## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606336.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606336.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606336.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:11:30 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 216 114 108 20 1356428 292.570406 283.672462 22875332 FR 57 107 149 183 217 263 1049 2407 5285 9671 32673 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 2 22 1 23 1 24 5 25 4 26 11 27 15 28 9 29 26 30 56 31 206 32 222 33 204 34 209 35 222 36 236 37 216 38 276 39 264 40 255 41 247 42 283 43 271 44 287 45 275 46 314 47 321 48 341 49 379 50 391 51 420 52 481 53 468 54 519 55 600 56 666 57 766 58 879 59 1037 60 1285 61 1450 62 1751 63 1940 64 2220 65 2782 66 3257 67 3811 68 4595 69 5374 70 6427 71 7618 72 8815 73 10583 74 11822 75 13712 76 15949 77 18085 78 20451 79 22988 80 25793 81 29036 82 32442 83 35836 84 39201 85 42491 86 46031 87 50085 88 54406 89 58501 90 63170 91 67477 92 72012 93 76015 94 80758 95 84377 96 87449 97 90982 98 95739 99 99555 100 102571 101 105986 102 109654 103 111950 104 114878 105 116558 106 118651 107 119128 108 121677 109 123628 110 125432 111 126038 112 128050 113 128386 114 128910 115 128743 116 128440 117 128207 118 128067 119 128014 120 127301 121 127772 122 126431 123 126649 124 126273 125 125347 126 123820 127 122165 128 122006 129 119947 130 119018 131 118560 132 118082 133 116338 134 115210 135 114215 136 113077 137 110893 138 110150 139 108632 140 107582 141 106162 142 105397 143 104108 144 102177 145 101474 146 100016 147 98207 148 96599 149 95415 150 94232 151 92711 152 91750 153 90107 154 89963 155 88597 156 86812 157 85634 158 84372 159 83503 160 82232 161 81125 162 79019 163 78901 164 77720 165 76999 166 75885 167 74720 168 73271 169 72217 170 71326 171 70478 172 69203 173 68251 174 67695 175 67310 176 66128 177 65686 178 64356 179 63069 180 62252 181 61533 182 60974 183 60724 184 59265 185 58687 186 58314 187 57657 188 56641 189 55937 190 54790 191 54240 192 53748 193 53067 194 52299 195 52317 196 51715 197 51358 198 50242 199 49736 200 48504 201 48541 202 47847 203 47123 204 46667 205 46535 206 46241 207 45152 208 44442 209 43714 210 43464 211 43024 212 42669 213 41772 214 41590 215 41079 216 40310 217 40168 218 39546 219 39220 220 38521 221 38444 222 37475 223 36986 224 36944 225 36367 226 36341 227 35232 228 34986 229 34535 230 34578 231 33475 232 33468 233 33312 234 32804 235 32036 236 31812 237 31763 238 30998 239 30709 240 30223 241 29775 242 29232 243 29156 244 28258 245 28367 246 28014 247 27730 248 27266 249 26905 250 26761 251 26176 252 25830 253 25531 254 25506 255 25103 256 24835 257 24353 258 24021 259 24105 260 23697 261 23440 262 22620 263 22573 264 22269 265 21868 266 21880 267 21738 268 21320 269 21209 270 20718 271 20582 272 20141 273 20156 274 19605 275 19626 276 19307 277 19318 278 18912 279 18731 280 18464 281 18152 282 17874 283 17833 284 17331 285 17061 286 17065 287 16734 288 16684 289 16410 290 16572 291 16276 292 15976 293 15697 294 15511 295 15308 296 15389 297 14941 298 14738 299 