## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606333.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606333.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606333.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:33:05 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 114 100 21 1636884 267.536996 257.902488 21505571 FR 53 101 139 171 201 245 1067 2477 5539 10415 36191 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 22 2 23 3 24 4 25 3 26 5 27 8 28 14 29 21 30 48 31 202 32 180 33 182 34 190 35 188 36 178 37 194 38 205 39 211 40 225 41 217 42 237 43 245 44 225 45 247 46 249 47 296 48 307 49 350 50 389 51 411 52 443 53 516 54 556 55 681 56 764 57 916 58 1078 59 1253 60 1509 61 1787 62 2196 63 2477 64 3005 65 3595 66 4282 67 5250 68 6026 69 7382 70 8851 71 10489 72 12384 73 14382 74 16500 75 18809 76 21640 77 24454 78 27546 79 31194 80 34514 81 38596 82 42799 83 47180 84 51511 85 54563 86 59251 87 64093 88 68931 89 73068 90 77363 91 82665 92 87464 93 91519 94 96051 95 98880 96 102494 97 105939 98 109114 99 112363 100 115826 101 118915 102 121563 103 123259 104 125206 105 126305 106 127280 107 128479 108 129243 109 130092 110 130590 111 131718 112 132007 113 131259 114 132272 115 131351 116 130818 117 129343 118 128944 119 127968 120 127426 121 126416 122 125423 123 124634 124 123618 125 122073 126 120554 127 118528 128 117767 129 115554 130 114610 131 113763 132 112511 133 111163 134 109398 135 108549 136 107059 137 104939 138 102616 139 100915 140 100392 141 98675 142 97932 143 96768 144 95137 145 93259 146 92462 147 90146 148 88459 149 87336 150 85818 151 84442 152 83561 153 82019 154 81221 155 79758 156 78166 157 77002 158 76131 159 74714 160 73821 161 71982 162 71066 163 69849 164 69101 165 67979 166 67219 167 65699 168 64703 169 63789 170 62821 171 61897 172 61334 173 60681 174 59460 175 58885 176 57767 177 56979 178 56149 179 54797 180 54280 181 53422 182 52965 183 52370 184 51607 185 51236 186 50404 187 49951 188 49160 189 48535 190 47150 191 47362 192 46761 193 45657 194 45350 195 45084 196 43987 197 43567 198 43220 199 42260 200 42023 201 41548 202 40933 203 40223 204 39819 205 39220 206 38925 207 38408 208 38157 209 37545 210 36985 211 36774 212 35621 213 35312 214 35217 215 34635 216 34634 217 33609 218 33111 219 32911 220 32338 221 32086 222 31622 223 31362 224 30537 225 30324 226 30012 227 29628 228 29336 229 29214 230 28480 231 28225 232 27501 233 27498 234 26940 235 26556 236 26178 237 25850 238 25666 239 25233 240 25076 241 24425 242 24465 243 23965 244 23347 245 23525 246 23096 247 23136 248 22785 249 22441 250 21776 251 21749 252 21365 253 21316 254 20774 255 20454 256 20222 257 19979 258 19643 259 19554 260 19490 261 18913 262 18725 263 18708 264 18448 265 17987 266 17986 267 17512 268 17264 269 17056 270 16816 271 16756 272 16668 273 16398 274 16127 275 15794 276 