## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606334.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606334.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606334.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 13:49:22 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 209 112 104 20 1358853 277.976176 270.481515 24264147 FR 55 103 145 179 209 255 1073 2473 5509 10285 35669 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 1 22 4 23 1 24 7 25 6 26 11 27 15 28 11 29 24 30 56 31 208 32 247 33 202 34 220 35 242 36 199 37 227 38 219 39 245 40 261 41 284 42 307 43 268 44 291 45 315 46 338 47 320 48 354 49 344 50 412 51 464 52 515 53 528 54 617 55 694 56 849 57 1045 58 1240 59 1401 60 1641 61 2049 62 2415 63 2710 64 3209 65 3828 66 4681 67 5723 68 6804 69 7950 70 9837 71 11242 72 13446 73 15555 74 17710 75 20195 76 23216 77 26556 78 29463 79 33788 80 37100 81 41859 82 46103 83 50078 84 54558 85 58919 86 63600 87 68869 88 73614 89 79279 90 83353 91 88975 92 94499 93 98675 94 102336 95 106494 96 110825 97 113272 98 117811 99 121511 100 125122 101 128722 102 131619 103 133785 104 135169 105 136897 106 137735 107 139051 108 140788 109 140717 110 142125 111 142690 112 144219 113 143903 114 142880 115 142801 116 142229 117 140622 118 140849 119 139752 120 138939 121 138040 122 137262 123 135947 124 135068 125 133650 126 131549 127 130145 128 128395 129 127567 130 125361 131 125520 132 123738 133 122555 134 120902 135 118816 136 117328 137 115368 138 113971 139 112308 140 110871 141 109539 142 108082 143 107363 144 105541 145 103372 146 101977 147 100553 148 98532 149 97597 150 96223 151 94930 152 93605 153 91711 154 90598 155 89614 156 88134 157 86495 158 85784 159 84001 160 82881 161 81454 162 81010 163 79732 164 78510 165 78092 166 76227 167 74843 168 74008 169 73127 170 71263 171 71168 172 70105 173 68827 174 67817 175 66980 176 66485 177 65628 178 64600 179 63569 180 62236 181 61917 182 61091 183 60688 184 60209 185 58892 186 58475 187 57618 188 57073 189 55871 190 55490 191 55080 192 54044 193 53497 194 52661 195 52211 196 51640 197 50666 198 50443 199 49446 200 48803 201 48293 202 47815 203 47161 204 46670 205 45598 206 45467 207 45299 208 44229 209 44001 210 43306 211 42660 212 42557 213 41555 214 41240 215 40779 216 40621 217 39718 218 39674 219 39011 220 38513 221 37720 222 37002 223 36876 224 36709 225 35967 226 35560 227 35090 228 34720 229 34107 230 33913 231 33768 232 32870 233 32351 234 32014 235 31995 236 31676 237 30994 238 30524 239 30278 240 29731 241 29637 242 29271 243 28293 244 28101 245 27879 246 27503 247 27563 248 27266 249 26429 250 26344 251 25871 252 25326 253 25236 254 24822 255 24761 256 24049 257 23804 258 23420 259 23242 260 23140 261 22956 262 22404 263 22379 264 21665 265 21275 266 21492 267 21031 268 20687 269 20613 270 20282 271 19997 272 19842 273 19462 274 19167 275 19102 276 18935 277 18604 278 18214 279 18298 280 17952 281 17666 282 17498 283 17259 284 17158 285 16830 286 