14901 300 14508 301 14247 302 14322 303 13981 304 13681 305 13534 306 13642 307 13092 308 13332 309 12910 310 13014 311 12703 312 12612 313 12422 314 12327 315 12244 316 11946 317 12109 318 11860 319 11572 320 11529 321 11367 322 11568 323 11230 324 11139 325 10957 326 10809 327 10750 328 10576 329 10438 330 10538 331 10298 332 10169 333 10061 334 9919 335 9850 336 9882 337 9608 338 9553 339 9325 340 9510 341 9477 342 9208 343 9247 344 9183 345 8910 346 8913 347 8933 348 8605 349 8619 350 8782 351 8670 352 8424 353 8387 354 8260 355 8307 356 8124 357 7958 358 8122 359 8076 360 7839 361 7800 362 7733 363 7651 364 7706 365 7619 366 7519 367 7482 368 7321 369 7489 370 7360 371 7341 372 7351 373 7377 374 7319 375 7107 376 7240 377 7132 378 7143 379 6945 380 6934 381 6898 382 6769 383 6766 384 6765 385 6573 386 6577 387 6695 388 6796 389 6852 390 6504 391 6554 392 6332 393 6506 394 6307 395 6516 396 6377 397 6449 398 6277 399 6260 400 6218 401 6141 402 6185 403 6144 404 6044 405 6026 406 6090 407 5996 408 5941 409 5997 410 6022 411 6053 412 6016 413 6013 414 5899 415 5847 416 5726 417 5945 418 5771 419 5884 420 5838 421 5779 422 5804 423 5712 424 5729 425 5718 426 5688 427 5693 428 5418 429 5475 430 5590 431 5512 432 5564 433 5421 434 5411 435 5544 436 5289 437 5488 438 5261 439 5270 440 5221 441 5353 442 5285 443 5318 444 5200 445 5230 446 5114 447 5271 448 5199 449 5115 450 5006 451 5206 452 5175 453 5041 454 5090 455 5121 456 5020 457 5001 458 4971 459 4904 460 5012 461 4830 462 4958 463 4863 464 4990 465 4875 466 4989 467 4899 468 4880 469 4806 470 4882 471 4872 472 4990 473 4991 474 4940 475 4891 476 4910 477 4844 478 4861 479 4854 480 4780 481 4722 482 4896 483 4804 484 4822 485 4635 486 4702 487 4770 488 4804 489 4766 490 4593 491 4802 492 4586 493 4653 494 4646 495 4733 496 4761 497 4567 498 4582 499 4617 500 4538 501 4489 502 4575 503 4691 504 4670 505 4473 506 4569 507 4611 508 4372 509 4531 510 4486 511 4347 512 4450 513 4384 514 4445 515 4519 516 4609 517 4475 518 4439 519 4451 520 4586 521 4331 522 4397 523 4461 524 4396 525 4319 526 4379 527 4487 528 4280 529 4284 530 4478 531 4402 532 4399 533 4398 534 4401 535 4422 536 4440 537 4281 538 4384 539 4396 540 4414 541 4344 542 4322 543 4366 544 4501 545 4401 546 4447 547 4216 548 4315 549 4328 550 4289 551 4274 552 4433 553 4326 554 4340 555 4330 556 4360 557 4265 558 4372 559 4385 560 4313 561 4172 562 4344 563 4238 564 4290 565 4306 566 4280 567 4285 568 4264 569 4304 570 4268 571 4404 572 4378 573 4286 574 4188 575 4236 576 4327 577 4241 578 4381 579 4347 580 4321 581 4321 582 4181 583 4206 584 4301 585 4264 586 4216 587 4227 588 4242 589 4235 590 4181 591 4145 592 4317 593 4216 594 4275 595 4262 596 4164 597 4260 598 4133 599 4343 600 4248 601 4312 602 4254 603 4392 604 4314 605 4280 606 4356 607 4440 608 4255 609 4310 610 4265 611 4270 612 4182 613 4265 614 4173 615 4379 616 4376 617 4274 618 4291 619 4210 620 4205 621 4365 622 4257 623 4299 624 4257 625 4222 626 4246 627 4160 628 4224 629 4276 630 4289 631 4070 632 4224 633 4130 634 4260 635 4298 636 4061 637 4241 638 4180 639 4127 640 