## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606338.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606338.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606338.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:03:48 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 207 113 100 22 1176188 273.958188 258.015543 18954699 FR 51 97 137 169 201 243 905 2201 4859 8861 29895 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 2 23 3 24 4 25 6 26 8 27 12 28 12 29 15 30 32 31 190 32 173 33 194 34 197 35 210 36 203 37 212 38 202 39 195 40 224 41 227 42 205 43 254 44 230 45 232 46 253 47 259 48 333 49 316 50 326 51 361 52 389 53 434 54 435 55 563 56 624 57 707 58 795 59 914 60 1139 61 1379 62 1639 63 1831 64 2052 65 2501 66 3067 67 3572 68 4192 69 5143 70 6080 71 7118 72 8535 73 9814 74 11449 75 13073 76 15135 77 17510 78 19780 79 22222 80 25164 81 28359 82 31713 83 34467 84 37409 85 40957 86 44208 87 48030 88 51823 89 55638 90 59989 91 63490 92 67997 93 71558 94 74699 95 78068 96 81348 97 84089 98 87631 99 90390 100 93868 101 95857 102 98493 103 100872 104 102528 105 103583 106 105695 107 106260 108 107054 109 108342 110 109260 111 110045 112 111051 113 111615 114 111483 115 111025 116 110161 117 111110 118 110506 119 109758 120 109665 121 109381 122 108201 123 107912 124 107610 125 106232 126 104874 127 104463 128 102953 129 101872 130 101080 131 100127 132 99153 133 98635 134 97093 135 95392 136 94708 137 93904 138 92631 139 91118 140 90207 141 89436 142 88292 143 86529 144 86096 145 84266 146 83185 147 81690 148 80474 149 79249 150 78436 151 77346 152 76506 153 75561 154 74544 155 73162 156 71813 157 71331 158 69961 159 68220 160 67801 161 67051 162 65807 163 65259 164 64465 165 63559 166 62337 167 61440 168 60219 169 59066 170 59204 171 58269 172 57406 173 56801 174 56141 175 55225 176 54491 177 53750 178 53044 179 51955 180 51297 181 50282 182 50275 183 49810 184 48897 185 48499 186 47575 187 47122 188 46726 189 45661 190 45413 191 45060 192 44137 193 43840 194 43252 195 42792 196 42443 197 41865 198 41575 199 40615 200 39789 201 39867 202 38872 203 38746 204 38244 205 38034 206 37378 207 36779 208 36770 209 36202 210 35310 211 35286 212 35138 213 34331 214 33968 215 33274 216 33288 217 32563 218 32154 219 31883 220 31363 221 31082 222 30658 223 30399 224 29853 225 29514 226 29479 227 28823 228 28764 229 28018 230 27727 231 27495 232 27168 233 26687 234 26345 235 26211 236 26034 237 25562 238 25399 239 24618 240 24536 241 24132 242 23927 243 23494 244 23467 245 22854 246 22911 247 22217 248 21994 249 21737 250 21777 251 21139 252 20867 253 20654 254 20474 255 20197 256 20053 257 19864 258 19351 259 19274 260 18984 261 18791 262 18339 263 18412 264 18152 265 17905 266 17605 267 17512 268 17137 269 16941 270 16822 271 16220 272 16370 273 16216 274 16058 275 15517 276 15641 277 15505 278 15361 