## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606335.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606335.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606335.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:58:42 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 212 114 105 22 1294617 284.316886 275.028918 19885651 FR 57 105 147 179 211 259 1065 2435 5365 9903 33851 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 6 24 2 25 5 26 8 27 11 28 15 29 24 30 48 31 193 32 165 33 204 34 180 35 207 36 181 37 180 38 241 39 192 40 210 41 223 42 241 43 227 44 224 45 237 46 260 47 263 48 264 49 330 50 339 51 343 52 383 53 430 54 479 55 584 56 611 57 708 58 822 59 894 60 1077 61 1293 62 1519 63 1813 64 2092 65 2492 66 2974 67 3620 68 4281 69 4927 70 6058 71 7122 72 8342 73 9726 74 11333 75 13113 76 14978 77 17054 78 19200 79 21796 80 24853 81 27904 82 30950 83 34131 84 37018 85 40989 86 43957 87 47607 88 51996 89 55849 90 59875 91 64282 92 68318 93 72182 94 76155 95 79185 96 82535 97 85751 98 88789 99 92236 100 95263 101 98642 102 101528 103 103925 104 106178 105 107660 106 108650 107 110233 108 111670 109 112172 110 113549 111 114854 112 116120 113 116166 114 116278 115 116278 116 116055 117 115170 118 114911 119 114379 120 114122 121 113706 122 113258 123 112885 124 112220 125 111034 126 109603 127 108892 128 107459 129 106425 130 105797 131 104401 132 103841 133 102447 134 101482 135 100251 136 98864 137 97756 138 95696 139 94736 140 92979 141 92273 142 91319 143 90638 144 89423 145 88070 146 87106 147 85040 148 83810 149 82170 150 81024 151 80165 152 78952 153 78078 154 77119 155 75933 156 74132 157 73146 158 72337 159 70976 160 69885 161 68715 162 68488 163 66731 164 66391 165 65570 166 64359 167 63352 168 62405 169 61615 170 60167 171 59230 172 59037 173 58150 174 57295 175 56424 176 55981 177 54892 178 53890 179 53066 180 52580 181 51939 182 51201 183 50769 184 50346 185 49479 186 48460 187 48072 188 47529 189 47010 190 45901 191 45522 192 45559 193 44435 194 44142 195 43368 196 43164 197 42527 198 41914 199 41070 200 40847 201 40382 202 39859 203 39210 204 38345 205 38598 206 37877 207 37193 208 37127 209 36441 210 35899 211 35518 212 35152 213 34554 214 34616 215 34190 216 33513 217 33476 218 32642 219 32359 220 31933 221 31448 222 31252 223 30780 224 30414 225 29611 226 29628 227 29397 228 28939 229 28614 230 28376 231 27782 232 27545 233 27140 234 26824 235 26807 236 26396 237 25583 238 25468 239 25382 240 24977 241 24277 242 24219 243 24116 244 23616 245 23348 246 23100 247 23141 248 22342 249 22287 250 21701 251 21712 252 21334 253 21024 254 20869 255 20345 256 20304 257 19912 258 19735 259 19691 260 19546 261 19097 262 18916 263 18633 264 18277 265 18071 266 18018 267 17538 268 17833 269 17260 270 16991 271 16854 272 16625 273 16339 274 16100 275 16032 276 15538 277 15547 278 15668 279 14981 280 15351 281 14914 282 14687 283 14725 284 14427 285 14181 286 13910 287 13887 288 13710 289 13514 290 13384 291 13101 292 