## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606344.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606344.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606344.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:38:59 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 114 97 19 963759 265.870207 246.90628 28423673 FR 49 95 133 165 195 235 823 2105 4641 8485 28525 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 19 1 21 2 22 3 23 9 24 7 25 11 26 20 27 19 28 17 29 33 30 74 31 299 32 313 33 246 34 274 35 297 36 255 37 273 38 329 39 344 40 308 41 337 42 363 43 332 44 344 45 378 46 417 47 416 48 442 49 490 50 474 51 528 52 615 53 630 54 717 55 848 56 910 57 1096 58 1225 59 1465 60 1725 61 2051 62 2553 63 2929 64 3349 65 4056 66 4787 67 5847 68 7127 69 8386 70 10103 71 12073 72 14134 73 16486 74 18980 75 22029 76 24957 77 28602 78 32220 79 36074 80 41021 81 45636 82 50918 83 55819 84 60741 85 65816 86 70806 87 76316 88 82473 89 88343 90 94576 91 100208 92 106871 93 112778 94 117317 95 122387 96 126893 97 131185 98 135597 99 140535 100 144661 101 149085 102 152575 103 155722 104 157880 105 160446 106 162396 107 163338 108 165581 109 166461 110 168115 111 169304 112 169667 113 171097 114 171150 115 170304 116 169254 117 168048 118 167633 119 166916 120 165833 121 166087 122 164289 123 162995 124 161677 125 160716 126 158911 127 156616 128 155247 129 153863 130 151939 131 151466 132 149513 133 148571 134 146153 135 144393 136 142558 137 141184 138 138026 139 136875 140 134554 141 132787 142 131914 143 130742 144 128866 145 127209 146 124740 147 123453 148 121085 149 119239 150 117359 151 115638 152 114049 153 112839 154 111062 155 110131 156 107503 157 105902 158 104955 159 102953 160 101457 161 99603 162 99577 163 97190 164 96295 165 95073 166 93298 167 91539 168 90655 169 89532 170 88225 171 86278 172 86186 173 84753 174 83808 175 82808 176 81672 177 80023 178 79478 179 77744 180 77258 181 75933 182 75214 183 74298 184 73583 185 72492 186 71540 187 70906 188 69655 189 68922 190 67545 191 67091 192 66353 193 65520 194 65475 195 64295 196 63132 197 62734 198 61674 199 61114 200 60212 201 59254 202 58693 203 58186 204 57027 205 56857 206 56065 207 55236 208 54492 209 53849 210 53469 211 53170 212 52142 213 51398 214 50491 215 50392 216 49578 217 48741 218 48577 219 48087 220 47384 221 46465 222 46279 223 45472 224 44756 225 44581 226 43758 227 43349 228 43135 229 42300 230 41604 231 41174 232 40880 233 40595 234 40046 235 39288 236 39042 237 38381 238 38086 239 37628 240 36953 241 36244 242 36010 243 35657 244 34862 245 34442 246 34199 247 33930 248 33743 249 32964 250 32826 251 32163 252 31541 253 31312 254 31144 255 30628 256 30105 257 29729 258 29778 259 29036 260 29018 261 28338 262 28226 263 28104 264 27116 265 26967 266 26541 267 26179 268 26280 269 25754 270 25375 271 25269 272 25027 273 24561 274 24331 275 23938 276 23625 277 23200 278 23220 279 22943 280 22625 281 22343 282 22269 283 21680 284 21426 285 21091 286 20931 287 20765 288 20514 289 20169 290 20042 291 19814 292 19469 293 19265 294 19107 295 18616 296 18811 297 18330 298 18261 299 18006 300 17772 301 17728 302 17483 303 17166 304 17071 305 16783 306 16776 307 16515 308 16477 309 16065 310 15956 311 15660 312 15712 313 15228 314 15361 315 15235 316 14817 317 14716 318 14633 319 14329 320 14242 321 14109 322 13942 323 13860 324 13563 325 13523 326 13411 327 13314 328 13019 329 12834 330 12979 331 12663 332 12722 333 12648 334 12271 335 12346 336 12255 337 11999 338 11766 339 11730 340 11590 341 11544 342 11399 343 11327 344 11242 345 11175 346 11287 347 10868 348 10721 349 10782 350 10666 351 10579 352 10561 353 10436 354 10121 355 10116 356 10087 357 10031 358 10015 359 9901 360 9920 361 