## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606341.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606341.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606341.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 23:50:12 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 201 113 94 21 1125717 259.526131 238.154035 25678187 FR 49 91 129 161 189 229 813 2091 4659 8555 29297 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 4 23 1 24 6 25 5 26 10 27 18 28 13 29 20 30 62 31 266 32 245 33 261 34 247 35 249 36 251 37 279 38 304 39 293 40 274 41 337 42 304 43 340 44 332 45 341 46 351 47 402 48 418 49 419 50 485 51 524 52 602 53 625 54 714 55 806 56 881 57 1004 58 1295 59 1404 60 1791 61 2027 62 2354 63 2801 64 3230 65 3862 66 4517 67 5328 68 6460 69 7872 70 9068 71 10927 72 12660 73 14913 74 17228 75 20041 76 22804 77 26090 78 29539 79 33344 80 37248 81 41495 82 46236 83 50702 84 55062 85 60149 86 64830 87 70375 88 75521 89 81059 90 86853 91 92464 92 97912 93 103130 94 107860 95 112611 96 116690 97 120842 98 125420 99 128665 100 133689 101 137857 102 140570 103 143445 104 146532 105 147567 106 149729 107 151032 108 152732 109 153312 110 154783 111 155928 112 156865 113 157248 114 156562 115 157049 116 156159 117 154250 118 154438 119 153955 120 152244 121 152149 122 151611 123 150594 124 148804 125 147601 126 145643 127 144209 128 142583 129 140764 130 139786 131 138494 132 136777 133 135607 134 134270 135 131862 136 130524 137 128618 138 126678 139 124760 140 122886 141 121506 142 120236 143 119071 144 117502 145 116058 146 114420 147 112151 148 110299 149 108594 150 107101 151 105995 152 104415 153 101917 154 101204 155 99668 156 98396 157 95964 158 94973 159 93620 160 92143 161 90218 162 89116 163 87863 164 87243 165 86228 166 84940 167 83197 168 81991 169 80171 170 79816 171 78021 172 77418 173 75825 174 74845 175 74158 176 73468 177 72012 178 71154 179 69833 180 69147 181 67970 182 67170 183 66046 184 65882 185 65141 186 64319 187 63152 188 62232 189 61660 190 60885 191 59586 192 59240 193 57966 194 57891 195 57266 196 56436 197 55523 198 55046 199 54284 200 53382 201 52845 202 52332 203 51548 204 50586 205 50540 206 49786 207 49568 208 48799 209 47660 210 47265 211 46760 212 46101 213 45873 214 44930 215 44400 216 43649 217 43824 218 43094 219 42176 220 42310 221 41608 222 40765 223 39842 224 40060 225 39618 226 39019 227 38506 228 38177 229 37603 230 37090 231 36500 232 36017 233 35664 234 35161 235 34850 236 34261 237 34234 238 33774 239 33234 240 32559 241 32049 242 31767 243 31396 244 31139 245 30564 246 30365 247 29971 248 29458 249 29046 250 28673 251 28497 252 28110 253 27711 254 27608 255 26891 256 26703 257 26591 258 25846 259 25879 260 25461 261 25058 262 24748 263 24684 264 23742 265 23963 266 23676 267 23201 268 23193 269 22555 270 22479 271 22141 272 21867 273 21398 274 21294 275 21306 276 20946 277 20668 278 20525 279 20327 280 20132 281 19763 282 19551 283 19431 284 18938 285 18983 286 18529 287 18061 288 18127 289 17859 290 17701 291 17623 292 17681 293 17133 294 16786 295 16801 296 16525 297 16515 298 16174 299 16032 300 15657 301 15616 302 15676 303 15306 304 15065 305 14815 306 14757 307 14475 308 14368 309 14287 310 13920 311 13889 312 13614 313 13768 314 13472 315 13387 316 13250 317 13014 318 12906 319 12709 320 12496 321 12579 322 12526 323 12229 324 12299 325 12092 326 11957 327 11492 328 11576 329 11413 330 11397 331 11264 332 11124 333 11056 334 11055 335 10923 336 10826 337 10739 338 10653 339 10415 340 10291 341 10225 342 10203 343 10176 344 9932 345 9661 346 10002 347 9745 348 9714 349 9568 350 9565 351 