## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606327.pdf INPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/final_bam/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606327.samtools-coordinate.bam OUTPUT=/ceph/rimlsfnwi/data/moldevbio/heeringen/siebrenf/xt_rna/results/qc/InsertSizeMetrics/Xenopus_tropicalis_v9.1-GSM1606327.tsv DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon Nov 01 21:08:58 CET 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 218 114 113 21 3080483 297.960048 300.895356 27345299 FR 63 117 159 195 227 285 1317 2849 6269 11903 41069 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 21 1 23 2 24 5 25 2 26 6 27 11 28 12 29 14 30 66 31 211 32 211 33 241 34 196 35 243 36 238 37 201 38 254 39 235 40 254 41 270 42 276 43 259 44 292 45 285 46 357 47 334 48 396 49 381 50 387 51 437 52 546 53 568 54 659 55 704 56 807 57 925 58 1126 59 1268 60 1498 61 1853 62 2097 63 2551 64 2838 65 3375 66 3964 67 4781 68 5716 69 7073 70 8450 71 9841 72 11654 73 13631 74 15899 75 17909 76 20585 77 23887 78 27081 79 30906 80 35140 81 39557 82 43979 83 48287 84 52879 85 57089 86 62089 87 67868 88 72838 89 78636 90 84843 91 89724 92 96209 93 101372 94 106740 95 110804 96 115518 97 118945 98 123945 99 128357 100 132839 101 136708 102 140180 103 144120 104 146261 105 147985 106 150389 107 151356 108 153351 109 156010 110 156041 111 157315 112 158104 113 158624 114 158961 115 158079 116 157304 117 156176 118 155879 119 155406 120 154629 121 154813 122 153378 123 152138 124 151922 125 150104 126 147843 127 146064 128 145295 129 142609 130 141201 131 139925 132 139072 133 137678 134 135887 135 134031 136 132101 137 129951 138 127412 139 125793 140 124487 141 122601 142 122262 143 119647 144 119265 145 116119 146 114355 147 112967 148 110474 149 109654 150 107345 151 106193 152 104945 153 104174 154 102122 155 100548 156 98500 157 97440 158 95377 159 93346 160 92637 161 91319 162 89878 163 88441 164 87517 165 86316 166 84858 167 83458 168 82345 169 81017 170 79536 171 78223 172 77777 173 77073 174 75342 175 74641 176 73658 177 72244 178 71699 179 70039 180 69820 181 69057 182 67626 183 67166 184 66014 185 65420 186 64995 187 63701 188 62812 189 62362 190 61360 191 60331 192 59978 193 59133 194 57897 195 58254 196 57271 197 56290 198 55420 199 54788 200 53787 201 53173 202 52993 203 51797 204 51364 205 51203 206 50286 207 49561 208 49103 209 48251 210 47741 211 47478 212 46437 213 46286 214 45050 215 44796 216 44837 217 43761 218 43388 219 42806 220 42036 221 41388 222 40929 223 40429 224 39812 225 39359 226 39214 227 38563 228 38210 229 37663 230 37016 231 36439 232 36300 233 35675 234 35414 235 34970 236 34372 237 33901 238 33473 239 33085 240 32527 241 32213 242 31419 243 31472 244 30810 245 30219 246 30275 247 30022 248 29242 249 28812 250 28521 251 28025 252 27673 253 27446 254 26918 255 26807 256 26420 257 26312 258 25759 259 25496 260 25002 261 24615 262 24488 263 24071 264 23535 265 23466 266 23101 267 22952 268 22410 269 22483 270 22270 271 21948 272 21512 273 21335 274 21114 275 20773 276 20656 277 20275 278 19919 279 19573 280 19460 281 19239 282 18985 283 19076 284 18483 285 18267 286 17922 287 17801 288 17394 289 17468 290 17160 291 17026 292 16954 293 16646 294 16172 295 16342 296 16057 297 15936 