## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606342.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606342.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606342.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:40:13 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 200 113 93 20 3080499 257.915358 234.991324 20009085 FR 49 91 127 157 187 225 787 2043 4527 8297 28259 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 22 2 23 1 24 6 25 3 26 9 27 16 28 14 29 18 30 39 31 159 32 157 33 168 34 176 35 181 36 170 37 188 38 189 39 202 40 212 41 199 42 189 43 195 44 215 45 241 46 225 47 269 48 226 49 275 50 326 51 318 52 437 53 392 54 457 55 529 56 565 57 643 58 801 59 868 60 1096 61 1232 62 1590 63 1801 64 2048 65 2451 66 2967 67 3750 68 4346 69 5107 70 6190 71 7325 72 8785 73 10296 74 11886 75 13932 76 16076 77 18094 78 21097 79 23757 80 26946 81 30171 82 33497 83 37580 84 41191 85 44486 86 48346 87 52587 88 56789 89 61055 90 65532 91 69828 92 74402 93 78871 94 83049 95 86171 96 89768 97 93064 98 96257 99 99488 100 103385 101 106361 102 108842 103 111637 104 113633 105 115239 106 116447 107 117868 108 118700 109 120252 110 120799 111 122735 112 122323 113 123712 114 123697 115 123170 116 122183 117 122823 118 121768 119 121157 120 120799 121 121359 122 120204 123 119469 124 118666 125 118146 126 116202 127 114999 128 113135 129 112418 130 111499 131 110699 132 109584 133 108048 134 106693 135 105302 136 104149 137 103092 138 101384 139 99332 140 97731 141 96865 142 95997 143 95550 144 93838 145 92264 146 90340 147 89303 148 88156 149 86855 150 85039 151 83970 152 82465 153 81451 154 80501 155 79042 156 77723 157 76213 158 76022 159 74568 160 73258 161 71698 162 70882 163 69918 164 68875 165 67969 166 66960 167 65385 168 65074 169 64071 170 62842 171 62132 172 61186 173 60379 174 59814 175 58510 176 57944 177 57006 178 55906 179 54984 180 54127 181 53422 182 52694 183 51688 184 51625 185 51058 186 49984 187 49596 188 49127 189 47687 190 47774 191 46729 192 46063 193 45807 194 44929 195 44793 196 44370 197 43627 198 43195 199 42191 200 41852 201 41123 202 40936 203 40025 204 39936 205 39180 206 38757 207 38106 208 37738 209 37458 210 36969 211 36351 212 35810 213 35522 214 35216 215 34671 216 34170 217 34228 218 33271 219 33303 220 32568 221 31945 222 31731 223 31343 224 30553 225 31069 226 30706 227 29825 228 29629 229 29458 230 28863 231 28359 232 28206 233 27701 234 27411 235 27000 236 26835 237 26647 238 26324 239 25785 240 25420 241 25168 242 24714 243 24257 244 23807 245 23703 246 23683 247 23131 248 22926 249 22772 250 22379 251 22337 252 21839 253 21519 254 21183 255 20841 256 20936 257 20202 258 20391 259 20103 260 19734 261 19818 262 19196 263 19193 264 18645 265 18674 266 18172 267 18015 268 17934 269 17559 270 17234 271 17238 272 17049 273 16657 274 16574 275 16442 276 16000 277 16015 278 15782 279 15643 280 15588 281 15411 282 15135 283 15000 284 14861 285 14431 286 14341 287 14255 288 13971 289 13820 290 13817 291 13493 292 13548 293 13105 294 13198 295 12817 296 12841 297 12700 298 12354 299 12236 300 12191 301 12130 302 11866 303 11814 304 11733 305 11455 306 11391 307 11353 308 11238 309 10941 310 11095 311 10823 312 10777 313 10568 314 10421 315 10292 316 10253 317 10122 318 9981 319 9865 320 9819 321 9579 322 9518 323 9533 324 9324 325 9321 326 9212 327 9087 328 9004 329 8627 330 8827 331 8606 332 8609 333 8583 334 8373 335 8426 336 8189 337 8234 338 8145 339 8117 340 8139 341 7997 342 7733 343 7761 344 7817 345 7480 346 7546 347 7639 348 7284 349 7298 350 7423 351 