## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606340.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606340.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606340.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 22:52:24 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 113 99 21 1294708 270.206513 255.600089 22672826 FR 53 97 137 169 199 239 899 2181 4799 8753 29569 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 1 23 3 24 1 25 5 26 10 27 10 28 16 29 26 30 78 31 214 32 216 33 235 34 222 35 248 36 199 37 234 38 235 39 266 40 240 41 263 42 285 43 287 44 277 45 276 46 328 47 330 48 346 49 399 50 410 51 458 52 576 53 559 54 657 55 661 56 838 57 1021 58 1193 59 1382 60 1664 61 1945 62 2383 63 2648 64 3111 65 3735 66 4384 67 5310 68 6310 69 7688 70 9039 71 10643 72 12573 73 14906 74 16993 75 19322 76 22418 77 25310 78 28882 79 32372 80 36247 81 40551 82 44961 83 48586 84 53312 85 57463 86 62019 87 66819 88 71135 89 76112 90 81508 91 86204 92 91224 93 96101 94 100236 95 103561 96 106769 97 109856 98 113930 99 116294 100 120626 101 123577 102 126507 103 129106 104 130882 105 131345 106 132469 107 133493 108 134827 109 134653 110 135554 111 136834 112 137234 113 137373 114 136439 115 136395 116 136074 117 134054 118 133822 119 133170 120 131791 121 131991 122 130983 123 130223 124 128931 125 127419 126 125847 127 124366 128 122384 129 120924 130 119661 131 119131 132 117801 133 116766 134 114980 135 113432 136 112080 137 110187 138 107776 139 106455 140 104963 141 104558 142 103114 143 101438 144 100074 145 98929 146 96381 147 95509 148 93420 149 92184 150 91464 151 90105 152 88662 153 87228 154 86183 155 85043 156 83025 157 82098 158 80975 159 79904 160 78889 161 76733 162 75843 163 74722 164 74203 165 72855 166 72507 167 70767 168 69560 169 68661 170 67537 171 66795 172 65889 173 64631 174 63928 175 63099 176 63066 177 61581 178 60053 179 59230 180 58604 181 58019 182 56894 183 56841 184 55845 185 55152 186 54342 187 53850 188 53131 189 52806 190 51472 191 51084 192 50520 193 50355 194 49052 195 48511 196 48214 197 47863 198 47382 199 46271 200 45257 201 45223 202 44471 203 44241 204 43411 205 42914 206 42645 207 41928 208 41832 209 41125 210 40411 211 39709 212 39102 213 38636 214 38691 215 37759 216 37566 217 37445 218 36568 219 36582 220 35734 221 35381 222 34985 223 34569 224 33893 225 33610 226 33529 227 32940 228 32436 229 32444 230 31722 231 31409 232 30922 233 30481 234 29957 235 29531 236 29536 237 29050 238 28712 239 28244 240 27963 241 27872 242 27188 243 26761 244 26342 245 26134 246 25967 247 25727 248 25305 249 24861 250 24580 251 24561 252 24075 253 23864 254 23495 255 22785 256 22860 257 22391 258 22180 259 22043 260 21790 261 21908 262 21184 263 20782 264 20804 265 20353 266 20233 267 19935 268 19746 269 19636 270 19392 271 19026 272 19127 273 18486 274 18666 275 18126 276 17517 277 17817 278 17572 279 17492 280 17189 281 16839 282 16857 283 16775 284 16540 285 16191 286 16002 287 15962 288 15496 289 15374 290 15127 291 15098 292 14964 293 14528 294 14598 295 14275 296 14175 297 14233 298 14112 299 13847 300 13669 301 13449 302 13466 303 13240 304 12990 305 12773 306 12645 307 12703 308 12350 309 12380 310 12096 311 12109 312 11739 313 11824 314 11606 315 11495 316 11486 317 11307 318 11158 319 11217 320 10917 321 10920 322 10621 323 10598 324 10590 325 10446 326 10217 327 9964 328 10156 329 9844 330 9824 331 9967 332 9797 333 9670 334 9418 335 9301 336 9399 337 9261 338 9096 339 8999 340 8922 341 8906 342 8884 343 8846 344 8822 345 8679 346 8532 347 8271 348 8344 349 8469 350 8240 351 8238 352 8169 353 8144 354 7987 355 7948 356 7859 357 7752 358 7830 359 7660 360 7840 361 7462 362 7397 363 7536 364 7339 365 7261 366 7363 367 7470 368 7224 369 7145 370 7088 371 7120 372 6979 373 