## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606332.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606332.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606332.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 00:54:08 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 209 113 104 20 1294613 276.706436 269.913551 26703883 FR 55 105 145 177 209 255 1125 2573 5767 10921 38195 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 20 1 21 2 22 5 23 2 24 8 25 4 26 14 27 13 28 14 29 29 30 65 31 201 32 226 33 235 34 226 35 233 36 237 37 244 38 257 39 259 40 301 41 261 42 265 43 293 44 280 45 322 46 321 47 376 48 355 49 381 50 444 51 516 52 600 53 574 54 683 55 821 56 903 57 1161 58 1359 59 1578 60 1869 61 2180 62 2724 63 3061 64 3551 65 4284 66 5076 67 5997 68 7020 69 8628 70 10175 71 11989 72 13973 73 16192 74 18841 75 21252 76 24207 77 27744 78 31325 79 35440 80 39114 81 44054 82 48887 83 53199 84 58232 85 62718 86 67821 87 72981 88 78835 89 84130 90 90304 91 95197 92 101207 93 106947 94 111722 95 115776 96 120322 97 123785 98 128092 99 131914 100 136784 101 139920 102 142856 103 145863 104 148863 105 150490 106 151693 107 152446 108 153701 109 154848 110 156210 111 156853 112 157921 113 158438 114 157434 115 157253 116 157478 117 155412 118 155731 119 153167 120 153834 121 153125 122 151171 123 150311 124 149834 125 148474 126 146571 127 144411 128 142675 129 141221 130 139844 131 138177 132 136956 133 135823 134 133803 135 132729 136 131076 137 128721 138 126455 139 124586 140 122395 141 121556 142 119719 143 118442 144 116766 145 115139 146 112998 147 111718 148 109344 149 108123 150 106278 151 104922 152 103352 153 102208 154 100971 155 99565 156 97411 157 95947 158 94389 159 92634 160 91922 161 90225 162 88652 163 88137 164 86527 165 85512 166 84408 167 82683 168 81693 169 80293 170 78714 171 78524 172 77352 173 75940 174 74658 175 74442 176 72981 177 71940 178 70860 179 69881 180 68883 181 67839 182 67709 183 66173 184 65527 185 65115 186 64217 187 63209 188 62107 189 61865 190 60716 191 60529 192 59517 193 58931 194 57828 195 57437 196 56815 197 56037 198 54805 199 54492 200 53655 201 53116 202 52039 203 51562 204 51426 205 50567 206 50079 207 49360 208 48856 209 48094 210 47455 211 46792 212 46168 213 45899 214 45542 215 44962 216 44520 217 43639 218 42924 219 42464 220 42092 221 41660 222 40590 223 40597 224 39627 225 39283 226 39159 227 38437 228 38083 229 37650 230 36763 231 36721 232 36293 233 35503 234 34797 235 34502 236 34385 237 33769 238 33245 239 33295 240 32638 241 32272 242 31556 243 31710 244 30867 245 30122 246 30002 247 29812 248 29620 249 29134 250 28614 251 28063 252 27911 253 27335 254 26960 255 26729 256 26151 257 25840 258 25887 259 25443 260 25049 261 25033 262 24359 263 24176 264 23809 265 23407 266 22993 267 22728 268 22766 269 22459 270 22315 271 21762 272 21586 273 21247 274 20954 275 20824 276 20505 277 20428 278 19987 279 19880 280 19554 281 19277 282 18925 283 18778 284 18662 285 