16665 287 16317 288 16390 289 15955 290 15967 291 15779 292 15541 293 15298 294 15064 295 15012 296 14723 297 14607 298 14335 299 14230 300 13881 301 13888 302 13662 303 13497 304 13757 305 13075 306 13028 307 12681 308 12938 309 12635 310 12438 311 12353 312 12287 313 12058 314 11976 315 11876 316 11649 317 11515 318 11220 319 11234 320 11008 321 11152 322 10911 323 10906 324 10782 325 10451 326 10576 327 10443 328 10247 329 10185 330 10062 331 10139 332 9980 333 9677 334 9611 335 9716 336 9598 337 9408 338 9342 339 9150 340 9235 341 9248 342 8955 343 8993 344 8850 345 8786 346 8877 347 8671 348 8510 349 8439 350 8376 351 8347 352 8179 353 8303 354 8181 355 8047 356 8079 357 7858 358 7951 359 7750 360 7745 361 7534 362 7672 363 7699 364 7458 365 7490 366 7280 367 7392 368 7337 369 7288 370 7217 371 7457 372 7293 373 7004 374 7005 375 7101 376 7001 377 6958 378 6834 379 6839 380 7036 381 6753 382 6696 383 6762 384 6721 385 6515 386 6501 387 6627 388 6618 389 6403 390 6533 391 6325 392 6439 393 6317 394 6333 395 6312 396 6055 397 6206 398 6174 399 6193 400 6299 401 6037 402 6134 403 6027 404 6050 405 6011 406 6036 407 5966 408 5919 409 5852 410 5864 411 5944 412 5766 413 5922 414 6020 415 5771 416 5799 417 5654 418 5733 419 5749 420 5731 421 5744 422 5699 423 5496 424 5555 425 5677 426 5500 427 5614 428 5479 429 5511 430 5401 431 5554 432 5469 433 5543 434 5391 435 5333 436 5362 437 5341 438 5291 439 5264 440 5229 441 5151 442 5284 443 5197 444 5199 445 5257 446 5082 447 5151 448 5128 449 5155 450 4969 451 5023 452 5033 453 4932 454 5152 455 5134 456 4944 457 5025 458 4837 459 4996 460 4885 461 4992 462 4878 463 5014 464 4869 465 4958 466 4804 467 4929 468 4965 469 4935 470 4844 471 4937 472 4765 473 4890 474 5031 475 4926 476 4744 477 4770 478 4996 479 4920 480 4881 481 4748 482 4739 483 4764 484 4825 485 4741 486 4828 487 4808 488 4809 489 4701 490 4696 491 4630 492 4849 493 4761 494 4689 495 4651 496 4603 497 4597 498 4649 499 4675 500 4598 501 4774 502 4640 503 4704 504 4596 505 4570 506 4567 507 4604 508 4577 509 4498 510 4466 511 4405 512 4385 513 4478 514 4503 515 4416 516 4477 517 4509 518 4450 519 4516 520 4395 521 4483 522 4397 523 4441 524 4524 525 4382 526 4374 527 4591 528 4478 529 4579 530 4347 531 4456 532 4465 533 4277 534 4466 535 4426 536 4450 537 4374 538 4420 539 4552 540 4534 541 4473 542 4379 543 4465 544 4473 545 4311 546 4312 547 4328 548 4384 549 4215 550 4307 551 4353 552 4446 553 4369 554 4532 555 4445 556 4436 557 4257 558 4412 559 4253 560 4296 561 4371 562 4370 563 4391 564 4405 565 4497 566 4317 567 4301 568 4414 569 4312 570 4335 571 4371 572 4470 573 4336 574 4292 575 4395 576 4413 577 4314 578 4252 579 4246 580 4243 581 4191 582 4399 583 4340 584 4328 585 4276 586 4422 587 4399 588 4389 589 4383 590 4406 591 4277 592 4261 593 4312 594 4376 595 4355 596 4267 597 4348 598 4412 599 4332 600 4336 601 4304 602 4282 603 4409 604 4241 605 4418 606 4317 607 4276 608 4335 609 4346 610 4298 611 4383 612 4308 613 