9521 352 9157 353 9350 354 9125 355 9040 356 9021 357 8835 358 8822 359 8813 360 8705 361 8499 362 8631 363 8670 364 8508 365 8356 366 8305 367 8292 368 8173 369 8178 370 8048 371 8107 372 8171 373 8024 374 7946 375 7784 376 8039 377 7937 378 7852 379 7802 380 7744 381 7650 382 7521 383 7547 384 7608 385 7460 386 7403 387 7302 388 7237 389 7260 390 7320 391 7291 392 7215 393 7255 394 7099 395 7096 396 6956 397 7206 398 6980 399 6823 400 6975 401 6867 402 6896 403 6820 404 6723 405 6776 406 6783 407 6623 408 6745 409 6648 410 6591 411 6533 412 6479 413 6606 414 6664 415 6575 416 6492 417 6459 418 6550 419 6292 420 6454 421 6366 422 6496 423 6337 424 6276 425 6324 426 6365 427 6260 428 6247 429 6149 430 6186 431 6152 432 6144 433 6022 434 6071 435 6040 436 6112 437 6102 438 6050 439 5907 440 5944 441 5876 442 5971 443 5915 444 5794 445 5951 446 5869 447 5857 448 5785 449 5885 450 5820 451 5545 452 5753 453 5827 454 5760 455 5712 456 5813 457 5560 458 5555 459 5659 460 5695 461 5525 462 5566 463 5528 464 5587 465 5564 466 5460 467 5565 468 5455 469 5491 470 5414 471 5536 472 5475 473 5442 474 5419 475 5421 476 5497 477 5494 478 5405 479 5340 480 5428 481 5352 482 5385 483 5500 484 5364 485 5334 486 5376 487 5309 488 5438 489 5362 490 5363 491 5295 492 5249 493 5319 494 5328 495 5274 496 5308 497 5258 498 4974 499 5291 500 5151 501 5204 502 5275 503 5168 504 5165 505 5106 506 5115 507 5080 508 5039 509 5169 510 5172 511 5049 512 5088 513 5017 514 5059 515 5091 516 5008 517 4954 518 4972 519 5107 520 4875 521 5049 522 4939 523 4929 524 5009 525 4956 526 5059 527 4988 528 4901 529 4994 530 4907 531 4930 532 4991 533 5040 534 4866 535 4926 536 4919 537 4942 538 5005 539 4949 540 4921 541 4936 542 4944 543 4880 544 4978 545 5013 546 4901 547 4825 548 4865 549 4920 550 5022 551 4943 552 4835 553 4820 554 4855 555 5012 556 4921 557 4890 558 4937 559 4805 560 4819 561 4892 562 4777 563 4785 564 4881 565 4838 566 4942 567 4791 568 4742 569 4804 570 4773 571 4833 572 4778 573 4902 574 4807 575 4736 576 4823 577 4777 578 4676 579 4650 580 4738 581 4914 582 4827 583 4821 584 4727 585 4682 586 4720 587 4771 588 4902 589 4716 590 4746 591 4710 592 4851 593 4755 594 4836 595 4811 596 4781 597 4862 598 4773 599 4771 600 4773 601 4822 602 4758 603 4768 604 4814 605 4750 606 4808 607 4933 608 4793 609 4918 610 4889 611 4690 612 4834 613 4833 614 4829 615 4951 616 4842 617 4857 618 4797 619 4716 620 4766 621 4724 622 4723 623 4766 624 4849 625 4790 626 4722 627 4751 628 4820 629 4661 630 4718 631 4720 632 4595 633 4758 634 4743 635 4722 636 4623 637 4679 638 4659 639 4729 640 4688 641 4605 642 4574 643 4650 644 4726 645 4745 646 4701 647 4631 648 4572 649 4598 650 4733 651 4709 652 4708 653 4704 654 4524 655 4609 656 4552 657 4641 658 4572 659 4607 660 4499 661 4641 662 4697 663 4629 664 4554 665 4538 666 4729 667 4680 668 4664 669 4547 670 4672 671 4677 672 4589 673 4619 674 4617 675 4617 676 4647 677 4691 678 4595 679 4551 680 4602 681 4584 682 4598 683 4612 684 4632 685 4704 686 4662 687 4689 688 4589 689 4574 690 4584 691 4587 692 4675 693 4590 694 4525 695 4516 696 4638 697 4614 698 4609 699 4610 700 4633 701 4651 702 4618 703 4636 704 4579 705 4631 706 4565 707 4653 708 4556 709 4542 710 4658 711 4707 712 4649 713 4549 714 4556 715 4635 716 4517 717 4614 718 4632 719 4492 720 4624 721 4641 722 4569 723 4631 724 4528 725 4618 726 4593 727 4658 728 4607 729 4572 730 4436 731 4601 732 4529 733 4493 734 4680 735 4452 736 4466 737 4557 738 4452 739 4577 740 4654 741 4588 742 4622 743 4592 744 4488 745 4415 746 4637 747 4615 748 4459 749 4507 750 4404 751 4533 752 4481 753 4467 754 