## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606330.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606330.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606330.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 14:00:28 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 209 113 105 19 3080504 277.37044 273.155101 24858036 FR 57 107 147 179 211 257 1171 2651 5923 11279 39287 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 19 1 22 2 23 1 24 10 25 5 26 6 27 10 28 9 29 12 30 64 31 205 32 214 33 158 34 171 35 198 36 220 37 185 38 218 39 216 40 237 41 238 42 236 43 253 44 273 45 281 46 274 47 293 48 343 49 312 50 386 51 400 52 484 53 493 54 535 55 623 56 698 57 869 58 1080 59 1304 60 1423 61 1805 62 2083 63 2579 64 2898 65 3540 66 4397 67 5097 68 6202 69 7570 70 8858 71 10827 72 12549 73 14992 74 17329 75 19799 76 22647 77 25989 78 29476 79 33457 80 37798 81 41869 82 46498 83 51610 84 55960 85 60666 86 65534 87 70330 88 76065 89 81505 90 87197 91 92471 92 97453 93 103025 94 107309 95 111543 96 115480 97 118661 98 123843 99 127117 100 131004 101 134444 102 137132 103 139662 104 141160 105 142391 106 144765 107 145117 108 146322 109 147046 110 147675 111 148275 112 149344 113 149895 114 149075 115 147465 116 146993 117 146639 118 146409 119 144667 120 143611 121 143224 122 141745 123 140924 124 139358 125 137540 126 135894 127 135539 128 133004 129 131540 130 129864 131 128945 132 127733 133 125689 134 124260 135 122788 136 120278 137 118587 138 117205 139 114555 140 113860 141 112089 142 110843 143 109365 144 107324 145 106189 146 103734 147 102587 148 101174 149 99610 150 98031 151 96248 152 95385 153 94200 154 92405 155 91470 156 89500 157 87402 158 86839 159 85226 160 83311 161 82288 162 81045 163 79826 164 79425 165 77773 166 77587 167 75634 168 74625 169 73280 170 71873 171 71398 172 70832 173 69635 174 68874 175 67513 176 66615 177 65668 178 64713 179 63757 180 63026 181 62073 182 61037 183 60812 184 60255 185 59454 186 58517 187 57736 188 56852 189 56338 190 54776 191 54789 192 54101 193 53643 194 52767 195 51999 196 51662 197 50905 198 50183 199 49467 200 48928 201 48009 202 47877 203 47095 204 46591 205 46031 206 45669 207 44952 208 44452 209 44076 210 43009 211 42822 212 42009 213 41430 214 41193 215 40716 216 39989 217 39677 218 38985 219 38991 220 37940 221 37238 222 36811 223 36500 224 36280 225 35708 226 35265 227 34947 228 34352 229 33792 230 33701 231 33148 232 32919 233 32186 234 31950 235 31519 236 30650 237 30986 238 30552 239 30104 240 29565 241 28919 242 28303 243 28417 244 28005 245 27665 246 27269 247 26998 248 26713 249 26251 250 25962 251 25498 252 25111 253 24805 254 24498 255 24154 256 23940 257 23688 258 23210 259 22961 260 22708 261 22682 262 22225 263 22304 264 21594 265 21449 266 20767 267 20906 268 20578 269 20127 270 20067 271 19551 272 19254 273 19204 274 19140 275 18523 276 18214 277 18316 278 18158 279 17894 280 17816 281 17344 282 17386 283 17085 284 16578 285 16465 286 16435 287 16150 288 15983 