## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606328.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606328.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606328.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Nov 02 15:16:42 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 216 114 111 22 1294577 292.667714 294.11116 19451281 FR 61 115 157 191 223 279 1307 2845 6267 11897 41015 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 22 1 23 2 24 1 25 4 26 7 27 4 28 8 29 13 30 41 31 170 32 178 33 167 34 185 35 175 36 139 37 140 38 170 39 189 40 181 41 204 42 179 43 201 44 198 45 213 46 213 47 226 48 269 49 259 50 263 51 294 52 360 53 408 54 407 55 475 56 594 57 638 58 745 59 828 60 1004 61 1244 62 1465 63 1772 64 1989 65 2497 66 2899 67 3442 68 4152 69 4987 70 6142 71 7084 72 8624 73 9959 74 11405 75 13339 76 15127 77 17117 78 19846 79 21883 80 25143 81 28257 82 31643 83 34351 84 37666 85 40926 86 44593 87 48323 88 52086 89 55870 90 60233 91 64181 92 69141 93 72485 94 75905 95 78864 96 82235 97 85168 98 89275 99 92160 100 95254 101 97756 102 100934 103 103131 104 105026 105 106172 106 107615 107 108921 108 109878 109 111146 110 111851 111 112902 112 114053 113 113900 114 114562 115 113230 116 113309 117 112312 118 112233 119 111711 120 111300 121 110972 122 109899 123 109087 124 108732 125 107373 126 105932 127 105419 128 103484 129 102834 130 101470 131 100535 132 99986 133 98329 134 96892 135 96206 136 95020 137 92323 138 91100 139 90313 140 89019 141 88410 142 87425 143 86470 144 84791 145 83903 146 82930 147 80956 148 79660 149 77845 150 77108 151 76237 152 75072 153 74274 154 72946 155 71938 156 70621 157 69426 158 68309 159 67094 160 66005 161 65113 162 63938 163 63311 164 62734 165 61685 166 61034 167 59649 168 58637 169 57764 170 56880 171 55975 172 55056 173 54622 174 54188 175 53114 176 52837 177 51981 178 50948 179 50148 180 49402 181 48682 182 48288 183 47705 184 46975 185 46746 186 45963 187 45368 188 44226 189 44271 190 43892 191 42975 192 42237 193 42144 194 41279 195 41140 196 40671 197 40088 198 39405 199 38874 200 38058 201 37878 202 37576 203 37332 204 36621 205 36124 206 35584 207 35544 208 34627 209 34593 210 34002 211 33536 212 33152 213 32869 214 32459 215 32017 216 31092 217 31208 218 30825 219 30416 220 29822 221 29821 222 28846 223 28497 224 28329 225 27902 226 27872 227 27429 228 26869 229 26761 230 26299 231 25851 232 25551 233 25149 234 24930 235 24490 236 24107 237 24060 238 23826 239 23097 240 23160 241 22719 242 22799 243 22238 244 21696 245 21581 246 21578 247 21167 248 20780 249 20654 250 20386 251 19775 252 19760 253 19403 254 19084 255 18606 256 18544 257 18277 258 18485 259 18021 260 17742 261 17490 262 17384 263 17161 264 16894 265 16664 266 16574 267 16403 268 16182 269 15622 270 15458 271 15648 272 15194 273 15058 274 14782 275 14772 276 14432 277 14255 278 14283 279 13876 280 13705 281 13441 282 13561 283 13324 284 13072 285 12980 286 12624 287 12424 288 12319 289 12416 290 12144 291 12076 292 11791 293 11762 294 11720 295 11416 296 11360 297 11101 298 10815 299 10922 300 10669 301 10627 302 10533 303 10300 304 10423 305 10080 306 10141 307 