5047 581 5047 582 4946 583 5088 584 5188 585 4993 586 5052 587 5076 588 5142 589 5150 590 5093 591 5059 592 4976 593 5033 594 5005 595 4971 596 5057 597 5031 598 5033 599 5107 600 5122 601 5076 602 5132 603 5070 604 5046 605 5121 606 5137 607 5070 608 5011 609 5125 610 5166 611 5012 612 5093 613 4978 614 5027 615 4944 616 5102 617 5094 618 5047 619 4992 620 4953 621 4974 622 4873 623 4953 624 5008 625 4979 626 4895 627 4997 628 5046 629 4973 630 4903 631 4974 632 4889 633 4827 634 4884 635 4953 636 4895 637 4869 638 4918 639 4838 640 4943 641 4982 642 4958 643 4859 644 4955 645 4977 646 4884 647 4954 648 4824 649 4951 650 4691 651 4765 652 4870 653 4786 654 4749 655 4950 656 4919 657 4806 658 4800 659 4794 660 4888 661 4908 662 4887 663 4890 664 4788 665 4843 666 4818 667 4824 668 4809 669 4811 670 4799 671 4957 672 4900 673 4932 674 4775 675 4896 676 4864 677 4836 678 4879 679 4826 680 4805 681 4805 682 4834 683 4860 684 4932 685 4914 686 4861 687 4780 688 4762 689 4817 690 4745 691 4804 692 4833 693 4832 694 4772 695 4761 696 4872 697 4848 698 4824 699 4892 700 4770 701 4753 702 4748 703 4906 704 4898 705 4822 706 4819 707 4764 708 4798 709 4757 710 4798 711 4894 712 4825 713 4796 714 4854 715 4812 716 4821 717 4918 718 4893 719 4815 720 4875 721 4830 722 4855 723 4765 724 4865 725 4846 726 4855 727 4960 728 4812 729 4803 730 4843 731 4963 732 4865 733 4815 734 4904 735 4776 736 4763 737 4848 738 4745 739 4744 740 4803 741 4694 742 4758 743 4759 744 4761 745 4776 746 4816 747 4836 748 4802 749 4634 750 4816 751 4723 752 4680 753 4755 754 4844 755 4786 756 4764 757 4737 758 4806 759 4849 760 4916 761 4766 762 4743 763 4704 764 4712 765 4755 766 4664 767 4829 768 4776 769 4639 770 4713 771 4755 772 4682 773 4816 774 4744 775 4738 776 4615 777 4640 778 4631 779 4741 780 4579 781 4630 782 4692 783 4722 784 4664 785 4665 786 4587 787 4596 788 4674 789 4648 790 4576 791 4750 792 4577 793 4489 794 4655 795 4591 796 4518 797 4547 798 4680 799 4732 800 4640 801 4666 802 4732 803 4671 804 4547 805 4548 806 4491 807 4723 808 4602 809 4539 810 4650 811 4569 812 4551 813 4561 814 4674 815 4415 816 4571 817 4600 818 4550 819 4591 820 4565 821 4583 822 4535 823 4655 824 4515 825 4560 826 4646 827 4517 828 4406 829 4480 830 4445 831 4656 832 4489 833 4622 834 4577 835 4545 836 4322 837 4625 838 4682 839 4543 840 4496 841 4560 842 4430 843 4519 844 4522 845 4546 846 4758 847 4604 848 4504 849 4590 850 4422 851 4521 852 4579 853 4535 854 4606 855 4600 856 4602 857 4534 858 4593 859 4542 860 4517 861 4562 862 4629 863 4608 864 4496 865 4506 866 4447 867 4515 868 4411 869 4458 870 4461 871 4553 872 4487 873 4380 874 4499 875 4496 876 4478 877 4484 878 4477 879 4522 880 4401 881 4360 882 4337 883 4380 884 4415 885 4411 886 4437 887 4323 888 4408 889 4376 890 4296 891 4346 892 4392 893 4270 894 4326 895 4385 896 4218 897 4326 898 4422 899 4280 900 4257 901 4284 902 4295 903 4244 904 4221 905 4306 906 4333 907 4200 908 4298 909 4194 910 4412 911 4252 912 4227 913 4173 914 4190 915 4206 916 4156 917 4302 918 4232 919 4212 920 4248 921 4177 922 4135 923 4280 924 4186 925 4136 926 4219 927 4077 928 4150 929 4295 930 4129 931 4176 932 4207 933 4151 934 4217 935 4162 936 