4541 755 4471 756 4569 757 4506 758 4579 759 4531 760 4619 761 4502 762 4530 763 4459 764 4462 765 4506 766 4594 767 4502 768 4490 769 4497 770 4421 771 4408 772 4512 773 4539 774 4385 775 4419 776 4545 777 4432 778 4471 779 4465 780 4338 781 4429 782 4472 783 4543 784 4434 785 4543 786 4501 787 4555 788 4342 789 4413 790 4406 791 4523 792 4373 793 4362 794 4384 795 4442 796 4306 797 4449 798 4407 799 4467 800 4343 801 4378 802 4360 803 4330 804 4480 805 4311 806 4370 807 4457 808 4417 809 4418 810 4446 811 4350 812 4368 813 4461 814 4372 815 4507 816 4262 817 4466 818 4396 819 4347 820 4293 821 4409 822 4358 823 4318 824 4285 825 4368 826 4270 827 4294 828 4326 829 4311 830 4457 831 4397 832 4337 833 4327 834 4274 835 4260 836 4425 837 4316 838 4406 839 4404 840 4424 841 4303 842 4406 843 4334 844 4396 845 4476 846 4412 847 4411 848 4418 849 4243 850 4393 851 4357 852 4371 853 4421 854 4341 855 4464 856 4409 857 4319 858 4453 859 4436 860 4333 861 4318 862 4477 863 4395 864 4427 865 4305 866 4328 867 4250 868 4317 869 4407 870 4237 871 4146 872 4206 873 4184 874 4309 875 4421 876 4290 877 4166 878 4161 879 4381 880 4166 881 4397 882 4183 883 4133 884 4246 885 4249 886 4103 887 4229 888 4169 889 4224 890 4172 891 4166 892 4151 893 4198 894 4110 895 4217 896 4175 897 4207 898 4103 899 4075 900 4116 901 4085 902 4069 903 4136 904 4142 905 4057 906 4091 907 4029 908 4047 909 4141 910 4146 911 4188 912 4105 913 4019 914 4097 915 4021 916 4121 917 3994 918 4047 919 4067 920 4009 921 4028 922 4047 923 3921 924 4054 925 3976 926 3910 927 3960 928 3979 929 4033 930 4104 931 3942 932 3917 933 3996 934 3946 935 4010 936 3929 937 4030 938 3887 939 4049 940 3959 941 3901 942 4042 943 3941 944 3894 945 3934 946 3835 947 3834 948 3932 949 3881 950 3940 951 3855 952 3918 953 3837 954 3779 955 3912 956 3778 957 3945 958 3815 959 3784 960 3803 961 3756 962 3863 963 3881 964 3841 965 3879 966 3771 967 3815 968 3733 969 3786 970 3863 971 3903 972 3687 973 3683 974 3764 975 3808 976 3790 977 3847 978 3787 979 3786 980 3701 981 3810 982 3690 983 3805 984 3755 985 3773 986 3718 987 3671 988 3627 989 3611 990 3742 991 3631 992 3699 993 3689 994 3621 995 3614 996 3691 997 3602 998 3673 999 3675 1000 3679 1001 3583 1002 3730 1003 3654 1004 3651 1005 3751 1006 3854 1007 3644 1008 3726 1009 3585 1010 3713 1011 3661 1012 3584 1013 3646 1014 3594 1015 3699 1016 3708 1017 3578 1018 3578 1019 3643 1020 3651 1021 3724 1022 3591 1023 3660 1024 3574 1025 3644 1026 3574 1027 3624 1028 3601 1029 3620 1030 3551 1031 3626 1032 3499 1033 3631 1034 3640 1035 3610 1036 3426 1037 3482 1038 3590 1039 3640 1040 3516 1041 3523 1042 3584 1043 3686 1044 3584 1045 3614 1046 3582 1047 3671 1048 3601 1049 3608 1050 3691 1051 3575 1052 3671 1053 3487 1054 3668 1055 3649 1056 3594 1057 3521 1058 3676 1059 3510 1060 3674 1061 3530 1062 3589 1063 3626 1064 3564 1065 3569 1066 3648 1067 3611 1068 3646 1069 3587 1070 3583 1071 3622 1072 3642 1073 3576 1074 3706 1075 3631 1076 3674 1077 3519 1078 3545 1079 3579 1080 3714 1081 3611 1082 3563 1083 3654 1084 3697 1085 3684 1086 3584 1087 3599 1088 3521 1089 3610 1090 3694 1091 3604 1092 3607 1093 3605 1094 3549 1095 3713 1096 3636 1097 3552 1098 3627 1099 3646 1100 3731 1101 3645 1102 3627 1103 3622 1104 3627 1105 3583 1106 3586 1107 3633 1108 3694 1109 3606 1110 3617 1111 3554 1112 3542 1113 3515 1114 3505 1115 3625 1116 3512 1117 3611 1118 3497 1119 3523 1120 3599 1121 3523 1122 3616 1123 3539 1124 3584 1125 3637 1126 3496 1127 3535 1128 3541 1129 3732 1130 3594 1131 3596 1132 3617 1133 3566 1134 3556 1135 3534 1136 3506 1137 3607 1138 3549 1139 3628 1140 3527 1141 3644