9858 308 9685 309 9818 310 9593 311 9451 312 9394 313 9174 314 9280 315 9025 316 8938 317 8835 318 8746 319 8665 320 8450 321 8644 322 8553 323 8308 324 8106 325 8086 326 8014 327 7992 328 7849 329 7724 330 7818 331 7703 332 7370 333 7385 334 7334 335 7388 336 7166 337 7142 338 7011 339 7008 340 7000 341 7014 342 6816 343 6833 344 6809 345 6691 346 6518 347 6440 348 6483 349 6482 350 6504 351 6488 352 6310 353 6289 354 6117 355 6157 356 5861 357 5966 358 5948 359 5926 360 5852 361 5861 362 5594 363 5624 364 5629 365 5584 366 5439 367 5665 368 5447 369 5441 370 5510 371 5592 372 5306 373 5262 374 5221 375 5265 376 5186 377 5298 378 5169 379 5097 380 5241 381 5087 382 5107 383 4986 384 4964 385 4785 386 4871 387 4998 388 4931 389 5016 390 4776 391 4851 392 4894 393 4712 394 4701 395 4597 396 4695 397 4612 398 4633 399 4635 400 4575 401 4595 402 4676 403 4600 404 4482 405 4559 406 4405 407 4482 408 4367 409 4511 410 4483 411 4370 412 4427 413 4454 414 4490 415 4401 416 4308 417 4327 418 4360 419 4140 420 4276 421 4416 422 4319 423 4315 424 4226 425 4349 426 4126 427 4184 428 4113 429 4048 430 4200 431 4177 432 4128 433 4127 434 4000 435 4033 436 4065 437 4051 438 4048 439 3863 440 4042 441 4001 442 3908 443 3914 444 3915 445 3974 446 3990 447 3847 448 3944 449 3811 450 3792 451 3845 452 3792 453 3800 454 3914 455 3885 456 3769 457 3829 458 3794 459 3881 460 3830 461 3784 462 3950 463 3695 464 3653 465 3666 466 3741 467 3716 468 3750 469 3584 470 3618 471 3743 472 3707 473 3602 474 3701 475 3574 476 3657 477 3684 478 3711 479 3605 480 3657 481 3581 482 3660 483 3658 484 3704 485 3653 486 3554 487 3702 488 3514 489 3579 490 3617 491 3530 492 3507 493 3569 494 3432 495 3609 496 3607 497 3669 498 3547 499 3545 500 3422 501 3456 502 3441 503 3481 504 3502 505 3436 506 3324 507 3430 508 3378 509 3499 510 3455 511 3396 512 3439 513 3503 514 3450 515 3310 516 3530 517 3493 518 3462 519 3417 520 3536 521 3389 522 3265 523 3345 524 3301 525 3353 526 3405 527 3344 528 3280 529 3343 530 3372 531 3394 532 3364 533 3398 534 3355 535 3382 536 3309 537 3373 538 3258 539 3392 540 3506 541 3368 542 3313 543 3341 544 3311 545 3410 546 3254 547 3320 548 3357 549 3268 550 3412 551 3466 552 3336 553 3328 554 3387 555 3419 556 3352 557 3338 558 3185 559 3295 560 3292 561 3323 562 3392 563 3372 564 3272 565 3414 566 3316 567 3353 568 3259 569 3420 570 3242 571 3300 572 3287 573 3294 574 3291 575 3268 576 3274 577 3258 578 3256 579 3406 580 3258 581 3308 582 3273 583 3346 584 3229 585 3308 586 3309 587 3265 588 3411 589 3311 590 3298 591 3282 592 3305 593 3248 594 3247 595 3365 596 3238 597 3290 598 3356 599 3240 600 3182 601 3359 602 3322 603 3323 604 3292 605 3137 606 3220 607 3224 608 3263 609 3289 610 3204 611 3308 612 3357 613 3281 614 3364 615 3322 616 3272 617 3227 618 3278 619 3134 620 3250 621 3313 622 3241 623 3335 624 3291 625 3299 626 3215 627 3339 628 3344 629 3209 630 3194 631 3336 632 3261 633 3205 634 3294 635 3283 636 3307 637 3272 638 3211 639 3199 640 3231 641 3161 642 3262 643 3402 644 3343 645 3218 646 3257 647 3247 648 3270 649 3205 650 3148 651 3288 652 3270 653 3216 654 3195 655 3165 656 3197 657 3137 658 3252 659 