## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606343.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606343.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606343.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 22:52:44 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 208 114 99 23 1294582 272.014523 253.228956 24736269 FR 51 97 135 169 199 239 841 2127 4697 8565 28763 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 23 5 24 10 25 5 26 12 27 17 28 13 29 27 30 59 31 251 32 260 33 286 34 273 35 276 36 244 37 237 38 268 39 243 40 273 41 297 42 316 43 321 44 333 45 331 46 350 47 375 48 379 49 414 50 405 51 450 52 535 53 578 54 616 55 659 56 750 57 847 58 1077 59 1156 60 1316 61 1666 62 1917 63 2235 64 2663 65 3132 66 3697 67 4498 68 5237 69 6479 70 7753 71 8910 72 10736 73 12539 74 14338 75 16382 76 19377 77 21479 78 24565 79 27920 80 30800 81 34998 82 38605 83 42605 84 46614 85 50705 86 55318 87 59504 88 64579 89 69724 90 74926 91 80138 92 85070 93 89901 94 95099 95 98406 96 102898 97 106430 98 110992 99 115363 100 119774 101 122803 102 127246 103 130083 104 131683 105 134861 106 135822 107 137251 108 139096 109 140751 110 141696 111 143447 112 144763 113 144652 114 145546 115 145072 116 144767 117 144588 118 143888 119 142982 120 142730 121 142729 122 141567 123 141134 124 140310 125 139001 126 137543 127 135609 128 134794 129 133132 130 132253 131 131372 132 130526 133 128218 134 127544 135 125451 136 124072 137 122768 138 120382 139 119497 140 117562 141 116480 142 115288 143 113733 144 112506 145 110788 146 109212 147 107769 148 105863 149 104104 150 102802 151 101842 152 100464 153 99078 154 97748 155 96572 156 94560 157 93468 158 91595 159 90925 160 89099 161 87833 162 86870 163 85620 164 84896 165 84002 166 82338 167 80822 168 79970 169 78326 170 77892 171 76542 172 75921 173 74785 174 73731 175 73064 176 72093 177 70842 178 70242 179 69016 180 67669 181 67518 182 66273 183 66066 184 64893 185 64448 186 63757 187 62841 188 61758 189 61329 190 60251 191 59892 192 58391 193 58227 194 57472 195 57056 196 56791 197 55956 198 54934 199 54283 200 53196 201 53046 202 52642 203 52112 204 50657 205 50230 206 49810 207 49544 208 48822 209 48129 210 47782 211 47146 212 46500 213 45992 214 45539 215 44742 216 44375 217 44053 218 43520 219 42893 220 42194 221 41931 222 41369 223 41021 224 40345 225 39963 226 39472 227 38931 228 38521 229 37973 230 37642 231 36736 232 36629 233 35907 234 35361 235 35038 236 34926 237 34700 238 34321 239 33813 240 33340 241 32600 242 32539 243 32172 244 31622 245 31458 246 30725 247 30153 248 29939 249 29538 250 29420 251 29082 252 28701 253 28247 254 27896 255 27567 256 27217 257 26918 258 26586 259 26244 260 26086 261 25820 262 25169 263 25121 264 24703 265 24131 266 24105 267 23612 268 23714 269 23194 270 23025 271 22894 272 22149 273 22234 274 21640 275 21764 276 21229 277 21222 278 20937 279 20587 280 20783 281 20036 282 19830 283 19477 284 19546 285 19256 286 18972 287 18799 288 18510 289 18114 290 18155 291 17947 292 17585 293 17600 294 17184 295 17258 296 16739 297 16765 298 16374 299 16457 300 16164 301 16076 302 15824 303 15628 304 15552 305 15144 306 15218 307 14925 308 14770 309 14553 310 14280 311 14265 312 14335 313 14032 314 13978 315 13714 316 13346 317 13331 318 13267 319 13116 320 12854 321 12573 322 12751 323 12586 324 12203 325 12412 326 12001 327 12031 328 11861 329 11762 330 11586 331 11496 332 11420 333 11194 334 11006 335 11114 336 11041 337 10707 338 10632 339 10542 340 10489 341 10458 342 10224 343 10309 344 10043 345 9983 346 9930 347 9874 348 9724 349 9642 350 9558 351 9496 352 9252 353 9344 354 9333 355 9142 356 9190 357 8992 358 9013 359 9154 360 8823 361 8780 362 8623 363 8810 364 8626 365 8572 366 8639 367 8347 368 8360 369 8285 370 8243 371 8112 372 8190 