## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606329.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606329.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606329.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 22:56:57 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 212 112 108 18 1375008 284.105506 283.473324 32072477 FR 59 111 151 185 217 267 1239 2749 6121 11661 40693 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 18 1 21 1 22 1 23 1 24 5 25 6 26 8 27 20 28 14 29 29 30 65 31 237 32 262 33 239 34 260 35 252 36 249 37 239 38 280 39 300 40 277 41 281 42 336 43 345 44 315 45 349 46 367 47 340 48 395 49 441 50 463 51 527 52 603 53 652 54 694 55 841 56 928 57 1105 58 1311 59 1588 60 1888 61 2327 62 2786 63 3322 64 3771 65 4649 66 5462 67 6546 68 7822 69 9581 70 11680 71 13678 72 16238 73 18760 74 21730 75 25027 76 28765 77 33162 78 37384 79 42556 80 47382 81 53374 82 59285 83 65102 84 70740 85 76529 86 82607 87 89583 88 96953 89 103576 90 110092 91 116731 92 124085 93 130541 94 136318 95 141397 96 146048 97 150716 98 156521 99 161951 100 166166 101 170273 102 174586 103 177673 104 180814 105 180857 106 183079 107 185081 108 186003 109 187625 110 188613 111 189312 112 191032 113 189933 114 190923 115 189683 116 187784 117 186832 118 186426 119 184363 120 183938 121 183611 122 181621 123 180709 124 179336 125 176728 126 173760 127 171359 128 169729 129 167679 130 166254 131 165185 132 163901 133 160148 134 159193 135 157022 136 154359 137 152138 138 149229 139 147499 140 144901 141 144193 142 142449 143 139951 144 137714 145 136111 146 133253 147 132019 148 129670 149 127374 150 124764 151 123240 152 122469 153 120194 154 118829 155 116813 156 114817 157 112948 158 111181 159 109351 160 107972 161 105982 162 104504 163 103159 164 101727 165 100694 166 98938 167 96822 168 95791 169 94319 170 92891 171 91831 172 90534 173 89268 174 88455 175 87326 176 85857 177 85101 178 83205 179 82288 180 80870 181 79799 182 78995 183 78131 184 77190 185 75941 186 75050 187 74162 188 72823 189 72301 190 70948 191 70364 192 69128 193 68857 194 68433 195 67265 196 66425 197 65424 198 64992 199 64094 200 62880 201 61872 202 61132 203 60198 204 60156 205 59266 206 58446 207 57494 208 57342 209 56235 210 55648 211 54664 212 53645 213 53416 214 52706 215 52427 216 51556 217 51098 218 50274 219 49510 220 49110 221 48665 222 47816 223 47362 224 46210 225 46307 226 45483 227 45095 228 44403 229 43553 230 43303 231 42329 232 41835 233 41296 234 40892 235 40257 236 40424 237 39282 238 38807 239 38345 240 37643 241 37006 242 36485 243 36112 244 35784 245 35369 246 34975 247 34232 248 34333 249 33471 250 33013 251 32524 252 32362 253 31632 254 31444 255 30951 256 30687 257 30488 258 29736 259 29908 260 29226 261 28909 262 28252 263 27879 264 27840 265 26942 266 27152 267 26388 268 26050 269 25932 270 25762 271 25186 272 24816 273 24485 274 24221 275 24068 276 23826 277 23438 278 23039 279 22671 280 22628 281 22254 282 22051 283 21737 284 21484 285 21157 286 20780 287 20757 288 20561 289 20199 290 20139 291 19722 292 19501 293 19181 294 18958 295 18610 