## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606345.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606345.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606345.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:38:04 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 205 114 97 22 1987041 268.262935 247.691306 20366845 FR 51 95 131 163 195 235 837 2111 4675 8605 29755 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 3 23 5 24 1 25 5 26 10 27 8 28 17 29 28 30 58 31 238 32 207 33 216 34 232 35 202 36 213 37 244 38 206 39 221 40 209 41 239 42 245 43 255 44 263 45 260 46 316 47 292 48 329 49 337 50 366 51 373 52 397 53 413 54 452 55 545 56 531 57 605 58 781 59 890 60 1017 61 1198 62 1568 63 1718 64 1931 65 2379 66 2654 67 3292 68 3856 69 4797 70 5708 71 6710 72 8044 73 9372 74 10708 75 12390 76 14283 77 16277 78 18742 79 21485 80 24252 81 27223 82 30417 83 33912 84 36822 85 40453 86 43932 87 47522 88 51654 89 56283 90 60432 91 64770 92 69364 93 73736 94 76717 95 80662 96 84403 97 87549 98 91206 99 94834 100 98470 101 101914 102 104927 103 107832 104 109608 105 111512 106 113518 107 114727 108 116659 109 117694 110 119568 111 119652 112 121371 113 122241 114 122558 115 122545 116 121909 117 121228 118 121416 119 120948 120 121022 121 121058 122 119842 123 118928 124 118677 125 118102 126 116513 127 115565 128 114274 129 113148 130 112561 131 111126 132 109664 133 108763 134 107689 135 106397 136 105324 137 103665 138 102242 139 100428 140 99271 141 97739 142 98068 143 96194 144 94571 145 93429 146 91530 147 90636 148 88930 149 87966 150 86252 151 85241 152 83897 153 83359 154 81814 155 80844 156 78965 157 78204 158 76452 159 75739 160 74509 161 73431 162 72379 163 71403 164 70562 165 69095 166 67912 167 66815 168 65955 169 64978 170 64046 171 63432 172 62685 173 61775 174 60557 175 59867 176 59420 177 58337 178 57642 179 57224 180 55729 181 55271 182 54638 183 53646 184 53137 185 52538 186 52088 187 50680 188 49997 189 49647 190 48926 191 48449 192 47737 193 47037 194 46658 195 46319 196 45844 197 45328 198 44903 199 43956 200 43219 201 42782 202 42622 203 42018 204 41284 205 40793 206 40758 207 39656 208 39582 209 38928 210 38237 211 37901 212 37421 213 36905 214 36327 215 36356 216 35803 217 35620 218 34909 219 34681 220 34043 221 33837 222 33363 223 32694 224 32802 225 32410 226 31802 227 31333 228 30913 229 30504 230 30140 231 29896 232 29757 233 28890 234 28867 235 28327 236 27904 237 27790 238 27466 239 27508 240 26603 241 26510 242 25759 243 25282 244 25226 245 25011 246 24673 247 24464 248 23883 249 23972 250 23492 251 23084 252 23109 253 22693 254 22408 255 22045 256 21671 257 21329 258 21311 259 21350 260 20786 261 20657 262 20312 263 19935 264 19804 265 19361 266 19328 267 18849 268 18856 269 18551 270 18383 271 18076 272 17940 273 17751 274 17353 275 17089 276 17187 277 16925 278 16675 279 16610 280 16441 281 16080 282 16133 283 15741 284 15502 285 15091 286 15272 287 15078 288 14993 289 14676 290 14642 291 14501 292 14343 293 13757 294 13731 295 13671 296 13417 297 13438 298 13362 299 12951 300 12914 301 12646 302 12832 303 12496 304 12204 305 12137 306 11971 307 11700 308 12040 309 11601 310 11495 311 11498 312 11327 313 11152 314 11010 315 11054 316 10744 317 10775 318 10546 319 10474 320 10301 321 10259 322 10188 323 10093 324 9954 325 9900 326 9669 327 9514 328 9518 329 9367 330 9116 331 9255 332 9301 333 9141 334 9076 335 8800 336 8868 337 8675 338 8605 339 8615 340 8524 341 8450 342 8205 343 8161 344 8295 345 8174 346 8006 347 8008 348 7832 349 7890 350 7687 351 7616 352 7560 353 7507 354 7572 355 7294 356 7349 357 7333 358 7365 359 7181 360 7104 361 6982 362 6939 363 7025 364 6947 365 6824 366 6863 367 6927 