7350 352 7164 353 7026 354 7067 355 7058 356 6856 357 6753 358 6868 359 6722 360 6728 361 6682 362 6556 363 6614 364 6582 365 6645 366 6501 367 6574 368 6241 369 6192 370 6230 371 6199 372 6342 373 6314 374 6106 375 6059 376 6056 377 6109 378 6021 379 6039 380 6023 381 5794 382 5777 383 5939 384 5803 385 5715 386 5670 387 5623 388 5745 389 5745 390 5569 391 5593 392 5635 393 5525 394 5426 395 5557 396 5400 397 5406 398 5414 399 5406 400 5346 401 5335 402 5411 403 5331 404 5289 405 5292 406 5277 407 5342 408 5160 409 5242 410 5318 411 5202 412 5204 413 5134 414 5052 415 4999 416 5132 417 5048 418 4931 419 5138 420 5018 421 5045 422 4962 423 5028 424 5049 425 4926 426 4819 427 4788 428 4809 429 4755 430 4874 431 4903 432 4840 433 4826 434 4799 435 4762 436 4767 437 4742 438 4684 439 4623 440 4656 441 4760 442 4726 443 4526 444 4643 445 4594 446 4661 447 4564 448 4632 449 4571 450 4540 451 4538 452 4361 453 4521 454 4533 455 4479 456 4418 457 4433 458 4515 459 4515 460 4482 461 4381 462 4333 463 4352 464 4305 465 4443 466 4238 467 4477 468 4439 469 4377 470 4193 471 4293 472 4413 473 4213 474 4318 475 4239 476 4206 477 4359 478 4371 479 4167 480 4289 481 4275 482 4371 483 4326 484 4277 485 4150 486 4135 487 4139 488 4100 489 4124 490 4118 491 4124 492 4204 493 4064 494 4157 495 4093 496 4239 497 4203 498 4166 499 4143 500 4097 501 4179 502 4053 503 4022 504 4055 505 3931 506 4041 507 3976 508 3948 509 4015 510 4011 511 3965 512 3928 513 3957 514 4090 515 4010 516 3908 517 3992 518 3860 519 3868 520 3859 521 3914 522 3911 523 4004 524 3962 525 3841 526 3845 527 3976 528 3904 529 3941 530 3886 531 3991 532 3889 533 3921 534 3875 535 3874 536 3924 537 3807 538 3859 539 3963 540 3962 541 3802 542 3896 543 3932 544 3780 545 3935 546 3742 547 3895 548 3816 549 3804 550 3843 551 3760 552 3804 553 3756 554 3883 555 3781 556 3820 557 3708 558 3813 559 3854 560 3957 561 3807 562 3748 563 3842 564 3875 565 3860 566 3813 567 3783 568 3758 569 3793 570 3800 571 3829 572 3764 573 3805 574 3958 575 3774 576 3816 577 3779 578 3763 579 3797 580 3732 581 3736 582 3794 583 3787 584 3766 585 3825 586 3693 587 3684 588 3792 589 3743 590 3814 591 3849 592 3706 593 3807 594 3762 595 3740 596 3769 597 3752 598 3825 599 3790 600 3818 601 3781 602 3763 603 3782 604 3790 605 3825 606 3740 607 3895 608 3730 609 3741 610 3794 611 3806 612 3844 613 3741 614 3876 615 3840 616 3727 617 3737 618 3768 619 3691 620 3697 621 3798 622 3722 623 3701 624 3833 625 3772 626 3670 627 3842 628 3779 629 3751 630 3818 631 3670 632 3665 633 3624 634 3808 635 3848 636 3693 637 3719 638 3680 639 3597 640 3700 641 3770 642 3602 643 3560 644 3629 645 3755 646 3596 647 3692 648 3596 649 3714 650 3705 651 3650 652 3581 653 3675 654 3638 655 3642 656 3766 657 3471 658 3593 659 3634 660 3546 661 3572 662 3537 663 3659 664 3586 665 3683 666 3660 667 3706 668 3550 669 3653 670 3548 671 3700 672 3566 673 3625 674 3634 675 3620 676 3662 677 3622 678 3667 679 3657 680 3684 681 3606 682 3562 683 3564 684 3596 685 3740 686 3622 687 3543 688 3655 689 3529 690 3497 691 3704 692 3641 693 3696 694 3667 695 3592 696 3623 697 3682 698 3687 699 3593 700 3572 701 3642 702 3616 703 3652 704 3572 705 3749 706 3563 707 3597 708 3633 709 3631 710 3651 711 3632 712 3535 713 3621 714 3551 715 3697 716 3716 717 3652 718 3701 719 3554 720 3617 721 3667 722 3650 723 3649 724 3636 725 3557 726 3649 727 3580 728 3532 729 3608 730 3557 731 3494 732 3670 733 3579 734 3637 735 3604 736 3573 737 3567 738 3590 739 3581 740 3650 741 3588 742 3667 743 3470 744 3535 745 3550 746 3486 747 3539 748 