18359 286 17953 287 17961 288 17649 289 17568 290 17252 291 17125 292 16789 293 16409 294 16528 295 16156 296 15772 297 15607 298 15839 299 15291 300 15328 301 15215 302 14840 303 14616 304 14514 305 14529 306 14268 307 13988 308 13991 309 13592 310 13648 311 13313 312 13324 313 13007 314 12973 315 12991 316 12877 317 12686 318 12354 319 12321 320 12085 321 12072 322 12054 323 11703 324 11545 325 11483 326 11496 327 11200 328 11106 329 11066 330 10950 331 10758 332 10671 333 10554 334 10401 335 10435 336 10220 337 10355 338 9823 339 10186 340 9942 341 9967 342 9685 343 9491 344 9612 345 9360 346 9309 347 9321 348 9219 349 9137 350 9066 351 8958 352 8743 353 8590 354 8805 355 8757 356 8439 357 8497 358 8578 359 8307 360 8251 361 8159 362 8257 363 8231 364 8153 365 7945 366 8029 367 7885 368 7836 369 7837 370 7808 371 7650 372 7683 373 7704 374 7603 375 7495 376 7626 377 7338 378 7484 379 7414 380 7340 381 7253 382 7270 383 7137 384 7146 385 7120 386 7132 387 7021 388 6947 389 6906 390 6981 391 6772 392 6786 393 6849 394 6740 395 6817 396 6742 397 6672 398 6700 399 6607 400 6606 401 6732 402 6527 403 6380 404 6488 405 6351 406 6512 407 6434 408 6341 409 6332 410 6158 411 6348 412 6307 413 6205 414 6196 415 6303 416 6162 417 6145 418 6163 419 6110 420 6148 421 6101 422 5976 423 5991 424 6123 425 6102 426 5875 427 5953 428 5831 429 5976 430 5783 431 5796 432 5818 433 5750 434 5639 435 5711 436 5643 437 5758 438 5603 439 5743 440 5598 441 5555 442 5591 443 5606 444 5554 445 5539 446 5453 447 5553 448 5346 449 5442 450 5467 451 5438 452 5491 453 5365 454 5483 455 5501 456 5282 457 5284 458 5470 459 5217 460 5348 461 5272 462 5301 463 5377 464 5263 465 5274 466 5160 467 5241 468 5168 469 5190 470 5101 471 5171 472 5158 473 5246 474 5137 475 5159 476 5170 477 5053 478 5185 479 5132 480 5171 481 5158 482 5104 483 5041 484 4977 485 5015 486 5012 487 5105 488 5156 489 4945 490 5041 491 5009 492 5039 493 5046 494 4986 495 4992 496 4977 497 5007 498 4980 499 5005 500 4934 501 4715 502 4894 503 4838 504 4816 505 4800 506 4841 507 4949 508 4804 509 4888 510 4799 511 4853 512 4855 513 4710 514 4692 515 4756 516 4853 517 4723 518 4831 519 4791 520 4800 521 4718 522 4638 523 4828 524 4689 525 4798 526 4765 527 4758 528 4625 529 4654 530 4799 531 4764 532 4640 533 4734 534 4864 535 4838 536 4636 537 4741 538 4720 539 4726 540 4689 541 4695 542 4688 543 4639 544 4702 545 4703 546 4731 547 4702 548 4658 549 4615 550 4622 551 4688 552 4749 553 4718 554 4751 555 4687 556 4684 557 4709 558 4639 559 4731 560 4541 561 4581 562 4550 563 4629 564 4659 565 4697 566 4640 567 4547 568 4551 569 4486 570 4585 571 4628 572 4496 573 4580 574 4599 575 4635 576 4672 577 4595 578 4561 579 4684 580 4487 581 4567 582 4720 583 4629 584 4623 585 4612 586 4662 587 4682 588 4649 589 4699 590 4550 591 4639 592 4648 593 4469 594 4675 595 4551 596 4729 597 4607 598 4587 599 4619 600 4508 601 4717 602 4540 603 4683 604 4794 605 4647 606 4496 607 4647 608 4551 609 4776 610 4642 611 4585 612 