4021 937 4148 938 4232 939 4228 940 4244 941 4071 942 4187 943 4062 944 4105 945 4107 946 4023 947 4139 948 4094 949 4069 950 4164 951 4094 952 4052 953 4162 954 4009 955 4010 956 4101 957 4089 958 4100 959 3902 960 3953 961 4053 962 3902 963 4032 964 3948 965 4158 966 3949 967 4036 968 4011 969 4016 970 4020 971 4072 972 3956 973 3860 974 3929 975 3979 976 4079 977 4005 978 3921 979 3937 980 3862 981 3995 982 3911 983 3868 984 3956 985 3848 986 3864 987 3930 988 3943 989 3886 990 3872 991 3903 992 3813 993 3787 994 3811 995 3772 996 3801 997 3908 998 3828 999 3848 1000 3874 1001 3854 1002 3718 1003 3890 1004 3745 1005 3758 1006 3836 1007 3783 1008 3888 1009 3781 1010 3800 1011 3849 1012 3792 1013 3772 1014 3771 1015 3853 1016 3913 1017 3896 1018 3779 1019 3894 1020 3759 1021 3797 1022 3755 1023 3907 1024 3792 1025 3775 1026 3740 1027 3748 1028 3736 1029 3798 1030 3696 1031 3684 1032 3773 1033 3753 1034 3678 1035 3757 1036 3746 1037 3813 1038 3695 1039 3807 1040 3684 1041 3752 1042 3763 1043 3775 1044 3726 1045 3756 1046 3765 1047 3732 1048 3679 1049 3727 1050 3791 1051 3701 1052 3728 1053 3750 1054 3717 1055 3827 1056 3723 1057 3701 1058 3749 1059 3689 1060 3683 1061 3671 1062 3761 1063 3649 1064 3684 1065 3756 1066 3836 1067 3838 1068 3857 1069 3823 1070 3755 1071 3734 1072 3739 1073 3721 1074 3722 1075 3797 1076 3812 1077 3758 1078 3852 1079 3768 1080 3801 1081 3754 1082 3812 1083 3787 1084 3754 1085 3849 1086 3806 1087 3851 1088 3781 1089 3702 1090 3805 1091 3764 1092 3808 1093 3732 1094 3752 1095 3820 1096 3890 1097 3765 1098 3871 1099 3742 1100 3753 1101 3807 1102 3706 1103 3682 1104 3930 1105 3913 1106 3839 1107 3869 1108 3735 1109 3853 1110 3761 1111 3740 1112 3810 1113 3807 1114 3804 1115 3794 1116 3832 1117 3691 1118 3732 1119 3680 1120 3764 1121 3825 1122 3664 1123 3699 1124 3824 1125 3705 1126 3773 1127 3724 1128 3760 1129 3769 1130 3780 1131 3771 1132 3876 1133 3688 1134 3724 1135 3741 1136 3829 1137 3656 1138 3749 1139 3684 1140 3759 1141 3730 1142 3727 1143 3738 1144 3802 1145 3810 1146 3843 1147 3663 1148 3630 1149 3762 1150 3740 1151 3593 1152 3570 1153 3540 1154 3550 1155 3620 1156 3639 1157 3668 1158 3660 1159 3653 1160 3601 1161 3647 1162 3654 1163 3555 1164 3624 1165 3534 1166 3623 1167 3613 1168 3597 1169 3560 1170 3607 1171 3594 1172 3519 1173 3613 1174 3609 1175 3477 1176 3540 1177 3584 1178 3530 1179 3641 1180 3570 1181 3570 1182 3490 1183 3499 1184 3486 1185 3538 1186 3499 1187 3489 1188 3415 1189 3443 1190 3474 1191 3407 1192 3583 1193 3499 1194 3437 1195 3452 1196 3342 1197 3417 1198 3440 1199 3373 1200 3360 1201 3397 1202 3462 1203 3443 1204 3437 1205 3404 1206 3396 1207 3353 1208 3464 1209 3402 1210 3376 1211 3442 1212 3441 1213 3430 1214 3454 1215 3431 1216 3334 1217 3366 1218 3317 1219 3358 1220 3474 1221 3368 1222 3370 1223 3499 1224 3375 1225 3400 1226 3465 1227 3493 1228 3429 1229 3393 1230 3440 1231 3510 1232 3373 1233 3423 1234 3528 1235 3392 1236 3262 1237 3409 1238 3364 1239 3483 1240 3382 1241 3455 1242 3428 1243 3451 1244 3346 1245 3440 1246 3453 1247 3418 1248 3384 1249 3439 1250 3346 1251 3317 1252 3317 1253 3386 1254 3467 1255 3390 1256 3270 1257 3383 1258 3412 1259 3391 1260 3307 1261 3428 1262 3332