296 18372 297 18419 298 17913 299 18033 300 17399 301 17511 302 17398 303 17072 304 16837 305 16447 306 16406 307 16313 308 15943 309 15483 310 15669 311 15437 312 15392 313 15288 314 15109 315 14779 316 14716 317 14704 318 14458 319 14388 320 13839 321 14172 322 13836 323 13717 324 13530 325 13251 326 13378 327 13050 328 12898 329 12747 330 12707 331 12403 332 12477 333 12334 334 12161 335 11991 336 11791 337 11901 338 11766 339 11434 340 11484 341 11299 342 11359 343 11016 344 10906 345 11066 346 10771 347 10661 348 10763 349 10360 350 10546 351 10061 352 10318 353 10172 354 10010 355 10116 356 9871 357 9917 358 9729 359 9764 360 9581 361 9465 362 9525 363 9433 364 9279 365 8992 366 9264 367 9089 368 9093 369 9185 370 8862 371 9103 372 8822 373 8806 374 8794 375 8573 376 8810 377 8557 378 8489 379 8537 380 8569 381 8405 382 8216 383 8246 384 8350 385 8179 386 8076 387 8297 388 8074 389 8036 390 8011 391 7875 392 7973 393 7841 394 7728 395 7830 396 7709 397 7813 398 7676 399 7492 400 7603 401 7538 402 7297 403 7588 404 7309 405 7304 406 7374 407 7376 408 7406 409 7285 410 7283 411 7302 412 7172 413 7181 414 7322 415 7143 416 7086 417 7043 418 7018 419 7071 420 7093 421 7125 422 7055 423 7028 424 6988 425 6904 426 6979 427 6770 428 6721 429 6739 430 6781 431 6770 432 6705 433 6778 434 6629 435 6694 436 6656 437 6605 438 6513 439 6580 440 6549 441 6447 442 6485 443 6463 444 6272 445 6488 446 6420 447 6427 448 6296 449 6414 450 6416 451 6321 452 6331 453 6268 454 6340 455 6211 456 6287 457 6220 458 6215 459 6115 460 6182 461 6296 462 6135 463 6264 464 6042 465 5919 466 6092 467 6040 468 6045 469 6112 470 6036 471 5959 472 6098 473 6029 474 6175 475 5948 476 5939 477 6100 478 5830 479 5894 480 5787 481 6053 482 5992 483 5914 484 5960 485 5915 486 5820 487 5946 488 6035 489 6015 490 5840 491 5972 492 5849 493 5660 494 5884 495 5831 496 5792 497 5874 498 5746 499 5638 500 5891 501 5708 502 5667 503 5775 504 5762 505 5726 506 5584 507 5537 508 5746 509 5664 510 5477 511 5612 512 5618 513 5608 514 5664 515 5639 516 5605 517 5551 518 5527 519 5621 520 5724 521 5581 522 5663 523 5515 524 5700 525 5562 526 5575 527 5647 528 5505 529 5581 530 5738 531 5618 532 5595 533 5612 534 5545 535 5467 536 5515 537 5647 538 5435 539 5675 540 5561 541 5590 542 5537 543 5552 544 5488 545 5497 546 5541 547 5417 548 5443 549 5454 550 5567 551 5604 552 5644 553 5475 554 5566 555 5548 556 5526 557 5498 558 5539 559 5514 560 5459 561 5444 562 5453 563 5500 564 5565 565 5415 566 5485 567 5524 568 5382 569 5494 570 5444 571 5480 572 5473 573 5484 574 5404 575 5482 576 5561 577 5476 578 5366 579 5453 580 5245 581 5369 582 5635 583 5473 584 5467 585 5417 586 5436 587 5492 588 5540 589 5424 590 5379 591 5457 592 5531 593 5399 594 5416 595 5523 596 5437 597 5471 598 5408 599 5388 600 5462 601 5463 602 5445 603 5440 604 5365 605 5370 606 5371 607 5381 608 5421 609 5468 610 5525 611 5485 612 5428 613 5495 614 5418 615 5580 616 5450 617 5531 618 5489 619 5265 620 5392 621 5495 622 5435 623 5390 624 5348 625 5363 626 5474 627 5397 628 5404 629 5322 630 5390 631 5362 632 5409 633 5482 634 