13055 293 12863 294 12909 295 12685 296 12486 297 12407 298 12125 299 11979 300 12135 301 11870 302 11567 303 11446 304 11445 305 11129 306 11160 307 10901 308 10749 309 10697 310 10505 311 10509 312 10282 313 10365 314 10318 315 10125 316 9906 317 9958 318 9599 319 9576 320 9444 321 9434 322 9487 323 9418 324 9047 325 8901 326 9043 327 9000 328 8743 329 8764 330 8607 331 8521 332 8406 333 8314 334 8219 335 8206 336 8038 337 8071 338 7938 339 7775 340 7703 341 7781 342 7718 343 7499 344 7633 345 7415 346 7479 347 7418 348 7386 349 7249 350 7162 351 7138 352 6990 353 6862 354 6772 355 6843 356 6725 357 6620 358 6703 359 6674 360 6666 361 6544 362 6570 363 6392 364 6408 365 6404 366 6257 367 6340 368 6407 369 6341 370 6242 371 6029 372 6107 373 6150 374 6262 375 5916 376 6054 377 5898 378 5888 379 5939 380 5964 381 5881 382 5701 383 5556 384 5589 385 5689 386 5665 387 5661 388 5624 389 5499 390 5553 391 5489 392 5429 393 5448 394 5318 395 5474 396 5391 397 5317 398 5266 399 5288 400 5316 401 5290 402 5291 403 5261 404 5141 405 5235 406 5163 407 5061 408 5168 409 5209 410 5053 411 5078 412 4973 413 5120 414 4947 415 4977 416 5050 417 5038 418 4985 419 4951 420 4888 421 4910 422 4951 423 4892 424 4949 425 4773 426 4753 427 4817 428 4804 429 4721 430 4679 431 4681 432 4606 433 4662 434 4677 435 4639 436 4548 437 4557 438 4516 439 4662 440 4491 441 4474 442 4649 443 4431 444 4485 445 4471 446 4577 447 4379 448 4487 449 4415 450 4317 451 4372 452 4404 453 4351 454 4346 455 4335 456 4225 457 4331 458 4346 459 4292 460 4200 461 4215 462 4165 463 4139 464 4211 465 4252 466 4195 467 4070 468 4285 469 4208 470 4149 471 4201 472 4154 473 4180 474 4053 475 4040 476 4163 477 4230 478 4132 479 4150 480 4133 481 4104 482 4137 483 4206 484 3987 485 4047 486 4050 487 4061 488 4069 489 4037 490 3998 491 4044 492 3898 493 3987 494 3983 495 3904 496 4124 497 3945 498 3984 499 3971 500 3958 501 4053 502 3910 503 3968 504 3806 505 3908 506 3819 507 3935 508 3815 509 3868 510 3834 511 3914 512 3791 513 3849 514 3855 515 3820 516 3877 517 3811 518 3872 519 3814 520 3806 521 3813 522 3738 523 3757 524 3772 525 3708 526 3815 527 3854 528 3730 529 3749 530 3696 531 3782 532 3759 533 3810 534 3651 535 3576 536 3665 537 3803 538 3643 539 3744 540 3804 541 3738 542 3749 543 3741 544 3724 545 3786 546 3680 547 3686 548 3663 549 3727 550 3889 551 3713 552 3780 553 3674 554 3803 555 3666 556 3656 557 3684 558 3616 559 3749 560 3681 561 3761 562 3710 563 3602 564 3716 565 3704 566 3557 567 3728 568 3808 569 3704 570 3647 571 3741 572 3629 573 3650 574 3713 575 3722 576 3674 577 3735 578 3545 579 3702 580 3718 581 3654 582 3655 583 3619 584 3615 585 3659 586 3717 587 3546 588 3707 589 3761 590 3696 591 3701 592 3671 593 3615 594 3758 595 3677 596 3763 597 3538 598 3645 599 3696 600 3685 601 3711 602 3746 603 3749 604 3620 605 3711 606 3664 607 3763 608 3633 609 3671 610 3559 611 3678 612 3700 613 3796 614 3823 615 3681 616 3692 617 3670 618 3691 619 3654 620 3685 621 3642 622 3716 623 3688 