368 6696 369 6676 370 6761 371 6611 372 6443 373 6597 374 6604 375 6474 376 6489 377 6371 378 6264 379 6402 380 6325 381 6126 382 6131 383 6149 384 6097 385 6103 386 6053 387 6095 388 6117 389 5987 390 5860 391 5938 392 5923 393 5837 394 5737 395 5777 396 5867 397 5793 398 5869 399 5568 400 5669 401 5599 402 5694 403 5720 404 5611 405 5588 406 5587 407 5465 408 5440 409 5343 410 5443 411 5436 412 5409 413 5282 414 5418 415 5345 416 5291 417 5200 418 5151 419 5342 420 5196 421 5206 422 5381 423 5112 424 5115 425 5131 426 5077 427 5094 428 5149 429 5076 430 5099 431 4959 432 5038 433 4975 434 5043 435 5098 436 5018 437 4943 438 4784 439 4908 440 4843 441 4867 442 4855 443 4897 444 4831 445 4769 446 4688 447 4708 448 4718 449 4703 450 4687 451 4730 452 4682 453 4693 454 4705 455 4541 456 4795 457 4632 458 4701 459 4666 460 4623 461 4606 462 4573 463 4559 464 4382 465 4546 466 4549 467 4491 468 4604 469 4447 470 4441 471 4432 472 4412 473 4484 474 4432 475 4449 476 4498 477 4448 478 4447 479 4447 480 4389 481 4458 482 4435 483 4433 484 4333 485 4392 486 4362 487 4389 488 4434 489 4288 490 4294 491 4218 492 4163 493 4253 494 4312 495 4228 496 4271 497 4252 498 4307 499 4185 500 4192 501 4180 502 4204 503 4192 504 4259 505 4333 506 4177 507 4151 508 4156 509 4181 510 3980 511 4149 512 4135 513 4112 514 4141 515 4172 516 4024 517 4105 518 4126 519 4067 520 4066 521 4014 522 3934 523 4143 524 4069 525 3962 526 4052 527 4059 528 4039 529 4032 530 4029 531 4079 532 3999 533 3825 534 3959 535 4007 536 4037 537 4106 538 3927 539 3903 540 4030 541 3998 542 4030 543 4014 544 4018 545 3998 546 3903 547 3972 548 3979 549 3943 550 3925 551 3972 552 4034 553 3970 554 4024 555 3892 556 3977 557 3862 558 3944 559 3869 560 3885 561 3880 562 3883 563 3839 564 3876 565 3810 566 3956 567 3813 568 3832 569 3760 570 3868 571 3975 572 3814 573 3861 574 3928 575 3864 576 3797 577 3870 578 3865 579 3840 580 3964 581 3890 582 3942 583 3762 584 3767 585 3827 586 3935 587 3834 588 3904 589 3837 590 3883 591 3904 592 3849 593 3774 594 3853 595 3739 596 3850 597 3853 598 3877 599 3860 600 3916 601 3900 602 3901 603 3875 604 3872 605 3885 606 4017 607 3917 608 3849 609 3858 610 3891 611 3841 612 3945 613 3810 614 3890 615 3800 616 3907 617 3862 618 3826 619 4044 620 3807 621 4012 622 3828 623 3925 624 3914 625 3792 626 3760 627 3778 628 3806 629 3922 630 3733 631 3761 632 3725 633 3768 634 3773 635 3882 636 3680 637 3742 638 3732 639 3767 640 3786 641 3712 642 3811 643 3756 644 3774 645 3805 646 3723 647 3681 648 3654 649 3755 650 3758 651 3720 652 3705 653 3679 654 3754 655 3727 656 3687 657 3701 658 3729 659 3745 660 3708 661 3745 662 3708 663 3676 664 3699 665 3712 666 3787 667 3728 668 3688 669 3743 670 3757 671 3767 672 3745 673 3641 674 3744 675 3690 676 3724 677 3769 678 3680 679 3736 680 3687 681 3617 682 3663 683 3695 684 3784 685 3648 686 3805 687 3760 688 3683 689 3771 690 3670 691 3734 692 3705 693 3800 694 3783 695 3863 696 3840 697 3672 698 3608 699 3666 700 3701 701 3753 702 3712 703 3760 704 3683 705 3704 706 3653 707 3687 708 3617 709 3694 710 3738 711 3781 712 3756 713 3624 714 3744 715 3707 716 3788 717 3776 718 3808 719 3825 720 3810 721 3796 722 3761 723 3766 724 3600 725 3716 726 3795 727 3671 728 3669 729 3706 730 3720 731 3691 732 3719 733 3754 734 3782 735 3730 736 3608 737 3565 738 3786 739 3785 740 3677 741 3741 742 3849 743 3738 744 3555 745 3688 746 3793 747 3656 748 3683 749 3770 750 3653 751 3700 752 3749 753 3660 754 3814 755 3705 756 3692 757 3822 758 3697 759 3668 760 3668 761 3723 762 3659 763 3631 764 3619 765 3670 766 3640 767 3749 768 3569 769 3658 770 3671 771 3568 772 3645 773 3619 774 3612 775 3530 776 3708 777 3627 778 3639 779 3693 780 3612 781 3569 