5478 635 5481 636 5318 637 5382 638 5365 639 5265 640 5416 641 5392 642 5386 643 5375 644 5302 645 5366 646 5261 647 5237 648 5385 649 5286 650 5222 651 5308 652 5351 653 5292 654 5253 655 5258 656 5351 657 5175 658 5287 659 5331 660 5241 661 5373 662 5417 663 5221 664 5446 665 5301 666 5317 667 5333 668 5320 669 5397 670 5338 671 5211 672 5246 673 5208 674 5285 675 5234 676 5384 677 5241 678 5331 679 5370 680 5259 681 5160 682 5326 683 5341 684 5378 685 5441 686 5301 687 5326 688 5413 689 5176 690 5268 691 5289 692 5217 693 5344 694 5234 695 5332 696 5396 697 5249 698 5399 699 5367 700 5372 701 5357 702 5362 703 5263 704 5354 705 5144 706 5447 707 5335 708 5361 709 5385 710 5431 711 5282 712 5399 713 5360 714 5256 715 5338 716 5382 717 5394 718 5255 719 5154 720 5338 721 5263 722 5356 723 5479 724 5345 725 5284 726 5247 727 5313 728 5323 729 5361 730 5332 731 5335 732 5413 733 5286 734 5348 735 5325 736 5278 737 5200 738 5435 739 5216 740 5243 741 5351 742 5207 743 5233 744 5262 745 5321 746 5223 747 5395 748 5294 749 5234 750 5283 751 5350 752 5306 753 5312 754 5330 755 5439 756 5261 757 5406 758 5197 759 5244 760 5252 761 5440 762 5318 763 5352 764 5249 765 5374 766 5314 767 5378 768 5316 769 5296 770 5348 771 5319 772 5307 773 5327 774 5268 775 5266 776 5236 777 5255 778 5202 779 5301 780 5264 781 5147 782 5265 783 5280 784 5372 785 5229 786 5187 787 5284 788 5169 789 5276 790 5160 791 5199 792 5292 793 5246 794 5090 795 5261 796 5267 797 5300 798 5255 799 5255 800 5177 801 5135 802 5174 803 5253 804 5140 805 5308 806 5159 807 5177 808 5171 809 5124 810 5234 811 5265 812 5299 813 5101 814 5208 815 5215 816 5346 817 5211 818 5299 819 5197 820 5459 821 5261 822 5293 823 5189 824 5286 825 5214 826 5368 827 5315 828 5134 829 5126 830 5104 831 5444 832 5208 833 5294 834 5215 835 5286 836 5191 837 5421 838 5396 839 5285 840 5379 841 5239 842 5263 843 5213 844 5352 845 5188 846 5395 847 5409 848 5282 849 5347 850 5408 851 5166 852 5404 853 5261 854 5281 855 5335 856 5333 857 5502 858 5380 859 5233 860 5289 861 5387 862 5403 863 5330 864 5262 865 5434 866 5238 867 5309 868 5295 869 5393 870 5270 871 5315 872 5288 873 5237 874 5283 875 5353 876 5163 877 5320 878 5177 879 5182 880 5270 881 5262 882 5242 883 5187 884 5220 885 5259 886 5319 887 5350 888 5221 889 5172 890 5230 891 5193 892 5146 893 5119 894 5202 895 5028 896 5036 897 5220 898 5169 899 5183 900 5214 901 5091 902 5133 903 5072 904 5112 905 5161 906 5046 907 5194 908 5137 909 5100 910 5059 911 5148 912 5148 913 5186 914 5097 915 4921 916 5077 917 5041 918 4966 919 5038 920 5028 921 5116 922 5070 923 5102 924 5137 925 5094 926 4999 927 5028 928 4954 929 4946 930 5142 931 5003 932 4935 933 5091 934 4972 935 4863 936 4944 937 5036 938 4967 939 4949 940 5017 941 4943 942 5063 943 4911 944 4980 945 5025 946 4896 947 4960 948 5021 949 4947 950 4955 951 4874 952 5035 953 4895 954 4897 955 4897 956 4834 957 4748 958 4884 959 4895 960 4841 961 4863 962 4780 963 4736 964 4785 965 4654 966 4751 967 4787 968 4863 969 4558 970 4739 971 4771 972 4773 973 4604 974 4758 975 4839 976 4690 977 4745 978 4751 979 4747 