279 15035 280 14882 281 14590 282 14754 283 14463 284 14137 285 13912 286 13836 287 13716 288 13410 289 13370 290 13241 291 13085 292 13068 293 12591 294 12430 295 12466 296 12220 297 12190 298 11949 299 11806 300 11808 301 11554 302 11453 303 11343 304 11028 305 10885 306 10900 307 10875 308 10599 309 10620 310 10328 311 10404 312 10267 313 10121 314 10177 315 9844 316 9701 317 9632 318 9404 319 9543 320 9207 321 9359 322 9295 323 8866 324 9052 325 8769 326 8726 327 8721 328 8588 329 8352 330 8468 331 8477 332 8219 333 8178 334 8042 335 7976 336 8013 337 7922 338 7535 339 7592 340 7761 341 7653 342 7368 343 7422 344 7302 345 7279 346 7210 347 7034 348 7200 349 6993 350 6831 351 6928 352 6960 353 6870 354 6855 355 6598 356 6677 357 6598 358 6662 359 6593 360 6404 361 6425 362 6295 363 6292 364 6295 365 6218 366 6218 367 6130 368 6096 369 6086 370 6051 371 5998 372 6055 373 5905 374 5995 375 5830 376 6010 377 5865 378 5776 379 5734 380 5773 381 5664 382 5627 383 5577 384 5640 385 5466 386 5728 387 5578 388 5521 389 5444 390 5511 391 5401 392 5361 393 5274 394 5351 395 5227 396 5245 397 5224 398 5350 399 5138 400 5168 401 5114 402 5090 403 5122 404 5074 405 5082 406 5016 407 4968 408 4929 409 4885 410 4960 411 4914 412 4952 413 4926 414 4850 415 4864 416 4884 417 4900 418 4758 419 4778 420 4811 421 4666 422 4785 423 4707 424 4759 425 4642 426 4588 427 4757 428 4637 429 4735 430 4599 431 4535 432 4560 433 4652 434 4625 435 4498 436 4534 437 4635 438 4590 439 4388 440 4381 441 4446 442 4361 443 4571 444 4464 445 4428 446 4344 447 4356 448 4405 449 4302 450 4406 451 4347 452 4302 453 4331 454 4216 455 4387 456 4340 457 4132 458 4284 459 4206 460 4182 461 4201 462 4075 463 4262 464 4171 465 4145 466 4147 467 4046 468 4270 469 4085 470 4092 471 4153 472 4132 473 4151 474 4101 475 3995 476 4091 477 4111 478 4132 479 4074 480 4064 481 4012 482 4076 483 4068 484 4031 485 3995 486 4080 487 4106 488 4035 489 4048 490 3965 491 4016 492 3894 493 3946 494 3908 495 4022 496 3957 497 3852 498 3880 499 3964 500 3935 501 3905 502 4007 503 3857 504 3835 505 3772 506 3862 507 3881 508 3746 509 3805 510 3861 511 3900 512 3842 513 3662 514 3799 515 3804 516 3802 517 3655 518 3848 519 3897 520 3618 521 3723 522 3825 523 3686 524 3703 525 3733 526 3731 527 3686 528 3774 529 3765 530 3690 531 3757 532 3726 533 3732 534 3669 535 3581 536 3708 537 3719 538 3732 539 3696 540 3602 541 3615 542 3688 543 3716 544 3635 545 3627 546 3648 547 3599 548 3729 549 3698 550 3683 551 3678 552 3789 553 3605 554 3640 555 3641 556 3589 557 3652 558 3634 559 3563 560 3557 561 3604 562 3580 563 3603 564 3600 565 3653 566 3736 567 3478 568 3578 569 3738 570 3594 571 3695 572 3584 573 3578 574 3569 575 3598 576 3599 577 3644 578 3532 579 3529 580 3575 581 3598 582 3588 583 3537 584 3627 585 3506 586 3663 587 3465 588 3674 589 3654 590 3582 591 3681 592 3562 593 