298 15597 299 15326 300 15168 301 15174 302 15109 303 14981 304 14599 305 14376 306 14156 307 14174 308 14130 309 13738 310 13594 311 13253 312 13513 313 12988 314 13149 315 12720 316 12653 317 12582 318 12403 319 12342 320 12196 321 11992 322 11795 323 11805 324 11719 325 11383 326 11349 327 11166 328 11075 329 11138 330 10968 331 10859 332 10565 333 10635 334 10434 335 10618 336 10170 337 10202 338 9991 339 10101 340 9968 341 9775 342 9802 343 9632 344 9763 345 9361 346 9508 347 9215 348 9108 349 9153 350 9089 351 8962 352 8774 353 8751 354 8706 355 8797 356 8483 357 8462 358 8585 359 8355 360 8460 361 8409 362 8183 363 7979 364 8013 365 8067 366 7910 367 8036 368 7736 369 7676 370 7796 371 7678 372 7743 373 7602 374 7417 375 7389 376 7499 377 7410 378 7227 379 7361 380 7273 381 7135 382 7076 383 7098 384 6984 385 6997 386 7003 387 7088 388 6885 389 6890 390 6859 391 6957 392 6911 393 6747 394 6584 395 6748 396 6629 397 6678 398 6718 399 6721 400 6472 401 6339 402 6482 403 6506 404 6540 405 6555 406 6569 407 6575 408 6363 409 6464 410 6351 411 6343 412 6347 413 6254 414 6228 415 6213 416 6169 417 6236 418 6104 419 6219 420 6244 421 6051 422 6241 423 6056 424 6143 425 5837 426 5974 427 5928 428 6012 429 5747 430 5770 431 5897 432 5989 433 5853 434 5789 435 5780 436 5795 437 5742 438 5655 439 5642 440 5636 441 5791 442 5657 443 5584 444 5562 445 5577 446 5581 447 5500 448 5627 449 5518 450 5480 451 5527 452 5564 453 5424 454 5395 455 5409 456 5469 457 5303 458 5217 459 5298 460 5368 461 5233 462 5334 463 5329 464 5305 465 5334 466 5339 467 5127 468 5279 469 5244 470 5240 471 5387 472 5147 473 5275 474 5223 475 5226 476 5081 477 5156 478 5127 479 5237 480 5290 481 5148 482 5233 483 5125 484 5048 485 5133 486 5147 487 5145 488 5155 489 5117 490 4998 491 5048 492 5144 493 5003 494 5089 495 5078 496 5120 497 5037 498 5020 499 4849 500 4805 501 5030 502 4931 503 4867 504 5034 505 4922 506 4928 507 4764 508 4925 509 4894 510 4839 511 4822 512 4837 513 4961 514 4966 515 4868 516 4910 517 4973 518 4805 519 5018 520 5054 521 4901 522 4735 523 4764 524 4636 525 4822 526 4888 527 4861 528 4747 529 4730 530 4809 531 4723 532 4772 533 4735 534 4802 535 4737 536 4717 537 4715 538 4647 539 4848 540 4851 541 4769 542 4759 543 4827 544 4791 545 4696 546 4768 547 4862 548 4679 549 4648 550 4772 551 4756 552 4753 553 4635 554 4657 555 4771 556 4797 557 4726 558 4737 559 4729 560 4779 561 4816 562 4744 563 4777 564 4661 565 4696 566 4591 567 4637 568 4647 569 4614 570 4671 571 4726 572 4788 573 4699 574 4734 575 4727 576 4822 577 4724 578 4655 579 4766 580 4668 581 4728 582 4825 583 4760 584 4539 585 4684 586 4746 587 4657 588 4754 589 4713 590 4703 591 4752 592 4746 593 4750 594 4635 595 4634 596 4631 597 4833 598 4732 599 4759 600 4760 601 4749 602 4768 603 4770 604 4736 605 4794 606 4694 607 4720 608 4743 609 4793 610 4672 611 4794 612 4651 613 4727 614 4716 615 4766 616 4670 617 4615 618 4735 619 4754 620 4680 621 4732 622 4692 623 4717 624 4738 625 4623 626 4752 627 4699 628 4743 629 4755 630 4576 631 4625 632 4631 633 4721 634 4686 635 4667 636 4675 637 4642 638 4638 639 4605 640 4557 641 4621 642 4539 643 4614 644 4647 645 4658 646 4684 647 4622 648 4717 649 4666 650 4647 651 4669 652 4565 653 4506 654 4461 655 4619 656 4556 657 4437 