3587 749 3520 750 3612 751 3437 752 3578 753 3515 754 3582 755 3575 756 3481 757 3572 758 3645 759 3513 760 3593 761 3614 762 3581 763 3508 764 3611 765 3495 766 3510 767 3623 768 3537 769 3536 770 3466 771 3590 772 3521 773 3593 774 3437 775 3487 776 3552 777 3367 778 3603 779 3523 780 3492 781 3573 782 3523 783 3533 784 3447 785 3534 786 3551 787 3550 788 3582 789 3381 790 3473 791 3522 792 3464 793 3450 794 3415 795 3377 796 3596 797 3431 798 3323 799 3524 800 3394 801 3547 802 3444 803 3373 804 3433 805 3356 806 3536 807 3621 808 3360 809 3468 810 3457 811 3480 812 3331 813 3486 814 3332 815 3389 816 3425 817 3406 818 3456 819 3488 820 3431 821 3356 822 3413 823 3393 824 3378 825 3370 826 3463 827 3340 828 3382 829 3359 830 3282 831 3459 832 3452 833 3413 834 3303 835 3443 836 3544 837 3607 838 3372 839 3401 840 3475 841 3467 842 3445 843 3497 844 3462 845 3405 846 3400 847 3430 848 3491 849 3378 850 3421 851 3440 852 3509 853 3442 854 3489 855 3522 856 3404 857 3534 858 3403 859 3482 860 3447 861 3330 862 3479 863 3338 864 3363 865 3289 866 3355 867 3347 868 3315 869 3419 870 3411 871 3291 872 3267 873 3285 874 3306 875 3359 876 3375 877 3376 878 3286 879 3312 880 3328 881 3295 882 3355 883 3243 884 3233 885 3213 886 3209 887 3311 888 3228 889 3272 890 3257 891 3209 892 3252 893 3261 894 3253 895 3224 896 3188 897 3198 898 3299 899 3221 900 3177 901 3188 902 3259 903 3100 904 3118 905 3216 906 3213 907 3183 908 3211 909 3160 910 3181 911 3199 912 3253 913 3212 914 3274 915 3092 916 3210 917 3190 918 3197 919 3260 920 3123 921 3164 922 3191 923 3150 924 3091 925 3180 926 3134 927 3060 928 3082 929 3052 930 3119 931 3209 932 3021 933 3059 934 3115 935 3086 936 3067 937 3112 938 3130 939 2951 940 3144 941 3078 942 3121 943 3000 944 3115 945 3091 946 3034 947 3080 948 3029 949 3089 950 3106 951 3020 952 2934 953 2997 954 2969 955 3100 956 2995 957 2986 958 2923 959 2941 960 3032 961 3006 962 2976 963 3086 964 3040 965 3097 966 2967 967 2998 968 3046 969 3001 970 3033 971 3046 972 2969 973 2940 974 3007 975 2976 976 2964 977 2971 978 3065 979 2887 980 2913 981 2850 982 2912 983 3021 984 2917 985 2978 986 2898 987 2958 988 2903 989 2824 990 2886 991 2841 992 2920 993 2913 994 2897 995 2788 996 2903 997 2857 998 2959 999 2834 1000 2918 1001 2856 1002 2919 1003 2854 1004 2845 1005 2754 1006 2841 1007 2867 1008 2743 1009 2869 1010 2824 1011 2940 1012 2847 1013 2835 1014 2780 1015 2820 1016 2881 1017 2816 1018 2836 1019 2887 1020 2818 1021 2802 1022 2870 1023 2829 1024 2838 1025 2917 1026 2771 1027 2854 1028 2728 1029 2848 1030 2706 1031 2788 1032 2801 1033 2731 1034 2916 1035 2834 1036 2832 1037 2746 1038 2777 1039 2810 1040 2816 1041 2787 1042 2757 1043 2761 1044 2874 1045 2850 1046 2765 1047 2738 1048 2765 1049 2873 1050 2849 1051 2772 1052 2893 1053 2767 1054 2739 1055 2770 1056 2766 1057 2843 1058 2817 1059 2803 1060 2849 1061 2834 1062 2805 1063 2771 1064 2705 1065 2803 1066 2804 1067 2776 1068 2809 1069 2753 1070 2744 1071 2821 1072 2855 1073 2822 1074 2708 1075 2754 1076 2829 1077 2796 1078 2818 1079 2828 1080 2741 1081 2817 1082 2827 1083 2758 1084 2781 1085 2728 1086 2780 1087 2889 1088 2770 1089 2808 1090 2788 1091 2695 1092 2788 1093 2777 1094 2806 1095 2828 1096 2745 1097 2847 1098 2755 1099 2844 1100 2766 1101 2839 1102 2829 1103 2804 1104 2790 1105 2806 1106 2789 1107 2799 1108 2704 1109 2789 1110 2833 1111 2724 1112 2655 1113 2752 1114 2853 1115 2780 1116 2750 1117 2923 1118 2830 1119 2748 1120 2720 1121 2830 1122 2766 1123 2907 1124 2861 1125 2774 1126 2733 1127 2784 1128 2807 1129 2750 1130 2773