3210 660 3259 661 3174 662 3266 663 3146 664 3229 665 3238 666 3192 667 3130 668 3284 669 3246 670 3253 671 3246 672 3198 673 3221 674 3215 675 3268 676 3298 677 3290 678 3269 679 3133 680 3297 681 3265 682 3224 683 3245 684 3202 685 3252 686 3168 687 3220 688 3199 689 3271 690 3219 691 3250 692 3244 693 3233 694 3298 695 3312 696 3168 697 3190 698 3236 699 3298 700 3219 701 3221 702 3247 703 3260 704 3114 705 3220 706 3260 707 3204 708 3278 709 3327 710 3239 711 3218 712 3296 713 3209 714 3258 715 3213 716 3231 717 3326 718 3167 719 3175 720 3208 721 3201 722 3219 723 3208 724 3263 725 3339 726 3144 727 3207 728 3372 729 3268 730 3179 731 3174 732 3148 733 3202 734 3209 735 3194 736 3239 737 3200 738 3287 739 3229 740 3220 741 3232 742 3211 743 3252 744 3227 745 3189 746 3171 747 3262 748 3184 749 3181 750 3190 751 3326 752 3288 753 3176 754 3211 755 3217 756 3215 757 3147 758 3204 759 3188 760 3266 761 3204 762 3337 763 3237 764 3239 765 3254 766 3186 767 3268 768 3183 769 3224 770 3179 771 3216 772 3245 773 3294 774 3201 775 3093 776 3199 777 3259 778 3278 779 3233 780 3212 781 3160 782 3199 783 3183 784 3269 785 3223 786 3177 787 3187 788 3166 789 3136 790 3193 791 3217 792 3225 793 3187 794 3185 795 3302 796 3180 797 3189 798 3187 799 3048 800 3150 801 3265 802 3070 803 3103 804 3135 805 3139 806 3182 807 3302 808 3158 809 3169 810 3161 811 3244 812 3186 813 3136 814 3195 815 3163 816 3190 817 3202 818 3240 819 3297 820 3147 821 3193 822 3063 823 3118 824 3212 825 3140 826 3170 827 3155 828 3206 829 3249 830 3161 831 3269 832 3224 833 3214 834 3177 835 3186 836 3245 837 3192 838 3278 839 3233 840 3248 841 3326 842 3206 843 3305 844 3190 845 3186 846 3329 847 3212 848 3272 849 3275 850 3270 851 3312 852 3217 853 3251 854 3295 855 3304 856 3345 857 3210 858 3248 859 3196 860 3275 861 3158 862 3373 863 3233 864 3249 865 3264 866 3327 867 3225 868 3311 869 3161 870 3273 871 3201 872 3220 873 3201 874 3287 875 3284 876 3366 877 3307 878 3215 879 3173 880 3164 881 3112 882 3161 883 3175 884 3296 885 3263 886 3223 887 3169 888 3166 889 3177 890 3108 891 3340 892 3192 893 3088 894 3129 895 3090 896 3169 897 3206 898 3117 899 3139 900 3217 901 3116 902 3173 903 3111 904 3144 905 3217 906 3172 907 3052 908 3128 909 3129 910 3216 911 3107 912 3050 913 3094 914 2967 915 3175 916 3137 917 3210 918 3065 919 3067 920 3119 921 3056 922 3110 923 3096 924 3085 925 3076 926 3133 927 3050 928 3112 929 3145 930 3133 931 3049 932 2992 933 3031 934 3144 935 3003 936 3062 937 3027 938 3031 939 3055 940 3082 941 3103 942 2939 943 3087 944 3008 945 3031 946 3067 947 3036 948 2973 949 2943 950 2996 951 3089 952 3010 953 2960 954 2996 955 3001 956 3047 957 2902 958 2951 959 2949 960 3057 961 2987 962 2950 963 2904 964 2935 965 3066 966 2923 967 2968 968 3029 969 2877 970 2873 971 2909 972 2909 973 2926 974 2998 975 2867 976 2918 977 2907 978 2937 979 2952 980 2886 981 2902 982 2886 983 2964 984 2831 985 2870 986 2849 987 2812 988 2807 989 2763 990 2905 991 2883 992 2765 993 2875 994 2807 995 2785 996 2808 997 2846 998 2743 999 2826 1000 2829 1001 2854 1002 2832 1003 2874 1004 2772 1005 2807 1006 2832 1007 2808 1008 2897 1009 2833 