3669 594 3598 595 3662 596 3573 597 3650 598 3565 599 3639 600 3597 601 3644 602 3618 603 3666 604 3612 605 3664 606 3555 607 3598 608 3617 609 3670 610 3495 611 3618 612 3606 613 3679 614 3612 615 3535 616 3607 617 3597 618 3652 619 3628 620 3615 621 3498 622 3517 623 3619 624 3512 625 3558 626 3569 627 3547 628 3554 629 3604 630 3536 631 3599 632 3492 633 3496 634 3637 635 3533 636 3504 637 3657 638 3536 639 3500 640 3521 641 3415 642 3536 643 3425 644 3456 645 3526 646 3432 647 3446 648 3523 649 3526 650 3494 651 3558 652 3488 653 3557 654 3416 655 3464 656 3470 657 3374 658 3473 659 3395 660 3408 661 3476 662 3518 663 3487 664 3492 665 3537 666 3410 667 3474 668 3420 669 3469 670 3498 671 3430 672 3563 673 3400 674 3417 675 3450 676 3493 677 3470 678 3429 679 3450 680 3361 681 3484 682 3487 683 3463 684 3529 685 3474 686 3365 687 3422 688 3505 689 3371 690 3417 691 3456 692 3457 693 3558 694 3366 695 3457 696 3487 697 3386 698 3445 699 3417 700 3455 701 3472 702 3364 703 3383 704 3394 705 3466 706 3488 707 3415 708 3393 709 3413 710 3475 711 3427 712 3488 713 3573 714 3354 715 3485 716 3382 717 3401 718 3392 719 3482 720 3454 721 3370 722 3363 723 3447 724 3419 725 3418 726 3367 727 3469 728 3434 729 3350 730 3402 731 3515 732 3445 733 3453 734 3459 735 3353 736 3499 737 3441 738 3397 739 3341 740 3356 741 3352 742 3432 743 3394 744 3355 745 3438 746 3372 747 3427 748 3532 749 3314 750 3490 751 3361 752 3347 753 3256 754 3485 755 3325 756 3326 757 3400 758 3332 759 3443 760 3344 761 3431 762 3412 763 3267 764 3413 765 3462 766 3422 767 3418 768 3266 769 3415 770 3282 771 3400 772 3260 773 3346 774 3377 775 3253 776 3333 777 3383 778 3224 779 3294 780 3236 781 3285 782 3316 783 3261 784 3323 785 3254 786 3363 787 3318 788 3331 789 3302 790 3280 791 3429 792 3329 793 3303 794 3344 795 3271 796 3346 797 3204 798 3368 799 3363 800 3272 801 3322 802 3180 803 3240 804 3292 805 3210 806 3283 807 3335 808 3312 809 3306 810 3333 811 3323 812 3311 813 3311 814 3211 815 3252 816 3323 817 3312 818 3362 819 3283 820 3160 821 3238 822 3274 823 3289 824 3252 825 3303 826 3263 827 3287 828 3270 829 3189 830 3269 831 3369 832 3315 833 3285 834 3214 835 3234 836 3316 837 3338 838 3298 839 3339 840 3274 841 3288 842 3262 843 3328 844 3287 845 3305 846 3328 847 3258 848 3197 849 3309 850 3287 851 3309 852 3360 853 3209 854 3243 855 3280 856 3373 857 3358 858 3261 859 3369 860 3402 861 3351 862 3330 863 3283 864 3282 865 3220 866 3157 867 3159 868 3213 869 3271 870 3346 871 3310 872 3299 873 3318 874 3265 875 3205 876 3332 877 3305 878 3330 879 3237 880 3160 881 3122 882 3197 883 3230 884 3214 885 3194 886 3093 887 3164 888 3172 889 3209 890 3141 891 3058 892 3078 893 3106 894 3068 895 3081 896 3095 897 3023 898 3174 899 3139 900 3071 901 3043 902 3079 903 3071 904 3137 905 3109 906 3141 907 3084 908 3075 909 3076 910 3035 911 3103 912 