7072 374 7100 375 6908 376 7109 377 6887 378 6863 379 6823 380 6943 381 6768 382 6584 383 6645 384 6746 385 6672 386 6447 387 6452 388 6541 389 6405 390 6521 391 6497 392 6307 393 6289 394 6296 395 6289 396 6045 397 6162 398 6294 399 6206 400 6186 401 6083 402 5997 403 6094 404 6138 405 5959 406 5971 407 5827 408 5887 409 5987 410 6018 411 5966 412 5858 413 5782 414 5811 415 5808 416 5762 417 5652 418 5712 419 5900 420 5773 421 5548 422 5669 423 5624 424 5574 425 5675 426 5620 427 5626 428 5489 429 5547 430 5424 431 5527 432 5408 433 5387 434 5434 435 5379 436 5337 437 5260 438 5353 439 5394 440 5364 441 5236 442 5294 443 5178 444 5259 445 5398 446 5074 447 5112 448 5280 449 5203 450 5061 451 5258 452 5089 453 5072 454 5096 455 5054 456 5057 457 5066 458 5040 459 5073 460 5075 461 4916 462 5079 463 5051 464 5128 465 4980 466 5030 467 5016 468 4988 469 4934 470 4928 471 4970 472 4972 473 4876 474 4821 475 5015 476 4766 477 4907 478 4948 479 4984 480 4847 481 4839 482 4807 483 5017 484 4730 485 4771 486 4825 487 4870 488 4822 489 4772 490 4819 491 4802 492 4730 493 4788 494 4710 495 4705 496 4708 497 4810 498 4628 499 4745 500 4593 501 4712 502 4546 503 4748 504 4563 505 4563 506 4594 507 4510 508 4550 509 4580 510 4466 511 4529 512 4601 513 4568 514 4524 515 4697 516 4603 517 4540 518 4585 519 4495 520 4515 521 4445 522 4463 523 4437 524 4557 525 4433 526 4580 527 4448 528 4413 529 4372 530 4450 531 4469 532 4654 533 4524 534 4426 535 4378 536 4396 537 4427 538 4316 539 4436 540 4508 541 4411 542 4451 543 4457 544 4408 545 4489 546 4406 547 4555 548 4485 549 4486 550 4376 551 4356 552 4538 553 4451 554 4492 555 4455 556 4323 557 4349 558 4388 559 4404 560 4409 561 4400 562 4371 563 4337 564 4389 565 4388 566 4400 567 4401 568 4366 569 4283 570 4269 571 4374 572 4384 573 4372 574 4334 575 4390 576 4388 577 4374 578 4344 579 4279 580 4396 581 4310 582 4377 583 4358 584 4425 585 4375 586 4367 587 4423 588 4366 589 4267 590 4516 591 4362 592 4430 593 4319 594 4439 595 4337 596 4347 597 4345 598 4257 599 4574 600 4412 601 4350 602 4487 603 4444 604 4361 605 4347 606 4434 607 4313 608 4350 609 4309 610 4352 611 4351 612 4375 613 4376 614 4409 615 4224 616 4357 617 4381 618 4322 619 4314 620 4314 621 4354 622 4396 623 4363 624 4254 625 4284 626 4332 627 4238 628 4229 629 4383 630 4316 631 4268 632 4385 633 4296 634 4161 635 4211 636 4179 637 4338 638 4298 639 4246 640 4131 641 4246 642 4159 643 4169 644 4151 645 4128 646 4143 647 4205 648 4161 649 4179 650 4135 651 4250 652 4197 653 4070 654 4208 655 4089 656 4129 657 4076 658 4136 659 4089 660 4190 661 4130 662 4146 663 4209 664 4134 665 4176 666 4241 667 4044 668 4157 669 4166 670 4205 671 4216 672 4192 673 4218 674 4249 675 4260 676 4201 677 4143 678 4037 679 4207 680 4164 681 4105 682 4094 683 4256 684 4075 685 4145 686 4238 687 4172 688 4136 689 4109 690 4137 691 4151 692 4256 693 4180 694 4199 695 4173 696 4052 697 4167 698 4237 699 4094 700 4211 701 4150 702 4187 703 4140 704 4213 705 4182 706 4177 707 4111 708 4185 709 4122 710 4124 711 4129 712 4190 713 4202 714 4167 715 4178 716 4131 717 4155 718 4148 719 4180 720 4172 721 4170 722 4146 723 4204 724 4192 725 4134 726 4249 727 4210 728 4055 729 4115 730 4109 731 4214 732 4112 733 4171 734 4246 735 4100 736 4123 737 4198 738 4092 739 4148 740 4136 741 4195 742 4203 743 4088 744 4126 745 4257 746 4106 747 4053 748 4143 749 4228 750 4103 751 4134 752 4064 753 4138 754 4119 755 4070 756 4046 757 4077 758 4119 759 4061 760 4118 761 4175 762 4133 763 3949 764 4077 765 4102 766 4226 767 3959 768 4058 769 3987 770 4008 771 3983 772 4079 773 4057 774 3960 775 4078 776 3996 777 3998 778 3996 779 4131 780 3884 781 4082 782 3957 783 3955 784 3979 785 4046 786 3883 787 4067 788 4046 789 3976 790 3975 791 4023 792 4044 793 4114 794 3989 