289 15784 290 15536 291 15473 292 15098 293 14981 294 14899 295 14815 296 14676 297 14229 298 13998 299 14088 300 13785 301 13936 302 13602 303 13161 304 13147 305 12789 306 12800 307 12752 308 12561 309 12577 310 12344 311 12144 312 11871 313 12025 314 11794 315 11772 316 11533 317 11480 318 11391 319 11186 320 10998 321 10938 322 10800 323 10782 324 10544 325 10515 326 10230 327 10207 328 10236 329 10051 330 10028 331 9808 332 9511 333 9733 334 9475 335 9376 336 9477 337 9232 338 9070 339 9058 340 9012 341 8778 342 8861 343 8672 344 8554 345 8650 346 8559 347 8512 348 8382 349 8269 350 8359 351 8137 352 8077 353 7808 354 8011 355 7818 356 7732 357 7787 358 7659 359 7574 360 7603 361 7401 362 7291 363 7409 364 7266 365 7239 366 7233 367 7291 368 7226 369 7183 370 7139 371 7047 372 6968 373 7019 374 6787 375 6723 376 6813 377 6736 378 6512 379 6769 380 6658 381 6546 382 6464 383 6446 384 6527 385 6472 386 6555 387 6404 388 6239 389 6166 390 6258 391 6157 392 6135 393 6194 394 6063 395 6103 396 6079 397 6119 398 6079 399 6045 400 6121 401 5940 402 5905 403 5835 404 5781 405 5824 406 5834 407 5930 408 5661 409 5694 410 5753 411 5728 412 5625 413 5576 414 5648 415 5661 416 5558 417 5606 418 5577 419 5579 420 5620 421 5521 422 5470 423 5455 424 5385 425 5394 426 5407 427 5434 428 5405 429 5455 430 5171 431 5261 432 5243 433 5387 434 5227 435 5263 436 5108 437 5174 438 5146 439 5100 440 5136 441 5069 442 5156 443 5037 444 5176 445 5094 446 5079 447 5177 448 5084 449 4926 450 5039 451 4941 452 5014 453 4977 454 4986 455 4915 456 4860 457 4841 458 4745 459 4879 460 4793 461 4736 462 4838 463 4736 464 4768 465 4758 466 4757 467 4670 468 4802 469 4696 470 4644 471 4768 472 4697 473 4605 474 4684 475 4738 476 4563 477 4615 478 4668 479 4708 480 4737 481 4603 482 4712 483 4712 484 4548 485 4625 486 4606 487 4596 488 4774 489 4546 490 4545 491 4536 492 4482 493 4446 494 4521 495 4495 496 4471 497 4483 498 4518 499 4475 500 4575 501 4483 502 4399 503 4479 504 4326 505 4416 506 4453 507 4457 508 4350 509 4462 510 4354 511 4488 512 4392 513 4319 514 4398 515 4537 516 4366 517 4414 518 4405 519 4385 520 4356 521 4358 522 4238 523 4311 524 4307 525 4342 526 4373 527 4322 528 4384 529 4293 530 4326 531 4392 532 4270 533 4310 534 4478 535 4363 536 4308 537 4305 538 4255 539 4311 540 4301 541 4232 542 4332 543 4282 544 4275 545 4344 546 4286 547 4411 548 4180 549 4279 550 4415 551 4163 552 4326 553 4352 554 4276 555 4321 556 4289 557 4271 558 4265 559 4429 560 4213 561 4233 562 4297 563 4230 564 4172 565 4247 566 4284 567 4194 568 4233 569 4345 570 4099 571 4287 572 4138 573 4271 574 4102 575 4263 576 4232 577 4262 578 4256 579 4323 580 4268 581 4183 582 4227 583 4210 584 4130 585 4236 586 4186 587 4167 588 4295 589 4377 590 4392 591 4149 592 4271 593 4254 594 4198 595 4349 596 4257 597 4203 598 4194 599 4101 600 4294 601 4277 602 4306 603 4202 604 4345 605 4277 606 4394 607 4188 608 4245 609 4230 610 4208 611 4298 612 4234 613 4315 614 4227 615 4325 616 4220 617 4219 618 4280 