4386 614 4343 615 4311 616 4339 617 4291 618 4319 619 4399 620 4333 621 4229 622 4260 623 4335 624 4309 625 4273 626 4279 627 4387 628 4323 629 4216 630 4274 631 4383 632 4252 633 4098 634 4301 635 4282 636 4218 637 4294 638 4267 639 4242 640 4262 641 4134 642 4268 643 4251 644 4151 645 4219 646 4227 647 4290 648 4229 649 4139 650 4267 651 4319 652 4316 653 4155 654 4154 655 4231 656 4128 657 4190 658 4232 659 4206 660 4181 661 4005 662 4232 663 4135 664 4298 665 4179 666 4230 667 4103 668 4257 669 4144 670 4215 671 4193 672 4159 673 4238 674 4244 675 4151 676 4154 677 4281 678 4202 679 4145 680 4240 681 4192 682 4299 683 4219 684 4125 685 4196 686 4282 687 4218 688 4045 689 4214 690 4215 691 4173 692 4241 693 4120 694 4234 695 4213 696 4136 697 4174 698 4221 699 4369 700 4204 701 4133 702 4215 703 4199 704 4276 705 4245 706 4135 707 4298 708 4181 709 4164 710 4172 711 4253 712 4149 713 4148 714 4132 715 4200 716 4223 717 4355 718 4174 719 4154 720 4172 721 4218 722 4128 723 4290 724 4192 725 4284 726 4221 727 4105 728 4158 729 4171 730 4100 731 4103 732 4216 733 4036 734 4180 735 4097 736 4228 737 4051 738 4240 739 4160 740 4181 741 4178 742 4256 743 4165 744 4163 745 4092 746 4189 747 4237 748 4136 749 4227 750 4142 751 4071 752 4028 753 4083 754 4057 755 4166 756 4088 757 4159 758 4252 759 4127 760 4190 761 4170 762 4121 763 4098 764 4017 765 4207 766 4088 767 4143 768 4225 769 4158 770 4121 771 4267 772 4151 773 4061 774 4078 775 4133 776 4072 777 3999 778 4208 779 4050 780 4134 781 4111 782 4149 783 4015 784 4154 785 4067 786 4146 787 3993 788 4207 789 4171 790 4041 791 4203 792 4156 793 4131 794 4038 795 4203 796 4011 797 4141 798 3999 799 4110 800 4057 801 4131 802 4029 803 4009 804 4094 805 4016 806 4136 807 4043 808 4001 809 4126 810 4104 811 4027 812 3990 813 4067 814 4022 815 4066 816 4062 817 3983 818 3958 819 4074 820 4153 821 4170 822 4097 823 4000 824 4134 825 3969 826 4015 827 4030 828 4028 829 4080 830 4113 831 4103 832 4069 833 4069 834 4146 835 4095 836 4218 837 4118 838 4216 839 4150 840 4108 841 4116 842 4120 843 4135 844 4152 845 4117 846 4169 847 4103 848 4204 849 4167 850 4172 851 4150 852 4137 853 4192 854 4273 855 4113 856 4211 857 4248 858 4168 859 4161 860 4156 861 4188 862 4161 863 4148 864 4208 865 4061 866 4184 867 4040 868 4236 869 4083 870 4091 871 4015 872 4027 873 4112 874 3957 875 4067 876 4214 877 4111 878 4038 879 4125 880 4020 881 4098 882 3977 883 4060 884 4149 885 4076 886 4070 887 3906 888 3993 889 4150 890 3964 891 4062 892 3980 893 3996 894 3887 895 3929 896 3937 897 3998 898 3997 899 3999 900 4026 901 3898 902 3949 903 3908 904 3901 905 3936 906 3905 907 4019 908 3859 909 3878 910 3913 911 3898 912 4088 913 3896 914 3770 915 3884 916 3845 917 3845 918 3769 919 3866 920 3749 921 3894 922 3849 923 3791 924 3897 925 3888 926 3811 927 3708 928 3852 929 3815 930 3867 931 3745 932 3850 933 3861 934 3862 935 3802 936 3853 937 3663 938 3756 939 3753 940 3779 941 3777 942 3753 943 3784 944 3720 945 