624 3621 625 3711 626 3610 627 3622 628 3706 629 3588 630 3681 631 3483 632 3548 633 3579 634 3580 635 3558 636 3543 637 3482 638 3699 639 3545 640 3573 641 3526 642 3612 643 3648 644 3557 645 3532 646 3571 647 3589 648 3634 649 3553 650 3609 651 3570 652 3593 653 3594 654 3376 655 3498 656 3629 657 3572 658 3471 659 3514 660 3520 661 3554 662 3613 663 3589 664 3525 665 3583 666 3514 667 3650 668 3595 669 3579 670 3580 671 3560 672 3627 673 3517 674 3478 675 3441 676 3627 677 3549 678 3588 679 3592 680 3604 681 3597 682 3508 683 3539 684 3560 685 3516 686 3570 687 3593 688 3548 689 3547 690 3676 691 3541 692 3458 693 3477 694 3510 695 3485 696 3524 697 3598 698 3445 699 3490 700 3583 701 3576 702 3522 703 3503 704 3470 705 3513 706 3549 707 3562 708 3546 709 3585 710 3498 711 3587 712 3501 713 3576 714 3462 715 3447 716 3555 717 3577 718 3532 719 3573 720 3545 721 3691 722 3531 723 3555 724 3544 725 3562 726 3497 727 3638 728 3491 729 3584 730 3479 731 3567 732 3619 733 3535 734 3675 735 3538 736 3425 737 3403 738 3446 739 3571 740 3445 741 3505 742 3527 743 3497 744 3400 745 3565 746 3501 747 3607 748 3548 749 3505 750 3409 751 3533 752 3496 753 3544 754 3485 755 3514 756 3519 757 3512 758 3526 759 3508 760 3485 761 3491 762 3478 763 3449 764 3514 765 3534 766 3529 767 3475 768 3443 769 3464 770 3458 771 3333 772 3528 773 3518 774 3337 775 3380 776 3448 777 3415 778 3389 779 3409 780 3320 781 3566 782 3509 783 3442 784 3478 785 3380 786 3401 787 3463 788 3377 789 3417 790 3469 791 3398 792 3395 793 3319 794 3375 795 3528 796 3397 797 3351 798 3490 799 3510 800 3400 801 3329 802 3464 803 3384 804 3451 805 3445 806 3420 807 3444 808 3433 809 3492 810 3334 811 3447 812 3405 813 3360 814 3352 815 3428 816 3353 817 3338 818 3221 819 3378 820 3462 821 3414 822 3394 823 3407 824 3351 825 3459 826 3337 827 3530 828 3407 829 3406 830 3436 831 3565 832 3444 833 3448 834 3337 835 3431 836 3449 837 3467 838 3497 839 3492 840 3397 841 3442 842 3420 843 3545 844 3419 845 3470 846 3536 847 3401 848 3567 849 3505 850 3468 851 3455 852 3520 853 3445 854 3561 855 3565 856 3530 857 3505 858 3415 859 3431 860 3539 861 3421 862 3416 863 3559 864 3495 865 3429 866 3469 867 3388 868 3488 869 3467 870 3406 871 3528 872 3414 873 3388 874 3458 875 3391 876 3419 877 3414 878 3470 879 3484 880 3442 881 3348 882 3409 883 3379 884 3350 885 3445 886 3324 887 3357 888 3289 889 3335 890 3349 891 3324 892 3390 893 3266 894 3262 895 3195 896 3266 897 3275 898 3235 899 3327 900 3226 901 3303 902 3382 903 3221 904 3328 905 3240 906 3302 907 3286 908 3312 909 3271 910 3311 911 3281 912 3225 913 3273 914 3246 915 3102 916 3244 917 3238 918 3180 919 3216 920 3219 921 3203 922 3182 923 3248 924 3144 925 3233 926 3239 927 3117 928 3164 929 3189 930 3277 931 3119 932 3171 933 3198 934 3161 935 3175 936 3169 937 3109 938 3113 939 3176 940 3269 941 3134 942 3230 943 3142 944 3178 945 3132 946 3146 947 3060 948 3079 949 3157 950 3046 951 3135 952 3119 953 3073 954 3128 955 3096 956 3110 957 3055 