373 8094 374 8070 375 7894 376 7947 377 7841 378 7798 379 7871 380 7628 381 7542 382 7638 383 7485 384 7568 385 7576 386 7289 387 7446 388 7439 389 7407 390 7215 391 7200 392 7221 393 7273 394 7053 395 7213 396 7240 397 7114 398 7044 399 6983 400 7023 401 6897 402 6803 403 6753 404 6885 405 6762 406 6664 407 6813 408 6611 409 6710 410 6718 411 6713 412 6686 413 6687 414 6552 415 6626 416 6547 417 6402 418 6309 419 6294 420 6381 421 6326 422 6369 423 6381 424 6251 425 6221 426 6379 427 6176 428 6212 429 6101 430 6178 431 6039 432 6185 433 5897 434 6095 435 5974 436 6066 437 5894 438 6017 439 5915 440 5857 441 5805 442 5852 443 5832 444 5870 445 5805 446 5813 447 5660 448 5677 449 5717 450 5536 451 5707 452 5611 453 5710 454 5661 455 5680 456 5689 457 5566 458 5585 459 5499 460 5532 461 5494 462 5586 463 5506 464 5456 465 5472 466 5427 467 5378 468 5439 469 5309 470 5342 471 5364 472 5324 473 5396 474 5329 475 5422 476 5394 477 5375 478 5342 479 5383 480 5403 481 5364 482 5300 483 5315 484 5198 485 5341 486 5225 487 5119 488 5325 489 5179 490 5295 491 5047 492 5082 493 5186 494 5139 495 5305 496 5170 497 5233 498 5161 499 4999 500 5240 501 5198 502 5084 503 5069 504 5011 505 5029 506 5063 507 5003 508 4919 509 4949 510 4784 511 4973 512 4996 513 4929 514 4943 515 5033 516 4987 517 4855 518 5007 519 4894 520 4864 521 4751 522 5001 523 4799 524 4819 525 4886 526 4955 527 4952 528 4787 529 4980 530 4786 531 4771 532 4883 533 4899 534 4941 535 4877 536 4836 537 4912 538 4854 539 4766 540 4823 541 4979 542 4785 543 4750 544 4764 545 4828 546 4901 547 4766 548 4938 549 4815 550 4724 551 4766 552 4686 553 4754 554 4801 555 4775 556 4794 557 4832 558 4635 559 4830 560 4723 561 4754 562 4612 563 4632 564 4680 565 4630 566 4797 567 4674 568 4752 569 4678 570 4658 571 4577 572 4613 573 4742 574 4662 575 4756 576 4609 577 4743 578 4658 579 4683 580 4685 581 4718 582 4577 583 4701 584 4616 585 4664 586 4668 587 4600 588 4648 589 4702 590 4703 591 4647 592 4649 593 4665 594 4693 595 4638 596 4690 597 4766 598 4635 599 4693 600 4760 601 4602 602 4715 603 4563 604 4670 605 4825 606 4642 607 4601 608 4661 609 4765 610 4757 611 4594 612 4613 613 4696 614 4624 615 4694 616 4649 617 4669 618 4642 619 4552 620 4722 621 4733 622 4652 623 4666 624 4623 625 4474 626 4737 627 4583 628 4630 629 4666 630 4556 631 4565 632 4529 633 4621 634 4588 635 4495 636 4560 637 4532 638 4695 639 4510 640 4570 641 4586 642 4567 643 4597 644 4532 645 4505 646 4427 647 4520 648 4452 649 4451 650 4437 651 4522 652 4531 653 4493 654 4545 655 4496 656 4446 657 4419 658 4547 659 4489 660 4504 661 4460 662 4448 663 4549 664 4569 665 4407 666 4568 667 4412 668 4469 669 4416 670 4385 671 4641 672 4492 673 4550 674 4625 675 4504 676 4503 677 4465 678 4492 679 4546 680 4413 681 4453 682 4423 683 4585 684 4363 685 4519 686 4523 687 4401 688 4435 689 4539 690 4430 691 4385 692 4557 693 4342 694 4497 695 4529 696 4452 697 4447 698 4522 699 4472 700 4427 701 4414 702 4518 703 4481 704 4464 705 4490 706 4428 707 4483 708 4539 709 4313 710 4465 711 4499 712 4462 713 4437 714 4520 715 4460 716 4544 717 4536 718 4497 719 4533 720 4377 721 4485 722 4489 723 4480 724 4507 725 4395 726 4570 727 4429 728 4535 729 4522 730 4388 731 4498 732 4439 733 4525 734 4482 735 4438 736 4425 737 4480 738 4338 739 4496 740 4492 741 4385 742 4395 743 4532 744 4397 745 4428 746 4483 747 4541 748 4447 749 4451 750 4461 751 4374 752 4528 753 4423 754 4430 755 4327 756 4525 757 4370 758 4451 759 4457 760 4386 761 4528 762 4466 763 4383 764 4469 765 4354 766 4333 767 4357 768 4377 769 4310 770 4406 771 4310 772 4447 773 4358 774 4348 775 4461 776 4310 777 4330 778 4267 779 4389 780 4388 781 4440 782 4193 783 4398 784 4232 785 4269 786 4285 787 4323 788 4386 789 4444 790 4342 791 4322 792 4325 793 4297 794 4269 795 4246 796 4285 