3759 946 3846 947 3844 948 3750 949 3765 950 3657 951 3642 952 3779 953 3728 954 3742 955 3721 956 3691 957 3694 958 3613 959 3681 960 3666 961 3662 962 3607 963 3656 964 3664 965 3630 966 3636 967 3765 968 3685 969 3715 970 3547 971 3676 972 3547 973 3707 974 3604 975 3537 976 3703 977 3575 978 3608 979 3597 980 3464 981 3536 982 3505 983 3624 984 3539 985 3633 986 3544 987 3444 988 3647 989 3558 990 3594 991 3524 992 3526 993 3443 994 3552 995 3494 996 3436 997 3580 998 3447 999 3578 1000 3571 1001 3497 1002 3458 1003 3540 1004 3402 1005 3516 1006 3569 1007 3478 1008 3562 1009 3586 1010 3479 1011 3426 1012 3496 1013 3398 1014 3526 1015 3451 1016 3440 1017 3449 1018 3441 1019 3460 1020 3425 1021 3508 1022 3455 1023 3416 1024 3452 1025 3548 1026 3507 1027 3486 1028 3316 1029 3404 1030 3569 1031 3440 1032 3414 1033 3385 1034 3435 1035 3418 1036 3437 1037 3432 1038 3271 1039 3366 1040 3429 1041 3419 1042 3473 1043 3509 1044 3341 1045 3443 1046 3406 1047 3437 1048 3453 1049 3426 1050 3359 1051 3361 1052 3434 1053 3429 1054 3493 1055 3442 1056 3419 1057 3521 1058 3475 1059 3409 1060 3453 1061 3388 1062 3433 1063 3412 1064 3518 1065 3377 1066 3455 1067 3399 1068 3452 1069 3350 1070 3501 1071 3526 1072 3466 1073 3399 1074 3370 1075 3356 1076 3400 1077 3420 1078 3539 1079 3342 1080 3372 1081 3401 1082 3506 1083 3384 1084 3423 1085 3442 1086 3420 1087 3529 1088 3455 1089 3445 1090 3366 1091 3508 1092 3411 1093 3443 1094 3512 1095 3513 1096 3505 1097 3400 1098 3386 1099 3527 1100 3476 1101 3572 1102 3533 1103 3463 1104 3334 1105 3481 1106 3411 1107 3501 1108 3462 1109 3470 1110 3517 1111 3524 1112 3431 1113 3486 1114 3434 1115 3371 1116 3425 1117 3455 1118 3355 1119 3408 1120 3462 1121 3515 1122 3502 1123 3452 1124 3478 1125 3347 1126 3407 1127 3465 1128 3386 1129 3491 1130 3498 1131 3440 1132 3541 1133 3458 1134 3445 1135 3526 1136 3366 1137 3485 1138 3374 1139 3461 1140 3519 1141 3410 1142 3343 1143 3435 1144 3546 1145 3453 1146 3438 1147 3424 1148 3477 1149 3355 1150 3431 1151 3405 1152 3289 1153 3447 1154 3361 1155 3373 1156 3335 1157 3501 1158 3439 1159 3408 1160 3297 1161 3386 1162 3387 1163 3320 1164 3321 1165 3342 1166 3433 1167 3297 1168 3369 1169 3297 1170 3325 1171 3318 1172 3349 1173 3333 1174 3246 1175 3326 1176 3271 1177 3346 1178 3315 1179 3362 1180 3285 1181 3269 1182 3270 1183 3252 1184 3313 1185 3245 1186 3240 1187 3194 1188 3252 1189 3189 1190 3162 1191 3237 1192 3197 1193 3168 1194 3180 1195 3197 1196 3207 1197 3231 1198 3198 1199 3310 1200 3138 1201 3219 1202 3204 1203 3191 1204 3231 1205 3323 1206 3210 1207 3206 1208 3129 1209 3222 1210 3237 1211 3122 1212 3125 1213 3188 1214 3267 1215 3289 1216 3211 1217 3152 1218 3220 1219 3161 1220 3316 1221 3216 1222 3169 1223 3208 1224 3215 1225 3204 1226 3114 1227 3109 1228 3262 1229 3253 1230 3236 1231 3289 1232 3168 1233 3221 1234 3268 1235 3208 1236 3206 1237 3250 1238 3232 1239 3164 1240 3214 1241 3182 1242 3178 1243 3366 1244 3252 1245 3128 1246 3179 1247 3162 1248 3198 1249 3176