795 4038 796 4046 797 3970 798 4015 799 4049 800 3973 801 3889 802 3854 803 3977 804 3940 805 4006 806 3961 807 4155 808 4009 809 3916 810 3901 811 3975 812 3866 813 4010 814 3895 815 4036 816 3930 817 4002 818 3979 819 3988 820 3943 821 3948 822 3988 823 3943 824 3967 825 3944 826 3948 827 3971 828 3908 829 3943 830 3944 831 4031 832 4062 833 4004 834 4059 835 3851 836 3960 837 4039 838 3979 839 4017 840 3938 841 3993 842 3944 843 4003 844 3985 845 4016 846 3955 847 4006 848 3959 849 4021 850 3927 851 3915 852 3943 853 4013 854 4023 855 3956 856 4091 857 3915 858 4023 859 4084 860 3883 861 3994 862 3892 863 4043 864 3926 865 3986 866 3942 867 3878 868 3842 869 3914 870 4019 871 3893 872 3943 873 3982 874 3871 875 3850 876 3873 877 3821 878 3894 879 3897 880 3804 881 3832 882 3813 883 3891 884 3840 885 3963 886 3792 887 3756 888 3749 889 3735 890 3773 891 3801 892 3791 893 3801 894 3621 895 3806 896 3900 897 3830 898 3804 899 3741 900 3765 901 3707 902 3751 903 3739 904 3703 905 3670 906 3860 907 3777 908 3722 909 3718 910 3694 911 3712 912 3683 913 3700 914 3650 915 3721 916 3673 917 3758 918 3652 919 3705 920 3586 921 3666 922 3702 923 3587 924 3606 925 3681 926 3625 927 3742 928 3722 929 3616 930 3692 931 3721 932 3641 933 3673 934 3526 935 3551 936 3519 937 3549 938 3592 939 3479 940 3511 941 3440 942 3527 943 3541 944 3557 945 3503 946 3578 947 3537 948 3528 949 3564 950 3548 951 3529 952 3559 953 3518 954 3435 955 3519 956 3507 957 3606 958 3558 959 3476 960 3476 961 3458 962 3489 963 3435 964 3490 965 3477 966 3465 967 3524 968 3433 969 3454 970 3411 971 3377 972 3434 973 3492 974 3457 975 3454 976 3359 977 3464 978 3449 979 3371 980 3466 981 3396 982 3444 983 3454 984 3432 985 3374 986 3408 987 3311 988 3328 989 3320 990 3336 991 3280 992 3359 993 3330 994 3319 995 3400 996 3344 997 3385 998 3352 999 3332 1000 3249 1001 3288 1002 3354 1003 3246 1004 3373 1005 3230 1006 3214 1007 3330 1008 3320 1009 3229 1010 3203 1011 3391 1012 3373 1013 3315 1014 3280 1015 3269 1016 3297 1017 3301 1018 3294 1019 3262 1020 3241 1021 3382 1022 3311 1023 3292 1024 3284 1025 3223 1026 3253 1027 3187 1028 3247 1029 3350 1030 3263 1031 3350 1032 3288 1033 3260 1034 3264 1035 3183 1036 3346 1037 3247 1038 3187 1039 3319 1040 3216 1041 3165 1042 3263 1043 3275 1044 3237 1045 3219 1046 3198 1047 3284 1048 3282 1049 3266 1050 3328 1051 3229 1052 3303 1053 3280 1054 3293 1055 3224 1056 3192 1057 3172 1058 3270 1059 3166 1060 3274 1061 3330 1062 3218 1063 3198 1064 3257 1065 3240 1066 3228 1067 3270 1068 3102 1069 3259 1070 3244 1071 3145 1072 3325 1073 3383 1074 3145 1075 3246 1076 3284 1077 3262 1078 3170 1079 3245 1080 3221 1081 3249 1082 3148 1083 3227 1084 3271 1085 3220 1086 3198 1087 3268 1088 3295 1089 3380 1090 3275 1091 3146 1092 3199 1093 3324 1094 3247 1095 3305 1096 3164 1097 3222 1098 3187 1099 3237 1100 3315 1101 3300 1102 3236 1103 3210 1104 3190 1105 3234 1106 3242 1107 3306 1108 3288 1109 3229 1110 3329 1111 3181 1112 3265 1113 3194 1114 3194 1115 3260 1116 3291 1117 3195 1118 3162 1119 3165 1120 3252 1121 3200 1122 3300 1123 3199 1124 3250 1125 3209 1126 3179 1127 3252 1128 3311 1129 3256 1130 3283 1131 3176 1132 3251 1133 3315 1134 3215 1135 3202 1136 3202 1137 3235 1138 3233 1139 3241 1140 3256 1141 3322 1142 3278 1143 3253 1144 3261 1145 3241 1146 3257 1147 3227 1148 3197 1149 3196 1150 3168 1151 3123 1152 3190 1153 3181 1154 3140 1155 3185 1156 3118 1157 3140 1158 3115 1159 3186 1160 3223 1161 3168 1162 3100 1163 3125 1164 3197 1165 3033 1166 3232 1167 3070 1168 3115 1169 3073 1170 3099 1171 3038 1172 3107 1173 3235 1174 3083 1175 3028 1176 3008 1177 3059 1178 3056 1179 3152 1180 3091 1181 3099 1182 2987 1183 2974 1184 3116 1185 3053 1186 3053 1187 3070 1188 3028 1189 3041 1190 2996 1191 3050 1192 2901 1193 3024 1194 2969