797 4321 798 4377 799 4346 800 4265 801 4374 802 4246 803 4339 804 4178 805 4313 806 4253 807 4331 808 4235 809 4269 810 4331 811 4266 812 4199 813 4254 814 4370 815 4246 816 4193 817 4251 818 4090 819 4182 820 4277 821 4266 822 4140 823 4128 824 4245 825 4248 826 4143 827 4142 828 4327 829 4267 830 4210 831 4207 832 4200 833 4194 834 4106 835 4280 836 4158 837 4186 838 4246 839 4111 840 4220 841 4292 842 4177 843 4122 844 4201 845 4204 846 4303 847 4296 848 4250 849 4241 850 4288 851 4281 852 4238 853 4232 854 4158 855 4093 856 4248 857 4166 858 4315 859 4159 860 4247 861 4184 862 4295 863 4139 864 4143 865 4140 866 4240 867 4083 868 4150 869 4097 870 4038 871 4060 872 4223 873 4108 874 4168 875 4113 876 4129 877 4162 878 4142 879 4105 880 4089 881 4116 882 4070 883 4103 884 4107 885 4031 886 4129 887 4007 888 4079 889 3920 890 3932 891 3926 892 3983 893 3925 894 4039 895 3976 896 4071 897 4095 898 3990 899 4024 900 4030 901 3915 902 4019 903 3999 904 4049 905 3870 906 3959 907 3954 908 3992 909 4030 910 3939 911 3958 912 3893 913 3986 914 3810 915 3977 916 3965 917 3934 918 3857 919 4003 920 3752 921 3991 922 3824 923 3913 924 3908 925 3884 926 3968 927 3920 928 3789 929 3808 930 3765 931 3934 932 3851 933 3888 934 3775 935 3875 936 3818 937 3846 938 3878 939 3801 940 3821 941 3752 942 3845 943 3699 944 3829 945 3764 946 3709 947 3787 948 3808 949 3746 950 3833 951 3834 952 3667 953 3784 954 3701 955 3735 956 3707 957 3657 958 3687 959 3830 960 3760 961 3639 962 3622 963 3707 964 3611 965 3786 966 3790 967 3705 968 3723 969 3689 970 3593 971 3752 972 3661 973 3705 974 3689 975 3640 976 3633 977 3806 978 3679 979 3578 980 3492 981 3601 982 3600 983 3724 984 3577 985 3612 986 3606 987 3596 988 3556 989 3688 990 3565 991 3467 992 3538 993 3502 994 3496 995 3517 996 3552 997 3628 998 3573 999 3542 1000 3609 1001 3636 1002 3599 1003 3563 1004 3570 1005 3578 1006 3531 1007 3567 1008 3464 1009 3503 1010 3507 1011 3552 1012 3533 1013 3464 1014 3518 1015 3505 1016 3547 1017 3499 1018 3421 1019 3412 1020 3560 1021 3543 1022 3615 1023 3500 1024 3484 1025 3365 1026 3513 1027 3395 1028 3456 1029 3501 1030 3461 1031 3423 1032 3488 1033 3535 1034 3375 1035 3399 1036 3304 1037 3464 1038 3498 1039 3386 1040 3357 1041 3469 1042 3470 1043 3495 1044 3430 1045 3506 1046 3542 1047 3505 1048 3508 1049 3451 1050 3489 1051 3476 1052 3474 1053 3421 1054 3417 1055 3382 1056 3469 1057 3438 1058 3426 1059 3550 1060 3442 1061 3391 1062 3441 1063 3471 1064 3468 1065 3612 1066 3409 1067 3425 1068 3517 1069 3526 1070 3495 1071 3584 1072 3540 1073 3578 1074 3561 1075 3546 1076 3455 1077 3423 1078 3519 1079 3540 1080 3461 1081 3432 1082 3457 1083 3513 1084 3479 1085 3515 1086 3466 1087 3470 1088 3524 1089 3497 1090 3539 1091 3484 1092 3457 1093 3511 1094 3545 1095 3558 1096 3523 1097 3441 1098 3544 1099 3431 1100 3587 1101 3503 1102 3469 1103 3376 1104 3512 1105 3484 1106 3558 1107 3549 1108 3584 1109 3365 1110 3418 1111 3602 1112 3389 1113 3427 1114 3517 1115 3427 1116 3494 1117 3542 1118 3422 1119 3515 1120 3423 1121 3536 1122 3493 1123 3525 1124 3488 1125 3551 1126 3356 1127 3485 1128 3473 1129 3471 1130 3540 1131 3479 1132 3563 1133 3363 1134 3456 1135 3422 1136 3483 1137 3492 1138 3444 1139 3488 1140 3411 1141 3422 1142 3564 1143 3457 1144 3506 1145 3391 1146 3558 1147 3495 1148 3392 1149 3341 1150 3432 1151 3438 1152 3426 1153 3430 1154 3324 1155 3404 1156 3308 1157 3380 1158 3366 1159 3440 1160 3405 1161 3367 1162 3389 1163 3346 1164 3357 1165 3389 1166 3367 1167 3401 1168 3310 1169 3442 1170 3298 1171 3297 1172 3281 1173 3342 1174 3427 1175 3284 1176 3277 1177 3295 1178 3343 1179 3304 1180 3306 1181 3323 1182 3256 1183 3310 1184 3228 1185 3232 1186 3250 1187 3287 1188 3217 1189 3184 1190 3326 1191 3308 1192 3172 1193 3258 1194 3197 1195 3270 1196 3160 1197 3206 1198 3251