15478 277 15509 278 15083 279 15227 280 14997 281 14788 282 14585 283 14324 284 13959 285 14111 286 14054 287 13608 288 13416 289 13344 290 13161 291 13002 292 12877 293 12781 294 12705 295 12469 296 12501 297 12149 298 11947 299 11886 300 11720 301 11793 302 11317 303 11514 304 11263 305 11053 306 11093 307 10824 308 10816 309 10638 310 10419 311 10436 312 9982 313 9976 314 10133 315 9740 316 9741 317 9629 318 9589 319 9376 320 9306 321 9371 322 9324 323 9045 324 9112 325 8917 326 8798 327 8589 328 8553 329 8457 330 8499 331 8144 332 8369 333 8336 334 8259 335 8034 336 7842 337 7884 338 7765 339 7865 340 7743 341 7584 342 7522 343 7451 344 7462 345 7328 346 7213 347 7167 348 7277 349 6917 350 7052 351 7105 352 6885 353 6894 354 6788 355 6618 356 6658 357 6822 358 6570 359 6772 360 6466 361 6430 362 6284 363 6368 364 6426 365 6267 366 6237 367 6214 368 5998 369 6079 370 6002 371 6009 372 5986 373 6111 374 6115 375 6014 376 5750 377 5918 378 5914 379 5871 380 5807 381 5687 382 5794 383 5740 384 5598 385 5751 386 5680 387 5447 388 5615 389 5566 390 5365 391 5526 392 5548 393 5522 394 5271 395 5474 396 5378 397 5237 398 5424 399 5272 400 5361 401 5353 402 5383 403 5264 404 5226 405 5222 406 5195 407 5216 408 5134 409 5158 410 5131 411 5210 412 5020 413 4929 414 4994 415 4969 416 5019 417 5105 418 4992 419 4981 420 4961 421 4984 422 4845 423 4830 424 4763 425 4871 426 4757 427 4816 428 4771 429 4747 430 4747 431 4809 432 4737 433 4559 434 4610 435 4605 436 4637 437 4635 438 4612 439 4603 440 4596 441 4505 442 4549 443 4450 444 4511 445 4500 446 4462 447 4451 448 4376 449 4510 450 4482 451 4374 452 4392 453 4422 454 4454 455 4231 456 4269 457 4349 458 4291 459 4345 460 4247 461 4449 462 4319 463 4249 464 4295 465 4177 466 4284 467 4281 468 4268 469 4213 470 4249 471 4324 472 4229 473 4199 474 4176 475 4169 476 4130 477 4192 478 4120 479 4346 480 4130 481 4209 482 4295 483 4217 484 4152 485 4113 486 4069 487 4224 488 4152 489 4103 490 4106 491 4074 492 4196 493 4017 494 4024 495 4005 496 4150 497 4085 498 4032 499 3942 500 4041 501 3919 502 3936 503 4009 504 3940 505 4039 506 4037 507 3954 508 3956 509 3955 510 3917 511 3819 512 3867 513 3916 514 3891 515 3916 516 4049 517 3958 518 3914 519 3916 520 3892 521 3913 522 3992 523 4014 524 3819 525 3919 526 3837 527 3938 528 3975 529 3929 530 3896 531 3896 532 3786 533 4077 534 3885 535 3820 536 3859 537 3926 538 3830 539 3898 540 3863 541 3855 542 3940 543 3917 544 3845 545 3892 546 3808 547 3890 548 3890 549 3796 550 3981 551 3882 552 3878 553 3846 554 3861 555 3940 556 3855 557 3802 558 3772 559 4017 560 3855 561 3804 562 3845 563 3725 564 3833 565 3845 566 3825 567 3751 568 3762 569 3873 570 3736 571 3794 572 3747 573 3718 574 3872 575 3762 576 3837 577 3776 578 3809 579 3768 580 3780 581 3876 582 3766 583 3778 584 3857 585 3808 586 3884 587 3847 588 3766 589 3864 590 3833 