958 3095 959 3179 960 3063 961 3039 962 3138 963 3012 964 3039 965 3080 966 3159 967 3107 968 2977 969 3068 970 3007 971 3123 972 3005 973 3042 974 3151 975 2981 976 3023 977 3049 978 2976 979 2972 980 3040 981 3021 982 2973 983 3005 984 3044 985 2965 986 2957 987 2990 988 2959 989 3025 990 2969 991 2925 992 2984 993 2956 994 2974 995 2965 996 2897 997 2952 998 2877 999 2926 1000 2934 1001 2948 1002 2853 1003 2934 1004 2942 1005 2934 1006 2951 1007 2931 1008 2972 1009 2800 1010 2913 1011 2932 1012 2876 1013 3042 1014 2923 1015 2870 1016 2898 1017 2993 1018 2881 1019 3034 1020 2922 1021 2895 1022 2859 1023 2849 1024 2828 1025 2923 1026 2827 1027 2854 1028 2874 1029 2863 1030 2844 1031 2839 1032 2770 1033 2895 1034 2883 1035 2838 1036 2821 1037 2968 1038 2771 1039 2880 1040 2904 1041 2755 1042 2775 1043 2965 1044 2827 1045 2824 1046 2814 1047 2849 1048 2883 1049 2814 1050 2958 1051 2788 1052 2870 1053 2775 1054 2888 1055 2845 1056 2924 1057 2844 1058 2781 1059 2914 1060 2806 1061 2879 1062 2858 1063 2882 1064 2849 1065 2812 1066 2784 1067 2854 1068 2812 1069 2827 1070 2856 1071 2907 1072 2822 1073 2912 1074 2862 1075 2770 1076 2919 1077 2914 1078 2828 1079 2878 1080 2812 1081 2753 1082 2836 1083 2874 1084 2931 1085 2781 1086 2852 1087 2917 1088 2883 1089 2817 1090 2840 1091 2911 1092 2927 1093 2887 1094 2902 1095 2950 1096 2897 1097 2884 1098 2903 1099 2937 1100 2867 1101 2840 1102 2883 1103 2847 1104 2893 1105 2785 1106 2838 1107 2906 1108 2923 1109 2919 1110 2888 1111 2876 1112 2772 1113 2787 1114 2805 1115 2956 1116 2890 1117 2889 1118 2751 1119 2847 1120 2880 1121 2822 1122 3051 1123 2890 1124 2794 1125 2945 1126 2937 1127 2923 1128 2860 1129 2854 1130 2964 1131 2904 1132 2869 1133 2761 1134 2940 1135 2832 1136 2854 1137 2807 1138 2817 1139 2831 1140 2822 1141 2853 1142 2809 1143 2865 1144 2892 1145 2834 1146 2764 1147 2830 1148 2871 1149 2884 1150 2803 1151 2896 1152 2824 1153 2873 1154 2770 1155 2894 1156 2835 1157 2754 1158 2794 1159 2859 1160 2803 1161 2838 1162 2814 1163 2797 1164 2715 1165 2775 1166 2773 1167 2838 1168 2830 1169 2845 1170 2790 1171 2794 1172 2735 1173 2703 1174 2812 1175 2722 1176 2739 1177 2784 1178 2636 1179 2753 1180 2750 1181 2705 1182 2738 1183 2699 1184 2729 1185 2632 1186 2644 1187 2766 1188 2691 1189 2641 1190 2742 1191 2801 1192 2638 1193 2613 1194 2708 1195 2686 1196 2728 1197 2652 1198 2721 1199 2654 1200 2703 1201 2797 1202 2641 1203 2589 1204 2645 1205 2661 1206 2640 1207 2690 1208 2719 1209 2679 1210 2638 1211 2682 1212 2581 1213 2699 1214 2775 1215 2741 1216 2695 1217 2728 1218 2636 1219 2676 1220 2671 1221 2669 1222 2668 1223 2667 1224 2708 1225 2536 1226 2668 1227 2680 1228 2640 1229 2669 1230 2710 1231 2691 1232 2813 1233 2613 1234 2727 1235 2647 1236 2726 1237 2660 1238 2545 1239 2557 1240 2561 1241 2646 1242 2712 1243 2624 1244 2670 1245 2699 1246 2669 1247 2668 1248 2709 1249 2595 1250 2704 1251 2573 1252 2670 1253 2610 1254 2619 1255 2645 1256 2559 1257 2588 1258 2620 1259 2645 1260 2600 1261 2646 1262 2673