980 4745 981 4785 982 4629 983 4645 984 4796 985 4641 986 4550 987 4655 988 4594 989 4707 990 4655 991 4705 992 4584 993 4607 994 4665 995 4631 996 4675 997 4663 998 4671 999 4449 1000 4540 1001 4665 1002 4452 1003 4626 1004 4580 1005 4590 1006 4557 1007 4579 1008 4549 1009 4657 1010 4577 1011 4556 1012 4715 1013 4559 1014 4617 1015 4508 1016 4607 1017 4424 1018 4647 1019 4551 1020 4599 1021 4567 1022 4646 1023 4573 1024 4526 1025 4587 1026 4574 1027 4561 1028 4557 1029 4487 1030 4535 1031 4374 1032 4591 1033 4515 1034 4534 1035 4595 1036 4512 1037 4470 1038 4495 1039 4577 1040 4501 1041 4500 1042 4425 1043 4494 1044 4530 1045 4480 1046 4509 1047 4536 1048 4592 1049 4519 1050 4523 1051 4574 1052 4561 1053 4573 1054 4465 1055 4516 1056 4520 1057 4591 1058 4515 1059 4395 1060 4540 1061 4580 1062 4546 1063 4566 1064 4522 1065 4495 1066 4552 1067 4545 1068 4559 1069 4513 1070 4594 1071 4522 1072 4641 1073 4441 1074 4602 1075 4577 1076 4631 1077 4501 1078 4560 1079 4478 1080 4536 1081 4451 1082 4560 1083 4528 1084 4589 1085 4560 1086 4553 1087 4642 1088 4613 1089 4568 1090 4581 1091 4525 1092 4489 1093 4592 1094 4509 1095 4612 1096 4464 1097 4621 1098 4638 1099 4492 1100 4691 1101 4540 1102 4615 1103 4419 1104 4695 1105 4652 1106 4453 1107 4585 1108 4655 1109 4435 1110 4575 1111 4670 1112 4506 1113 4502 1114 4566 1115 4615 1116 4417 1117 4615 1118 4515 1119 4476 1120 4528 1121 4648 1122 4443 1123 4551 1124 4572 1125 4627 1126 4605 1127 4634 1128 4558 1129 4641 1130 4597 1131 4610 1132 4569 1133 4583 1134 4583 1135 4590 1136 4540 1137 4496 1138 4376 1139 4455 1140 4504 1141 4524 1142 4472 1143 4662 1144 4530 1145 4602 1146 4475 1147 4387 1148 4362 1149 4509 1150 4575 1151 4459 1152 4478 1153 4463 1154 4364 1155 4456 1156 4457 1157 4315 1158 4511 1159 4552 1160 4360 1161 4490 1162 4354 1163 4360 1164 4440 1165 4355 1166 4377 1167 4321 1168 4467 1169 4436 1170 4490 1171 4353 1172 4385 1173 4358 1174 4348 1175 4161 1176 4239 1177 4285 1178 4283 1179 4299 1180 4446 1181 4323 1182 4315 1183 4343 1184 4313 1185 4347 1186 4238 1187 4329 1188 4382 1189 4335 1190 4346 1191 4189 1192 4276 1193 4275 1194 4213 1195 4310 1196 4263 1197 4152 1198 4338 1199 4261 1200 4339 1201 4291 1202 4383 1203 4259 1204 4291 1205 4257 1206 4279 1207 4252 1208 4317 1209 4215 1210 4379 1211 4315 1212 4299 1213 4264 1214 4311 1215 4239 1216 4237 1217 4401 1218 4226 1219 4257 1220 4233 1221 4283 1222 4330 1223 4242 1224 4199 1225 4248 1226 4369 1227 4361 1228 4292 1229 4311 1230 4242 1231 4446 1232 4273 1233 4242 1234 4323 1235 4148 1236 4253 1237 4295 1238 4262 1239 4227 1240 4238 1241 4379 1242 4266 1243 4221 1244 4257 1245 4175 1246 4351 1247 4238 1248 4220 1249 4184 1250 4353 1251 4234 1252 4308 1253 4165 1254 4268 1255 4134 1256 4313 1257 4182 1258 4123 1259 4223 1260 4131 1261 4268 1262 4163 1263 4271 1264 4228 1265 4166 1266 4267 1267 4152 1268 4263 1269 4152 1270 4173 1271 4239 1272 4092 1273 4201 1274 4189 1275 4113 1276 4059 1277 4109 1278 4049 1279 3995 1280 4154 1281 4059 1282 4150 1283 4011 1284 4215 1285 4156 1286 4020 1287 4065 1288 3948 1289 3981 1290 4041 1291 4096 1292 4045