## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606337.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606337.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606337.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:09:48 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 210 115 103 22 1690700 280.154547 267.624999 22069608 FR 53 101 141 175 207 251 973 2301 5053 9213 30759 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 2 23 5 24 7 25 5 26 8 27 12 28 19 29 24 30 53 31 231 32 193 33 216 34 212 35 216 36 242 37 215 38 255 39 232 40 234 41 236 42 245 43 269 44 278 45 255 46 306 47 312 48 308 49 332 50 410 51 455 52 511 53 477 54 531 55 694 56 712 57 795 58 1006 59 1189 60 1375 61 1588 62 1836 63 2253 64 2553 65 2978 66 3472 67 4174 68 4931 69 6030 70 7075 71 8438 72 9831 73 11543 74 13163 75 15299 76 17215 77 19779 78 22417 79 25563 80 28542 81 32068 82 35555 83 39063 84 42601 85 46674 86 50724 87 55289 88 59145 89 63144 90 67657 91 72130 92 77445 93 81713 94 85549 95 89001 96 92986 97 95451 98 99882 99 102591 100 106897 101 109953 102 112725 103 115175 104 117219 105 119187 106 120771 107 121713 108 122961 109 124313 110 125587 111 126966 112 128122 113 127801 114 128071 115 128614 116 128258 117 126893 118 127159 119 126783 120 126002 121 126188 122 125443 123 124668 124 123668 125 123173 126 121002 127 120312 128 119079 129 117731 130 116624 131 115873 132 114807 133 113451 134 112056 135 110783 136 109952 137 107682 138 106623 139 105434 140 104255 141 102170 142 101804 143 100327 144 98912 145 97796 146 96377 147 94828 148 93478 149 91956 150 90467 151 89578 152 88453 153 87215 154 86164 155 84854 156 82990 157 82314 158 81018 159 79661 160 78403 161 77218 162 76352 163 75160 164 74444 165 73215 166 72068 167 71105 168 69925 169 69011 170 67829 171 66890 172 66247 173 65166 174 65011 175 63598 176 62551 177 62280 178 60829 179 59853 180 59173 181 58323 182 57671 183 57147 184 56262 185 55857 186 55333 187 54444 188 53446 189 53216 190 52518 191 51923 192 51312 193 50630 194 49610 195 49459 196 48562 197 48416 198 47603 199 46855 200 46373 201 46007 202 45257 203 44641 204 44007 205 43373 206 43605 207 42447 208 42300 209 41811 210 40940 211 40361 212 39854 213 39416 214 39227 215 38590 216 38528 217 37889 218 37447 219 36606 220 36407 221 35869 222 35430 223 34848 224 34690 225 34039 226 33804 227 33542 228 32946 229 32525 230 32157 231 31619 232 31338 233 30739 234 30638 235 30500 236 29967 237 29726 238 28978 239 28945 240 28495 241 27745 242 27710 243 26809 244 26895 245 26618 246 26330 247 26105 248 25716 249 25184 250 25337 251 24697 252 24521 253 24303 254 23939 255 23671 256 23300 257 22889 258 22519 259 22246 260 21947 261 21848 262 21649 263 21254 264 20978 265 20697 266 20469 267 20179 268 20096 269 19624 270 19677 271 19498 272 18996 273 18673 274 18553 275 18580 276 17994 277 17735 278 17982 279 17597 280 17259 281 17019 282 17029 283 16597 284 16426 285 16469 