9882 362 9607 363 9504 364 9653 365 9307 366 9374 367 9442 368 9332 369 9184 370 9303 371 9150 372 8853 373 9265 374 9055 375 9106 376 8909 377 8720 378 8818 379 8766 380 8752 381 8598 382 8641 383 8465 384 8317 385 8361 386 8327 387 8344 388 8338 389 8343 390 8228 391 8193 392 8078 393 8188 394 7975 395 7985 396 7927 397 7964 398 7842 399 7871 400 7986 401 7832 402 7737 403 7730 404 7706 405 7814 406 7595 407 7587 408 7442 409 7583 410 7607 411 7626 412 7373 413 7363 414 7330 415 7404 416 7433 417 7403 418 7360 419 7141 420 7247 421 6995 422 7047 423 7077 424 7050 425 7155 426 6965 427 6952 428 6984 429 6966 430 6802 431 6896 432 6905 433 6745 434 6844 435 6801 436 6800 437 6719 438 6740 439 6624 440 6532 441 6641 442 6540 443 6677 444 6545 445 6556 446 6610 447 6526 448 6441 449 6597 450 6552 451 6497 452 6371 453 6491 454 6505 455 6586 456 6267 457 6319 458 6381 459 6237 460 6265 461 6157 462 6353 463 6245 464 6246 465 6121 466 6199 467 6184 468 6199 469 6187 470 6107 471 6043 472 6196 473 6143 474 6049 475 6029 476 6158 477 6189 478 5956 479 6075 480 6008 481 6086 482 6019 483 6019 484 6043 485 5981 486 5886 487 5943 488 5918 489 5977 490 6005 491 5853 492 5773 493 5896 494 5856 495 5895 496 5897 497 5853 498 5796 499 5888 500 5751 501 5766 502 5808 503 5723 504 5749 505 5768 506 5710 507 5624 508 5684 509 5714 510 5648 511 5826 512 5710 513 5653 514 5612 515 5704 516 5680 517 5621 518 5678 519 5623 520 5621 521 5587 522 5488 523 5612 524 5714 525 5740 526 5647 527 5578 528 5550 529 5545 530 5651 531 5505 532 5406 533 5485 534 5415 535 5591 536 5528 537 5569 538 5437 539 5349 540 5506 541 5490 542 5494 543 5591 544 5406 545 5406 546 5472 547 5470 548 5520 549 5475 550 5402 551 5540 552 5492 553 5484 554 5452 555 5505 556 5378 557 5338 558 5433 559 5443 560 5454 561 5409 562 5432 563 5308 564 5497 565 5331 566 5461 567 5317 568 5316 569 5448 570 5404 571 5433 572 5320 573 5327 574 5330 575 5432 576 5449 577 5281 578 5337 579 5335 580 5358 581 5297 582 5377 583 5265 584 5382 585 5243 586 5221 587 5343 588 5413 589 5330 590 5384 591 5306 592 5320 593 5396 594 5237 595 5458 596 5463 597 5378 598 5464 599 5349 600 5334 601 5447 602 5360 603 5391 604 5349 605 5396 606 5320 607 5414 608 5401 609 5370 610 5289 611 5357 612 5320 613 5307 614 5416 615 5455 616 5276 617 5374 618 5179 619 5374 620 5272 621 5319 622 5366 623 5261 624 5152 625 5185 626 5232 627 5268 628 5389 629 5327 630 5215 631 5212 632 5114 633 5196 634 5166 635 5103 636 5232 637 5304 638 5206 639 5170 640 5096 641 5111 642 5175 643 5167 644 5312 645 5102 646 5151 647 5218 648 5268 649 5083 650 5147 651 5101 652 5161 653 5057 654 5221 655 5105 656 5067 657 5068 658 5001 659 5198 660 5182 661 5021 662 5075 663 5131 664 5117 665 5245 666 5136 667 5064 668 5183 669 5116 670 5077 671 5012 672 5075 673 5119 674 5105 675 5185 676 5096 677 5078 678 5062 679 5016 680 5169 681 5151 682 5195 683 5021 684 5120 685 5196 686 5175 687 5109 688 4910 689 5079 690 5089 691 5054 692 5229 693 5002 694 5115 695 5152 696 5055 697 5151 698 5209 699 5106 700 5170 701 5173 702 5140 703 5114 704 5248 705 5123 706 5104 707 5076 708 5117 709 5115 710 5107 711 5165 712 5069 713 5216 714 5107 715 5228 716 5145 717 5247 718 5176 719 5270 720 5135 721 5202 722 5061 723 5176 724 5119 725 5034 726 5095 727 5213 728 5195 729 5172 730 5150 731 5089 732 5138 733 5140 734 5065 735 5143 736 5211 737 5176 738 5203 739 5203 740 5098 741 5063 742 5112 743 5040 744 5028 745 5053 746 5200 747 5160 748 5072 749 4990 750 5163 751 5067 752 5124 753 5056 754 5112 755 5146 756 5036 757 5051 758 5079 759 5143 760 5114 761 5101 762 5002 763 5031 764 5027 765 5148 766 4985 767 4998 768 5032 769 5011 770 4888 771 5103 772 4999 773 5064 774 5022 775 4891 776 4950 777 4981 