4643 613 4581 614 4586 615 4553 616 4622 617 4650 618 4590 619 4630 620 4528 621 4724 622 4701 623 4483 624 4518 625 4630 626 4635 627 4629 628 4579 629 4584 630 4554 631 4570 632 4609 633 4546 634 4713 635 4521 636 4574 637 4449 638 4436 639 4478 640 4607 641 4552 642 4553 643 4413 644 4431 645 4468 646 4534 647 4416 648 4446 649 4445 650 4441 651 4578 652 4388 653 4423 654 4384 655 4424 656 4420 657 4540 658 4574 659 4577 660 4444 661 4398 662 4514 663 4501 664 4468 665 4526 666 4555 667 4447 668 4347 669 4452 670 4428 671 4477 672 4383 673 4445 674 4535 675 4552 676 4502 677 4510 678 4504 679 4418 680 4422 681 4393 682 4523 683 4465 684 4529 685 4444 686 4476 687 4569 688 4459 689 4364 690 4381 691 4605 692 4624 693 4526 694 4406 695 4530 696 4599 697 4404 698 4497 699 4493 700 4609 701 4499 702 4502 703 4493 704 4437 705 4409 706 4612 707 4458 708 4357 709 4481 710 4418 711 4450 712 4504 713 4438 714 4508 715 4499 716 4417 717 4444 718 4396 719 4479 720 4471 721 4536 722 4551 723 4489 724 4379 725 4253 726 4475 727 4468 728 4477 729 4464 730 4524 731 4373 732 4444 733 4515 734 4430 735 4371 736 4513 737 4386 738 4427 739 4482 740 4491 741 4407 742 4286 743 4431 744 4440 745 4354 746 4633 747 4499 748 4465 749 4461 750 4395 751 4478 752 4499 753 4482 754 4423 755 4492 756 4516 757 4465 758 4410 759 4364 760 4454 761 4436 762 4512 763 4393 764 4438 765 4447 766 4477 767 4391 768 4406 769 4241 770 4411 771 4546 772 4322 773 4447 774 4444 775 4358 776 4455 777 4421 778 4448 779 4401 780 4441 781 4432 782 4344 783 4423 784 4435 785 4453 786 4390 787 4420 788 4459 789 4297 790 4391 791 4462 792 4470 793 4351 794 4327 795 4371 796 4433 797 4338 798 4363 799 4441 800 4346 801 4408 802 4484 803 4258 804 4383 805 4458 806 4418 807 4429 808 4436 809 4361 810 4314 811 4329 812 4325 813 4392 814 4364 815 4409 816 4454 817 4365 818 4342 819 4272 820 4371 821 4399 822 4562 823 4354 824 4305 825 4348 826 4337 827 4379 828 4422 829 4361 830 4551 831 4388 832 4436 833 4547 834 4346 835 4545 836 4446 837 4515 838 4410 839 4357 840 4401 841 4480 842 4504 843 4441 844 4448 845 4387 846 4415 847 4469 848 4450 849 4518 850 4505 851 4580 852 4409 853 4446 854 4440 855 4492 856 4540 857 4557 858 4500 859 4505 860 4510 861 4423 862 4487 863 4344 864 4393 865 4327 866 4370 867 4432 868 4500 869 4545 870 4508 871 4463 872 4442 873 4312 874 4444 875 4370 876 4493 877 4393 878 4464 879 4351 880 4390 881 4398 882 4485 883 4380 884 4388 885 4365 886 4355 887 4396 888 4254 889 4273 890 4260 891 4309 892 4344 893 4241 894 4276 895 4336 896 4411 897 4365 898 4340 899 4443 900 4360 901 4281 902 4336 903 4392 904 4185 905 4245 906 4373 907 4182 908 4247 909 4287 910 4243 911 4332 912 4281 913 4195 914 4232 915 4251 916 4292 917 4160 918 4147 919 4159 920 4210 921 4360 922 4190 923 4204 924 4145 925 4181 926 4141 927 4209 928 4270 929 4187 930 4195 931 4192 932 4170 933 4126 934 4171 935 4186 936 4057 937 4116 938 4116 939 4150 940 4087 941 3933 942 4089 943 4118 944 4179 