286 15888 287 15932 288 15605 289 15791 290 15522 291 15174 292 14984 293 14730 294 14574 295 14431 296 14481 297 13765 298 14076 299 13763 300 13544 301 13367 302 13374 303 13216 304 13037 305 13086 306 12644 307 12540 308 12334 309 12503 310 12026 311 12085 312 11937 313 11745 314 11615 315 11507 316 11453 317 11164 318 10959 319 10838 320 10998 321 10892 322 10631 323 10702 324 10532 325 10411 326 10212 327 10097 328 9957 329 9960 330 9721 331 9849 332 9782 333 9548 334 9393 335 9469 336 9417 337 9285 338 9072 339 8834 340 8952 341 9047 342 8731 343 8742 344 8862 345 8630 346 8445 347 8352 348 8257 349 8232 350 7978 351 8203 352 8044 353 7923 354 7922 355 7868 356 7731 357 7642 358 7741 359 7569 360 7489 361 7647 362 7292 363 7495 364 7260 365 7079 366 7078 367 7184 368 7195 369 7018 370 6911 371 6926 372 6907 373 6807 374 6991 375 6887 376 6939 377 6721 378 6645 379 6803 380 6728 381 6691 382 6648 383 6491 384 6381 385 6481 386 6459 387 6383 388 6447 389 6352 390 6312 391 6258 392 6296 393 6183 394 6137 395 6192 396 6030 397 6035 398 6008 399 6021 400 6092 401 5795 402 5938 403 6055 404 5789 405 5840 406 5894 407 5800 408 5768 409 5816 410 5703 411 5699 412 5716 413 5816 414 5665 415 5592 416 5699 417 5630 418 5457 419 5553 420 5480 421 5585 422 5629 423 5490 424 5488 425 5336 426 5498 427 5483 428 5548 429 5340 430 5309 431 5451 432 5441 433 5213 434 5209 435 5109 436 5335 437 5298 438 5108 439 5180 440 5274 441 5063 442 5142 443 5069 444 4975 445 5205 446 5047 447 5039 448 5036 449 4884 450 5021 451 4972 452 4932 453 4887 454 4891 455 4911 456 4738 457 4790 458 4973 459 4811 460 4774 461 4814 462 4796 463 4776 464 4904 465 4791 466 4779 467 4691 468 4845 469 4621 470 4639 471 4812 472 4943 473 4704 474 4746 475 4626 476 4729 477 4603 478 4691 479 4599 480 4726 481 4654 482 4573 483 4534 484 4685 485 4714 486 4446 487 4547 488 4641 489 4535 490 4574 491 4608 492 4512 493 4491 494 4594 495 4625 496 4533 497 4452 498 4557 499 4402 500 4294 501 4404 502 4398 503 4425 504 4338 505 4424 506 4420 507 4369 508 4365 509 4471 510 4290 511 4381 512 4292 513 4313 514 4275 515 4270 516 4343 517 4242 518 4339 519 4397 520 4385 521 4247 522 4226 523 4250 524 4320 525 4281 526 4299 527 4348 528 4178 529 4208 530 4188 531 4227 532 4243 533 4170 534 4170 535 4262 536 4210 537 4236 538 4276 539 4183 540 4329 541 4199 542 4264 543 4281 544 4150 545 4217 546 4206 547 4068 548 4182 549 4155 550 4257 551 4319 552 4178 553 4277 554 4142 555 4152 556 4098 557 4127 558 4252 559 4167 560 4129 561 4181 562 4068 563 4113 564 4089 565 4180 566 4029 567 4060 568 4206 569 4153 570 4174 571 4238 572 4241 573 4153 574 4157 575 4239 576 4191 577 4019 578 4062 579 4162 580 3977 581 4159 582 4119 583 4122 584 4160 585 4083 586 4187 587 4118 588 4064 589 4100 590 4214 591 4251 592 4125 593 4110 594 4044 595 4054 596 4287 597 4175 598 4085 599 4196 600 4087 601 4236 602 4249 603 4191 604 4087 605 4112 606 4248 607 4183 608 4090 609 4260 