658 4535 659 4512 660 4598 661 4699 662 4617 663 4595 664 4609 665 4541 666 4707 667 4613 668 4462 669 4607 670 4502 671 4654 672 4615 673 4505 674 4643 675 4684 676 4502 677 4437 678 4648 679 4702 680 4650 681 4594 682 4563 683 4584 684 4565 685 4463 686 4789 687 4526 688 4569 689 4585 690 4580 691 4503 692 4583 693 4476 694 4614 695 4575 696 4694 697 4525 698 4574 699 4688 700 4510 701 4533 702 4478 703 4636 704 4551 705 4580 706 4633 707 4571 708 4731 709 4604 710 4640 711 4597 712 4771 713 4558 714 4584 715 4545 716 4613 717 4611 718 4746 719 4516 720 4567 721 4559 722 4626 723 4578 724 4597 725 4615 726 4459 727 4628 728 4512 729 4584 730 4686 731 4501 732 4657 733 4566 734 4678 735 4618 736 4536 737 4483 738 4514 739 4673 740 4593 741 4572 742 4608 743 4593 744 4570 745 4530 746 4521 747 4625 748 4529 749 4627 750 4753 751 4624 752 4657 753 4535 754 4648 755 4592 756 4550 757 4621 758 4537 759 4527 760 4573 761 4681 762 4633 763 4531 764 4773 765 4608 766 4540 767 4658 768 4562 769 4553 770 4602 771 4636 772 4592 773 4588 774 4528 775 4559 776 4548 777 4539 778 4608 779 4515 780 4617 781 4566 782 4523 783 4671 784 4559 785 4539 786 4558 787 4506 788 4623 789 4589 790 4473 791 4492 792 4453 793 4456 794 4603 795 4525 796 4447 797 4599 798 4432 799 4518 800 4554 801 4404 802 4594 803 4517 804 4486 805 4454 806 4587 807 4479 808 4502 809 4620 810 4623 811 4520 812 4487 813 4569 814 4414 815 4547 816 4581 817 4464 818 4455 819 4559 820 4563 821 4495 822 4480 823 4429 824 4606 825 4448 826 4547 827 4542 828 4499 829 4539 830 4613 831 4539 832 4459 833 4596 834 4573 835 4655 836 4696 837 4643 838 4581 839 4575 840 4596 841 4574 842 4398 843 4640 844 4604 845 4611 846 4685 847 4707 848 4683 849 4520 850 4642 851 4744 852 4650 853 4541 854 4683 855 4709 856 4650 857 4669 858 4620 859 4672 860 4726 861 4644 862 4559 863 4502 864 4508 865 4576 866 4603 867 4697 868 4585 869 4672 870 4594 871 4624 872 4669 873 4588 874 4649 875 4590 876 4539 877 4648 878 4580 879 4527 880 4510 881 4579 882 4640 883 4441 884 4573 885 4470 886 4549 887 4371 888 4487 889 4478 890 4375 891 4539 892 4487 893 4499 894 4465 895 4508 896 4414 897 4343 898 4434 899 4457 900 4450 901 4562 902 4463 903 4412 904 4445 905 4394 906 4345 907 4602 908 4522 909 4455 910 4478 911 4378 912 4374 913 4409 914 4359 915 4519 916 4443 917 4446 918 4448 919 4503 920 4478 921 4380 922 4315 923 4433 924 4485 925 4501 926 4374 927 4291 928 4361 929 4387 930 4344 931 4371 932 4422 933 4371 934 4315 935 4339 936 4253 937 4321 938 4418 939 4265 940 4367 941 4289 942 4285 943 4319 944 4348 945 4198 946 4230 947 4209 948 4286 949 4322 950 4274 951 4334 952 4250 953 4261 954 4257 955 4242 956 4260 957 4243 958 4118 959 4274 960 4215 961 4146 962 4315 963 4028 964 4103 965 4241 966 4191 967 4111 968 4138 969 4188 970 4101 971 4207 972 4171 973 4098 974 4161 975 4025 976 4144 977 4146 978 4173 979 4094 980 4078 981 4136 982 4034 983 4105 984 4154 985 4035 986 4058 987 3961 988 4021 989 4079 990 4028 991 4044 992 3982 993 4085 994 4087 995 4058 996 3970 997 4082 998 3976 999 3960 1000 4054 1001 4033 1002 3977 1003 4052 1004 4015 1005 4034 1006 3939 1007 3944 1008 3966 1009 3949 1010 4047 1011 4068 1012 4045 1013 3899 1014 3909 1015 3949 1016 3929 1017 3945 1018 4062 1019 3892 1020 