591 3909 592 3730 593 3834 594 3827 595 3672 596 3792 597 3779 598 3777 599 3785 600 3729 601 3886 602 3791 603 3820 604 3807 605 3840 606 3788 607 3770 608 3775 609 3831 610 3794 611 3885 612 3870 613 3767 614 3813 615 3717 616 3781 617 3772 618 3779 619 3820 620 3699 621 3824 622 3865 623 3725 624 3683 625 3719 626 3811 627 3729 628 3756 629 3851 630 3774 631 3669 632 3777 633 3852 634 3700 635 3740 636 3771 637 3699 638 3717 639 3684 640 3649 641 3593 642 3655 643 3691 644 3736 645 3638 646 3641 647 3713 648 3667 649 3655 650 3584 651 3767 652 3641 653 3720 654 3628 655 3725 656 3654 657 3618 658 3545 659 3627 660 3686 661 3573 662 3608 663 3686 664 3763 665 3612 666 3669 667 3694 668 3619 669 3737 670 3657 671 3721 672 3602 673 3675 674 3640 675 3756 676 3672 677 3721 678 3647 679 3601 680 3634 681 3640 682 3623 683 3755 684 3584 685 3613 686 3625 687 3690 688 3760 689 3582 690 3583 691 3519 692 3631 693 3676 694 3639 695 3760 696 3601 697 3667 698 3786 699 3674 700 3735 701 3650 702 3660 703 3623 704 3692 705 3686 706 3799 707 3645 708 3714 709 3680 710 3610 711 3679 712 3580 713 3733 714 3791 715 3704 716 3717 717 3678 718 3573 719 3707 720 3677 721 3771 722 3720 723 3760 724 3723 725 3616 726 3642 727 3659 728 3708 729 3739 730 3748 731 3697 732 3622 733 3693 734 3686 735 3632 736 3639 737 3484 738 3631 739 3628 740 3671 741 3573 742 3639 743 3496 744 3638 745 3731 746 3656 747 3638 748 3583 749 3642 750 3622 751 3675 752 3555 753 3755 754 3727 755 3609 756 3706 757 3665 758 3593 759 3612 760 3668 761 3751 762 3709 763 3614 764 3588 765 3647 766 3595 767 3606 768 3624 769 3544 770 3617 771 3599 772 3632 773 3709 774 3514 775 3703 776 3606 777 3582 778 3621 779 3559 780 3543 781 3657 782 3484 783 3520 784 3534 785 3552 786 3636 787 3501 788 3599 789 3513 790 3540 791 3618 792 3600 793 3541 794 3560 795 3663 796 3499 797 3490 798 3643 799 3641 800 3574 801 3530 802 3588 803 3611 804 3420 805 3547 806 3627 807 3637 808 3652 809 3468 810 3642 811 3544 812 3507 813 3628 814 3619 815 3568 816 3551 817 3553 818 3576 819 3623 820 3678 821 3619 822 3553 823 3596 824 3632 825 3568 826 3588 827 3538 828 3581 829 3543 830 3567 831 3540 832 3593 833 3576 834 3626 835 3592 836 3526 837 3621 838 3497 839 3634 840 3677 841 3524 842 3618 843 3650 844 3698 845 3711 846 3635 847 3699 848 3558 849 3682 850 3683 851 3772 852 3704 853 3666 854 3654 855 3612 856 3728 857 3692 858 3816 859 3619 860 3598 861 3689 862 3634 863 3623 864 3618 865 3595 866 3646 867 3701 868 3561 869 3627 870 3588 871 3590 872 3614 873 3551 874 3552 875 3549 876 3523 877 3587 878 3607 879 3553 880 3541 881 3505 882 3447 883 3526 884 3627 885 3507 886 3479 887 3505 888 3558 889 3515 890 3491 891 3521 892 3458 893 3528 894 3475 895 3493 896 3353 897 3513 898 3541 899 3570 900 3473 901 3396 902 3477 903 3478 904 3421 905 3476 906 3511 907 3437 908 3510 909 