610 4106 611 4140 612 4174 613 4257 614 4117 615 4156 616 4279 617 4112 618 4228 619 4091 620 4205 621 4143 622 4129 623 4187 624 4068 625 3958 626 4098 627 4181 628 4134 629 4119 630 4061 631 4188 632 4054 633 4144 634 4053 635 4054 636 4030 637 4135 638 4033 639 4192 640 3996 641 3965 642 4056 643 4001 644 3877 645 4122 646 3955 647 4007 648 3944 649 3954 650 3933 651 3974 652 4002 653 4026 654 4059 655 4063 656 4018 657 4013 658 3916 659 3935 660 3984 661 4008 662 4026 663 4052 664 3837 665 3983 666 3900 667 4014 668 3928 669 3972 670 4002 671 4015 672 4005 673 4076 674 3977 675 4033 676 3967 677 3982 678 3920 679 4032 680 3904 681 3926 682 3910 683 4065 684 3977 685 4010 686 4026 687 3842 688 3910 689 4051 690 3949 691 3941 692 3990 693 3920 694 4085 695 3969 696 3919 697 3961 698 3953 699 3874 700 4046 701 3905 702 3961 703 3934 704 3981 705 4034 706 4034 707 4031 708 3992 709 3964 710 3890 711 4104 712 3993 713 4035 714 4002 715 4026 716 3960 717 4018 718 3971 719 3916 720 4031 721 3991 722 4024 723 3987 724 3857 725 3959 726 3990 727 3919 728 3919 729 3981 730 3873 731 3961 732 3978 733 3968 734 3982 735 3934 736 3825 737 3953 738 3765 739 4018 740 3953 741 3996 742 3923 743 3918 744 3896 745 3946 746 3865 747 4050 748 3940 749 3811 750 3825 751 3822 752 4006 753 3968 754 3845 755 3911 756 3891 757 3910 758 3808 759 3971 760 3942 761 3924 762 3959 763 3870 764 3882 765 3835 766 3874 767 3981 768 3855 769 3836 770 3916 771 3783 772 3871 773 3947 774 3851 775 3755 776 3891 777 3899 778 3721 779 3860 780 3790 781 3863 782 3870 783 3847 784 3711 785 3865 786 3923 787 3902 788 3840 789 3752 790 3825 791 3814 792 3826 793 3787 794 3791 795 3817 796 3684 797 3800 798 3913 799 3831 800 3853 801 3750 802 3776 803 3869 804 3794 805 3695 806 3778 807 3832 808 3849 809 3761 810 3697 811 3720 812 3842 813 3734 814 3754 815 3735 816 3770 817 3701 818 3756 819 3778 820 3924 821 3663 822 3954 823 3778 824 3906 825 3811 826 3889 827 3814 828 3775 829 3753 830 3837 831 3816 832 3803 833 3755 834 3877 835 3815 836 3909 837 3847 838 3834 839 3843 840 3799 841 3883 842 3757 843 3819 844 3832 845 3901 846 3829 847 3764 848 3815 849 3869 850 3838 851 3879 852 3819 853 3894 854 3873 855 3874 856 3734 857 3832 858 3815 859 3897 860 3873 861 3826 862 3914 863 3881 864 3820 865 3833 866 3859 867 3644 868 3832 869 3841 870 3750 871 3739 872 3787 873 3714 874 3866 875 3681 876 3847 877 3681 878 3781 879 3794 880 3723 881 3708 882 3585 883 3781 884 3689 885 3701 886 3685 887 3781 888 3681 889 3645 890 3667 891 3679 892 3625 893 3506 894 3499 895 3642 896 3568 897 3653 898 3675 899 3757 900 3642 901 3582 902 3653 903 3578 904 3687 905 3676 906 3690 907 3562 908 3696 909 3561 910 3503 911 3633 912 3634 913 3591 914 3572 915 3468 916 3657 917 3575 918 3456 919 3636 920 3614 921 3695 922 3469 923 3513 924 3586 925 3547 926 3457 927 3440 928 3482 929 3569 930 3525 931 3487 932 3465 933 3564 934 3449 935 3541 936 3497 937 3511 938 3492 