619 4247 620 4164 621 4239 622 4170 623 4184 624 4257 625 4256 626 4262 627 4235 628 4230 629 4142 630 4050 631 4137 632 4059 633 4204 634 4215 635 4152 636 4205 637 4133 638 4189 639 4226 640 4184 641 4125 642 4042 643 4268 644 4043 645 4120 646 4077 647 4226 648 4192 649 4108 650 4083 651 4170 652 4166 653 4091 654 4189 655 4096 656 4149 657 4072 658 4136 659 4030 660 4041 661 4154 662 4169 663 4229 664 4149 665 4183 666 4208 667 4150 668 4212 669 4131 670 4100 671 4160 672 4061 673 4224 674 4127 675 4160 676 4200 677 4125 678 4028 679 4046 680 4146 681 4217 682 4166 683 4118 684 4088 685 4146 686 4176 687 4194 688 4063 689 4287 690 4199 691 4154 692 4260 693 4201 694 4117 695 4212 696 4137 697 4135 698 4137 699 4155 700 4129 701 4090 702 4135 703 4119 704 4123 705 4198 706 4127 707 4105 708 4161 709 4057 710 4138 711 4229 712 4123 713 4165 714 4218 715 4130 716 4163 717 4053 718 4216 719 4088 720 4157 721 4125 722 4290 723 4118 724 4054 725 4215 726 4129 727 4120 728 4053 729 4106 730 4071 731 4031 732 4040 733 4006 734 4157 735 4180 736 4090 737 4126 738 4068 739 4120 740 4057 741 4082 742 4065 743 4079 744 4166 745 3993 746 4095 747 4146 748 4112 749 4040 750 4171 751 4022 752 4152 753 4091 754 4155 755 4173 756 4086 757 4181 758 4106 759 4241 760 4085 761 4143 762 4177 763 4173 764 4074 765 4258 766 4097 767 4164 768 4285 769 4054 770 4026 771 4147 772 4134 773 4291 774 4081 775 4130 776 3956 777 4033 778 4115 779 4071 780 4054 781 4135 782 4036 783 4120 784 4117 785 4036 786 4086 787 3950 788 4137 789 4100 790 3929 791 4054 792 4081 793 4072 794 4037 795 4075 796 4177 797 4184 798 4117 799 4142 800 4067 801 4127 802 4088 803 4059 804 4051 805 4121 806 3961 807 3914 808 4114 809 4029 810 4040 811 3933 812 4004 813 4012 814 4147 815 3982 816 4108 817 4078 818 4029 819 4102 820 4064 821 4098 822 4039 823 3989 824 4049 825 4027 826 4062 827 4003 828 4070 829 3979 830 4007 831 4080 832 4110 833 4103 834 4138 835 4086 836 4079 837 4148 838 4180 839 4182 840 4180 841 4125 842 4049 843 4021 844 4191 845 4119 846 4009 847 4144 848 4026 849 4130 850 4019 851 4107 852 4137 853 4128 854 4106 855 4129 856 4130 857 4094 858 4211 859 4130 860 4076 861 4137 862 4033 863 4086 864 4146 865 4093 866 4022 867 4028 868 4209 869 4128 870 4077 871 4015 872 4041 873 4101 874 3978 875 4097 876 4105 877 4081 878 4011 879 3961 880 3993 881 4073 882 3951 883 4110 884 4207 885 4171 886 3995 887 4031 888 3932 889 4007 890 3962 891 4106 892 4060 893 3976 894 4042 895 4012 896 3938 897 3906 898 4049 899 3994 900 4033 901 3979 902 3961 903 3935 904 4003 905 3794 906 3970 907 4009 908 3993 909 4001 910 3916 911 3823 912 3970 913 3939 914 3945 915 4024 916 3867 917 3951 918 3744 919 3957 920 3887 921 3891 922 3901 923 3929 924 3937 925 3861 926 3881 927 3865 928 3900 929 3888 930 3831 931 3820 932 3760 933 3912 934 3881 935 3859 936 3922 937 3953 938 3966 939 3867 940 3843 941 3783 942 3805 943 3911 944 3819 945 3719 946 3748 947 3746 948 3821 949 3756 950 3665 951 3716 952 3721 953 3894 