3336 910 3500 911 3568 912 3507 913 3417 914 3384 915 3346 916 3371 917 3421 918 3328 919 3464 920 3381 921 3487 922 3348 923 3379 924 3428 925 3297 926 3344 927 3337 928 3349 929 3460 930 3343 931 3431 932 3265 933 3454 934 3344 935 3288 936 3353 937 3317 938 3406 939 3429 940 3369 941 3263 942 3252 943 3337 944 3365 945 3377 946 3303 947 3214 948 3313 949 3298 950 3263 951 3339 952 3309 953 3289 954 3307 955 3285 956 3224 957 3355 958 3237 959 3295 960 3274 961 3183 962 3176 963 3229 964 3180 965 3224 966 3293 967 3300 968 3204 969 3223 970 3192 971 3182 972 3224 973 3179 974 3184 975 3209 976 3157 977 3259 978 3187 979 3115 980 3200 981 3131 982 3184 983 3166 984 3190 985 3219 986 3083 987 3147 988 3064 989 3066 990 3067 991 3158 992 3141 993 3037 994 3083 995 3078 996 3120 997 3096 998 3137 999 3074 1000 3081 1001 3039 1002 3150 1003 3085 1004 3157 1005 3204 1006 3179 1007 3082 1008 3031 1009 3059 1010 3156 1011 3099 1012 3118 1013 3151 1014 3028 1015 2967 1016 3078 1017 3121 1018 3004 1019 3019 1020 2995 1021 3022 1022 2967 1023 3043 1024 2983 1025 3044 1026 2967 1027 3075 1028 3039 1029 3106 1030 3066 1031 2928 1032 2970 1033 3015 1034 3065 1035 3024 1036 2988 1037 3018 1038 3011 1039 3085 1040 2961 1041 2995 1042 3054 1043 3064 1044 3131 1045 2968 1046 3020 1047 3001 1048 3106 1049 3068 1050 3104 1051 3006 1052 3029 1053 2960 1054 3042 1055 2983 1056 2976 1057 2893 1058 2967 1059 2953 1060 2962 1061 2997 1062 2954 1063 3034 1064 3029 1065 3045 1066 2965 1067 2989 1068 3054 1069 3052 1070 3112 1071 3037 1072 3012 1073 3051 1074 2959 1075 2975 1076 2954 1077 3014 1078 3088 1079 2964 1080 2960 1081 3016 1082 3000 1083 3008 1084 2932 1085 3023 1086 2888 1087 3148 1088 3028 1089 2969 1090 2994 1091 3154 1092 2963 1093 3036 1094 3031 1095 3033 1096 3090 1097 2973 1098 3016 1099 3049 1100 3040 1101 3127 1102 3012 1103 3037 1104 3109 1105 3085 1106 3017 1107 3023 1108 3022 1109 2959 1110 3117 1111 3063 1112 3172 1113 3098 1114 3057 1115 3048 1116 2959 1117 3052 1118 3143 1119 2974 1120 3073 1121 3031 1122 3070 1123 2968 1124 3071 1125 3015 1126 3052 1127 3026 1128 3063 1129 3008 1130 3047 1131 3098 1132 3105 1133 2988 1134 3001 1135 3021 1136 3035 1137 2975 1138 3016 1139 2995 1140 3079 1141 3050 1142 2941 1143 3018 1144 3061 1145 3037 1146 3065 1147 2937 1148 2920 1149 3057 1150 3030 1151 3044 1152 3023 1153 2894 1154 2961 1155 3002 1156 2971 1157 2939 1158 2948 1159 2920 1160 2892 1161 2937 1162 2910 1163 2870 1164 2937 1165 2920 1166 2932 1167 2869 1168 2937 1169 2966 1170 2795 1171 2947 1172 2833 1173 2951 1174 2835 1175 2860 1176 2859 1177 2905 1178 2883 1179 2852 1180 2871 1181 2811 1182 2870 1183 2878 1184 2853 1185 2994 1186 2871 1187 2915 1188 2795 1189 2826 1190 2750 1191 2880 1192 2856 1193 2824 1194 2875 1195 2846 1196 2823 1197 2835 1198 2909 1199 2793 1200 2743 1201 2836 1202 2861 1203 2888 1204 2800