1010 2718 1011 2835 1012 2830 1013 2811 1014 2721 1015 2800 1016 2669 1017 2809 1018 2864 1019 2887 1020 2764 1021 2758 1022 2790 1023 2865 1024 2785 1025 2882 1026 2827 1027 2828 1028 2789 1029 2763 1030 2725 1031 2691 1032 2673 1033 2820 1034 2777 1035 2773 1036 2738 1037 2671 1038 2709 1039 2739 1040 2777 1041 2714 1042 2740 1043 2740 1044 2875 1045 2758 1046 2739 1047 2795 1048 2820 1049 2788 1050 2719 1051 2761 1052 2708 1053 2795 1054 2736 1055 2865 1056 2734 1057 2812 1058 2862 1059 2789 1060 2763 1061 2680 1062 2703 1063 2820 1064 2819 1065 2817 1066 2774 1067 2686 1068 2755 1069 2752 1070 2816 1071 2818 1072 2840 1073 2719 1074 2707 1075 2712 1076 2716 1077 2747 1078 2832 1079 2746 1080 2705 1081 2733 1082 2754 1083 2770 1084 2846 1085 2730 1086 2693 1087 2897 1088 2774 1089 2854 1090 2690 1091 2846 1092 2800 1093 2806 1094 2718 1095 2820 1096 2818 1097 2795 1098 2827 1099 2828 1100 2759 1101 2754 1102 2765 1103 2822 1104 2785 1105 2842 1106 2775 1107 2809 1108 2864 1109 2725 1110 2828 1111 2798 1112 2869 1113 2769 1114 2725 1115 2847 1116 2854 1117 2809 1118 2798 1119 2764 1120 2746 1121 2798 1122 2894 1123 2776 1124 2719 1125 2869 1126 2853 1127 2750 1128 2814 1129 2821 1130 2795 1131 2813 1132 2735 1133 2851 1134 2860 1135 2766 1136 2795 1137 2823 1138 2839 1139 2768 1140 2826 1141 2826 1142 2748 1143 2813 1144 2880 1145 2788 1146 2688 1147 2689 1148 2761 1149 2797 1150 2742 1151 2780 1152 2794 1153 2781 1154 2830 1155 2809 1156 2711 1157 2712 1158 2755 1159 2813 1160 2648 1161 2785 1162 2714 1163 2705 1164 2739 1165 2819 1166 2585 1167 2721 1168 2715 1169 2756 1170 2606 1171 2821 1172 2662 1173 2728 1174 2680 1175 2550 1176 2611 1177 2668 1178 2696 1179 2601 1180 2682 1181 2592 1182 2624 1183 2566 1184 2632 1185 2656 1186 2679 1187 2701 1188 2673 1189 2633 1190 2709 1191 2688 1192 2647 1193 2612 1194 2571 1195 2661 1196 2690 1197 2582 1198 2634 1199 2644 1200 2670 1201 2671 1202 2580 1203 2616 1204 2598 1205 2636 1206 2601 1207 2604 1208 2714 1209 2540 1210 2513 1211 2604 1212 2672 1213 2583 1214 2656 1215 2617 1216 2570 1217 2649 1218 2682 1219 2655 1220 2602 1221 2748 1222 2555 1223 2681 1224 2596 1225 2570 1226 2608 1227 2597 1228 2589 1229 2719 1230 2632 1231 2680 1232 2551 1233 2619 1234 2624 1235 2633 1236 2630 1237 2541 1238 2581 1239 2642 1240 2538 1241 2609 1242 2554 1243 2602 1244 2651 1245 2626 1246 2627 1247 2630 1248 2545 1249 2611 1250 2644 1251 2578 1252 2591 1253 2685 1254 2559 1255 2616 1256 2663 1257 2601 1258 2536 1259 2589 1260 2634 1261 2621 1262 2570 1263 2548 1264 2524 1265 2536 1266 2483 1267 2529 1268 2527 1269 2577 1270 2614 1271 2685 1272 2583 1273 2607 1274 2545 1275 2536 1276 2610 1277 2469 1278 2500 1279 2523 1280 2543 1281 2523 1282 2565 1283 2465 1284 2486 1285 2542 1286 2443 1287 2481 1288 2496 1289 2490 1290 2503 1291 2550 1292 2397 1293 2495 1294 2523 1295 2470 1296 2427 1297 2450 1298 2470 1299 2515 1300 2395 1301 2493 1302 2427 1303 2533 1304 2417 1305 2423 1306 2458 1307 2480 1308 2386 1309 2383 1310 2425 1311 2401 1312 2433 1313 2446 1314 2415 1315 2472 1316 2468 1317 2414 1318 2366 1319 2383 1320 2447 1321 2381 1322 2500 1323 2460 1324 2456 1325 2477 1326 2302