3031 913 3094 914 3033 915 3021 916 3066 917 3101 918 3006 919 3068 920 3080 921 3034 922 3051 923 2942 924 3084 925 3066 926 3061 927 2987 928 2969 929 3015 930 2913 931 3001 932 3023 933 3027 934 3002 935 2963 936 3032 937 3021 938 2940 939 2972 940 3025 941 2996 942 2991 943 2934 944 2997 945 2963 946 2856 947 2942 948 2952 949 3017 950 2881 951 2847 952 3006 953 2937 954 2907 955 2948 956 2901 957 2937 958 2860 959 2826 960 2876 961 2925 962 2924 963 2858 964 2837 965 2858 966 2950 967 2912 968 2836 969 2888 970 2915 971 2859 972 2794 973 2820 974 2842 975 2752 976 2978 977 2852 978 2857 979 2820 980 2831 981 2738 982 2734 983 2800 984 2844 985 2801 986 2805 987 2805 988 2756 989 2767 990 2761 991 2747 992 2781 993 2762 994 2779 995 2818 996 2868 997 2776 998 2699 999 2823 1000 2703 1001 2808 1002 2796 1003 2706 1004 2750 1005 2716 1006 2706 1007 2787 1008 2765 1009 2783 1010 2771 1011 2708 1012 2786 1013 2793 1014 2740 1015 2822 1016 2708 1017 2765 1018 2809 1019 2779 1020 2855 1021 2810 1022 2744 1023 2744 1024 2798 1025 2683 1026 2755 1027 2757 1028 2720 1029 2766 1030 2756 1031 2734 1032 2735 1033 2708 1034 2793 1035 2685 1036 2723 1037 2784 1038 2668 1039 2652 1040 2633 1041 2621 1042 2660 1043 2676 1044 2720 1045 2650 1046 2657 1047 2677 1048 2692 1049 2681 1050 2708 1051 2770 1052 2753 1053 2737 1054 2680 1055 2780 1056 2713 1057 2646 1058 2730 1059 2694 1060 2691 1061 2722 1062 2711 1063 2709 1064 2775 1065 2649 1066 2701 1067 2620 1068 2666 1069 2764 1070 2658 1071 2850 1072 2757 1073 2694 1074 2733 1075 2782 1076 2715 1077 2769 1078 2697 1079 2697 1080 2738 1081 2726 1082 2673 1083 2805 1084 2731 1085 2713 1086 2775 1087 2676 1088 2699 1089 2696 1090 2778 1091 2696 1092 2706 1093 2711 1094 2684 1095 2703 1096 2839 1097 2664 1098 2645 1099 2732 1100 2729 1101 2717 1102 2770 1103 2745 1104 2615 1105 2749 1106 2680 1107 2775 1108 2778 1109 2764 1110 2752 1111 2732 1112 2720 1113 2766 1114 2686 1115 2754 1116 2684 1117 2684 1118 2733 1119 2721 1120 2756 1121 2733 1122 2780 1123 2689 1124 2644 1125 2670 1126 2714 1127 2804 1128 2688 1129 2739 1130 2755 1131 2822 1132 2755 1133 2655 1134 2726 1135 2699 1136 2700 1137 2677 1138 2796 1139 2658 1140 2726 1141 2645 1142 2697 1143 2771 1144 2674 1145 2645 1146 2683 1147 2654 1148 2767 1149 2741 1150 2705 1151 2787 1152 2671 1153 2737 1154 2639 1155 2632 1156 2676 1157 2646 1158 2639 1159 2655 1160 2671 1161 2706 1162 2668 1163 2623 1164 2593 1165 2571 1166 2518 1167 2708 1168 2660 1169 2582 1170 2651 1171 2548 1172 2628 1173 2639 1174 2704 1175 2616 1176 2604 1177 2616 1178 2598 1179 2601 1180 2580 1181 2542 1182 2638 1183 2573 1184 2562 1185 2617 1186 2510 1187 2498 1188 2563 1189 2565 1190 2456 1191 2510 1192 2536 1193 2543 1194 2488 1195 2486 1196 2521 1197 2531 1198 2452 1199 2512 1200 2411 1201 2501 1202 2331 1203 2553 1204 2471 1205 2506 1206 2533 1207 2445