3946 1021 4029 1022 4095 1023 3962 1024 3821 1025 3970 1026 3822 1027 3988 1028 3951 1029 3938 1030 3919 1031 3901 1032 4023 1033 3888 1034 4046 1035 4015 1036 3975 1037 3984 1038 4007 1039 3921 1040 3882 1041 3763 1042 3912 1043 3990 1044 3960 1045 4033 1046 3846 1047 3971 1048 3888 1049 3986 1050 3888 1051 3757 1052 3947 1053 3982 1054 3959 1055 3861 1056 3923 1057 3986 1058 3948 1059 3722 1060 3889 1061 3827 1062 3984 1063 3946 1064 3872 1065 3929 1066 3810 1067 3833 1068 3975 1069 3962 1070 3891 1071 3936 1072 4021 1073 3858 1074 3942 1075 4015 1076 3856 1077 3984 1078 3963 1079 3940 1080 3889 1081 3932 1082 4008 1083 4097 1084 3878 1085 3860 1086 4001 1087 3877 1088 3962 1089 3921 1090 3975 1091 3884 1092 3987 1093 3998 1094 4029 1095 4058 1096 3949 1097 3990 1098 3869 1099 4074 1100 3995 1101 4095 1102 3911 1103 3923 1104 4088 1105 3933 1106 3942 1107 4016 1108 3920 1109 3912 1110 3970 1111 3854 1112 4034 1113 3925 1114 4022 1115 3970 1116 3960 1117 3981 1118 3876 1119 3933 1120 3984 1121 4097 1122 3961 1123 3971 1124 4002 1125 3974 1126 3822 1127 3973 1128 3979 1129 4000 1130 3951 1131 4150 1132 3968 1133 3964 1134 3963 1135 3992 1136 3911 1137 3977 1138 3883 1139 3964 1140 3893 1141 3880 1142 3871 1143 4009 1144 3939 1145 3938 1146 3894 1147 3893 1148 3866 1149 3898 1150 3909 1151 3904 1152 3888 1153 3798 1154 3837 1155 3797 1156 3951 1157 3921 1158 3970 1159 3943 1160 3860 1161 3814 1162 3901 1163 3823 1164 3861 1165 3800 1166 3857 1167 3769 1168 3812 1169 3825 1170 3735 1171 3815 1172 3791 1173 3859 1174 3812 1175 3734 1176 3925 1177 3808 1178 3896 1179 3850 1180 3810 1181 3810 1182 3688 1183 3733 1184 3672 1185 3749 1186 3815 1187 3846 1188 3680 1189 3681 1190 3750 1191 3782 1192 3781 1193 3775 1194 3717 1195 3715 1196 3708 1197 3816 1198 3775 1199 3644 1200 3596 1201 3786 1202 3660 1203 3740 1204 3712 1205 3741 1206 3700 1207 3717 1208 3691 1209 3651 1210 3667 1211 3763 1212 3634 1213 3655 1214 3617 1215 3803 1216 3627 1217 3759 1218 3712 1219 3710 1220 3680 1221 3759 1222 3721 1223 3679 1224 3709 1225 3746 1226 3694 1227 3609 1228 3660 1229 3699 1230 3728 1231 3680 1232 3769 1233 3702 1234 3696 1235 3761 1236 3678 1237 3668 1238 3715 1239 3788 1240 3687 1241 3742 1242 3720 1243 3663 1244 3746 1245 3634 1246 3694 1247 3667 1248 3666 1249 3646 1250 3756 1251 3650 1252 3615 1253 3721 1254 3675 1255 3713 1256 3661 1257 3774 1258 3490 1259 3625 1260 3603 1261 3680 1262 3533 1263 3654 1264 3682 1265 3684 1266 3664 1267 3697 1268 3596 1269 3569 1270 3575 1271 3539 1272 3482 1273 3616 1274 3728 1275 3571 1276 3549 1277 3552 1278 3616 1279 3645 1280 3594 1281 3572 1282 3535 1283 3643 1284 3495 1285 3529 1286 3508 1287 3563 1288 3558 1289 3651 1290 3456 1291 3519 1292 3502 1293 3516 1294 3596 1295 3352 1296 3450 1297 3492 1298 3399 1299 3484 1300 3465 1301 3356 1302 3357 1303 3439 1304 3429 1305 3418 1306 3455 1307 3448 1308 3549 1309 3429 1310 3457 1311 3465 1312 3426 1313 3478 1314 3434 1315 3405 1316 3430 1317 3368 1318 3458 1319 3491 1320 3454 1321 3294 1322 3418 1323 3492 1324 3406 1325 3360 1326 3250 1327 3430 1328 3386 1329 3454 1330 3332 1331 3355 1332 3350 1333 3361 1334 3395 1335 3319 1336 3303 1337 3411 1338 3303 1339 3412 1340 3362 1341 3363 1342 3459 1343 3372 1344 3383 1345 3433 1346 3291 1347 3347 1348 3317