778 5033 779 5059 780 4905 781 5126 782 5015 783 4900 784 4938 785 4990 786 4885 787 5018 788 4879 789 4992 790 4998 791 4981 792 4813 793 4851 794 4832 795 5017 796 4946 797 4932 798 4983 799 4858 800 4785 801 4876 802 4808 803 4914 804 4960 805 4943 806 4783 807 4980 808 4973 809 4868 810 4945 811 4822 812 4808 813 4892 814 4890 815 4826 816 4902 817 4842 818 4770 819 4759 820 4850 821 4915 822 4876 823 4864 824 4783 825 4815 826 4909 827 4751 828 4814 829 4878 830 4728 831 4796 832 4850 833 4730 834 4742 835 4809 836 4811 837 4827 838 4865 839 4760 840 4942 841 4660 842 4778 843 4762 844 4897 845 4799 846 4811 847 4855 848 4772 849 4831 850 4778 851 4713 852 4767 853 4880 854 4815 855 4833 856 4847 857 4793 858 4822 859 4683 860 4747 861 4807 862 4793 863 4743 864 4762 865 4772 866 4875 867 4643 868 4672 869 4755 870 4740 871 4802 872 4583 873 4740 874 4657 875 4834 876 4658 877 4759 878 4686 879 4735 880 4601 881 4691 882 4609 883 4544 884 4664 885 4683 886 4547 887 4615 888 4643 889 4616 890 4586 891 4591 892 4487 893 4598 894 4537 895 4536 896 4542 897 4543 898 4555 899 4592 900 4529 901 4563 902 4572 903 4545 904 4616 905 4451 906 4620 907 4563 908 4475 909 4553 910 4491 911 4572 912 4439 913 4473 914 4431 915 4520 916 4444 917 4401 918 4277 919 4389 920 4345 921 4486 922 4350 923 4366 924 4366 925 4409 926 4442 927 4443 928 4401 929 4438 930 4390 931 4432 932 4434 933 4466 934 4439 935 4333 936 4252 937 4396 938 4348 939 4439 940 4322 941 4291 942 4350 943 4274 944 4344 945 4328 946 4308 947 4388 948 4233 949 4199 950 4449 951 4268 952 4169 953 4326 954 4334 955 4336 956 4280 957 4291 958 4324 959 4257 960 4289 961 4198 962 4229 963 4191 964 4335 965 4206 966 4189 967 4171 968 4217 969 4322 970 4254 971 4192 972 4205 973 4178 974 4204 975 4127 976 4318 977 4189 978 4174 979 4104 980 4166 981 4106 982 4137 983 4185 984 4053 985 4157 986 4085 987 4001 988 3990 989 4171 990 4143 991 4204 992 4157 993 4083 994 4187 995 4146 996 3975 997 4053 998 3991 999 4000 1000 4124 1001 4123 1002 4113 1003 4021 1004 3979 1005 4031 1006 3963 1007 4100 1008 4025 1009 3981 1010 4097 1011 4025 1012 4090 1013 3951 1014 3963 1015 4073 1016 4003 1017 4012 1018 4152 1019 4074 1020 4051 1021 3940 1022 3969 1023 3954 1024 4059 1025 3956 1026 3946 1027 3910 1028 4069 1029 3938 1030 3881 1031 3849 1032 3936 1033 3960 1034 3882 1035 3918 1036 4035 1037 3961 1038 4008 1039 3860 1040 3892 1041 3931 1042 3961 1043 3900 1044 3955 1045 4034 1046 3905 1047 4014 1048 4083 1049 3969 1050 3975 1051 3911 1052 4026 1053 3963 1054 4021 1055 3941 1056 3910 1057 3970 1058 3941 1059 4038 1060 4002 1061 4077 1062 4032 1063 4078 1064 3953 1065 3947 1066 3928 1067 3998 1068 3984 1069 3952 1070 4002 1071 4084 1072 4116 1073 4082 1074 4093 1075 4003 1076 4080 1077 3970 1078 3950 1079 4039 1080 3965 1081 3885 1082 3926 1083 4005 1084 3927 1085 4006 1086 3992 1087 3983 1088 3936 1089 3996 1090 4110 1091 3957 1092 4026 1093 3985 1094 3852 1095 3964 1096 3927 1097 3986 1098 4039 1099 4089 1100 4166 1101 3948 1102 4039 1103 3973 1104 3981 1105 3994 1106 3969 1107 4045 1108 4064 1109 4078 1110 3910 1111 4034 1112 3974 1113 3921 1114 4043 1115 3979 1116 4073 1117 3921 1118 3906 1119 3910 1120 4064 1121 3989 1122 4019 1123 3944 1124 4020 1125 3852 1126 4004 1127 3894 1128 3981 1129 3963 1130 4009 1131 4007 1132 3948 1133 3996 1134 3927 1135 4095 1136 3921 1137 3986 1138 3941 1139 3938 1140 4056 1141 3825 1142 3909 1143 4039 1144 3973 1145 3980 1146 4033 1147 4009 1148 3860 1149 3899 1150 3946 1151 3901 1152 3937 1153 3859 1154 4025 1155 3949 1156 3760 1157 3864 1158 3914 1159 3863 1160 3902 1161 3845 1162 3794 1163 3784 1164 3852 1165 3724 1166 3817 1167 3830 1168 3847 1169 3774 1170 3846 1171 3791 1172 3848 1173 3864 1174 3824