945 4150 946 4097 947 4211 948 3957 949 4038 950 4086 951 4150 952 4195 953 4073 954 4076 955 4150 956 3934 957 4119 958 4156 959 4044 960 4023 961 3851 962 3993 963 4054 964 3833 965 3914 966 3984 967 3881 968 4035 969 3951 970 3918 971 4025 972 4031 973 3991 974 3894 975 3969 976 3946 977 3953 978 3948 979 3912 980 3895 981 3892 982 3867 983 3906 984 3950 985 3843 986 3774 987 3911 988 3821 989 3907 990 3949 991 3805 992 3964 993 3755 994 3889 995 3789 996 3795 997 3830 998 3780 999 3881 1000 3819 1001 3904 1002 3813 1003 3831 1004 3857 1005 3707 1006 3771 1007 3861 1008 3833 1009 3782 1010 3769 1011 3856 1012 3812 1013 3923 1014 3857 1015 3836 1016 3877 1017 3738 1018 3724 1019 3766 1020 3849 1021 3760 1022 3875 1023 3755 1024 3768 1025 3735 1026 3857 1027 3744 1028 3739 1029 3729 1030 3788 1031 3680 1032 3750 1033 3840 1034 3737 1035 3728 1036 3785 1037 3799 1038 3649 1039 3790 1040 3824 1041 3750 1042 3720 1043 3734 1044 3615 1045 3758 1046 3728 1047 3771 1048 3802 1049 3826 1050 3757 1051 3859 1052 3802 1053 3794 1054 3733 1055 3836 1056 3645 1057 3676 1058 3834 1059 3775 1060 3656 1061 3796 1062 3855 1063 3775 1064 3719 1065 3800 1066 3747 1067 3716 1068 3747 1069 3751 1070 3702 1071 3778 1072 3733 1073 3733 1074 3684 1075 3737 1076 3762 1077 3599 1078 3838 1079 3788 1080 3847 1081 3666 1082 3774 1083 3760 1084 3782 1085 3794 1086 3723 1087 3672 1088 3747 1089 3863 1090 3742 1091 3668 1092 3799 1093 3815 1094 3642 1095 3805 1096 3878 1097 3803 1098 3828 1099 3681 1100 3784 1101 3765 1102 3788 1103 3755 1104 3812 1105 3676 1106 3703 1107 3705 1108 3798 1109 3761 1110 3753 1111 3776 1112 3714 1113 3715 1114 3721 1115 3819 1116 3673 1117 3686 1118 3760 1119 3819 1120 3714 1121 3834 1122 3811 1123 3795 1124 3800 1125 3809 1126 3738 1127 3761 1128 3764 1129 3839 1130 3811 1131 3807 1132 3789 1133 3774 1134 3720 1135 3722 1136 3742 1137 3724 1138 3809 1139 3779 1140 3695 1141 3767 1142 3713 1143 3784 1144 3792 1145 3791 1146 3794 1147 3684 1148 3784 1149 3667 1150 3748 1151 3670 1152 3637 1153 3651 1154 3664 1155 3705 1156 3667 1157 3674 1158 3682 1159 3677 1160 3705 1161 3767 1162 3632 1163 3627 1164 3697 1165 3631 1166 3582 1167 3657 1168 3633 1169 3563 1170 3602 1171 3635 1172 3607 1173 3539 1174 3610 1175 3559 1176 3634 1177 3589 1178 3599 1179 3632 1180 3591 1181 3717 1182 3645 1183 3464 1184 3653 1185 3640 1186 3465 1187 3542 1188 3556 1189 3514 1190 3441 1191 3461 1192 3519 1193 3542 1194 3594 1195 3513 1196 3523 1197 3479 1198 3501 1199 3490 1200 3612 1201 3611 1202 3537 1203 3513 1204 3450 1205 3486 1206 3560 1207 3502 1208 3551 1209 3481 1210 3558 1211 3564 1212 3532 1213 3591 1214 3489 1215 3510 1216 3578 1217 3496 1218 3531 1219 3604 1220 3585 1221 3511 1222 3527 1223 3592 1224 3484 1225 3556 1226 3545 1227 3625 1228 3591 1229 3453 1230 3500 1231 3471 1232 3647 1233 3420 1234 3529 1235 3441 1236 3525 1237 3557 1238 3563 1239 3629 1240 3495 1241 3505 1242 3557 1243 3413 1244 3471 1245 3471 1246 3476 1247 3442 1248 3529 1249 3483