4158 641 4221 642 4246 643 4132 644 4173 645 4151 646 4150 647 4120 648 4207 649 4101 650 4178 651 4186 652 4033 653 4170 654 4045 655 4082 656 4154 657 4090 658 4075 659 4109 660 4148 661 4151 662 4158 663 4128 664 4062 665 4112 666 4077 667 4061 668 4132 669 4148 670 4088 671 4143 672 4112 673 4087 674 4117 675 4187 676 4050 677 4214 678 4018 679 4245 680 4058 681 4136 682 4090 683 4154 684 4125 685 4071 686 4089 687 4109 688 4015 689 4061 690 4118 691 4089 692 4183 693 4136 694 4198 695 4128 696 4139 697 4234 698 4178 699 4130 700 4129 701 4144 702 4032 703 4103 704 4086 705 4032 706 4080 707 4036 708 4141 709 4152 710 4106 711 4213 712 4070 713 4108 714 4156 715 4078 716 4129 717 4026 718 4081 719 4036 720 4139 721 4108 722 4091 723 4085 724 3952 725 4129 726 4047 727 4020 728 4064 729 4113 730 4078 731 4082 732 4130 733 4091 734 4095 735 4064 736 4127 737 4060 738 4013 739 4134 740 4186 741 4025 742 4002 743 4109 744 4024 745 4046 746 4011 747 4058 748 4083 749 4127 750 4002 751 3974 752 4058 753 4023 754 4119 755 4042 756 3988 757 4047 758 4094 759 4242 760 4064 761 3942 762 4044 763 3981 764 4032 765 4032 766 4247 767 4060 768 4017 769 4034 770 3872 771 4006 772 4028 773 3923 774 3907 775 3914 776 4062 777 3991 778 4039 779 3929 780 3953 781 3961 782 3950 783 3913 784 3952 785 4074 786 3988 787 3829 788 3934 789 4011 790 3979 791 4022 792 3919 793 3922 794 3994 795 3933 796 3831 797 3854 798 3931 799 3940 800 3934 801 3921 802 3970 803 3881 804 3922 805 3953 806 3993 807 3980 808 4147 809 3923 810 3993 811 3909 812 3943 813 3927 814 3957 815 3919 816 3951 817 3977 818 3879 819 3955 820 3922 821 3955 822 3929 823 3951 824 3888 825 4065 826 3947 827 3991 828 3982 829 4010 830 4019 831 3970 832 3950 833 4059 834 3911 835 3881 836 3963 837 4066 838 3931 839 4144 840 4095 841 4039 842 3970 843 3898 844 3993 845 4053 846 3966 847 4029 848 3925 849 3983 850 4022 851 3971 852 4033 853 4066 854 4048 855 4015 856 4033 857 3972 858 4129 859 4136 860 4091 861 4038 862 4082 863 4012 864 3904 865 3946 866 3976 867 3937 868 4018 869 4014 870 4007 871 3971 872 4078 873 4041 874 3991 875 3963 876 3951 877 3937 878 4046 879 3917 880 3949 881 3921 882 3822 883 3754 884 3802 885 3925 886 3872 887 3934 888 3815 889 3809 890 3854 891 3824 892 3785 893 3752 894 3905 895 3719 896 3803 897 3769 898 3854 899 3812 900 3780 901 3903 902 3788 903 3783 904 3848 905 3754 906 3712 907 3787 908 3785 909 3727 910 3878 911 3718 912 3848 913 3655 914 3882 915 3780 916 3778 917 3744 918 3678 919 3658 920 3710 921 3646 922 3618 923 3715 924 3624 925 3655 926 3579 927 3682 928 3661 929 3617 930 3631 931 3583 932 3539 933 3686 934 3637 935 3614 936 3639 937 3611 938 3586 939 3581 940 3641 941 3643 942 3612 943 3644 944 3648 945 3480 946 3436 947 3581 948 3612 949 3575 950 3570 951 3454 952 3593 953 3553 954 3594 955 3652 956 3611 957 3615 958 3482 959 3586 960 3639 961 3629 962 3473 963 3548 964 3604 965 3496 966 3566 967 3476 968 3533 969 3397 970 3605 971 3485 972 3498 973 3444 974 3393 975 3474 976 3428 977 3572 978 3326 979 3561 980 3494 981 3521 982 3509 983 3389 984 3456 