939 3384 940 3495 941 3472 942 3563 943 3508 944 3484 945 3436 946 3420 947 3471 948 3408 949 3417 950 3522 951 3375 952 3418 953 3446 954 3443 955 3459 956 3408 957 3475 958 3358 959 3376 960 3407 961 3287 962 3371 963 3399 964 3368 965 3330 966 3281 967 3422 968 3286 969 3364 970 3269 971 3359 972 3415 973 3311 974 3458 975 3338 976 3437 977 3421 978 3357 979 3256 980 3370 981 3326 982 3276 983 3320 984 3287 985 3284 986 3307 987 3230 988 3160 989 3277 990 3311 991 3189 992 3176 993 3328 994 3227 995 3228 996 3262 997 3247 998 3235 999 3271 1000 3271 1001 3178 1002 3143 1003 3189 1004 3129 1005 3192 1006 3255 1007 3151 1008 3233 1009 3163 1010 3187 1011 3312 1012 3255 1013 3194 1014 3201 1015 3233 1016 3195 1017 3144 1018 3188 1019 3161 1020 3231 1021 3111 1022 3287 1023 3214 1024 3101 1025 3243 1026 3227 1027 3130 1028 3108 1029 3171 1030 3143 1031 3244 1032 3228 1033 3089 1034 3170 1035 3202 1036 3102 1037 3195 1038 3148 1039 3100 1040 3149 1041 3150 1042 3025 1043 3212 1044 3208 1045 3170 1046 3156 1047 3221 1048 3134 1049 3187 1050 3158 1051 3266 1052 3119 1053 3256 1054 3087 1055 3260 1056 3289 1057 3233 1058 3136 1059 3201 1060 3172 1061 3150 1062 3218 1063 3154 1064 3262 1065 3192 1066 3189 1067 3246 1068 3103 1069 3120 1070 3188 1071 3228 1072 3220 1073 3149 1074 3212 1075 3195 1076 3118 1077 3175 1078 3152 1079 3292 1080 3208 1081 3224 1082 3235 1083 3145 1084 3320 1085 3188 1086 3297 1087 3164 1088 3118 1089 3136 1090 3169 1091 3149 1092 3212 1093 3104 1094 3065 1095 3249 1096 3315 1097 3138 1098 3244 1099 3205 1100 3233 1101 3223 1102 3154 1103 3246 1104 3057 1105 3348 1106 3084 1107 3226 1108 3151 1109 3125 1110 3183 1111 3167 1112 3160 1113 3073 1114 3264 1115 3149 1116 3203 1117 3138 1118 3201 1119 3207 1120 3241 1121 3306 1122 3220 1123 3123 1124 3232 1125 3122 1126 3282 1127 3209 1128 3167 1129 3229 1130 3094 1131 3171 1132 3157 1133 3120 1134 3167 1135 3221 1136 3106 1137 3084 1138 3298 1139 3099 1140 3172 1141 3158 1142 3157 1143 3162 1144 3111 1145 3055 1146 3153 1147 3260 1148 3150 1149 3104 1150 3180 1151 3115 1152 3138 1153 3104 1154 3197 1155 3087 1156 3086 1157 3235 1158 3155 1159 3100 1160 3164 1161 3024 1162 3086 1163 3047 1164 3061 1165 3150 1166 3051 1167 3031 1168 3037 1169 3166 1170 3064 1171 3057 1172 3018 1173 3114 1174 3063 1175 3110 1176 3034 1177 2990 1178 2953 1179 3097 1180 3042 1181 3079 1182 2976 1183 2951 1184 2973 1185 2961 1186 3022 1187 3045 1188 2936 1189 2906 1190 2985 1191 2955 1192 2925 1193 3057 1194 2993 1195 2989 1196 2857 1197 2939 1198 2945 1199 2947 1200 2982 1201 2851 1202 2906 1203 2890 1204 2944 1205 2988 1206 2887 1207 2928 1208 2902 1209 2979 1210 2940 1211 2847 1212 2982 1213 2806 1214 2926 1215 2941 1216 2971 1217 2902 1218 2974 1219 2990 1220 3011 1221 2984 1222 2992 1223 2778 1224 2870 1225 2963 1226 2960 1227 2848 1228 2859 1229 2861 1230 2921 1231 3069 1232 2907 1233 2925 1234 2914 1235 2922 1236 2867 1237 2859 1238 2869 1239 2908 1240 2854