954 3704 955 3689 956 3748 957 3763 958 3816 959 3729 960 3635 961 3733 962 3722 963 3726 964 3674 965 3635 966 3661 967 3769 968 3694 969 3703 970 3718 971 3572 972 3598 973 3651 974 3656 975 3627 976 3625 977 3590 978 3514 979 3669 980 3566 981 3651 982 3634 983 3573 984 3613 985 3541 986 3623 987 3525 988 3555 989 3582 990 3502 991 3571 992 3579 993 3565 994 3647 995 3502 996 3582 997 3524 998 3459 999 3490 1000 3557 1001 3523 1002 3544 1003 3511 1004 3536 1005 3563 1006 3561 1007 3581 1008 3467 1009 3497 1010 3500 1011 3558 1012 3509 1013 3534 1014 3520 1015 3518 1016 3557 1017 3488 1018 3530 1019 3596 1020 3569 1021 3512 1022 3508 1023 3470 1024 3462 1025 3494 1026 3580 1027 3424 1028 3469 1029 3547 1030 3438 1031 3421 1032 3564 1033 3470 1034 3479 1035 3391 1036 3508 1037 3420 1038 3493 1039 3421 1040 3506 1041 3585 1042 3387 1043 3457 1044 3508 1045 3500 1046 3596 1047 3480 1048 3551 1049 3542 1050 3447 1051 3488 1052 3428 1053 3535 1054 3488 1055 3519 1056 3461 1057 3442 1058 3543 1059 3463 1060 3436 1061 3528 1062 3530 1063 3464 1064 3554 1065 3531 1066 3498 1067 3546 1068 3510 1069 3536 1070 3488 1071 3550 1072 3538 1073 3504 1074 3429 1075 3489 1076 3439 1077 3551 1078 3481 1079 3394 1080 3397 1081 3449 1082 3454 1083 3464 1084 3489 1085 3444 1086 3527 1087 3489 1088 3480 1089 3511 1090 3518 1091 3464 1092 3607 1093 3432 1094 3536 1095 3527 1096 3595 1097 3550 1098 3510 1099 3550 1100 3616 1101 3581 1102 3577 1103 3538 1104 3519 1105 3538 1106 3612 1107 3470 1108 3558 1109 3453 1110 3447 1111 3592 1112 3395 1113 3449 1114 3518 1115 3412 1116 3420 1117 3432 1118 3578 1119 3520 1120 3508 1121 3517 1122 3556 1123 3510 1124 3485 1125 3533 1126 3488 1127 3494 1128 3599 1129 3426 1130 3449 1131 3615 1132 3572 1133 3503 1134 3485 1135 3404 1136 3519 1137 3495 1138 3499 1139 3394 1140 3424 1141 3464 1142 3528 1143 3584 1144 3554 1145 3425 1146 3451 1147 3347 1148 3469 1149 3458 1150 3525 1151 3400 1152 3494 1153 3499 1154 3444 1155 3422 1156 3477 1157 3482 1158 3387 1159 3312 1160 3433 1161 3350 1162 3423 1163 3392 1164 3275 1165 3319 1166 3406 1167 3409 1168 3432 1169 3351 1170 3444 1171 3337 1172 3311 1173 3335 1174 3338 1175 3422 1176 3368 1177 3336 1178 3398 1179 3359 1180 3280 1181 3356 1182 3418 1183 3356 1184 3177 1185 3364 1186 3231 1187 3352 1188 3286 1189 3234 1190 3247 1191 3403 1192 3268 1193 3269 1194 3350 1195 3185 1196 3251 1197 3231 1198 3344 1199 3273 1200 3269 1201 3337 1202 3257 1203 3295 1204 3296 1205 3229 1206 3296 1207 3214 1208 3321 1209 3326 1210 3180 1211 3309 1212 3253 1213 3249 1214 3370 1215 3282 1216 3398 1217 3274 1218 3252 1219 3300 1220 3309 1221 3242 1222 3228 1223 3271 1224 3274 1225 3322 1226 3270 1227 3296 1228 3301 1229 3324 1230 3295 1231 3398 1232 3360 1233 3277 1234 3362 1235 3210 1236 3314 1237 3361 1238 3243 1239 3323 1240 3277 1241 3209 1242 3230 1243 3258 1244 3258 1245 3184 1246 3239 1247 3151 1248 3305 1249 3312 1250 3209 1251 3293 1252 3332 1253 3226 1254 3217 1255 3249 1256 3321 1257 3231 1258 3292 1259 3156