782 3624 783 3594 784 3605 785 3697 786 3611 787 3629 788 3672 789 3606 790 3653 791 3594 792 3631 793 3548 794 3606 795 3607 796 3551 797 3571 798 3529 799 3612 800 3580 801 3564 802 3601 803 3527 804 3673 805 3664 806 3622 807 3617 808 3484 809 3501 810 3539 811 3508 812 3573 813 3464 814 3576 815 3631 816 3649 817 3463 818 3484 819 3582 820 3490 821 3434 822 3484 823 3580 824 3510 825 3602 826 3562 827 3551 828 3454 829 3359 830 3488 831 3590 832 3481 833 3595 834 3492 835 3501 836 3491 837 3487 838 3535 839 3588 840 3509 841 3430 842 3502 843 3411 844 3500 845 3567 846 3451 847 3589 848 3425 849 3475 850 3562 851 3577 852 3529 853 3495 854 3569 855 3551 856 3484 857 3610 858 3632 859 3556 860 3444 861 3430 862 3503 863 3490 864 3414 865 3442 866 3417 867 3477 868 3374 869 3412 870 3364 871 3485 872 3491 873 3463 874 3421 875 3457 876 3439 877 3420 878 3347 879 3381 880 3519 881 3361 882 3324 883 3370 884 3377 885 3319 886 3369 887 3493 888 3271 889 3272 890 3405 891 3348 892 3265 893 3353 894 3223 895 3320 896 3295 897 3215 898 3439 899 3344 900 3284 901 3216 902 3310 903 3334 904 3308 905 3280 906 3292 907 3148 908 3259 909 3297 910 3315 911 3364 912 3252 913 3160 914 3272 915 3376 916 3335 917 3246 918 3188 919 3111 920 3189 921 3309 922 3119 923 3257 924 3158 925 3161 926 3169 927 3137 928 3190 929 3196 930 3251 931 3229 932 3271 933 3235 934 3137 935 3174 936 2957 937 3186 938 3185 939 3157 940 3237 941 3190 942 3125 943 3152 944 3161 945 3108 946 3248 947 3111 948 3141 949 3113 950 3192 951 3071 952 3102 953 3133 954 3067 955 3221 956 3168 957 3053 958 3117 959 3065 960 3126 961 3087 962 3109 963 3144 964 3128 965 3040 966 3117 967 3054 968 3019 969 3038 970 2974 971 3020 972 3060 973 3005 974 3064 975 2942 976 3003 977 3089 978 3056 979 3042 980 3031 981 3059 982 2918 983 3020 984 3027 985 2998 986 2924 987 2892 988 2935 989 2973 990 2925 991 2976 992 2970 993 2904 994 2961 995 3001 996 2951 997 2950 998 2905 999 2933 1000 2955 1001 2998 1002 2908 1003 2944 1004 2916 1005 2930 1006 2876 1007 2953 1008 2931 1009 2951 1010 2888 1011 2988 1012 2877 1013 2922 1014 2943 1015 2941 1016 2952 1017 2913 1018 2954 1019 2876 1020 2877 1021 2932 1022 3005 1023 2886 1024 2951 1025 2797 1026 2890 1027 2826 1028 2959 1029 2899 1030 2949 1031 2811 1032 2918 1033 2757 1034 3017 1035 2802 1036 2901 1037 2853 1038 2782 1039 2809 1040 2969 1041 2793 1042 2891 1043 2875 1044 2752 1045 2893 1046 2950 1047 2815 1048 2708 1049 2862 1050 2940 1051 2993 1052 2873 1053 2783 1054 2852 1055 2770 1056 2819 1057 2847 1058 2910 1059 2845 1060 2853 1061 2906 1062 2932 1063 2934 1064 2798 1065 2940 1066 2894 1067 2860 1068 2928 1069 2893 1070 2941 1071 2836 1072 2942 1073 2923 1074 2931 1075 2864 1076 2854 1077 2835 1078 2958 1079 2982 1080 2866 1081 2761 1082 2924 1083 2858 1084 2796 1085 2910 1086 2906 1087 2734 1088 2946 1089 2802 1090 2856 1091 2809 1092 2913 1093 2892 1094 2959 1095 2857 1096 2889 1097 2931 1098 2821 1099 2959 1100 2870 1101 2861 1102 2898 1103 2886 1104 2827 1105 2866 1106 2873 1107 2827 1108 2886 1109 2878 1110 2865 1111 2844 1112 2894 1113 2746 1114 2823 1115 2846 1116 2846 1117 2928 1118 2869 1119 2831 1120 2819 1121 2888 1122 2851 1123 2873 1124 2896 1125 2900 1126 2867 1127 2828 1128 2854 1129 2881 1130 2964 1131 2734 1132 2845 1133 2800 1134 2870 1135 2827 1136 2899 1137 2770 1138 2821 1139 2851 1140 2822 1141 2791 1142 2875 1143 2842 1144 2874 1145 2821 1146 2878 1147 2737 1148 2715 1149 2835 1150 2821 1151 2817 1152 2871 1153 2770 1154 2805 1155 2816 1156 2781 1157 2733 1158 2868 1159 2795 1160 2851 1161 2784 1162 2824 1163 2672 1164 2698 1165 2694 1166 2769 1167 2795 1168 2816 1169 2737 1170 2663 1171 2659 1172 2681 1173 2759 1174 2747 1175 2796