985 3487 986 3461 987 3349 988 3393 989 3516 990 3386 991 3387 992 3435 993 3332 994 3468 995 3436 996 3365 997 3438 998 3368 999 3396 1000 3462 1001 3368 1002 3303 1003 3355 1004 3334 1005 3340 1006 3392 1007 3330 1008 3315 1009 3249 1010 3382 1011 3330 1012 3356 1013 3399 1014 3336 1015 3358 1016 3369 1017 3277 1018 3391 1019 3319 1020 3306 1021 3415 1022 3338 1023 3436 1024 3297 1025 3343 1026 3310 1027 3313 1028 3290 1029 3392 1030 3423 1031 3274 1032 3246 1033 3242 1034 3350 1035 3207 1036 3272 1037 3421 1038 3295 1039 3336 1040 3141 1041 3265 1042 3312 1043 3284 1044 3306 1045 3322 1046 3301 1047 3324 1048 3354 1049 3367 1050 3235 1051 3306 1052 3400 1053 3328 1054 3233 1055 3329 1056 3187 1057 3221 1058 3370 1059 3278 1060 3400 1061 3278 1062 3299 1063 3403 1064 3327 1065 3266 1066 3339 1067 3273 1068 3400 1069 3406 1070 3373 1071 3360 1072 3304 1073 3270 1074 3291 1075 3337 1076 3376 1077 3336 1078 3464 1079 3278 1080 3310 1081 3333 1082 3345 1083 3375 1084 3417 1085 3365 1086 3312 1087 3361 1088 3254 1089 3283 1090 3376 1091 3349 1092 3371 1093 3308 1094 3315 1095 3325 1096 3335 1097 3390 1098 3355 1099 3328 1100 3316 1101 3360 1102 3242 1103 3360 1104 3443 1105 3350 1106 3278 1107 3501 1108 3337 1109 3286 1110 3352 1111 3390 1112 3353 1113 3335 1114 3322 1115 3305 1116 3370 1117 3296 1118 3363 1119 3379 1120 3372 1121 3412 1122 3308 1123 3273 1124 3401 1125 3321 1126 3328 1127 3283 1128 3362 1129 3254 1130 3412 1131 3282 1132 3326 1133 3390 1134 3376 1135 3312 1136 3477 1137 3352 1138 3391 1139 3331 1140 3409 1141 3335 1142 3405 1143 3340 1144 3400 1145 3270 1146 3387 1147 3214 1148 3189 1149 3195 1150 3171 1151 3235 1152 3211 1153 3253 1154 3254 1155 3293 1156 3290 1157 3202 1158 3224 1159 3246 1160 3254 1161 3216 1162 3226 1163 3273 1164 3272 1165 3131 1166 3302 1167 3343 1168 3243 1169 3229 1170 3269 1171 3241 1172 3278 1173 3281 1174 3206 1175 3027 1176 3117 1177 3117 1178 3157 1179 3160 1180 3173 1181 3232 1182 3160 1183 3103 1184 2987 1185 3111 1186 3127 1187 3116 1188 3121 1189 3093 1190 3086 1191 3073 1192 3136 1193 3039 1194 3220 1195 3178 1196 3168 1197 3139 1198 3112 1199 3061 1200 3070 1201 2946 1202 3068 1203 3017 1204 3073 1205 3155 1206 3053 1207 3011 1208 3169 1209 3048 1210 3047 1211 3063 1212 3095 1213 3018 1214 3191 1215 3076 1216 3051 1217 3035 1218 3110 1219 3112 1220 3120 1221 3036 1222 3056 1223 3000 1224 3087 1225 2998 1226 3073 1227 3135 1228 3084 1229 3183 1230 3116 1231 3035 1232 3064 1233 3091 1234 3156 1235 3117 1236 3023 1237 3071 1238 3023 1239 3068 1240 3048 1241 2991 1242 3025 1243 3093 1244 3117 1245 3016 1246 2983 1247 3011 1248 3061 1249 2962 1250 2980 1251 3098 1252 2977 1253 3036 1254 3005 1255 2975 1256 3063 1257 3065 1258 2984 1259 3101 1260 3092 1261 2961 1262 2889 1263 2924 1264 3013 1265 2998 1266 2984 1267 2990 1268 2939 1269 2982 1270 2920 1271 2926 1272 3047 1273 2937 1274 2965 1275 3126 1276 2995 1277 3038 1278 2992 1279 2923 1280 2985 1281 2987 1282 2950 1283 2992 1284 2935 1285 2854 1286 2957 1287 2946 1288 2935 1289 2969 1290 2880 1291 2804 1292 2827 1293 2906 1294 2929 1295 2872 1296 2911